109 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Locus tag
Gene type
Replicon accession
From
To
Strand
Gene Length
Product
Protein accession
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Organism name
Kingdom
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
STER_0127  CDS  NC_008532  104406  104852  +  447  50S ribosomal protein L13  YP_819672  unclonable  0.0000000749109  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0191  CDS  NC_008532  157096  158379  +  1284  trigger factor  YP_819709  unclonable  0.000200487  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0192  CDS  NC_008532  158537  159112  +  576  DNA-directed RNA polymerase subunit delta  YP_819710  unclonable  0.000000182723  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0214  CDS  NC_008532  179042  180592  -  1551  ABC-type amino acid transport system, permease and periplasmic component  YP_819731  unclonable  0.002492  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0234  CDS  NC_008532  198618  199325  +  708  ABC-type Mn/Zn transport system, ATPase component  YP_819747  unclonable  0.000000539035  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0235  CDS  NC_008532  199318  200130  +  813  ABC-type Mn2+/Zn2+ transport system, permease component  YP_819748  unclonable  0.00000286144  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0236  CDS  NC_008532  200292  201230  +  939  AEC family permease  YP_819749  unclonable  0.0000077424  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0241  CDS  NC_008532  204591  205940  +  1350  glucose-6-phosphate isomerase  YP_819753  unclonable  0.000576365  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0242  CDS  NC_008532  206128  206844  +  717  hypothetical protein  YP_819754  unclonable  0.000000674117  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0292  CDS  NC_008532  253725  254642  -  918  OxaA-like protein precursor  YP_819797  unclonable  0.00000376025  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0293  CDS  NC_008532  254729  255007  -  279  acylphosphatase  YP_819798  unclonable  0.00000000572453  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0299  CDS  NC_008532  258475  259728  +  1254  diaminopimelate decarboxylase  YP_819804  unclonable  0.000126182  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0313  CDS  NC_008532  269788  270297  +  510  rRNA methyltransferase, TrmH family  YP_819818  unclonable  0.000000102446  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0322  CDS  NC_008532  277396  277911  +  516  Urea transporter  YP_819822  unclonable  0.000000124071  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0344  CDS  NC_008532  298444  299652  +  1209  serine/threonine transporter SstT  YP_819843  unclonable  0.000116285  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0354  CDS  NC_008532  310055  310744  +  690  DNA-binding response regulator  YP_819853  unclonable  0.00000041064  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0372  CDS  NC_008532  324814  325806  -  993  mannose PTS system component IIAB  YP_819869  unclonable  0.0000136714  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0387  CDS  NC_008532  339864  341309  -  1446  UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamate--L- lysine ligase  YP_819883  unclonable  0.00219663  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0398  CDS  NC_008532  349255  350430  +  1176  ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  YP_819893  unclonable  0.0000849541  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0444  CDS  NC_008532  388843  389589  +  747  transcriptional repressor  YP_819926  unclonable  0.00000146734  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0464  CDS  NC_008532  410469  410972  -  504  hypothetical protein  YP_819943  unclonable  0.000000105619  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0465  CDS  NC_008532  411049  411801  -  753  MutT/nudix family protein  YP_819944  unclonable  0.00000231456  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0467  CDS  NC_008532  413316  414668  +  1353  glutamate dehydrogenase  YP_819946  unclonable  0.000753679  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0499  CDS  NC_008532  446705  447886  +  1182  transaminase  YP_819973  unclonable  0.0000751793  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0500  CDS  NC_008532  448015  449037  +  1023  N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase  YP_819974  unclonable  0.0000118597  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0520  CDS  NC_008532  466814  467692  +  879  F0F1 ATP synthase subunit gamma  YP_819994  unclonable  0.00000407991  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0531  CDS  NC_008532  477478  478713  +  1236  ammonia permease  YP_820005  unclonable  0.000144186  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0542  CDS  NC_008532  488505  489896  +  1392  gamma-aminobutyrate permease or related permease  YP_820014  unclonable  0.000937541  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0580  CDS  NC_008532  527605  528648  -  1044  S-adenosylmethionine:tRNA ribosyltransferase-isomerase  YP_820046  unclonable  0.0000356523  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0588  CDS  NC_008532  534956  535939  +  984  hypothetical protein  YP_820053  unclonable  0.00000631193  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0589  CDS  NC_008532  536118  536222  +  105  hypothetical protein  YP_820054  unclonable  0.00000000128823  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0590  CDS  NC_008532  536327  536821  +  495  hypothetical protein  YP_820055  unclonable  0.0000000780468  