39 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag
Gene type
Replicon accession
From
To
Strand
Gene Length
Product
Protein accession
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Organism name
Kingdom
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
Bpro_0159  CDS  NC_007948  170802  171311  +  510  hypothetical protein  YP_547022  unclonable  0.00000000163941  normal  0.818656  Polaromonas sp. JS666  Bacteria 
 
 
-
 
Bpro_0254  CDS  NC_007948  277381  278571  +  1191  elongation factor Tu  YP_547117  unclonable  0.0000000130058  normal  1  Polaromonas sp. JS666  Bacteria 
 
 
-
 
Bpro_0255  CDS  NC_007948  278597  278911  +  315  30S ribosomal protein S10  YP_547118  unclonable  0.0000000004332  normal  1  Polaromonas sp. JS666  Bacteria 
 
 
-
 
Bpro_0256  CDS  NC_007948  279128  279811  +  684  50S ribosomal protein L3  YP_547119  unclonable  0.00000000172376  normal  1  Polaromonas sp. JS666  Bacteria 
 
 
-
 
Bpro_0372  CDS  NC_007948  386680  386919  -  240  hypothetical protein  YP_547234  unclonable  0.000000000714353  normal  0.250522  Polaromonas sp. JS666  Bacteria 
 
 
-
 
Bpro_0373  CDS  NC_007948  387070  387285  +  216  Cro/CI family transcriptional regulator  YP_547235  unclonable  0.000000000821993  normal  0.249392  Polaromonas sp. JS666  Bacteria 
 
 
 
Bpro_0684  CDS  NC_007948  698296  698709  +  414  DoxX  YP_547540  unclonable  0.000000000773987  normal  1  Polaromonas sp. JS666  Bacteria 
 
 
-
 
Bpro_0720  CDS  NC_007948  732436  734412  +  1977  Type I secretion outer membrane protein, TolC  YP_547574  unclonable  0.000000202106  normal  1  Polaromonas sp. JS666  Bacteria 
 
 
-
 
Bpro_0986  CDS  NC_007948  1003320  1004519  +  1200  extracellular ligand-binding receptor  YP_547838  normal  0.763691  unclonable  0.00000240352  Polaromonas sp. JS666  Bacteria 
 
 
-
 
Bpro_0987  CDS  NC_007948  1004524  1005441  +  918  inner-membrane translocator  YP_547839  normal  1  unclonable  0.00000226194  Polaromonas sp. JS666  Bacteria 
 
 
-
 
Bpro_0988  CDS  NC_007948  1005447  1006496  +  1050  inner-membrane translocator  YP_547840  normal  1  unclonable  0.00000237918  Polaromonas sp. JS666  Bacteria 
 
 
-
 
Bpro_0989  CDS  NC_007948  1006496  1007251  +  756  ABC transporter related  YP_547841  normal  1  unclonable  0.00000217247  Polaromonas sp. JS666  Bacteria 
 
 
-
 
Bpro_0990  CDS  NC_007948  1007271  1007984  +  714  ABC transporter related  YP_547842  normal  1  unclonable  0.00000228508  Polaromonas sp. JS666  Bacteria 
 
 
-
 
Bpro_0991  CDS  NC_007948  1007985  1008635  +  651  maleylacetoacetate isomerase  YP_547843  normal  1  unclonable  0.00000221675  Polaromonas sp. JS666  Bacteria 
 
 
-
 
Bpro_0992  CDS  NC_007948  1008654  1009334  -  681  TetR family transcriptional regulator  YP_547844  normal  1  unclonable  0.00000245295  Polaromonas sp. JS666  Bacteria 
 
 
-
 
Bpro_0993  CDS  NC_007948  1009507  1010559  +  1053  Rieske (2Fe-2S) region  YP_547845  normal  1  unclonable  0.00000318811  Polaromonas sp. JS666  Bacteria 
 
 
-
 
Bpro_0994  CDS  NC_007948  1010596  1011771  +  1176  extracellular ligand-binding receptor  YP_547846  normal  1  unclonable  0.00000312387  Polaromonas sp. JS666  Bacteria 
 
 
-
 
Bpro_1080  CDS  NC_007948  1113483  1114712  +  1230  cell division protein FtsZ  YP_547930  unclonable  0.000000021674  normal  0.213397  Polaromonas sp. JS666  Bacteria 
 
 
-
 
Bpro_1795  CDS  NC_007948  1856503  1859145  -  2643  DNA gyrase subunit A  YP_548629  normal  0.979791  unclonable  0.00000642236  Polaromonas sp. JS666  Bacteria 
 
