278 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Locus tag
Gene type
Replicon accession
From
To
Strand
Gene Length
Product
Protein accession
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Organism name
Kingdom
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
Shew_0001  CDS  NC_009092  111  1490  +  1380  chromosomal replication initiation protein  YP_001092133  decreased coverage  0.00000781636  unclonable  0.00000344978  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0002  CDS  NC_009092  1511  2611  +  1101  DNA polymerase III, beta subunit  YP_001092134  unclonable  0.000000158001  unclonable  0.00000341195  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0024  CDS  NC_009092  27605  27910  -  306  ArsR family transcriptional regulator  YP_001092156  unclonable  0.00000000555304  normal  1  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0140  CDS  NC_009092  149997  150455  -  459  RNP-1-like RNA-binding protein  YP_001092271  unclonable  0.0000000056681  normal  0.0664394  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0157  CDS  NC_009092  179226  179537  +  312  30S ribosomal protein S10  YP_001092288  unclonable  0.00000000255753  decreased coverage  0.0000448668  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0168  CDS  NC_009092  184343  184711  +  369  50S ribosomal protein L14  YP_001092299  unclonable  0.00000000280121  hitchhiker  0.000304102  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0178  CDS  NC_009092  188374  189714  +  1341  preprotein translocase subunit SecY  YP_001092309  unclonable  0.000000408952  hitchhiker  0.00214614  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0179  CDS  NC_009092  189736  189849  +  114  50S ribosomal protein L36  YP_001092310  unclonable  0.00000000187157  hitchhiker  0.00156032  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0180  CDS  NC_009092  189967  190323  +  357  30S ribosomal protein S13  YP_001092311  unclonable  0.00000000423158  hitchhiker  0.00154728  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0190  CDS  NC_009092  196133  196783  -  651  cytochrome c biogenesis protein CcmA  YP_001092321  unclonable  0.0000000146102  hitchhiker  0.00172001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0191  CDS  NC_009092  197116  197409  +  294  cytochrome c, class I  YP_001092322  unclonable  0.00000000235852  hitchhiker  0.00582407  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0192  CDS  NC_009092  197601  198851  -  1251  TPR repeat-containing protein  YP_001092323  unclonable  0.000000308025  hitchhiker  0.00684666  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0193  CDS  NC_009092  199263  201239  +  1977  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  YP_001092324  unclonable  0.0000108567  normal  0.0553743  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0213  CDS  NC_009092  228784  229299  +  516  shikimate kinase I  YP_001092344  unclonable  0.0000000106831  hitchhiker  0.00783685  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0260  CDS  NC_009092  279538  280386  +  849  hypothetical protein  YP_001092391  unclonable  0.0000000397247  normal  0.0163156  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0272  CDS  NC_009092  289060  289803  -  744  cupin 2 domain-containing protein  YP_001092403  normal  0.181215  unclonable  0.0000021691  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0341  CDS  NC_009092  387111  389840  +  2730  TonB-dependent receptor  YP_001092472  unclonable  0.000307773  normal  1  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0544  CDS  NC_009092  614493  615839  -  1347  outer membrane channel protein  YP_001092675  unclonable  0.000000576987  normal  0.601769  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0570  CDS  NC_009092  646171  646761  +  591  ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulfur subunit  YP_001092701  unclonable  0.00000000686632  normal  0.220294  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0585  CDS  NC_009092  662616  663251  -  636  cAMP-regulatory protein  YP_001092716  unclonable  0.000000009188  normal  0.481967  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0616  CDS  NC_009092  701190  701738  -  549  SH3 domain-containing protein  YP_001092747  unclonable  0.00000000839293  normal  1  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0668  CDS  NC_009092  760155  761870  +  1716  hypothetical protein  YP_001092799  normal  0.718809  unclonable  0.00000473139  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0669  CDS  NC_009092  761972  762502  -  531  redoxin domain-containing protein  YP_001092800  normal  0.671483  unclonable  0.00000272005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0670  CDS  NC_009092  762619  764085  -  1467  hypothetical protein  YP_001092801  normal  1  unclonable  0.00000436312  