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0591  CDS  NC_008532  536900  537670  +  771  phosphorylase, Pnp/Udp family, putative  YP_820056  unclonable  0.00000246027  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0592  CDS  NC_008532  537761  538444  +  684  hypothetical protein  YP_820057  unclonable  0.00000251129  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0676  CDS  NC_008532  612771  614177  +  1407  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  YP_820131  unclonable  0.00095762  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0701  CDS  NC_008532  637762  638310  -  549  macrophage infectivity potentiator-related protein, putative  YP_820155  unclonable  0.0000000764627  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0708  CDS  NC_008532  642368  642979  +  612  hypothetical protein  YP_820160  unclonable  0.000000602959  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0726  CDS  NC_008532  661282  661821  -  540  biotin synthase  YP_820178  unclonable  0.00000014315  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0727  CDS  NC_008532  661916  662200  -  285  hypothetical protein  YP_820179  unclonable  0.00000000864307  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0734  CDS  NC_008532  668657  669934  +  1278  hypothetical protein  YP_820186  unclonable  0.000182503  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0768  CDS  NC_008532  700585  701022  +  438  iron ABC transporter  YP_820215  unclonable  0.0000000612083  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0769  CDS  NC_008532  701133  701339  +  207  hypothetical protein  YP_820216  unclonable  0.00000000608155  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0770  CDS  NC_008532  701332  702300  +  969  glucose kinase  YP_820217  unclonable  0.0000145403  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0786  CDS  NC_008532  718808  720070  +  1263  manganese transporter NRAMP  YP_820232  unclonable  0.000167899  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0822  CDS  NC_008532  752708  753064  -  357  phage related protein  YP_820264  unclonable  0.0000000219608  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0869  CDS  NC_008532  801379  802032  +  654  PP-loop superfamily ATPase  YP_820302  unclonable  0.000000338884  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0891  CDS  NC_008532  823822  824709  +  888  putative glucose uptake permease  YP_820320  unclonable  0.00000919677  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0895  CDS  NC_008532  827191  828735  +  1545  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  YP_820321  unclonable  0.00479451  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0898  CDS  NC_008532  829864  830871  -  1008  hypothetical protein  YP_820324  unclonable  0.0000268128  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0904  CDS  NC_008532  835778  836107  +  330  PhnA-like protein  YP_820328  unclonable  0.00000000773889  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0912  CDS  NC_008532  842490  844052  -  1563  GMP synthase  YP_820333  unclonable  0.00396953  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0915  CDS  NC_008532  845349  846911  +  1563  signal recognition particle  YP_820336  unclonable  0.00279212  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0916  CDS  NC_008532  847013  847540  +  528  hypothetical protein  YP_820337  unclonable  0.000000135961  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0917  CDS  NC_008532  847564  848079  +  516  small molecule binding protein  YP_820338  unclonable  0.000000158366  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0940  CDS  NC_008532  870419  872095  +  1677  acetolactate synthase  YP_820359  unclonable  0.00979223  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0971  CDS  NC_008532  896640  896969  +  330  hypothetical protein  YP_820384  unclonable  0.0000000196536  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0984  CDS  NC_008532  906574  908025  -  1452  dipeptide/tripeptide permease  YP_820396  unclonable  0.00152732  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0993  CDS  NC_008532  913452  914795  -  1344  Na+/alanine symporter  YP_820401  unclonable  0.000614522  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0995  CDS  NC_008532  917711  919024  +  1314  O-acetylhomoserine sulfhydrylase  YP_820403  unclonable  0.000385718  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_1017  CDS  NC_008532  940910  942391  -  1482  4-alpha-glucanotransferase  YP_820423  unclonable  0.00219663  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_1024  CDS  NC_008532  947511  948389  -  879  hypothetical protein  YP_820429  unclonable  0.000003997  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_1041  CDS  NC_008532  966458  967111  -  654  uracil-DNA glycosylase  YP_820442  unclonable  0.000000282189  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_1089  CDS  NC_008532  1008184  1008714  -  531  translation initiation factor IF-3  YP_820479  unclonable  0.000000188384  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_1098    NC_008532  1014339  1015516  -  1178      unclonable  0.0000815318  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_1106  CDS  NC_008532  1021111  1021857  -  747  nitro/flavin reductase  YP_820495  unclonable  0.00000115125  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_1131  CDS  NC_008532  1042861  1044264  -  1404  glycosyltransferase  YP_820520  unclonable  0.00129132  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_1144  CDS  NC_008532  1056546  1056893  -  348  50S ribosomal protein L19  YP_820532  unclonable  0.0000000366814  