85 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag
Gene type
Replicon accession
From
To
Strand
Gene Length
Product
Protein accession
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Organism name
Kingdom
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
Cphamn1_0096  CDS  NC_010831  88279  89352  -  1074  peptide chain release factor 1  YP_001958560  unclonable  0.000000153667  normal  1  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_0097  CDS  NC_010831  89382  90743  -  1362  membrane-associated zinc metalloprotease  YP_001958561  unclonable  0.000000512767  normal  1  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_0119    NC_010831  110847  112156  +  1310      unclonable  0.000000814156  normal  0.0307809  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_0120  CDS  NC_010831  112153  112728  +  576  hypothetical protein  YP_001958581  unclonable  0.0000000409076  normal  0.0263054  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_0124  CDS  NC_010831  115935  116366  +  432  iojap-like protein  YP_001958585  unclonable  0.0000000225979  hitchhiker  0.00822144  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_0125  CDS  NC_010831  116456  118942  +  2487  DNA gyrase, A subunit  YP_001958586  unclonable  0.0000507659  decreased coverage  0.00116524  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_0214  CDS  NC_010831  208476  209330  +  855  hypothetical protein  YP_001958668  normal  0.343161  unclonable  0.0000096619  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_0215  CDS  NC_010831  209445  209741  +  297  putative excisionase  YP_001958669  normal  0.113601  unclonable  0.00000733316  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_0216  CDS  NC_010831  209745  209909  +  165  hypothetical protein  YP_001958670  normal  0.0537434  unclonable  0.00000697016  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_0217  CDS  NC_010831  209906  211366  +  1461  P4 family phage/plasmid primase  YP_001958671  normal  0.01089  unclonable  0.0000111311  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_0218    NC_010831  211422  212324  +  903      hitchhiker  0.000105682  unclonable  0.00000956207  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_0219  CDS  NC_010831  212696  212881  +  186  hypothetical protein  YP_001958672  unclonable  0.0000000074189  unclonable  0.00000733316  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_0220  CDS  NC_010831  212972  213472  +  501  phage terminase, small subunit, , P27 family  YP_001958673  unclonable  0.0000000228338  unclonable  0.00000741257  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_0221  CDS  NC_010831  213469  213573  +  105  hypothetical protein  YP_001958674  hitchhiker  0.000000113267  unclonable  0.00000609472  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_0222    NC_010831  213804  213932  +  129      hitchhiker  0.00000859973  unclonable  0.00000662005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_0223  CDS  NC_010831  214319  214504  +  186  hypothetical protein  YP_001958675  hitchhiker  0.0000113143  unclonable  0.0000071852  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_0224    NC_010831  214489  214787  +  299      hitchhiker  0.0000905547  unclonable  0.00000804851  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_0278  CDS  NC_010831  268720  270045  +  1326  outer membrane efflux protein  YP_001958728  unclonable  0.000000626538  normal  1  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_0309  CDS  NC_010831  306772  308085  +  1314  phosphopyruvate hydratase  YP_001958759  unclonable  0.00000038709  hitchhiker  0.000950319  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_0310  CDS  NC_010831  308249  308545  +  297  Septum formation initiator  YP_001958760  unclonable  0.00000000820228  decreased coverage  0.0000968931  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_0311  CDS  NC_010831  308651  310711  +  2061  1-hydroxy-2-methyl-2-(E)-butenyl 4-diphosphate synthase  YP_001958761  unclonable  0.00000765194  decreased coverage  0.000149444  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_0355  CDS  NC_010831  366156  368717  +  2562  ATPase AAA-2 domain protein  YP_001958803  unclonable  0.0000716084  normal  1  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_0402  CDS  NC_010831  426304  429039  +  2736  translation initiation factor IF-2  YP_001958848  unclonable  0.000176778  normal  0.341297  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_0431  CDS  NC_010831  456165  456761  +  597  protein of unknown function DUF151  YP_001958876  unclonable  0.0000000235563  normal  0.0443152  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_0432  CDS  NC_010831  456852  457547  -  696  porin, opacity type  YP_001958877  unclonable  0.0000000490319  normal  0.0458911  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_0433  CDS  NC_010831  457850  458539  -  690  hypothetical protein  YP_001958878  unclonable  0.0000000321544  normal  0.196957  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_0718  CDS  NC_010831  762443  763636  +  1194  hypothetical protein  YP_001959155  normal  1  unclonable  0.00000890529  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_0719  CDS  NC_010831  764007  764135  -  129  hypothetical protein  YP_001959156  normal  1  unclonable  0.0000059078  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_0720  