168 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Locus tag
Gene type
Replicon accession
From
To
Strand
Gene Length
Product
Protein accession
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Organism name
Kingdom
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
Sama_0010  CDS  NC_008700  9581  9835  -  255  hypothetical protein  YP_925892  unclonable  0.000000000352572  hitchhiker  0.000527838  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0011  CDS  NC_008700  9802  10158  -  357  ribonuclease P  YP_925893  unclonable  0.000000000676804  hitchhiker  0.000546181  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0012  CDS  NC_008700  10175  10312  -  138  50S ribosomal protein L34  YP_925894  unclonable  0.000000000202932  hitchhiker  0.000509962  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0013  CDS  NC_008700  10775  12148  +  1374  chromosomal replication initiation protein  YP_925895  unclonable  0.000000224276  hitchhiker  0.000759559  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0091  CDS  NC_008700  102313  102933  -  621  cytochrome c, class I  YP_925973  unclonable  0.00000000145105  normal  0.1806  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0100  CDS  NC_008700  113051  114313  +  1263  3-deoxy-D-manno-octulosonic-acid (KDO) transferase  YP_925982  normal  0.014553  unclonable  0.0000201805  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0101  CDS  NC_008700  114298  115050  -  753  3-deoxy-D-manno-octulosonic-acid kinase  YP_925983  normal  1  unclonable  0.0000139094  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0102  CDS  NC_008700  115093  116145  +  1053  glycosyl transferase family protein  YP_925984  normal  1  unclonable  0.0000136303  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0103  CDS  NC_008700  116150  117250  +  1101  hypothetical protein  YP_925985  normal  1  unclonable  0.0000146304  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0104  CDS  NC_008700  117247  118344  +  1098  glycosyl transferase, group 1 family protein  YP_925986  normal  1  unclonable  0.00001508  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0105  CDS  NC_008700  118400  119377  -  978  hypothetical protein  YP_925987  normal  1  unclonable  0.00001508  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0199  CDS  NC_008700  233618  234802  +  1185  elongation factor Tu  YP_926080  unclonable  0.0000000563397  hitchhiker  0.000127621  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0208  CDS  NC_008700  247158  247532  +  375  30S ribosomal protein S12  YP_926089  hitchhiker  0.000000137299  unclonable  0.00000763444  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0209  CDS  NC_008700  247612  248082  +  471  30S ribosomal protein S7  YP_926090  hitchhiker  0.000000277948  unclonable  0.00000838241  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0210  CDS  NC_008700  248164  250260  +  2097  elongation factor G  YP_926091  hitchhiker  0.0000406039  unclonable  0.0000140529  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0211  CDS  NC_008700  250344  251528  +  1185  elongation factor Tu  YP_926092  hitchhiker  0.00000453651  unclonable  0.00000937964  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0212  CDS  NC_008700  251892  252203  +  312  30S ribosomal protein S10  YP_926093  unclonable  0.000000000277123  unclonable  0.00000693674  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0213  CDS  NC_008700  252232  252870  +  639  50S ribosomal protein L3  YP_926094  hitchhiker  0.00000046877  unclonable  0.00000731174  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0214  CDS  NC_008700  252888  253493  +  606  50S ribosomal protein L4  YP_926095  hitchhiker  0.00000322212  unclonable  0.00000755245  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0215  CDS  NC_008700  253490  253792  +  303  50S ribosomal protein L23  YP_926096  hitchhiker  0.000000957762  unclonable  0.00000693674  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0216  CDS  NC_008700  253804  254628  +  825  50S ribosomal protein L2  YP_926097  hitchhiker  0.0000116204  unclonable  0.00000865154  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0217  CDS  NC_008700  254644  254922  +  279  30S ribosomal protein S19  YP_926098  hitchhiker  0.00000102796  unclonable  0.00000723515  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0218  CDS  NC_008700  254938  255270  +  333  50S ribosomal protein L22  YP_926099  hitchhiker  0.000000966371  unclonable  0.00000708625  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0219  CDS  NC_008700  255284  255976  +  693  30S ribosomal protein S3  YP_926100  unclonable  0.00000000284252  unclonable  0.00000795871  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0220  CDS  NC_008700  