105 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Locus tag
Gene type
Replicon accession
From
To
Strand
Gene Length
Product
Protein accession
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Organism name
Kingdom
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
Sputcn32_0001  CDS  NC_009438  147  1532  +  1386  chromosomal replication initiation protein  YP_001181536  unclonable  0.0000000051  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_0051  CDS  NC_009438  59840  61030  +  1191  putative plasmid transfer protein  YP_001181586  unclonable  0.00000000649628  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_0292  CDS  NC_009438  308360  309217  +  858  RNA polymerase factor sigma-32  YP_001181824  unclonable  0.00000000107182  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_0401  CDS  NC_009438  433725  435896  -  2172  TonB-dependent receptor  YP_001181932  unclonable  0.000000584805  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_0490  CDS  NC_009438  528363  529598  +  1236  cell division protein FtsA  YP_001182021  unclonable  0.00000000456423  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_0491  CDS  NC_009438  529632  530819  +  1188  cell division protein FtsZ  YP_001182022  unclonable  0.00000000254603  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_0574  CDS  NC_009438  624214  625263  +  1050  rod shape-determining protein MreB  YP_001182105  unclonable  0.00000000161982  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_0682  CDS  NC_009438  767861  768235  +  375  hypothetical protein  YP_001182211  unclonable  0.000000000132631  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_0683  CDS  NC_009438  768324  768953  -  630  two component LuxR family transcriptional regulator  YP_001182212  unclonable  0.000000000388278  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_0781  CDS  NC_009438  870454  871515  +  1062  porin  YP_001182310  unclonable  0.0000000021464  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_0800  CDS  NC_009438  891145  892395  +  1251  glutamyl-tRNA reductase  YP_001182329  unclonable  0.0000000139394  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_1008  CDS  NC_009438  1123080  1123388  +  309  hypothetical protein  YP_001182536  unclonable  0.0000000000657187  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_1140  CDS  NC_009438  1282988  1284055  -  1068  putative adenylate/guanylate cyclase  YP_001182667  unclonable  0.00000000308183  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_1141  CDS  NC_009438  1284178  1284849  -  672  DNA mismatch repair protein  YP_001182668  unclonable  0.000000000591813  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_1142  CDS  NC_009438  1285537  1286061  +  525  dinucleoside polyphosphate hydrolase  YP_001182669  unclonable  0.000000000333704  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_1296  CDS  NC_009438  1461022  1461711  +  690  two component transcriptional regulator  YP_001182823  unclonable  0.000000000460678  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_1297  CDS  NC_009438  1461791  1463089  +  1299  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  YP_001182824  unclonable  0.000000005048  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_1489  CDS  NC_009438  1698687  1699991  +  1305  trigger factor  YP_001183013  unclonable  0.0000000061134  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_1490  CDS  NC_009438  1700081  1700689  +  609  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  YP_001183014  unclonable  0.000000000429428  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_1515  CDS  NC_009438  1729902  1731110  +  1209  porin  YP_001183039  unclonable  0.00000000337456  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_1516  CDS  NC_009438  1731880  1734681  +  2802  TonB-dependent receptor  YP_001183040  unclonable  0.0000131421  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_1577  CDS  NC_009438  1796957  1797481  +  525  hypothetical protein  YP_001183101  unclonable  0.000000000216707  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_1578  CDS  NC_009438  1797499  1797669  +  171  50S ribosomal protein L32  YP_001183102  unclonable  0.0000000000427195  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_1579  CDS  NC_009438  1797685  1798713  +  1029  putative glycerol-3-phosphate acyltransferase PlsX  YP_001183103  unclonable  0.00000000278649  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_1580  CDS  NC_009438  1798723  1799682  +  960  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase III  YP_001183104  unclonable  0.0000000016033  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_1581  CDS  NC_009438  1799770  1800696  +  927  malonyl CoA-acyl carrier protein transacylase  YP_001183105  unclonable  0.000000000959703  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_1582  CDS  NC_009438  1800706  1801452  +  747  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  YP_001183106  unclonable  0.0000000004002  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_1583  CDS  NC_009438  1801617  1801850  +  234  acyl carrier protein  YP_001183107  unclonable  0.0000000000266609  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_1598  CDS  NC_009438  1820531  1821850  -  1320  Na+/H+ antiporter NhaC  YP_001183122  unclonable  0.0000000151079  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_1599  CDS  NC_009438  1822237  1822842  +  606  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  YP_001183123  unclonable  0.000000000361763  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_1600  CDS  NC_009438  1822925  1823599  -  675  ribonuclease T  YP_001183124  unclonable  0.000000000738709  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_1601  CDS  NC_009438  1823742  1824611  +  870  OmpA/MotB domain-containing protein  YP_001183125  unclonable  0.0000000019607  