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0773  CDS  NC_009092  882949  883938  -  990  fructose-1,6-bisphosphatase  YP_001092904  unclonable  0.000000138522  normal  0.0106002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0840  CDS  NC_009092  963046  963813  +  768  peptidylprolyl isomerase, FKBP-type  YP_001092971  unclonable  0.0000000203846  normal  1  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0841  CDS  NC_009092  964006  964380  +  375  hypothetical protein  YP_001092972  unclonable  0.00000000555304  normal  1  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0852  CDS  NC_009092  975242  975418  -  177  hypothetical protein  YP_001092983  unclonable  0.00000000202898  normal  1  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0868  CDS  NC_009092  989310  990281  -  972  trans-hexaprenyltranstransferase  YP_001092999  unclonable  0.0000000612724  normal  1  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0869  CDS  NC_009092  990557  990868  +  312  50S ribosomal protein L21  YP_001093000  unclonable  0.00000000245664  normal  1  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0881  CDS  NC_009092  1000116  1001420  -  1305  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  YP_001093012  unclonable  0.000000301767  normal  0.688163  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0894  CDS  NC_009092  1015252  1015524  +  273  hypothetical protein  YP_001093024  unclonable  0.00000000427519  normal  0.844163  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0895  CDS  NC_009092  1015603  1016886  -  1284  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  YP_001093025  unclonable  0.000000439067  normal  0.678719  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0896  CDS  NC_009092  1016897  1017610  -  714  two component transcriptional regulator  YP_001093026  unclonable  0.0000000189871  normal  0.423328  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1007  CDS  NC_009092  1164241  1164507  -  267  major outer membrane lipoprotein, putative  YP_001093137  unclonable  0.00000000269001  normal  1  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1037  CDS  NC_009092  1199866  1200537  -  672  DNA mismatch repair protein  YP_001093167  unclonable  0.000000023466  normal  1  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1038  CDS  NC_009092  1201232  1201756  +  525  dinucleoside polyphosphate hydrolase  YP_001093168  unclonable  0.0000000156815  normal  1  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1052  CDS  NC_009092  1214071  1215861  +  1791  GTP-binding protein LepA  YP_001093182  unclonable  0.00000315171  normal  1  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1066  CDS  NC_009092  1227279  1227629  +  351  50S ribosomal protein L19  YP_001093196  unclonable  0.00000000285851  normal  1  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1092  CDS  NC_009092  1259341  1260819  +  1479  amino acid carrier protein  YP_001093222  unclonable  0.000000531923  normal  0.0424482  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1093  CDS  NC_009092  1260947  1261723  +  777  hypothetical protein  YP_001093223  unclonable  0.0000000355318  normal  0.0378607  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1094  CDS  NC_009092  1261904  1263310  -  1407  peptidase M28  YP_001093224  unclonable  0.00000099485  normal  0.0169877  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1095  CDS  NC_009092  1263446  1263742  +  297  ArsR family transcriptional regulator  YP_001093225  unclonable  0.00000000620503  normal  0.070685  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1096  CDS  NC_009092  1263964  1264230  -  267  30S ribosomal protein S20  YP_001093226  unclonable  0.00000000700681  normal  0.0325702  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1155  CDS  NC_009092  1327929  1328936  +  1008  threonine aldolase  YP_001093284  unclonable  0.0000000619042  decreased coverage  0.00631546  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1202  CDS  NC_009092  1395358  1397562  +  2205  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  YP_001093331  unclonable  0.0000141345  normal  1  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1243  CDS  NC_009092  1441813  1442898  -  1086  peptidyl-Lys metalloendopeptidase  YP_001093372  unclonable  0.0000000553843  normal  1  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1244  CDS  NC_009092  1443417  1443851  +  435  OsmC family protein  YP_001093373  unclonable  0.00000000339163  normal  1  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1398  CDS  NC_009092  1608453  1608980  +  528  NusG antitermination factor  YP_001093526  unclonable  0.0000000128095  normal  0.158725  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1447  CDS  NC_009092  1663993  1665258  -  1266  major facilitator transporter  YP_001093573  