255988  256398  +  411  50S ribosomal protein L16  YP_926101  unclonable  0.000000000896692  unclonable  0.00000708625  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0221  CDS  NC_008700  256398  256589  +  192  50S ribosomal protein L29  YP_926102  unclonable  0.000000000322056  unclonable  0.0000065932  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0222  CDS  NC_008700  256589  256837  +  249  30S ribosomal subunit protein S17  YP_926103  unclonable  0.000000000618059  unclonable  0.00000693674  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0223  CDS  NC_008700  257010  257378  +  369  50S ribosomal protein L14  YP_926104  unclonable  0.00000000101155  unclonable  0.00000731174  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0224  CDS  NC_008700  257390  257704  +  315  50S ribosomal protein L24  YP_926105  unclonable  0.00000000086996  unclonable  0.00000723515  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0225  CDS  NC_008700  257717  258256  +  540  50S ribosomal protein L5  YP_926106  unclonable  0.0000000033393  unclonable  0.00000847343  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0226  CDS  NC_008700  258268  258573  +  306  30S ribosomal protein S14  YP_926107  unclonable  0.000000000624437  unclonable  0.00000739307  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0227  CDS  NC_008700  258598  258993  +  396  30S ribosomal protein S8  YP_926108  unclonable  0.00000000103227  unclonable  0.00000739307  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0228  CDS  NC_008700  259004  259537  +  534  50S ribosomal protein L6  YP_926109  hitchhiker  0.0000000431714  unclonable  0.00000804298  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0229  CDS  NC_008700  259547  259897  +  351  50S ribosomal protein L18  YP_926110  hitchhiker  0.0000000135008  unclonable  0.00000829235  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0230  CDS  NC_008700  259911  260417  +  507  30S ribosomal protein S5  YP_926111  hitchhiker  0.0000000259388  unclonable  0.00000856318  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0231  CDS  NC_008700  260424  260603  +  180  50S ribosomal protein L30  YP_926112  hitchhiker  0.00000000564159  unclonable  0.00000731174  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0232  CDS  NC_008700  260606  261040  +  435  50S ribosomal protein L15  YP_926113  unclonable  0.00000000110741  unclonable  0.00000829235  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0233  CDS  NC_008700  261048  262388  +  1341  preprotein translocase subunit SecY  YP_926114  unclonable  0.000000181445  unclonable  0.0000105897  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0234  CDS  NC_008700  262410  262523  +  114  50S ribosomal protein L36  YP_926115  unclonable  0.000000000243083  unclonable  0.00000771527  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0235  CDS  NC_008700  262638  262994  +  357  30S ribosomal protein S13  YP_926116  unclonable  0.000000000771174  unclonable  0.00000829235  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0236  CDS  NC_008700  263009  263401  +  393  30S ribosomal protein S11  YP_926117  hitchhiker  0.00000127993  unclonable  0.00000919144  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0237  CDS  NC_008700  263433  264053  +  621  30S ribosomal protein S4  YP_926118  hitchhiker  0.00000435795  unclonable  0.0000101717  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0238  CDS  NC_008700  264078  265067  +  990  DNA-directed RNA polymerase subunit alpha  YP_926119  hitchhiker  0.00110593  unclonable  0.0000111386  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0239  CDS  NC_008700  265107  265502  +  396  50S ribosomal protein L17  YP_926120  hitchhiker  0.00616795  unclonable  0.00000909756  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0240  CDS  NC_008700  265558  266529  -  972  hypothetical protein  YP_926121  normal  0.0655032  unclonable  0.00000986847  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0251  CDS  NC_008700  274865  275446  +  582  thioredoxin, putative  YP_926132  unclonable  0.00000000212412  normal  0.0823497  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0261  CDS  NC_008700  299560  301215  -  1656  AMP-dependent synthetase and ligase  YP_926142  unclonable  0.000000998406  normal  1  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0339  CDS  NC_008700  408539  409897  +  1359  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  YP_926220  unclonable  0.000000148311  normal  0.499418  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0358  CDS  NC_008700  429123  430307  +  1185  cell division protein FtsZ  YP_926239  unclonable  0.0000000326456  unclonable  0.00000763444  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0359  