171 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Locus tag
Gene type
Replicon accession
From
To
Strand
Gene Length
Product
Protein accession
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Organism name
Kingdom
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
LACR_0072  CDS  NC_008527  68154  68351  +  198  hypothetical protein  YP_808121  unclonable  0.00000137598  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0073  CDS  NC_008527  68387  69007  +  621  esterase  YP_808122  unclonable  0.00000937464  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0074  CDS  NC_008527  69075  70244  +  1170  lactoylglutathione lyase related lyase  YP_808123  unclonable  0.0000632777  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0075  CDS  NC_008527  70255  70845  +  591  hypothetical protein  YP_808124  unclonable  0.00000447764  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0076  CDS  NC_008527  70927  71076  -  150  50S ribosomal protein L33  YP_808125  unclonable  0.000000689148  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0096  CDS  NC_008527  88837  89460  +  624  HAD superfamily hydrolase  YP_808144  unclonable  0.0000147851  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0097  CDS  NC_008527  89594  90991  +  1398  amino acid transporter  YP_808145  unclonable  0.000513472  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0111  CDS  NC_008527  102583  103365  +  783  hypothetical protein  YP_808157  unclonable  0.0000542137  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0112  CDS  NC_008527  103551  103871  +  321  membrane transporter  YP_808158  unclonable  0.0000063895  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0113  CDS  NC_008527  103994  105157  +  1164  major facilitator superfamily permease  YP_808159  unclonable  0.000201698  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0168  CDS  NC_008527  153846  154634  +  789  transcriptional repressor CodY  YP_808209  unclonable  0.0000303115  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0173  CDS  NC_008527  159824  161164  -  1341  Na+-driven multidrug efflux pump  YP_808214  unclonable  0.000291986  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0197  CDS  NC_008527  182631  183065  -  435  hypothetical protein  YP_808237  unclonable  0.00000491203  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0234  CDS  NC_008527  217965  218324  +  360  hypothetical protein  YP_808274  unclonable  0.00000452598  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0245  CDS  NC_008527  227827  228198  +  372  transcriptional regulator  YP_808285  unclonable  0.00000476333  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0246  CDS  NC_008527  228279  228455  +  177  30S ribosomal protein S21  YP_808286  unclonable  0.00000259877  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0262  CDS  NC_008527  243086  244360  -  1275  flavoprotein  YP_808296  unclonable  0.000227955  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0284  CDS  NC_008527  263918  264961  -  1044  hypothetical protein  YP_808317  unclonable  0.000141879  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0345  CDS  NC_008527  314065  314415  +  351  PadR family transcriptional regulator  YP_808374  unclonable  0.00000392744  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0346  CDS  NC_008527  314712  316451  +  1740  ABC-type multidrug transport system, ATPase and permease component  YP_808375  unclonable  0.00335685  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0348  CDS  NC_008527  318623  319888  +  1266  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  YP_808377  unclonable  0.000283018  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0377  CDS  NC_008527  344070  345245  -  1176  arabinose efflux permease  YP_808406  unclonable  0.000232651  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0389  CDS  NC_008527  356220  357872  +  1653  ABC-type oligopeptide transport system, periplasmic component  YP_808418  unclonable  0.00148523  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0402  CDS  NC_008527  374882  376261  -  1380  gamma-aminobutyrate permease related permease  YP_808431  unclonable  0.000611596  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0408  CDS  NC_008527  379679  380359  +  681  RelA_SpoT domain-containing protein  YP_808437  unclonable  0.0000250379  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0412  CDS  NC_008527  383226  384659  +  1434  amino acid transporter  YP_808441  unclonable  0.000422224  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0413  CDS  NC_008527  384819  385622  +  804  hypothetical protein  YP_808442  unclonable  0.0000247794  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0419  CDS  NC_008527  390788  391828  +  1041  hypothetical protein  YP_808447  unclonable  0.000120524  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0420  CDS  NC_008527  391936  392010  -  75  hypothetical protein  YP_808448  unclonable  0.000000988499  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0421  CDS  NC_008527  392046  392990  -  945  L-lactate dehydrogenase  YP_808449  unclonable  0.0000701213  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0426    NC_008527  398051  399462  +  1412      unclonable  0.000546553  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0438  CDS  NC_008527  411562  411951  +  390  single-stranded DNA-binding protein  YP_808464  unclonable  0.00000830836  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0439  CDS  NC_008527  412070  412354  +  285  co-chaperonin GroES  YP_808465  unclonable  0.00000491203  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0452  CDS  NC_008527  422242  423171  -  930  ABC-type multidrug transport system, ATPase component  YP_808478  unclonable  0.0000639628  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0481  CDS  NC_008527  456252  456737  +  486  phosphotransferase system IIA component  YP_808504  unclonable  0.00000721757  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0498  CDS  NC_008527  472160  473017  +  858  hypothetical protein  YP_808519  unclonable  0.0000309355  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0538  CDS  NC_008527  505771  506856  +  1086  muramidase (flagellum-specific)  