71 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag
Gene type
Replicon accession
From
To
Strand
Gene Length
Product
Protein accession
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Organism name
Kingdom
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
SbBS512_E0048  CDS  NC_010658  47296  49650  -  2355  organic solvent tolerance protein  YP_001878867  unclonable  0.00000000000576585  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0090  CDS  NC_010658  97526  98443  +  918  UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase  YP_001878906  unclonable  0.00000000000000347236  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0112  CDS  NC_010658  126013  126375  +  363  hypothetical protein  YP_001878927  unclonable  3.7804e-16  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0194  CDS  NC_010658  209708  210280  +  573  D,D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase  YP_001879003  unclonable  6.11751e-16  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0359  CDS  NC_010658  349183  350481  +  1299  trigger factor  YP_001879147  unclonable  0.0000000000000325154  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0360  CDS  NC_010658  350727  351350  +  624  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  YP_001879148  unclonable  3.93543e-16  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0464  tRNA  NC_010658  556921  556995  +  75  tRNA-Gln    unclonable  2.99671e-17  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0564  CDS  NC_010658  541186  541950  +  765  hypothetical protein  YP_001879316  unclonable  0.00000000000000107362  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0565  CDS  NC_010658  542090  542383  +  294  LexA regulated protein  YP_001879317  unclonable  9.1188e-17  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0566  CDS  NC_010658  542406  543053  +  648  flavodoxin FldA  YP_001879318  unclonable  6.83272e-16  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0578  tRNA  NC_010658  557029  557105  +  77  tRNA-Gln    unclonable  2.87866e-17  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0583  tRNA  NC_010658  635330  635407  +  78  tRNA-Lys    unclonable  2.0474e-17  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0614  CDS  NC_010658  585844  586161  +  318  hypothetical protein  YP_001879352  unclonable  1.11441e-16  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0664  CDS  NC_010658  634375  635166  +  792  tol-pal system protein YbgF  YP_001879399  unclonable  0.00000000000000123566  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0693    NC_010658  655461  655613  -  153      unclonable  3.2146e-17  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0694  CDS  NC_010658  656300  656452  +  153  hypothetical protein  YP_001879421  unclonable  3.62786e-17  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0992  tRNA  NC_010658  954312  954387  -  76  tRNA-Gly    unclonable  4.34498e-17  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E1039  CDS  NC_010658  954539  955087  -  549  phosphatidylglycerophosphate synthetase  YP_001879700  unclonable  4.85781e-16  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E1372  CDS  NC_010658  1251566  1252417  -  852  4-diphosphocytidyl-2-C-methyl-D-erythritol kinase  YP_001879991  unclonable  0.00000000000000127377  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E1373  CDS  NC_010658  1252417  1253040  -  624  outer membrane lipoprotein LolB  YP_001879992  unclonable  3.52349e-16  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E1374  CDS  NC_010658  1253254  1254510  +  1257  glutamyl-tRNA reductase  YP_001879993  unclonable  0.00000000000000847987  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E1608  CDS  NC_010658  1462880  1463311  +  432  transposase family  YP_001880198  unclonable  6.61911e-17  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E1856  CDS  NC_010658  1700035  1700967  -  933  putative DNA-binding transcriptional regulator  YP_001880420  unclonable  0.00000000000000498178  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E1858  CDS  NC_010658  1701080  1702291  +  1212  inner membrane transport protein YdhC  YP_001880421  unclonable  0.0000000000000141458  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E2089  CDS  NC_010658  1899498  1899707  -  210  cold shock-like protein CspC  YP_001880620  unclonable  2.57783e-17  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E2229  CDS  NC_010658  2028535  2029776  -  1242  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase II  YP_001880735  unclonable  0.0000000000000331849  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E2230  CDS  NC_010658  2029864  2030100  -  237  acyl carrier protein  YP_001880736  unclonable  1.78439e-16  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E2231  CDS  NC_010658  2030311  2031045  -  735  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  YP_001880737  unclonable  0.00000000000000399569  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E2232  CDS  NC_010658  2031058  2031987  -  930  malonyl CoA-acyl carrier protein transacylase  YP_001880738  unclonable  0.0000000000000104735  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E2233  CDS  NC_010658  2032003  2032956  -  954  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase III  YP_001880739  unclonable  0.00000000000000918964  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E2234  CDS  NC_010658  2033024  2034094  -  1071  putative glycerol-3-phosphate acyltransferase PlsX  YP_001880740  unclonable  0.00000000000000985973  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E2235  CDS  NC_010658  2034175  2034348  -  174  50S ribosomal protein L32  YP_001880741  unclonable  4.5686e-17  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E2236  CDS  NC_010658  2034400  2034921  -  522  hypothetical protein  YP_001880742  unclonable  3.70485e-16  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E2237  CDS  NC_010658  2035669  2035794  -  126  hypothetical protein  YP_001880744  unclonable  3.28015e-17  