CDS  NC_008700  430462  431382  +  921  UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase  YP_926240  unclonable  0.0000000136144  unclonable  0.00000771527  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0360  CDS  NC_008700  431399  431851  -  453  hypothetical protein  YP_926241  hitchhiker  0.000000215067  unclonable  0.00000708625  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0361  CDS  NC_008700  431879  432778  +  900  peptidase M23B  YP_926242  hitchhiker  0.0000166445  unclonable  0.00000779697  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0362  CDS  NC_008700  432836  435562  +  2727  preprotein translocase subunit SecA  YP_926243  normal  0.0221508  unclonable  0.0000124471  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0363  CDS  NC_008700  441876  442271  -  396  mutator MutT protein  YP_926244  normal  1  unclonable  0.00000739307  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0364  CDS  NC_008700  442313  442528  -  216  hypothetical protein  YP_926245  normal  1  unclonable  0.00000693674  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0365  CDS  NC_008700  442590  443324  -  735  hypothetical protein  YP_926246  normal  1  unclonable  0.00000820765  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0366  CDS  NC_008700  443317  443934  -  618  dephospho-CoA kinase  YP_926247  normal  0.153347  unclonable  0.00000795871  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0367  CDS  NC_008700  443934  444848  -  915  prepilin peptidase  YP_926248  normal  0.0600095  unclonable  0.00000838241  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0368  CDS  NC_008700  444884  446143  -  1260  type IV pilus biogenesis protein PilC  YP_926249  normal  0.206315  unclonable  0.00000947643  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0369  CDS  NC_008700  446213  447919  -  1707  type IV pilus biogenesis protein PilB  YP_926250  normal  0.0217494  unclonable  0.0000124471  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0370  CDS  NC_008700  447973  448446  -  474  prepilin-type cleavage/methylation  YP_926251  hitchhiker  0.000000439379  unclonable  0.00000838241  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0467  CDS  NC_008700  573182  574231  +  1050  rod shape-determining protein MreB  YP_926347  unclonable  0.0000000395514  normal  0.671219  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0544  CDS  NC_008700  669483  670568  -  1086  outer membrane porin, putative  YP_926424  unclonable  0.0000000269892  normal  0.0120764  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0589  CDS  NC_008700  734874  736049  -  1176  phosphate-selective porin O and P  YP_926467  unclonable  0.0000000499281  unclonable  0.0000111386  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0590  CDS  NC_008700  736305  738518  -  2214  putative TonB-dependent receptor protein  YP_926468  unclonable  0.0000188689  decreased coverage  0.000190482  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0599  CDS  NC_008700  749259  750221  -  963  fructose-1,6-bisphosphatase  YP_926477  unclonable  0.0000000176806  normal  0.0298403  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0642  CDS  NC_008700  797333  798097  +  765  FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FkpA  YP_926520  unclonable  0.00000000641545  normal  0.697753  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0657  CDS  NC_008700  813803  814861  +  1059  phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase  YP_926535  unclonable  0.0000000195666  normal  1  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0658  CDS  NC_008700  814903  815079  -  177  hypothetical protein  YP_926536  unclonable  0.000000000148762  normal  1  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0778  CDS  NC_008700  960154  961428  -  1275  tRNA nucleotidyltransferase (CCA-adding enzyme)  YP_926655  unclonable  0.0000000683144  normal  1  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0833  CDS  NC_008700  1016164  1016427  -  264  major outer membrane lipoprotein, putative  YP_926710  unclonable  0.000000000224334  normal  1  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0861  CDS  NC_008700  1051168  1052244  -  1077  adenylate cyclase-related protein  YP_926738  unclonable  0.0000000465021  normal  0.0622951  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0862  CDS  NC_008700  1052366  1053040  -  675  DNA mismatch repair protein  YP_926739  unclonable  0.00000000278549  normal  0.0577392  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0863  CDS  NC_008700  1053718  1054254  +  537  dinucleoside polyphosphate hydrolase  YP_926740  unclonable  0.00000000145105  normal  0.0591325  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0920  CDS  NC_008700  1112941  