CDS  NC_010831  764197  764466  +  270  transcriptional regulator, CopG family  YP_001959157  normal  1  unclonable  0.0000059078  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_0721  CDS  NC_010831  764447  764731  +  285  addiction module toxin, RelE/StbE family  YP_001959158  normal  1  unclonable  0.00000622259  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_0722  CDS  NC_010831  764750  766246  -  1497  transposase, IS5 family, putative  YP_001959159  normal  1  unclonable  0.0000096619  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_0723  CDS  NC_010831  766493  766840  -  348  transcriptional regulator, XRE family  YP_001959160  normal  1  unclonable  0.00000669172  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_0724  CDS  NC_010831  766837  767160  -  324  protein of unknown function DUF891  YP_001959161  normal  1  unclonable  0.00000648647  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_0725    NC_010831  767870  768052  +  183      normal  1  unclonable  0.00000615832  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_0726    NC_010831  768256  769809  +  1554      normal  1  unclonable  0.00000918358  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_0756  CDS  NC_010831  805638  806216  +  579  hypothetical protein  YP_001959189  unclonable  0.0000000355497  normal  0.285689  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_0848  CDS  NC_010831  914179  914769  +  591  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  YP_001959280  unclonable  0.0000000318221  normal  1  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_0991  CDS  NC_010831  1065208  1066644  +  1437  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  YP_001959415  unclonable  0.000000946283  decreased coverage  0.000107612  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_0992  CDS  NC_010831  1066740  1067282  +  543  hypothetical protein  YP_001959416  hitchhiker  0.00000454439  unclonable  0.00000572883  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_1061    NC_010831  1146343  1146492  -  150      normal  0.0197552  unclonable  0.00000584679  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_1062  CDS  NC_010831  1146548  1147645  +  1098  DNA binding domain protein, excisionase family  YP_001959483  hitchhiker  0.00013023  unclonable  0.00000741257  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_1063  CDS  NC_010831  1147626  1148399  -  774  Type II site-specific deoxyribonuclease  YP_001959484  unclonable  0.0000000438907  unclonable  0.00000628754  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_1064  CDS  NC_010831  1148703  1149284  -  582  pentapeptide repeat protein  YP_001959485  hitchhiker  0.00169254  unclonable  0.00000682952  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_1065    NC_010831  1149659  1151107  +  1449      normal  0.0493279  unclonable  0.0000090887  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_1258  CDS  NC_010831  1364863  1366269  -  1407  transposase IS4 family protein  YP_001959671  normal  1  unclonable  0.00000986472  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_1259  CDS  NC_010831  1367018  1367230  +  213  hypothetical protein  YP_001959672  normal  1  unclonable  0.00000635316  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_1260  CDS  NC_010831  1367211  1367507  +  297  hypothetical protein  YP_001959673  normal  0.848688  unclonable  0.00000662005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_1261  CDS  NC_010831  1368170  1368472  -  303  hypothetical protein  YP_001959674  normal  1  unclonable  0.00000635316  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_1262  CDS  NC_010831  1368469  1368747  -  279  hypothetical protein  YP_001959675  normal  1  unclonable  0.00000603176  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_1374  CDS  NC_010831  1488552  1489619  -  1068  ferredoxin  YP_001959784  unclonable  0.000000222813  normal  0.259595  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_1375  CDS  NC_010831  1489729  1489926  -  198  hypothetical protein  YP_001959785  unclonable  0.0000000104311  normal  0.226179  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_1385  CDS  NC_010831  1502793  1504046  +  1254  Radical SAM domain protein  YP_001959795  normal  0.0362532  unclonable  0.0000106904  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_1386    NC_010831  1504075  1504328  +  254      normal  0.099943  unclonable  0.00000821744  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_1387  CDS  NC_010831  1504369  1505850  -  1482  aminoacyl-histidine dipeptidase  YP_001959796  normal  0.0727929  unclonable  0.0000123065  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_1388  CDS  NC_010831  1506057  1506281  +  225  hypothetical protein  YP_001959797  hitchhiker  0.00223635  unclonable  0.00000804851  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_1389  CDS  NC_010831  1506285  1506467  -  183  hypothetical protein  YP_001959798  hitchhiker  0.00193319  unclonable  0.00000788306  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_1390  CDS  NC_010831  1506530  1506703  -  174  hypothetical protein  YP_001959799  hitchhiker  0.000210686  unclonable  0.00000796535  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_1391  CDS  NC_010831  1506753  1507010  -  258  transcriptional regulator, ArsR family  