69 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag
Gene type
Replicon accession
From
To
Strand
Gene Length
Product
Protein accession
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Organism name
Kingdom
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
Paes_0015  CDS  NC_011059  17535  19469  -  1935  DNA gyrase, B subunit  YP_002014728  normal  1  unclonable  0.00000155334  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_0016  CDS  NC_011059  19561  19944  -  384  hypothetical protein  YP_002014729  normal  0.204452  unclonable  0.000000883308  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_0017  CDS  NC_011059  19959  20579  -  621  ribonuclease HII  YP_002014730  hitchhiker  0.00136282  unclonable  0.000000928974  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_0018  CDS  NC_011059  20672  20863  +  192  hypothetical protein  YP_002014731  hitchhiker  0.000052269  unclonable  0.000000839886  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_0019  CDS  NC_011059  20912  22567  +  1656  ribonuclease, Rne/Rng family  YP_002014732  decreased coverage  0.000000201428  unclonable  0.00000166802  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_0020  CDS  NC_011059  22582  23445  +  864  2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-carboxylate N-succinyltransferase  YP_002014733  unclonable  0.000000000149214  hitchhiker  0.0000215065  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_0159  CDS  NC_011059  168722  169192  +  471  single-strand binding protein  YP_002014865  unclonable  0.0000000000321111  normal  1  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_0274  CDS  NC_011059  286929  289124  +  2196  photosystem P840 reaction center, large subunit  YP_002014978  unclonable  0.0000000580216  unclonable  0.00000320304  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_0366  CDS  NC_011059  400056  401609  +  1554  transcription elongation factor NusA  YP_002015070  unclonable  0.00000000647313  normal  1  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_0387  CDS  NC_011059  420024  421859  +  1836  ABC transporter related  YP_002015091  unclonable  0.000000031667  normal  0.0347309  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_0388  CDS  NC_011059  422001  422276  +  276  30S ribosomal protein S20  YP_002015092  unclonable  0.000000000012628  normal  0.0229043  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_0399  CDS  NC_011059  433377  434081  -  705  hypothetical protein  YP_002015103  unclonable  0.0000000000921027  unclonable  0.00000218864  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_0400  CDS  NC_011059  434216  436699  -  2484  outer membrane protein assembly complex, YaeT protein  YP_002015104  unclonable  0.00000108596  unclonable  0.0000045929  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_0472  CDS  NC_011059  506174  507238  +  1065  protein of unknown function DUF900 hydrolase family protein  YP_002015175  unclonable  0.0000000004024  normal  1  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_0550  CDS  NC_011059  593009  594214  -  1206  6-phosphofructokinase  YP_002015253  unclonable  0.00000000101268  normal  0.239253  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_0668  CDS  NC_011059  705853  708240  +  2388  ribonuclease R  YP_002015363  unclonable  0.000000570881  normal  0.0119217  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_0695  CDS  NC_011059  739387  741954  +  2568  bifunctional aconitate hydratase 2/2-methylisocitrate dehydratase  YP_002015389  unclonable  0.00000186841  normal  1  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_0696  CDS  NC_011059  742125  742403  +  279  hypothetical protein  YP_002015390  unclonable  0.00000000000764679  normal  1  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_0697  CDS  NC_011059  742550  742960  +  411  hypothetical protein  YP_002015391  unclonable  0.0000000000188698  normal  1  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_0698  CDS  NC_011059  743738  745015  -  1278  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  YP_002015392  unclonable  0.00000000155998  normal  1  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_0751  CDS  NC_011059  802226  802687  +  462  peptidoglycan-associated lipoprotein  YP_002015445  unclonable  0.0000000000145376  normal  0.0872971  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_0871  CDS  NC_011059  949218  950552  +  1335  protein of unknown function DUF107  YP_002015563  unclonable  0.00000000176034  normal  