121 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Locus tag
Gene type
Replicon accession
From
To
Strand
Gene Length
Product
Protein accession
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Organism name
Kingdom
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
Sden_0001  CDS  NC_007954  10  1398  +  1389  chromosomal replication initiation protein  YP_561021  unclonable  0.000000000211976  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
 
Sden_0002  CDS  NC_007954  1418  2518  +  1101  DNA polymerase III, beta subunit  YP_561022  unclonable  0.0000000000200886  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0011  CDS  NC_007954  15084  18281  -  3198  amidohydrolase  YP_561031  unclonable  0.0000114616  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0032  CDS  NC_007954  37525  38919  +  1395  amidohydrolase  YP_561052  unclonable  0.000000000361378  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0099  CDS  NC_007954  110599  112518  -  1920  chemotaxis sensory transducer  YP_561119  unclonable  0.0000000152719  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0157  CDS  NC_007954  179455  179826  +  372  preprotein translocase subunit SecE  YP_561177  unclonable  0.000000000000628053  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0158  CDS  NC_007954  179836  180387  +  552  transcription termination/antitermination factor NusG  YP_561178  unclonable  0.00000000000171251  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0159  CDS  NC_007954  180516  180944  +  429  50S ribosomal protein L11  YP_561179  unclonable  0.00000000000114645  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0160  CDS  NC_007954  180949  181650  +  702  50S ribosomal protein L1  YP_561180  unclonable  0.0000000000041056  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0168  CDS  NC_007954  194785  195969  +  1185  elongation factor Tu  YP_561188  unclonable  0.000000000100576  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
 
Sden_0169  CDS  NC_007954  196309  196620  +  312  30S ribosomal protein S10  YP_561189  unclonable  0.000000000000585443  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0170  CDS  NC_007954  196648  197286  +  639  50S ribosomal protein L3  YP_561190  unclonable  0.0000000000029478  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0171  CDS  NC_007954  197304  197909  +  606  50S ribosomal protein L4  YP_561191  unclonable  0.00000000000251  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0179  CDS  NC_007954  201006  201254  +  249  ribosomal protein S17  YP_561199  unclonable  0.000000000000265086  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
 
Sden_0192  CDS  NC_007954  207061  207417  +  357  30S ribosomal protein S13  YP_561212  unclonable  0.000000000000985744  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0281  CDS  NC_007954  318090  318881  +  792  hypothetical protein  YP_561300  unclonable  0.0000000000108782  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0282  CDS  NC_007954  319081  319437  +  357  hypothetical protein  YP_561301  unclonable  0.000000000000534779  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
 
Sden_0283  CDS  NC_007954  319489  319809  +  321  hypothetical protein  YP_561302  unclonable  0.000000000000469346  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0360  CDS  NC_007954  402712  403632  +  921  UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase  YP_561378  unclonable  0.0000000000238422  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0361  CDS  NC_007954  403637  404089  -  453  hypothetical protein  YP_561379  unclonable  0.00000000000115827  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0437  CDS  NC_007954  506724  509012  -  2289  transcriptional regulatory protein-like protein  YP_561452  unclonable  0.0000000809247  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0521  CDS  NC_007954  590199  591605  +  1407  replicative DNA helicase  YP_561536  unclonable  0.000000000437695  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0527  CDS  NC_007954  595482  596720  +  1239  hypothetical protein  YP_561542  unclonable  0.000000000103666  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0638  CDS  NC_007954  740960  742141  +  1182  phosphate-selective porin O and P  YP_561651  unclonable  0.000000000222961  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0690  CDS  NC_007954  798861  799442  -  582  SH3, type 3  YP_561703  unclonable  0.00000000000176512  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0691  CDS  NC_007954  799566  800834  -  1269  phosphate transporter  YP_561704  unclonable  0.000000000075079  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0711  CDS  NC_007954  820440  821786  -  1347  putative esterase  YP_561724  unclonable  0.000000000350604  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0717  CDS  NC_007954  829567  830370  +  804  hypothetical protein  YP_561730  unclonable  0.0000000000102421  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0718  CDS  NC_007954  830510  830992  +  483  regulatory protein, MarR  YP_561731  unclonable  0.0000000000013596  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0719  CDS  NC_007954  831047  831898  -  852  hypothetical protein  YP_561732  unclonable  0.00000000000983282  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0720  CDS  NC_007954  831921  833096  -  1176  major facilitator transporter  YP_561733  unclonable  0.0000000000797636  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0721  CDS  NC_007954  833273  834748  +  1476  hypothetical protein  YP_561734  unclonable  0.000000000460382  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0729  CDS  NC_007954  843047  845017  +  1971  TonB-dependent receptor, plug  YP_561742  unclonable  0.0000000181168  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0790  CDS  NC_007954  907591  909663  +  2073  TonB-dependent haem/haemoglobin receptor  YP_561803  unclonable  0.0000000110471  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0820  CDS  NC_007954  939251  939559  -  309  hypothetical protein  YP_561832  unclonable  0.000000000000337164  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0856  CDS  NC_007954  980353  980823  -  471  rRNA large subunit methyltransferase  YP_561867  unclonable  0.0000000000031317  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0857  CDS  NC_007954  980824  981153  -  330  Iojap-related protein  YP_561868  unclonable  0.00000000000112346  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0911  CDS  NC_007954  1039093  1041210  +  2118  chemotaxis sensory transducer  YP_561922  unclonable  0.0000000403524  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0937  CDS  NC_007954  1069937  1071655  +  1719  hypothetical protein  YP_561948  unclonable  0.00000000154044  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0993  CDS  NC_007954  1130476  1131093  +  618  peptidylprolyl isomerase, FKBP-type  YP_562004  unclonable  0.00000000000148802  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_1000  CDS  NC_007954  1138527  1140497  +  1971  ATP-dependent metalloprotease FtsH  YP_562011  unclonable  0.00000000544697  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_1023  CDS  NC_007954  1170024  1171286  +  1263  nucleoside transporter  YP_562034  unclonable  0.000000000239256  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
 
