135 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Locus tag
Gene type
Replicon accession
From
To
Strand
Gene Length
Product
Protein accession
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Organism name
Kingdom
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
Dred_0007  CDS  NC_009253  6995  9451  +  2457  DNA gyrase, A subunit  YP_001111384  unclonable  0.000039295  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0111  CDS  NC_009253  115731  119240  +  3510  transcription-repair coupling factor  YP_001111486  unclonable  0.00148726  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0112  CDS  NC_009253  119302  120336  +  1035  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  YP_001111487  unclonable  0.0000000942479  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0199  CDS  NC_009253  214459  215661  +  1203  elongation factor Tu  YP_001111573  unclonable  0.000000189275  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0208  CDS  NC_009253  223489  227046  +  3558  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  YP_001111582  unclonable  0.00134006  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0255  CDS  NC_009253  256398  257141  +  744  tRNA pseudouridine synthase A  YP_001111629  unclonable  0.0000000251416  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0256  CDS  NC_009253  257408  257839  +  432  50S ribosomal protein L13  YP_001111630  unclonable  0.00000000758972  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0257  CDS  NC_009253  257873  258265  +  393  30S ribosomal protein S9  YP_001111631  unclonable  0.0000000068634  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0258  CDS  NC_009253  258607  260388  +  1782  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  YP_001111632  unclonable  0.00000262004  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0378  CDS  NC_009253  402784  403617  -  834  hypothetical protein  YP_001111751  unclonable  0.000000038077  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0423  CDS  NC_009253  462378  463685  -  1308  hydroxylamine reductase  YP_001111794  unclonable  0.000000304226  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0424  CDS  NC_009253  463976  464947  +  972  hypothetical protein  YP_001111795  unclonable  0.0000000598243  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0425  CDS  NC_009253  465487  466920  +  1434  hypothetical protein  YP_001111796  unclonable  0.000000428075  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0428  CDS  NC_009253  468771  469448  -  678  integral membrane protein TerC  YP_001111799  unclonable  0.0000000236492  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0479  CDS  NC_009253  522464  522832  -  369  hypothetical protein  YP_001111850  unclonable  0.00000000335746  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0490  CDS  NC_009253  531933  532631  -  699  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  YP_001111861  unclonable  0.0000000222654  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0491  CDS  NC_009253  532934  533380  +  447  deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase Dut  YP_001111862  unclonable  0.00000000774534  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0492  CDS  NC_009253  533866  534492  -  627  hypothetical protein  YP_001111863  unclonable  0.0000000201285  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0493  CDS  NC_009253  535138  536289  -  1152  phage integrase family protein  YP_001111864  unclonable  0.000000132895  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0501  CDS  NC_009253  540133  540486  +  354  prophage Lp4 protein 11, DNA replication  YP_001111871  unclonable  0.00000000414813  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0502  CDS  NC_009253  540500  541564  +  1065  hypothetical protein  YP_001111872  unclonable  0.0000000731795  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0503  CDS  NC_009253  541539  542381  +  843  hypothetical protein  YP_001111873  unclonable  0.0000000358381  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0504  CDS  NC_009253  542628  542972  +  345  endodeoxyribonuclease RusA  YP_001111874  unclonable  0.00000000274562  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0505  CDS  NC_009253  542998  543330  +  333  hypothetical protein  YP_001111875  unclonable  0.00000000277403  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0506  CDS  NC_009253  543327  543599  +  273  hypothetical protein  YP_001111876  unclonable  0.00000000205143  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0507  CDS  NC_009253  543961  545628  +  1668  hypothetical protein  YP_001111877  unclonable  0.000000980947  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0547  CDS  NC_009253  592972  593232  +  261  hypothetical protein  YP_001111916  unclonable  0.00000000306668  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0548  CDS  NC_009253  593435  594391  +  957  permease  YP_001111917  unclonable  0.0000000695477  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0549  CDS  NC_009253  594534  594863  +  330  hypothetical protein  YP_001111918  unclonable  0.00000000445285  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0618  CDS  NC_009253  663920  665275  +  1356  cell wall hydrolase/autolysin  YP_001111983  unclonable  0.000000253724  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0619  CDS  NC_009253  665264  665548  -  285  hypothetical protein  YP_001111984  unclonable  0.00000000349551  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0620  CDS  NC_009253  665562  667100  +  1539  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  YP_001111985  unclonable  0.00000106495  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0621  CDS  NC_009253  667304  668260  -  957  transporter DMT superfamily protein  YP_001111986  unclonable  0.000000105334  