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_1607  CDS  NC_009438  1830037  1831365  +  1329  translocation protein TolB  YP_001183131  unclonable  0.0000000108344  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_1608  CDS  NC_009438  1831412  1831948  +  537  OmpA domain-containing protein  YP_001183132  unclonable  0.000000000267608  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_1609  CDS  NC_009438  1831973  1832722  +  750  tetratricopeptide domain-containing protein  YP_001183133  unclonable  0.000000000616267  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_1610  CDS  NC_009438  1833636  1834391  -  756  hypothetical protein  YP_001183134  unclonable  0.000000000546178  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_1683  CDS  NC_009438  1920578  1921294  +  717  fatty acid metabolism regulator  YP_001183207  unclonable  0.000000000333704  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_1687  CDS  NC_009438  1926439  1927023  -  585  superoxide dismutase  YP_001183211  unclonable  0.000000000404322  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_1775  CDS  NC_009438  2020914  2022458  -  1545  MltD domain-containing protein  YP_001183299  unclonable  0.0000000157284  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_1829  CDS  NC_009438  2090071  2092458  +  2388  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  YP_001183351  unclonable  0.00000186413  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_1876  CDS  NC_009438  2147266  2148444  -  1179  hypothetical protein  YP_001183398  unclonable  0.00000000489639  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_1877  CDS  NC_009438  2148554  2149081  -  528  flavodoxin FldA  YP_001183399  unclonable  0.000000000140867  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_2001  CDS  NC_009438  2287659  2288318  +  660  hypothetical protein  YP_001183521  unclonable  0.000000000304908  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_2011  CDS  NC_009438  2293713  2296403  -  2691  cell divisionFtsK/SpoIIIE  YP_001183531  unclonable  0.0000146975  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_2039  CDS  NC_009438  2324315  2325475  -  1161  tetratricopeptide repeat protein  YP_001183559  unclonable  0.0000000051  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_2040  CDS  NC_009438  2325477  2325752  -  276  hypothetical protein  YP_001183560  unclonable  0.0000000000897334  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_2041  CDS  NC_009438  2325875  2326162  -  288  integration host factor subunit beta  YP_001183561  unclonable  0.0000000000705182  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_2042  CDS  NC_009438  2326238  2327905  -  1668  30S ribosomal protein S1  YP_001183562  unclonable  0.0000000389287  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_2043  CDS  NC_009438  2328009  2328701  -  693  cytidylate kinase  YP_001183563  unclonable  0.000000000246913  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_2047  CDS  NC_009438  2332911  2336249  -  3339  glycoside hydrolase family protein  YP_001183567  unclonable  0.000114958  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_2063  CDS  NC_009438  2358050  2358985  +  936  glycoside hydrolase family protein  YP_001183583  unclonable  0.00000000284349  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_2064  CDS  NC_009438  2359059  2359775  -  717  GntR domain-containing protein  YP_001183584  unclonable  0.00000000113894  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_2143  CDS  NC_009438  2460085  2460990  -  906  alpha-L-glutamate ligase  YP_001183663  unclonable  0.00000000119851  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_2292  CDS  NC_009438  2641136  2642002  +  867  LysR family transcriptional regulator  YP_001183812  unclonable  0.00000000123532  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_2293  CDS  NC_009438  2642563  2643054  +  492  hypothetical protein  YP_001183813  unclonable  0.000000000227874  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_2365  CDS  NC_009438  2731621  2732649  -  1029  cell division protein ZipA  YP_001183885  unclonable  0.00000000198089  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_2394  CDS  NC_009438  2773488  2774504  -  1017  putative periplasmic protease  YP_001183914  unclonable  0.00000000216852  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_2445  CDS  NC_009438  2833636  2834871  -  1236  beta-ketoacyl synthase  YP_001183965  unclonable  0.00000000400584  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_2446  CDS  NC_009438  2834986  2837028  +  2043  FAD dependent oxidoreductase  YP_001183966  unclonable  0.000000288925  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_2474  CDS  NC_009438  2870951  2874178  +  3228  acriflavin resistance protein  YP_001183994  unclonable  0.0000679191  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_2499  CDS  NC_009438  2901539  2902948  -  1410  glutamyl-tRNA synthetase  YP_001184019  unclonable  0.0000000172182  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_2641  CDS  NC_009438  3063511  3065067  -  1557  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  YP_001184161  unclonable  0.0000000351887  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_2758  CDS  NC_009438  3193964  3195601  -  1638  CTP synthetase  YP_001184276  unclonable  0.0000000221418  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_2765  CDS  NC_009438  3208065  3210272  -  2208  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  YP_001184283  unclonable  0.000000517482  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_2787  CDS  NC_009438  3234161  3237301  +  3141  acriflavin resistance protein  YP_001184305  unclonable  0.0000304862  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_2823  CDS  NC_009438  3279760  3280599  -  840  nucleoside-specific