 
-
 
Bpro_1796  CDS  NC_007948  1859401  1860045  +  645  OmpA/MotB  YP_548630  normal  0.0221039  unclonable  0.00000303101  Polaromonas sp. JS666  Bacteria 
 
 
-
 
Bpro_1797  CDS  NC_007948  1860113  1860820  +  708  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  YP_548631  normal  0.0461297  unclonable  0.00000318811  Polaromonas sp. JS666  Bacteria 
 
 
-
 
Bpro_1798  CDS  NC_007948  1860839  1861504  +  666  phosphoglycolate phosphatase  YP_548632  normal  0.0263592  unclonable  0.00000282508  Polaromonas sp. JS666  Bacteria 
 
 
-
 
Bpro_1799    NC_007948  1862157  1862467  +  311      normal  0.507271  unclonable  0.00000230845  Polaromonas sp. JS666  Bacteria 
 
 
-
 
Bpro_1800  CDS  NC_007948  1862712  1863431  +  720  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  YP_548633  normal  1  unclonable  0.00000268682  Polaromonas sp. JS666  Bacteria 
 
 
-
 
Bpro_1801  CDS  NC_007948  1863472  1864185  -  714  hypothetical protein  YP_548634  normal  1  unclonable  0.00000263268  Polaromonas sp. JS666  Bacteria 
 
 
-
 
Bpro_1802  CDS  NC_007948  1865031  1866050  +  1020  hypothetical protein  YP_548635  normal  1  unclonable  0.00000263268  Polaromonas sp. JS666  Bacteria 
 
 
-
 
Bpro_1803  CDS  NC_007948  1866325  1867092  +  768  polysaccharide deacetylase  YP_548636  normal  1  unclonable  0.00000258009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria 
 
 
-
 
Bpro_1804  CDS  NC_007948  1867098  1868060  +  963  hypothetical protein  YP_548637  normal  1  unclonable  0.00000255396  Polaromonas sp. JS666  Bacteria 
 
 
-
 
Bpro_1805  CDS  NC_007948  1868291  1869217  +  927  putative transmembrane protein  YP_548638  normal  1  unclonable  0.00000250294  Polaromonas sp. JS666  Bacteria 
 
 
-
 
Bpro_2424  CDS  NC_007948  2524687  2525289  +  603  hypothetical protein  YP_549241  unclonable  0.00000000350737  normal  1  Polaromonas sp. JS666  Bacteria 
 
 
-
 
Bpro_3033  CDS  NC_007948  3197478  3199943  -  2466  DnaB-like helicase-like  YP_549845  unclonable  0.00000237623  normal  1  Polaromonas sp. JS666  Bacteria 
 
 
-
 
Bpro_4685  CDS  NC_007948  4972542  4973675  -  1134  recA protein  YP_551466  unclonable  0.0000000254393  normal  1  Polaromonas sp. JS666  Bacteria 
 
 
-
 
Bpro_4981  CDS  NC_007949  81514  82701  -  1188  hypothetical protein  YP_551751  normal  1  unclonable  0.00000297045  Polaromonas sp. JS666  Bacteria 
 
 
-
 
Bpro_4982  CDS  NC_007949  82831  83271  +  441  SOS mutagenesis protein UmuD  YP_551752  normal  0.865075  unclonable  0.00000215009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria 
 
 
-
 
Bpro_4983  CDS  NC_007949  83282  84580  +  1299  UMUC-like DNA-repair protein  YP_551753  normal  1  unclonable  0.00000315583  Polaromonas sp. JS666  Bacteria 
 
 
-
 
Bpro_5086  CDS  NC_007949  198814  199764  -  951  hypothetical protein  YP_551855  unclonable  0.00000000190539  normal  1  Polaromonas sp. JS666  Bacteria 
 
 
-
 
Bpro_5232  CDS  NC_007949  341141  343207  +  2067  AAA ATPase, central region  YP_551991  unclonable  0.000000286955  normal  1  Polaromonas sp. JS666  Bacteria 
 
 
-
 
Bpro_5494  CDS  NC_007950  243438  243914  -  477  hypothetical protein  YP_552246  unclonable  0.000000000000861587  normal  0.688913  Polaromonas sp. JS666  Bacteria 
 
 
-
 
Bpro_R0019  tmRNA  NC_007948  1861517  1861900  +  384      normal  0.170499  unclonable  0.0000024281  Polaromonas sp. JS666  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>