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E2238  CDS  NC_010658  2035081  2035704  +  624  Maf-like protein  YP_001880743  unclonable  5.6461e-16  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E2239  CDS  NC_010658  2035816  2036775  -  960  23S rRNA pseudouridylate synthase C  YP_001880745  unclonable  0.00000000000000198156  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E2327  CDS  NC_010658  2115932  2116144  +  213  cold shock DNA-binding protein  YP_001880814  unclonable  5.69498e-17  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E2359  CDS  NC_010658  2147054  2148094  +  1041  outer membrane protein A  YP_001880845  unclonable  0.0000000000000044176  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E2360  CDS  NC_010658  2148170  2148622  -  453  hypothetical protein  YP_001880846  unclonable  1.93337e-16  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E2361  CDS  NC_010658  2148808  2150568  +  1761  peptidase, S16 (lon protease) family  YP_001880847  unclonable  0.000000000000251656  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E2438  CDS  NC_010658  2236587  2240519  -  3933  DNA translocase FtsK  YP_001880912  unclonable  0.0000000385986  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E2573  CDS  NC_010658  2374042  2376063  -  2022  excinuclease ABC subunit B  YP_001881035  unclonable  0.00000000000176312  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E2675  CDS  NC_010658  2479186  2479728  -  543  hydrolase, NUDIX family protein  YP_001881120  unclonable  9.90885e-16  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E2731  misc_RNA  NC_010658  2034958  2035126  -  169  SraB RNA    unclonable  4.80375e-17  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E2837  tRNA  NC_010658  2581382  2581459  -  78  tRNA-Val    unclonable  1.88964e-17  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E2885  CDS  NC_010658  2683679  2685049  +  1371  exodeoxyribonuclease VII large subunit  YP_001881300  unclonable  0.0000000000000248025  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E3002  CDS  NC_010658  2800987  2801580  -  594  heat shock protein GrpE  YP_001881403  unclonable  7.86694e-16  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E3032  CDS  NC_010658  2829461  2829991  +  531  dinucleoside polyphosphate hydrolase  YP_001881429  unclonable  9.33004e-16  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E3062  CDS  NC_010658  2860555  2861472  +  918  DNA-binding transcriptional activator GcvA  YP_001881453  unclonable  0.00000000000000830878  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E3063  CDS  NC_010658  2861491  2861886  +  396  hypothetical protein  YP_001881454  unclonable  7.47901e-16  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E3089  CDS  NC_010658  2886486  2888720  +  2235  GDP/GTP pyrophosphokinase  YP_001881475  unclonable  0.0000000000014869  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E3099  CDS  NC_010658  2897169  2897840  +  672  hypothetical protein  YP_001881485  unclonable  0.00000000000000109551  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E3291  tRNA  NC_010658  2974357  2974451  +  95  tRNA-Ser    unclonable  1.24422e-16  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E3303  tRNA  NC_010658  2974453  2974531  +  79  tRNA-Arg    unclonable  1.00797e-16  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E3311  tRNA  NC_010658  2974727  2974805  +  79  tRNA-Arg    unclonable  1.02853e-16  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E3499  CDS  NC_010658  3251262  3251477  +  216  30S ribosomal protein S21  YP_001881827  unclonable  2.79306e-17  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E3545  CDS  NC_010658  3297390  3297818  +  429  50S ribosomal protein L13  YP_001881862  unclonable  1.43146e-16  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E3584  CDS  NC_010658  3335279  3335590  +  312  50S ribosomal protein L21  YP_001881899  unclonable  6.68689e-17  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E3590  CDS  NC_010658  3340502  3340795  -  294  RNA-binding protein YhbY  YP_001881905  unclonable  6.48683e-17  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E3591  CDS  NC_010658  3340921  3341550  +  630  23S rRNA methyltransferase J  YP_001881906  unclonable  4.71246e-16  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E3592  CDS  NC_010658  3341641  3343584  +  1944  ATP-dependent metalloprotease  YP_001881907  unclonable  0.00000000000114537  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E4322  tRNA  NC_010658  3845224  3845300  -  77  tRNA-Arg    unclonable  2.17442e-17  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E4337  CDS  NC_010658  4051386  4054172  +  2787  DNA polymerase I  YP_001882560  unclonable  0.0000000000947993  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E4468  CDS  NC_010658  4176022  4177206  +  1185  elongation factor Tu  YP_001882665  unclonable  0.00000000000000722056  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E4694  CDS  NC_010658  4387269  4387814  +  546  oligoribonuclease  YP_001882856  unclonable  4.76072e-16  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E4696  tRNA  NC_010658  4175831  4175908  +  78  tRNA-Thr    unclonable  1.54682e-17  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E4746  CDS  NC_010658  4430961  4431599  -  639  opacity-associated family protein  YP_001882900  unclonable  0.00000000000000152643  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E4910  CDS  NC_010658  4580122  4580469  +  348  hypothetical protein  YP_001883032  unclonable  1.47534e-16  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E4956  tRNA  NC_010658  4580507  4580595  -  89  tRNA-Leu    unclonable  3.62786e-17  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E4957  tRNA  NC_010658  4580629  4580715  -  87  tRNA-Leu    unclonable  3.4843e-17  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E4958  tRNA  NC_010658  4580743  4580831  -  89  tRNA-Leu    unclonable  3.4843e-17  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>