unclonable  0.000000362136  normal  1  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1448  CDS  NC_009092  1665367  1665594  -  228  hypothetical protein  YP_001093574  unclonable  0.00000000243158  normal  1  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1449  CDS  NC_009092  1667390  1668799  +  1410  glutamyl-tRNA synthetase  YP_001093575  unclonable  0.000000565413  normal  1  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1511  CDS  NC_009092  1734073  1734831  -  759  UMP phosphatase  YP_001093637  unclonable  0.0000000195754  normal  0.444742  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1516  CDS  NC_009092  1739339  1739944  +  606  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  YP_001093642  unclonable  0.0000000137453  normal  0.888378  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1528  CDS  NC_009092  1751441  1751983  +  543  OmpA domain-containing protein  YP_001093654  unclonable  0.0000000113524  normal  0.565826  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1529  CDS  NC_009092  1752003  1752725  +  723  TPR repeat-containing protein  YP_001093655  unclonable  0.0000000257088  normal  0.395847  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1598  CDS  NC_009092  1831732  1832256  +  525  hypothetical protein  YP_001093724  unclonable  0.0000000126789  hitchhiker  0.000998263  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1599  CDS  NC_009092  1832274  1832444  +  171  50S ribosomal protein L32  YP_001093725  unclonable  0.00000000342659  hitchhiker  0.00352794  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1600  CDS  NC_009092  1832459  1833487  +  1029  putative glycerol-3-phosphate acyltransferase PlsX  YP_001093726  unclonable  0.00000017306  hitchhiker  0.00113836  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1601  CDS  NC_009092  1833497  1834456  +  960  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase III  YP_001093727  unclonable  0.000000117796  hitchhiker  0.000966367  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1602  CDS  NC_009092  1834503  1835429  +  927  malonyl CoA-acyl carrier protein transacylase  YP_001093728  unclonable  0.0000000963184  hitchhiker  0.000801485  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1603  CDS  NC_009092  1835440  1836186  +  747  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  YP_001093729  unclonable  0.0000000401343  decreased coverage  0.000161546  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1604  CDS  NC_009092  1836347  1836580  +  234  acyl carrier protein  YP_001093730  unclonable  0.0000000038664  decreased coverage  0.000139314  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1628  CDS  NC_009092  1861653  1861922  +  270  acylphosphatase  YP_001093754  unclonable  0.0000000020913  normal  0.189828  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1629  CDS  NC_009092  1861962  1862900  -  939  hypothetical protein  YP_001093755  unclonable  0.000000041783  normal  0.218366  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1630  CDS  NC_009092  1862893  1866375  -  3483  transcription-repair coupling factor  YP_001093756  unclonable  0.00676636  normal  0.517783  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1661  CDS  NC_009092  1911025  1911456  -  432  ferric uptake regulator  YP_001093787  unclonable  0.00000000966153  normal  0.373988  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1676  CDS  NC_009092  1926354  1927949  +  1596  ABC transporter-related protein  YP_001093802  normal  0.762171  unclonable  0.00000352126  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1677  CDS  NC_009092  1928104  1929465  -  1362  leucyl aminopeptidase  YP_001093803  normal  1  unclonable  0.00000301378  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1678  CDS  NC_009092  1929538  1929966  -  429  hypothetical protein  YP_001093804  normal  1  unclonable  0.00000212508  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1679  CDS  NC_009092  1930027  1930584  -  558  TetR family transcriptional regulator  YP_001093805  normal  1  unclonable  0.00000226335  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1680  CDS  NC_009092  1930713  1931183  +  471  HPP family protein+B94  YP_001093806  normal  1  unclonable  0.00000210288  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1681  CDS  NC_009092  1931402  1932892  +  1491  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  YP_001093807  normal  0.650455  unclonable  0.00000301378  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1682  CDS  NC_009092  1932935  1933699  -  765  ribonuclease H  YP_001093808  normal  0.240069  unclonable  0.00000212508  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1683  CDS  NC_009092  1933730  1934305  -  576  hypothetical protein  YP_001093809  normal  0.0614487  unclonable  0.00000199628  