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0622  CDS  NC_009253  668494  669114  -  621  hypothetical protein  YP_001111987  unclonable  0.0000000256648  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0623  CDS  NC_009253  669271  670758  -  1488  amino acid/peptide transporter  YP_001111988  unclonable  0.00000100169  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0648  CDS  NC_009253  697624  699576  +  1953  small GTP-binding protein  YP_001112012  unclonable  0.00000421975  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0649  CDS  NC_009253  699586  700818  +  1233  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  YP_001112013  unclonable  0.000000205288  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0731  CDS  NC_009253  784116  786773  +  2658  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  YP_001112095  unclonable  0.0000934537  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0733  CDS  NC_009253  787335  789500  +  2166  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  YP_001112097  unclonable  0.0000178164  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0761  CDS  NC_009253  815254  815994  +  741  UBA/THIF-type NAD/FAD binding protein  YP_001112124  unclonable  0.0000000178365  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0762  CDS  NC_009253  816098  816424  +  327  thioredoxin  YP_001112125  unclonable  0.00000000561264  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0775  CDS  NC_009253  829403  829816  +  414  Holliday junction resolvase YqgF  YP_001112138  unclonable  0.00000000463594  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0776  CDS  NC_009253  829913  830176  +  264  hypothetical protein  YP_001112139  unclonable  0.00000000220147  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0876  CDS  NC_009253  936855  937256  -  402  transposase IS200-family protein  YP_001112238  unclonable  0.0000000039435  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0877  CDS  NC_009253  937335  938453  +  1119  IS605 family transposase OrfB  YP_001112239  unclonable  0.000000122455  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0903  CDS  NC_009253  964055  964822  +  768  helix-turn-helix domain-containing protein  YP_001112264  unclonable  0.0000000193278  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0904  CDS  NC_009253  964949  965266  +  318  thioredoxin  YP_001112265  unclonable  0.00000000201022  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_1051  CDS  NC_009253  1124556  1125629  +  1074  peptidase M24  YP_001112411  unclonable  0.000000093282  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_1052  CDS  NC_009253  1125656  1126213  +  558  translation elongation factor P  YP_001112412  unclonable  0.00000000883108  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_1053  CDS  NC_009253  1126298  1126726  +  429  hypothetical protein  YP_001112413  unclonable  0.0000000068634  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_1054  CDS  NC_009253  1126915  1128609  +  1695  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  YP_001112414  unclonable  0.0000017459  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_1055  CDS  NC_009253  1128754  1130379  +  1626  copper amine oxidase domain-containing protein  YP_001112415  unclonable  0.000000877953  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_1064  CDS  NC_009253  1136045  1137949  +  1905  pyruvate carboxylase subunit B  YP_001112424  unclonable  0.00000214042  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_1065  CDS  NC_009253  1137958  1139304  +  1347  acetyl-CoA carboxylase, biotin carboxylase  YP_001112425  unclonable  0.00000015139  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_1066  CDS  NC_009253  1139378  1139791  +  414  hypothetical protein  YP_001112426  unclonable  0.0000000039435  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_1079  CDS  NC_009253  1150813  1151619  +  807  hemolysin A  YP_001112439  unclonable  0.0000000241342  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_1080  CDS  NC_009253  1151646  1152173  +  528  hypothetical protein  YP_001112440  unclonable  0.00000000822916  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_1081  CDS  NC_009253  1152170  1153036  +  867  NAD(+) kinase  YP_001112441  unclonable  0.0000000519775  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_1082  CDS  NC_009253  1153044  1153601  +  558  putative rRNA methylase  YP_001112442  unclonable  0.0000000102664  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_1189  CDS  NC_009253  1264447  1265004  +  558  hypothetical protein  YP_001112548  unclonable  0.0000000115787  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_1373  CDS  NC_009253  1475854  1477290  +  1437  amino acid permease-associated region  YP_001112728  unclonable  0.000000761845  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_1376  CDS  NC_009253  1479341  1480012  -  672  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  YP_001112731  unclonable  0.000000031441  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_1611  CDS  NC_009253  1751621  1752223  +  603  hypothetical protein  YP_001112964  unclonable  0.00000000477853  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_1612  CDS  NC_009253  1752538  1754445  +  1908  threonyl-tRNA synthetase  YP_001112965  unclonable  0.00000178172  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_1613  CDS  NC_009253  1754755  1755192  +  438  translation initiation factor IF-3  YP_001112966  unclonable  0.00000000306668  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_1614  CDS  NC_009253  1755209  1755403  +  195  50S ribosomal protein L35  YP_001112967  unclonable  0.00000000148702  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_1615  CDS  NC_009253  1755440  1755796  +  357  50S ribosomal protein L20  YP_001112968  unclonable  