Sden_1024  CDS  NC_007954  1171613  1172500  +  888  nucleoside-specific channel-forming protein, Tsx  YP_562035  unclonable  0.0000000000282973  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_1089  CDS  NC_007954  1247056  1249143  -  2088  endothelin-converting protein 1  YP_562100  unclonable  0.0000000391271  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_1186  CDS  NC_007954  1377217  1377855  +  639  transciptional regulator  YP_562195  unclonable  0.00000000000178331  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_1193  CDS  NC_007954  1387859  1390066  +  2208  RelA/SpoT family protein  YP_562202  unclonable  0.0000000349735  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_1266  CDS  NC_007954  1477553  1478704  +  1152  hypothetical protein  YP_562275  unclonable  0.0000000000946938  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
 
Sden_1273  CDS  NC_007954  1487218  1491099  +  3882  phosphoribosylformylglycinamidine synthase  YP_562282  unclonable  0.000193442  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_1357  CDS  NC_007954  1577048  1578517  -  1470  amino acid/peptide transporter  YP_562366  unclonable  0.000000000317071  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_1361  CDS  NC_007954  1581140  1582168  +  1029  threonine aldolase  YP_562370  unclonable  0.0000000000121527  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_1394  CDS  NC_007954  1624669  1625997  +  1329  translocation protein TolB  YP_562403  unclonable  0.000000000203609  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_1395  CDS  NC_007954  1626021  1626557  +  537  OmpA/MotB  YP_562404  unclonable  0.00000000000229219  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_1396  CDS  NC_007954  1626618  1627403  +  786  tetratricopeptide TPR_2  YP_562405  unclonable  0.0000000000108782  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_1409  CDS  NC_007954  1640820  1643231  -  2412  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  YP_562418  unclonable  0.000000345823  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_1413  CDS  NC_007954  1648044  1649186  -  1143  secretion protein HlyD  YP_562422  unclonable  0.0000000000766158  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_1428  CDS  NC_007954  1663086  1664999  +  1914  heat shock protein 90  YP_562437  unclonable  0.00000000680402  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_1594  CDS  NC_007954  1853162  1853923  +  762  NAD-dependent deacetylase  YP_562601  unclonable  0.00000000000756784  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_1595  CDS  NC_007954  1853916  1854410  +  495  hypothetical protein  YP_562602  unclonable  0.0000000000010265  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_1597  CDS  NC_007954  1856912  1859092  -  2181  peptidyl-dipeptidase Dcp  YP_562604  unclonable  0.0000000288176  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_1598  CDS  NC_007954  1859327  1859725  -  399  ABC-type phosphate transport system, periplasmic component  YP_562605  unclonable  0.000000000000483764  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_1599  CDS  NC_007954  1859741  1860985  -  1245  hypothetical protein  YP_562606  unclonable  0.0000000000652534  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_1626  CDS  NC_007954  1890635  1891750  +  1116  ribonuclease D  YP_562633  unclonable  0.000000000103666  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_1654  CDS  NC_007954  1919092  1919991  -  900  protein of unknown function RIO1  YP_562661  unclonable  0.0000000000363916  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_1673  CDS  NC_007954  1944126  1945274  -  1149  hypothetical protein  YP_562680  unclonable  0.000000000117038  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_1721  CDS  NC_007954  2025433  2026119  +  687  putative solute/DNA competence effector  YP_562728  unclonable  0.00000000000511987  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_1725  CDS  NC_007954  2031680  2033728  +  2049  hypothetical protein  YP_562732  unclonable  0.0000000149613  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_1743  CDS  NC_007954  2061947  2064745  +  2799  cell divisionFtsK/SpoIIIE  YP_562750  unclonable  0.00000155833  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_1752  CDS  NC_007954  2074020  2074703  +  684  cytidylate kinase  YP_562759  unclonable  0.00000000000925539  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_1764  CDS  NC_007954  2084415  2086862  -  2448  acyl-CoA dehydrogenase  YP_562771  unclonable  0.000000169157  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_1765  CDS  NC_007954  2087111  2087887  +  777  glutamine amidotransferase, class-II  YP_562772  unclonable  0.0000000000113281  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_1766  CDS  NC_007954  2088017  2088892  -  876  hypothetical protein  YP_562773  unclonable  0.0000000000274538  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_1840  CDS  NC_007954  2166761  2167507  -  747  UMP phosphatase  YP_562847  unclonable  0.00000000000453857  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_1841  CDS  NC_007954  2167797  2168768  -  972  C32 tRNA thiolase  YP_562848  unclonable  0.0000000000126519  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_1901  CDS  NC_007954  2233023  2234864  +  1842  signal peptide peptidase SppA, 67K type  YP_562907  unclonable  0.0000000029404  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_1907  CDS  NC_007954  2238822  2240651  -  1830  hypothetical protein  YP_562913  unclonable  0.0000000056708  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_1958  CDS  NC_007954  2320270  2321670  +  1401  asparaginyl-tRNA synthetase  YP_562964  unclonable  0.000000000380108  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_1995  CDS  NC_007954  2359795  2361138  +  1344  deoxyguanosinetriphosphate triphosphohydrolase-like protein  YP_563001  unclonable  0.000000000424647  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_2129  CDS  NC_007954  2526929  2527525  -  597  cytochrome B561  YP_563134  unclonable  0.00000000000482046  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_2130  CDS  NC_007954  2527785  2528648  -  864  heat shock protein HtpX  YP_563135  unclonable  0.0000000000129108  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_2140  CDS  NC_007954  2540423  2540905  -  483  peptidylprolyl isomerase, FKBP-type  YP_563145  unclonable  0.00000000000303836  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_2141  CDS  NC_007954  2540998  2542311  -  1314  lytic murein transglycosylase  YP_563146  unclonable  0.000000000451146  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_2273  CDS  NC_007954  2698338  2699288  -  951  hypothetical protein  YP_563276  unclonable  0.000000000047797  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
 