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1684  CDS  NC_009092  1934337  1934933  -  597  lysine exporter protein LysE/YggA  YP_001093810  hitchhiker  0.00116285  unclonable  0.0000017661  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1685  CDS  NC_009092  1935281  1938187  +  2907  collagenase  YP_001093811  unclonable  0.000629981  unclonable  0.00000468189  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1723  CDS  NC_009092  1977199  1978062  +  864  heat shock protein HtpX  YP_001093849  unclonable  0.0000000457651  normal  1  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1805  CDS  NC_009092  2067704  2069752  +  2049  hypothetical protein  YP_001093930  unclonable  0.0000127719  normal  1  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1816  CDS  NC_009092  2089384  2089560  +  177  ribosome modulation factor  YP_001093941  unclonable  0.00000000088163  normal  1  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1834  CDS  NC_009092  2111512  2112096  -  585  superoxide dismutase  YP_001093959  unclonable  0.0000000110112  normal  0.958041  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1854  CDS  NC_009092  2133350  2134720  +  1371  hypothetical protein  YP_001093979  unclonable  0.00000041317  unclonable  0.00000314319  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1855  CDS  NC_009092  2134825  2135091  -  267  hypothetical protein  YP_001093980  hitchhiker  0.00000389519  unclonable  0.00000199628  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1856  CDS  NC_009092  2135122  2135859  -  738  3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase  YP_001093981  hitchhiker  0.0000400119  unclonable  0.00000223856  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1857  CDS  NC_009092  2135944  2137014  -  1071  iron-containing alcohol dehydrogenase  YP_001093982  hitchhiker  0.0000304818  unclonable  0.00000258476  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1858  CDS  NC_009092  2137104  2138291  -  1188  DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase  YP_001093983  hitchhiker  0.0010747  unclonable  0.00000210288  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1859  CDS  NC_009092  2138546  2139157  -  612  carbonate dehydratase  YP_001093984  normal  0.0117896  unclonable  0.00000151742  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1872  CDS  NC_009092  2150354  2152438  -  2085  elongation factor G  YP_001093997  unclonable  0.00000621272  hitchhiker  0.00111051  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1873  CDS  NC_009092  2152982  2155483  -  2502  glucan 1,4-alpha-glucosidase  YP_001093998  unclonable  0.000067547  normal  0.14602  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1910  CDS  NC_009092  2206437  2209055  -  2619  bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase  YP_001094035  normal  0.358145  unclonable  0.00000423199  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1911  CDS  NC_009092  2209370  2210011  +  642  hypothetical protein  YP_001094036  normal  0.0139262  unclonable  0.00000197593  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1912  CDS  NC_009092  2210118  2211443  -  1326  deoxyguanosinetriphosphate triphosphohydrolase-like protein  YP_001094037  hitchhiker  0.00809428  unclonable  0.00000248153  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1913  CDS  NC_009092  2211472  2212059  -  588  hypothetical protein  YP_001094038  normal  0.0121835  unclonable  0.00000201736  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1914  CDS  NC_009092  2212362  2213576  -  1215  aminotransferase AlaT  YP_001094039  hitchhiker  0.0000233272  unclonable  0.00000266484  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1915  CDS  NC_009092  2213855  2214415  -  561  elongation factor P  YP_001094040  hitchhiker  0.00000120633  unclonable  0.00000167912  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1916  CDS  NC_009092  2214463  2215632  -  1170  hypothetical protein  YP_001094041  hitchhiker  0.00000231696  unclonable  0.0000021691  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1917  CDS  NC_009092  2215844  2216371  -  528  flavodoxin FldA  YP_001094042  unclonable  0.00000000679628  unclonable  0.00000189702  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1918  CDS  NC_009092  2216422  2216694  -  273  LexA regulated protein  YP_001094043  hitchhiker  0.0000000393466  unclonable  0.00000185851  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1919  CDS  NC_009092  2216706  2216927  -  222  hypothetical protein  YP_001094044  hitchhiker  0.00000279845  unclonable  0.00000180223  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1920  CDS  NC_009092  2217009  2217776  -  768  alpha/beta hydrolase fold  YP_001094045  hitchhiker  0.00389314  unclonable  0.00000223856  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>