0.00000000423443  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_1616  CDS  NC_009253  1755992  1757326  +  1335  TrkH family potassium uptake protein  YP_001112969  unclonable  0.00000038325  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_1617  CDS  NC_009253  1757342  1757995  +  654  TrkA domain-containing protein  YP_001112970  unclonable  0.0000000138787  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_1618  CDS  NC_009253  1757995  1758798  +  804  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  YP_001112971  unclonable  0.0000000197241  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_1684  CDS  NC_009253  1838196  1841411  +  3216  carbamoyl-phosphate synthase, large subunit  YP_001113036  unclonable  0.000705985  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_1817  CDS  NC_009253  1993603  1995378  +  1776  hypothetical protein  YP_001113167  unclonable  0.00000172798  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_1879  CDS  NC_009253  2063403  2064644  -  1242  aluminium resistance family protein  YP_001113226  unclonable  0.000000283572  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_1889  CDS  NC_009253  2076175  2077545  -  1371  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  YP_001113236  unclonable  0.000000213731  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_1920  CDS  NC_009253  2108950  2109993  -  1044  recA protein  YP_001113266  unclonable  0.000000130185  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_2063  CDS  NC_009253  2259026  2260282  -  1257  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  YP_001113405  unclonable  0.000000172774  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_2064  CDS  NC_009253  2260293  2261333  -  1041  aIF-2BI family translation initiation factor  YP_001113406  unclonable  0.0000000777983  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_2072  CDS  NC_009253  2269756  2270499  -  744  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  YP_001113414  unclonable  0.000000027021  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_2073  CDS  NC_009253  2270501  2271445  -  945  malonyl CoA-acyl carrier protein transacylase  YP_001113415  unclonable  0.0000000519775  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_2186  CDS  NC_009253  2388761  2390188  -  1428  selenocysteine synthase  YP_001113526  unclonable  0.00000130274  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_2209  CDS  NC_009253  2418090  2419382  -  1293  hypothetical protein  YP_001113549  unclonable  0.000000224827  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_2261  CDS  NC_009253  2473541  2474914  -  1374  RNA methyltransferase  YP_001113597  unclonable  0.000000592232  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_2317  CDS  NC_009253  2534440  2534670  -  231  transcription attenuation protein MtrB  YP_001113652  unclonable  0.00000000266369  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_2318  CDS  NC_009253  2534771  2535448  -  678  TrkA domain-containing protein  YP_001113653  unclonable  0.0000000141633  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_2446  CDS  NC_009253  2662317  2662820  -  504  hypothetical protein  YP_001113781  unclonable  0.0000000120548  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_2447  CDS  NC_009253  2662866  2663255  -  390  NUDIX hydrolase  YP_001113782  unclonable  0.00000000652481  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_2448  CDS  NC_009253  2663321  2664094  -  774  hypothetical protein  YP_001113783  unclonable  0.0000000261989  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_2488  CDS  NC_009253  2708706  2709701  -  996  hypothetical protein  YP_001113823  unclonable  0.0000000914073  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_2516  CDS  NC_009253  2737760  2738116  -  357  iojap-like protein  YP_001113851  unclonable  0.00000000207265  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_2574  CDS  NC_009253  2803522  2804580  -  1059  beta-lactamase domain-containing protein  YP_001113909  unclonable  0.000000152958  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_2575  CDS  NC_009253  2804765  2805124  +  360  hypothetical protein  YP_001113910  unclonable  0.00000000798359  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_2622  CDS  NC_009253  2846077  2846694  -  618  BRO domain-containing protein  YP_001113957  unclonable  0.00000000919421  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_2715  CDS  NC_009253  2941207  2942604  -  1398  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  YP_001114044  unclonable  0.000000497962  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_2722  CDS  NC_009253  2948907  2949812  -  906  hypothetical protein  YP_001114051  unclonable  0.000000050933  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_2723  CDS  NC_009253  2950346  2952241  -  1896  ferrous iron transport protein B  YP_001114052  unclonable  0.00000251574  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_2736  CDS  NC_009253  2962419  2962916  -  498  hypothetical protein  YP_001114065  unclonable  0.00000000414813  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_2835  CDS  NC_009253  3076683  3078458  -  1776  putative PAS/PAC sensor protein  YP_001114164  unclonable  0.00000281177  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_2848  CDS  NC_009253  3091326  3091826  +  501  hypothetical protein  YP_001114177  unclonable  0.0000000129327  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_2849  CDS  NC_009253  3092230  3092529  +  300  hypothetical protein  YP_001114178  unclonable  0.00000000349551  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_2890  CDS  NC_009253  3136512  3137810  -  1299  thiamine biosynthesis protein ThiC  YP_001114219  unclonable  0.000000275023  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>