Sden_2292  CDS  NC_007954  2717168  2717401  -  234  acyl carrier protein  YP_563295  unclonable  0.000000000000308066  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_2293  CDS  NC_007954  2717564  2718310  -  747  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  YP_563296  unclonable  0.00000000000712528  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_2295  CDS  NC_007954  2719389  2720348  -  960  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase III  YP_563298  unclonable  0.0000000000269031  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_2296  CDS  NC_007954  2720357  2721388  -  1032  putative glycerol-3-phosphate acyltransferase PlsX  YP_563299  unclonable  0.0000000000228955  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_2297  CDS  NC_007954  2721403  2721573  -  171  50S ribosomal protein L32  YP_563300  unclonable  0.000000000000139706  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_2298  CDS  NC_007954  2721591  2722115  -  525  hypothetical protein  YP_563301  unclonable  0.000000000000985744  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_2337  CDS  NC_007954  2766148  2767962  +  1815  sulfatase  YP_563340  unclonable  0.00000000969509  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_2380  CDS  NC_007954  2833280  2833612  -  333  hypothetical protein  YP_563383  unclonable  0.000000000000806852  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_2427  CDS  NC_007954  2887182  2890082  -  2901  TonB-dependent receptor, plug  YP_563430  unclonable  0.0000018893  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_2465  CDS  NC_007954  2940263  2940778  +  516  3-hydroxydecanoyl-(acyl carrier protein) dehydratase  YP_563468  unclonable  0.0000000000037503  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_2496  CDS  NC_007954  2975847  2977151  -  1305  trigger factor  YP_563499  unclonable  0.000000000460382  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_2515  CDS  NC_007954  3002206  3003216  -  1011  cell division protein ZipA  YP_563518  unclonable  0.0000000000231315  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_2533  CDS  NC_007954  3027216  3028637  +  1422  glutamyl-tRNA synthetase  YP_563536  unclonable  0.00000000038789  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_2539  CDS  NC_007954  3037333  3038082  -  750  electron transfer flavoprotein beta-subunit  YP_563541  unclonable  0.00000000000795792  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_2711  CDS  NC_007954  3248973  3249311  -  339  nitrogen regulatory protein P-II  YP_563713  unclonable  0.000000000000634529  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_2730  CDS  NC_007954  3268724  3270238  -  1515  amino acid carrier protein  YP_563732  unclonable  0.00000000165436  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_2767  CDS  NC_007954  3308462  3309376  -  915  peptidase S26A, signal peptidase I  YP_563769  unclonable  0.0000000000572836  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_2768  CDS  NC_007954  3309658  3311448  -  1791  GTP-binding protein LepA  YP_563770  unclonable  0.00000000363833  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>