0.0484156  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_0957  CDS  NC_011059  1057245  1058459  +  1215  aspartate aminotransferase  YP_002015647  unclonable  0.000000000423208  normal  1  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1014  CDS  NC_011059  1117077  1118426  +  1350  signal recognition particle protein  YP_002015700  unclonable  0.00000000130193  normal  1  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1044  CDS  NC_011059  1146709  1147935  +  1227  amidohydrolase  YP_002015730  hitchhiker  0.0000000210114  unclonable  0.00000194036  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1045  CDS  NC_011059  1148162  1149136  -  975  fructose-bisphosphate aldolase  YP_002015731  hitchhiker  0.00000000468946  unclonable  0.00000168547  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1046  CDS  NC_011059  1149282  1151363  +  2082  carboxyl-terminal protease  YP_002015732  unclonable  0.000000142201  unclonable  0.00000192026  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1047  CDS  NC_011059  1151402  1152784  -  1383  argininosuccinate lyase  YP_002015733  hitchhiker  0.00526091  unclonable  0.00000155334  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1125  CDS  NC_011059  1230823  1232451  -  1629  hydroxylamine reductase  YP_002015804  unclonable  0.0000000097703  normal  0.234741  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1146  CDS  NC_011059  1250071  1250595  -  525  hypothetical protein  YP_002015822  unclonable  0.0000000000152892  normal  0.179177  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1228  CDS  NC_011059  1335207  1335938  +  732  two component transcriptional regulator, winged helix family  YP_002015901  unclonable  0.0000000000433811  normal  0.0161608  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1229  CDS  NC_011059  1336761  1337216  +  456  hypothetical protein  YP_002015902  unclonable  0.0000000000117695  normal  0.0155727  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1230  CDS  NC_011059  1337305  1338174  +  870  hypothetical protein  YP_002015903  unclonable  0.000000000103931  normal  0.016668  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1231  CDS  NC_011059  1338477  1339250  -  774  acid phosphatase (Class B)  YP_002015904  unclonable  0.000000000100818  normal  0.0153766  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1336  CDS  NC_011059  1454858  1458445  -  3588  hypothetical protein  YP_002016006  normal  1  unclonable  0.0000031071  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1337    NC_011059  1458830  1459043  +  214      normal  0.695349  unclonable  0.000000977002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1338  CDS  NC_011059  1459087  1460106  +  1020  ApbE family lipoprotein  YP_002016007  normal  0.337899  unclonable  0.00000141849  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1339  CDS  NC_011059  1460546  1462192  -  1647  glucose-6-phosphate isomerase  YP_002016008  normal  0.0803183  unclonable  0.00000158602  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1340  CDS  NC_011059  1462232  1462651  -  420  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  YP_002016009  hitchhiker  0.00268511  unclonable  0.00000109238  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1341  CDS  NC_011059  1462939  1464267  +  1329  ammonium transporter  YP_002016010  hitchhiker  0.0000498095  unclonable  0.00000143333  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1342  CDS  NC_011059  1464290  1464631  +  342  nitrogen regulatory protein P-II  YP_002016011  hitchhiker  0.00000000301067  unclonable  0.00000108063  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1343  CDS  NC_011059  1464681  1465355  +  675  hypothetical protein  YP_002016012  unclonable  0.0000000000616367  unclonable  0.00000116041  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1344  CDS  NC_011059  1465552  1465995  +  444  putative transcriptional regulator, CopG family  YP_002016013  hitchhiker  0.0000000723092  unclonable  0.00000108063  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1345  CDS  NC_011059  1465976  1466827  +  852  hypothetical protein  YP_002016014  hitchhiker  0.000000531806  unclonable  0.00000125757  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1346  CDS  NC_011059  1466980  1467576  +  597  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  YP_002016015  normal  0.0137458  unclonable  0.00000105881  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1523  CDS  NC_011059  1664171  1664359  +  189  hypothetical protein  YP_002016190  unclonable  0.0000000000071269  normal  0.1677  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1550  CDS  NC_011059  1690502  1690936  +  435  6-pyruvoyl tetrahydropterin synthase and hypothetical protein  YP_002016216  unclonable  0.000000000041663  hitchhiker  0.000140534  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1551  CDS  NC_011059  1691004  1691522  -  519  GCN5-related N-acetyltransferase  YP_002016217  unclonable  0.000000000065475  hitchhiker  0.000144401  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1552  CDS  NC_011059  1691786  1692379  -  594  hypothetical protein  YP_002016218  unclonable  0.0000000000499206  hitchhiker  0.000157671  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1553  CDS  NC_011059  1692781  1693149  -  369  Dinitrogenase iron-molybdenum cofactor biosynthesis protein  YP_002016219  unclonable  0.00000000000698293  decreased coverage  0.0000195705  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1554    NC_011059  1693146  1693568  -  423      unclonable  0.00000000000853943  decreased coverage  0.000020897  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1564  CDS  NC_011059  1702469  1702951  -  483  transcription elongation factor GreA  YP_002016229  unclonable  0.0000000000290434  hitchhiker  0.000735134  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1565  CDS  NC_011059  1703133  1704641  -  1509  protease Do  YP_002016230  unclonable  0.00000000901531  hitchhiker  0.00330598  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1588  CDS  NC_011059  1730166  1730756  -  591  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  YP_002016253  unclonable  0.0000000000525017  normal  1  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1649  CDS  NC_011059  1794276  1795373  +  1098  hypothetical protein  YP_002016314  unclonable  0.000000000367615  normal  1  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1668  CDS  NC_011059  1815960  1816838  -  879  formyltetrahydrofolate deformylase  YP_002016333  unclonable  0.000000000107141  normal  0.242712  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1669  CDS  NC_011059  1817094  1817702  +  609  phosphoesterase PA-phosphatase related  YP_002016334  unclonable  0.0000000000273408  normal  0.218841  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1674  CDS  NC_011059  1823034  1824032  +  999  fructose-1,6-bisphosphatase  YP_002016339  unclonable  0.000000000201501  normal  1  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1709  CDS  NC_011059  1865777  1869019  -  3243  isoleucyl-tRNA synthetase  YP_002016374  unclonable  0.0000389774  normal  1  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1732  CDS  NC_011059  1891006  1891758  -  753  protein of unknown function DUF218  YP_002016397  unclonable  0.0000000000709574  normal  0.252079  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1792  CDS  NC_011059  1956537  1957760  -  1224  rod shape-determining protein RodA  YP_002016452  unclonable  0.000000000820178  normal  0.0217876  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_2112  CDS  NC_011059  2292263  2292616  +  354  preprotein translocase, YajC subunit  YP_002016764  unclonable  0.0000000000210725  normal  0.92109  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_2113  CDS  NC_011059  2292626  2293741  +  1116  carbamoyl phosphate synthase small subunit  YP_002016765  unclonable  0.000000000982338  normal  0.988223  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_2116  CDS  NC_011059  2295649  2297076  +  1428  Radical SAM domain protein  YP_002016767  unclonable  0.00000000436427  normal  0.738755  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_2117  CDS  NC_011059  2297181  2297606  +  426  cytochrome c class I  YP_002016768  unclonable  0.0000000000139618  normal  0.419433  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_R0021  tRNA  NC_011059  743257  743329  -  73  tRNA-Gln    unclonable  0.0000000000023675  normal  1  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_R0022  tRNA  NC_011059  743368  743444  -  77  tRNA-Arg    unclonable  0.0000000000027529  normal  1  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_R0023  tRNA  NC_011059  743484  743557  -  74  tRNA-Glu    unclonable  0.00000000000272439  normal  1  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_R0024  tRNA  NC_011059  743579  743655  -  77  tRNA-Met    unclonable  0.00000000000329716  normal  1  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>