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_1145  CDS  NC_008532  1057021  1058247  -  1227  chloride channel protein EriC  YP_820533  unclonable  0.000190492  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_1148  CDS  NC_008532  1060190  1060633  -  444  flavodoxin  YP_820536  unclonable  0.000000105619  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_1149  CDS  NC_008532  1060718  1061089  -  372  hypothetical protein  YP_820537  unclonable  0.0000000355616  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_1150  CDS  NC_008532  1061101  1061820  -  720  proteinase  YP_820538  unclonable  0.00000104115  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_1151  CDS  NC_008532  1061940  1062722  -  783  esterase  YP_820539  unclonable  0.0000030129  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_1154  CDS  NC_008532  1065445  1066314  -  870  ribose/xylose/arabinose/galactoside ABC-type transporter permease  YP_820542  unclonable  0.0000049546  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_1155  CDS  NC_008532  1066324  1067325  -  1002  ABC transporter substrate-binding protein  YP_820543  unclonable  0.0000138162  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_1171  CDS  NC_008532  1081831  1083393  -  1563  2-isopropylmalate synthase  YP_820558  unclonable  0.0051552  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_1215  CDS  NC_008532  1120208  1120951  -  744  acyl-ACP thioesterase, putative  YP_820600  unclonable  0.00000117573  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_1262  CDS  NC_008532  1170327  1170836  -  510  hypothetical protein  YP_820642  unclonable  0.0000000829567  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_1263  CDS  NC_008532  1170974  1171504  -  531  hypothetical protein  YP_820643  unclonable  0.000000158366  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_1291  CDS  NC_008532  1199423  1200517  -  1095  sensor histidine kinase  YP_820667  unclonable  0.0000227861  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_1305  CDS  NC_008532  1210845  1211510  -  666  hypothetical protein  YP_820680  unclonable  0.000000716173  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_1324  CDS  NC_008532  1231832  1232464  -  633  NAD(P)H nitroreductase, putative  YP_820696  unclonable  0.000000367676  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_1326  CDS  NC_008532  1233308  1234150  -  843  oxidoreductase, aldo/keto reductase family  YP_820698  unclonable  0.00000298135  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_1448  CDS  NC_008532  1355769  1356878  -  1110  RNA polymerase sigma factor RpoD  YP_820806  unclonable  0.0000454729  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_1466  CDS  NC_008532  1372923  1373654  -  732  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  YP_820822  unclonable  0.000000808741  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_1504  CDS  NC_008532  1408319  1409581  -  1263  folylpolyglutamate synthase / dihydrofolate synthase  YP_820853  unclonable  0.000264137  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_1506  CDS  NC_008532  1409996  1410268  -  273  30S ribosomal protein S16  YP_820855  unclonable  0.0000000148464  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_1519  CDS  NC_008532  1422447  1423709  -  1263  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  YP_820868  unclonable  0.000238182  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_1564  CDS  NC_008532  1466697  1467233  -  537  hypothetical protein  YP_820911  unclonable  0.0000000926495  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_1587  CDS  NC_008532  1486549  1487463  -  915  DMT family permease  YP_820933  unclonable  0.00000814807  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_1616  CDS  NC_008532  1512364  1512588  -  225  hypothetical protein  YP_820959  unclonable  0.00000000659135  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_1619  CDS  NC_008532  1514680  1515510  -  831  amino acid ABC transporter periplasmic protein  YP_820962  unclonable  0.00000231456  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_1694  CDS  NC_008532  1583876  1585465  +  1590  ABC-type multidrug transport system, ATPase and permease component  YP_821033  unclonable  0.0047408  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_1716  CDS  NC_008532  1606338  1606793  -  456  late competence protein required for DNA binding and uptake  YP_821055  unclonable  0.0000000612083  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_1776  CDS  NC_008532  1660099  1660413  -  315  thioredoxin  YP_821109  unclonable  0.0000000224157  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_1790  CDS  NC_008532  1673060  1673395  -  336  ribonuclease P  YP_821118  unclonable  0.0000000276815  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_1814  CDS  NC_008532  1694510  1695208  -  699  2,3,4,5-tetrahydropyridine-2-carboxylate N-succinyltransferase  YP_821138  unclonable  0.000000825508  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_1829  CDS  NC_008532  1704428  1705090  -  663  metal-dependent membrane protease  YP_821152  unclonable  0.000000168416  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_1834  CDS  NC_008532  1706819  1708012  -  1194  acetate kinase  YP_821156  unclonable  0.0000432075  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_1835  CDS  NC_008532  1708068  1709024  -  957  hypothetical protein  YP_821157  unclonable  0.0000176209  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_1855  CDS  NC_008532  1733251  1733616  -  366  alkaline-shock protein  YP_821176  unclonable  0.0000000204659  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>