1113237  +  297  transcriptional regulator HlyU  YP_926797  unclonable  0.000000000331953  normal  1  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0921  CDS  NC_008700  1113292  1113558  -  267  30S ribosomal protein S20  YP_926798  unclonable  0.000000000253205  normal  1  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0922  CDS  NC_008700  1113812  1115377  +  1566  integral membrane protein MviN  YP_926799  unclonable  0.000000322348  normal  1  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0954  CDS  NC_008700  1153139  1155091  +  1953  vesicle-fusing ATPase  YP_926831  unclonable  0.00000306538  normal  0.326508  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0971  CDS  NC_008700  1174043  1175302  +  1260  nucleoside transporter  YP_926848  unclonable  0.0000000546598  decreased coverage  0.000216747  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0972  CDS  NC_008700  1175591  1176400  +  810  hypothetical protein  YP_926849  unclonable  0.00000000604021  decreased coverage  0.000188692  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_1076  CDS  NC_008700  1303044  1304015  +  972  phosphate-binding protein  YP_926953  unclonable  0.0000000178631  normal  0.472096  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_1077  CDS  NC_008700  1304198  1305103  -  906  collagenase  YP_926954  unclonable  0.000000014464  normal  0.459952  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_1078  CDS  NC_008700  1305235  1307031  +  1797  M1 family peptidase  YP_926955  unclonable  0.00000177882  normal  0.812437  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_1079  CDS  NC_008700  1307198  1307464  +  267  hypothetical protein  YP_926956  unclonable  0.000000000245591  normal  0.673952  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_1080  CDS  NC_008700  1307678  1308172  -  495  glutathione peroxidase  YP_926957  unclonable  0.000000000852506  normal  0.679739  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_1149  CDS  NC_008700  1399831  1400856  +  1026  UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] glucosamine N-acyltransferase  YP_927026  unclonable  0.0000000218534  normal  1  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_1226  CDS  NC_008700  1508471  1510828  +  2358  endopeptidase La  YP_927103  unclonable  0.0000223975  normal  1  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_1251  CDS  NC_008700  1536292  1537500  +  1209  outer membrane porin, putative  YP_927128  unclonable  0.0000000429036  hitchhiker  0.000137517  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_1252  CDS  NC_008700  1537855  1540578  +  2724  TonB-dependent receptor  YP_927129  unclonable  0.000104446  unclonable  0.0000165135  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_1253  CDS  NC_008700  1540648  1542429  +  1782  hypothetical protein  YP_927130  normal  0.177752  unclonable  0.0000127054  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_1254  CDS  NC_008700  1542695  1543477  +  783  hypothetical protein  YP_927131  normal  0.0973125  unclonable  0.0000112566  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_1255  CDS  NC_008700  1543477  1544832  +  1356  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  YP_927132  normal  0.429171  unclonable  0.0000153929  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_1396  CDS  NC_008700  1688784  1691438  +  2655  glucan endo-1,3-beta-D-glucosidase  YP_927273  unclonable  0.0000905888  normal  0.0353451  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_1443  CDS  NC_008700  1753224  1754114  +  891  heat shock protein HtpX  YP_927320  unclonable  0.00000000816219  normal  1  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_1515  CDS  NC_008700  1843162  1844214  +  1053  cell division protein ZipA  YP_927392  unclonable  0.0000000403723  normal  1  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_1588  CDS  NC_008700  1933533  1935608  +  2076  hypothetical protein  YP_927465  unclonable  0.00000609017  normal  1  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_1594  CDS  NC_008700  1946862  1947395  +  534  hypothetical protein  YP_927471  unclonable  0.00000000237237  normal  1  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_1606  CDS  NC_008700  1962014  1963744  -  1731  ATP-dependent protease  YP_927483  unclonable  0.000000440956  normal  1  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_1666  CDS  NC_008700  2039062  2039340  +  279  cell wall hydrolase/autolysin  YP_927542  unclonable  0.000000000405771  normal  1  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_1667  CDS  NC_008700  2039343  2041145  +  1803  hypothetical protein  YP_927543  unclonable  0.00000108277  normal  1  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>