channel-forming protein, Tsx  YP_001184341  unclonable  0.000000000597906  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_2841  CDS  NC_009438  3301362  3303335  -  1974  ATP-dependent metalloprotease FtsH  YP_001184359  unclonable  0.000000356985  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_2866  CDS  NC_009438  3328847  3329494  +  648  nicotinate (nicotinamide) nucleotide adenylyltransferase  YP_001184384  unclonable  0.000000000295825  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_2867  CDS  NC_009438  3329602  3329931  +  330  iojap-like protein  YP_001184385  unclonable  0.000000000086194  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_2868  CDS  NC_009438  3329931  3330401  +  471  rRNA large subunit methyltransferase  YP_001184386  unclonable  0.000000000163704  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_2873  CDS  NC_009438  3335478  3336653  +  1176  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  YP_001184391  unclonable  0.00000000340933  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_3010  CDS  NC_009438  3489885  3490655  -  771  peptidylprolyl isomerase, FKBP-type  YP_001184522  unclonable  0.000000000361763  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_3128  CDS  NC_009438  3634957  3635400  +  444  TraR/DksA family transcriptional regulator  YP_001184639  unclonable  0.000000000188351  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_3129  CDS  NC_009438  3635577  3636476  +  900  glutamate--tRNA ligase  YP_001184640  unclonable  0.000000000921619  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_3130  CDS  NC_009438  3636592  3638076  +  1485  poly(A) polymerase  YP_001184641  unclonable  0.0000000172182  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_3160  CDS  NC_009438  3679254  3680033  +  780  deoxyribonuclease I  YP_001184671  unclonable  0.000000000648022  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_3276  CDS  NC_009438  3814974  3815564  -  591  ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulfur subunit  YP_001184787  unclonable  0.000000000262245  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_3412  CDS  NC_009438  3971978  3974020  -  2043  endothelin-converting protein 1  YP_001184922  unclonable  0.00000019891  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_3567  CDS  NC_009438  4145305  4147416  -  2112  general secretion pathway protein D  YP_001185075  unclonable  0.00000019891  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_3636  CDS  NC_009438  4237309  4239723  +  2415  TonB-dependent receptor  YP_001185143  unclonable  0.00000134979  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_3706  CDS  NC_009438  4313903  4314418  -  516  shikimate kinase I  YP_001185213  unclonable  0.000000000103243  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_3738  CDS  NC_009438  4351261  4351374  -  114  50S ribosomal protein L36  YP_001185244  unclonable  0.0000000000224875  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_3739  CDS  NC_009438  4351396  4352736  -  1341  preprotein translocase subunit SecY  YP_001185245  unclonable  0.00000000605107  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_3740  CDS  NC_009438  4352744  4353178  -  435  50S ribosomal protein L15  YP_001185246  unclonable  0.0000000000697996  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_3747  CDS  NC_009438  4355525  4356064  -  540  50S ribosomal protein L5  YP_001185253  unclonable  0.000000000384321  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_3748  CDS  NC_009438  4356077  4356391  -  315  50S ribosomal protein L24  YP_001185254  unclonable  0.0000000000844667  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_3749  CDS  NC_009438  4356403  4356771  -  369  50S ribosomal protein L14  YP_001185255  unclonable  0.000000000123635  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_3750  CDS  NC_009438  4356950  4357198  -  249  30S ribosomal protein S17  YP_001185256  unclonable  0.000000000077178  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_3751  CDS  NC_009438  4357198  4357389  -  192  50S ribosomal protein L29  YP_001185257  unclonable  0.0000000000462888  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_3759  CDS  NC_009438  4360920  4361558  -  639  50S ribosomal protein L3  YP_001185265  unclonable  0.000000000358076  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_3863  CDS  NC_009438  4483413  4485614  -  2202  TonB-dependent siderophore receptor  YP_001185368  unclonable  0.000000567085  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_4005  CDS  NC_009438  4658786  4658923  -  138  50S ribosomal protein L34  YP_001185507  unclonable  0.0000000000152105  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_R0030  tRNA  NC_009438  1832865  1832940  +  76  tRNA-Lys    unclonable  0.0000000000178627  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_R0031  tRNA  NC_009438  1833000  1833075  +  76  tRNA-Lys    unclonable  0.0000000000137565  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_R0032  tRNA  NC_009438  1833114  1833189  +  76  tRNA-Lys    unclonable  0.0000000000114848  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_R0033  tRNA  NC_009438  1833248  1833323  +  76  tRNA-Lys    unclonable  0.0000000000129521  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_R0034  tRNA  NC_009438  1833380  1833455  +  76  tRNA-Lys    unclonable  0.0000000000147574  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_R0035  tRNA  NC_009438  1833514  1833589  +  76  tRNA-Lys    unclonable  0.0000000000175048  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_R0046  tRNA  NC_009438  2028303  2028379  +  77  tRNA-Asp    unclonable  0.000000000017154  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_R0053  tRNA  NC_009438  2117576  2117651  -  76  tRNA-Asn    unclonable  0.0000000000303697  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>