YP_001959800  hitchhiker  0.0000018666  unclonable  0.00000780162  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_1392  CDS  NC_010831  1507155  1507424  -  270  RNP-1 like RNA-binding protein  YP_001959801  hitchhiker  0.00000190115  unclonable  0.00000764419  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_1393  CDS  NC_010831  1507744  1509231  +  1488  hypothetical protein  YP_001959802  unclonable  0.00000104621  hitchhiker  0.000142618  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_1622  CDS  NC_010831  1749217  1750218  -  1002  Outer membrane protein (porin)-like protein  YP_001960023  unclonable  0.000000161608  normal  1  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_1709  CDS  NC_010831  1850552  1851355  -  804  tol-pal system protein YbgF  YP_001960108  unclonable  0.000000149068  decreased coverage  0.0000715536  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_1710  CDS  NC_010831  1851414  1851890  -  477  peptidoglycan-associated lipoprotein  YP_001960109  unclonable  0.0000000475645  decreased coverage  0.0000694892  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_1711  CDS  NC_010831  1852499  1853833  -  1335  WD40 domain protein beta Propeller  YP_001960110  unclonable  0.000000750977  decreased coverage  0.0000915698  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_1769  CDS  NC_010831  1914569  1915639  +  1071  hypothetical protein  YP_001960168  unclonable  0.00000024389  normal  0.478834  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_1835  CDS  NC_010831  1989990  1992242  -  2253  methyl-viologen-reducing hydrogenase delta subunit  YP_001960234  unclonable  0.0000152117  normal  0.0275614  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_1837  CDS  NC_010831  1993633  1995609  -  1977  adenylylsulfate reductase subunit alpha  YP_001960235  unclonable  0.00000390023  normal  0.0111603  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_1887  CDS  NC_010831  2048400  2051642  -  3243  isoleucyl-tRNA synthetase  YP_001960285  unclonable  0.0011361  decreased coverage  0.00457118  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_2000  CDS  NC_010831  2151684  2153459  -  1776  30S ribosomal protein S1  YP_001960392  unclonable  0.00000749746  normal  0.10797  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_2052  CDS  NC_010831  2214369  2215580  +  1212  hypothetical protein  YP_001960443  unclonable  0.000000379131  normal  0.0792841  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_2118  CDS  NC_010831  2294239  2294847  -  609  outer surface protein, putative  YP_001960508  unclonable  0.0000000793309  decreased coverage  0.0018778  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_2119  CDS  NC_010831  2295071  2295868  -  798  Patatin  YP_001960509  unclonable  0.000000166594  decreased coverage  0.00184806  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_2277  CDS  NC_010831  2457461  2458009  -  549  50S ribosomal protein L15  YP_001960662  unclonable  0.0000000152884  hitchhiker  0.00354072  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_2278  CDS  NC_010831  2458044  2458229  -  186  50S ribosomal protein L30  YP_001960663  unclonable  0.00000000449635  hitchhiker  0.00309208  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_2279  CDS  NC_010831  2458247  2458765  -  519  30S ribosomal protein S5  YP_001960664  unclonable  0.0000000167346  hitchhiker  0.00339787  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_2280  CDS  NC_010831  2458787  2459146  -  360  50S ribosomal protein L18  YP_001960665  unclonable  0.0000000151304  hitchhiker  0.00323172  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_2281  CDS  NC_010831  2459201  2459740  -  540  50S ribosomal protein L6  YP_001960666  unclonable  0.0000000308698  hitchhiker  0.00356938  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_2282  CDS  NC_010831  2459769  2460164  -  396  30S ribosomal protein S8  YP_001960667  unclonable  0.0000000228338  hitchhiker  0.00320437  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_2283  CDS  NC_010831  2460226  2460495  -  270  30S ribosomal protein S14  YP_001960668  unclonable  0.0000000126284  hitchhiker  0.00301418  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_2284  CDS  NC_010831  2460513  2461103  -  591  50S ribosomal protein L5  YP_001960669  unclonable  0.0000000542096  hitchhiker  0.00336631  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_2285  CDS  NC_010831  2461163  2461405  -  243  50S ribosomal protein L24  YP_001960670  unclonable  0.0000000123735  hitchhiker  0.00295844  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_2286  CDS  NC_010831  2461528  2461896  -  369  50S ribosomal protein L14  YP_001960671  unclonable  0.0000000233129  hitchhiker  0.00295844  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_2287  CDS  NC_010831  2461939  2462208  -  270  30S ribosomal protein S17  YP_001960672  unclonable  0.0000000132809  hitchhiker  0.00277508  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_2288  CDS  NC_010831  2462262  2462468  -  207  50S ribosomal protein L29  YP_001960673  unclonable  0.0000000110804  hitchhiker  0.00284339  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_R0053  tRNA  NC_010831  2461440  2461512  -  73  tRNA-Gly    unclonable  0.00000000638306  hitchhiker  0.00279768  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>