YP_808554  unclonable  0.000149562  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0550  CDS  NC_008527  515190  516473  +  1284  trigger factor  YP_808565  unclonable  0.000250017  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0588  CDS  NC_008527  544787  545749  -  963  OxaA-like protein precursor  YP_808581  unclonable  0.0000375081  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0589  CDS  NC_008527  545924  546682  -  759  HAD superfamily hydrolase  YP_808582  unclonable  0.0000154059  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0590  CDS  NC_008527  546777  547367  -  591  hypothetical protein  YP_808583  unclonable  0.00000937464  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0591    NC_008527  547384  547920  -  537      unclonable  0.00000736611  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0592  CDS  NC_008527  547913  548608  -  696  phosphopantothenate--cysteine ligase  YP_808584  unclonable  0.0000154059  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0642  CDS  NC_008527  583724  585142  +  1419  6-phosphogluconate dehydrogenase  YP_808631  unclonable  0.000463294  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0644  CDS  NC_008527  587560  589575  +  2016  K+ transporter  YP_808633  unclonable  0.00948742  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0645  CDS  NC_008527  589628  589798  -  171  hypothetical protein  YP_808634  unclonable  0.000000809018  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0646  CDS  NC_008527  589993  590658  +  666  hypothetical protein  YP_808635  unclonable  0.0000106961  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0647  CDS  NC_008527  590790  591674  +  885  tRNA delta(2)-isopentenylpyrophosphate transferase  YP_808636  unclonable  0.0000432758  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0657  CDS  NC_008527  600183  600695  +  513  adenine phosphoribosyltransferase  YP_808644  unclonable  0.00000491203  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0658  CDS  NC_008527  600886  601449  +  564  DNA-directed RNA polymerase subunit delta  YP_808645  unclonable  0.00000882542  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0659  CDS  NC_008527  601585  603225  +  1641  aminodeoxychorismate lyase  YP_808646  unclonable  0.00259316  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0668  CDS  NC_008527  610447  611748  +  1302  phosphopyruvate hydratase  YP_808655  unclonable  0.000444589  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0707  CDS  NC_008527  654490  654750  +  261  transposase  YP_808691  unclonable  0.00000230067  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0729  CDS  NC_008527  676847  678649  +  1803  amylopullulanase  YP_808712  unclonable  0.00401162  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0730  CDS  NC_008527  678725  678982  +  258  XRE family transcriptional regulator  YP_808713  unclonable  0.00000239544  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0731  CDS  NC_008527  679082  679231  +  150  hypothetical protein  YP_808714  unclonable  0.00000143266  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0801  CDS  NC_008527  745561  746451  +  891  transposase  YP_808780  unclonable  0.0000583007  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0802    NC_008527  746509  746814  +  306      unclonable  0.00000421377  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0803  CDS  NC_008527  747244  748650  +  1407  hypothetical protein  YP_808781  unclonable  0.00119738  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0813  CDS  NC_008527  756119  756592  +  474  hypothetical protein  YP_808788  unclonable  0.00000388693  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0847  CDS  NC_008527  786599  787108  +  510  hypothetical protein  YP_808821  unclonable  0.00000607562  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0855  CDS  NC_008527  791511  791801  -  291  transposase  YP_808828  unclonable  0.00000259877  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0856  CDS  NC_008527  792015  793037  +  1023  N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase  YP_808829  unclonable  0.000126902  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0868  CDS  NC_008527  807193  808533  -  1341  amino acid permease  YP_808841  unclonable  0.000444589  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0869  CDS  NC_008527  808693  808860  -  168  hypothetical protein  YP_808842  unclonable  0.00000203901  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0870  CDS  NC_008527  808863  809708  +  846  HAD superfamily hydrolase  YP_808843  unclonable  0.0000525914  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0871  CDS  NC_008527  809718  810269  +  552  hypothetical protein  YP_808844  unclonable  0.0000102728  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0885  CDS  NC_008527  824830  826089  +  1260  NADH dehydrogenase  YP_808856  unclonable  0.000409251  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0886  CDS  NC_008527  826230  828236  +  2007  NADH dehydrogenase  YP_808857  unclonable  0.00969206  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0892  CDS  NC_008527  833115  833261  -  147  hypothetical protein  YP_808863  unclonable  0.0000019569  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0896  CDS  NC_008527  838457  839683  +  1227  30S ribosomal protein S1  YP_808867  unclonable  0.000252731  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0908  CDS  NC_008527  852217  853635  +  1419  dipeptidase PepV  YP_808878  unclonable  0.000716409  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0921  CDS  NC_008527  867306  868193  +  888  bifunctional 5,10-methylene-tetrahydrofolate dehydrogenase/ 5,10-methylene-tetrahydrofolate cyclohydrolase  YP_808891  unclonable  0.0000659615  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0922  CDS  NC_008527  868349  869617  +  1269  exodeoxyribonuclease VII large subunit  YP_808892  unclonable  0.000320124  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0925  CDS  NC_008527  871035  872180  +  1146  glycerate kinase  YP_808895  unclonable  0.000221042  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0943  CDS  NC_008527  889273  890163  +  891  transposase  YP_808913  unclonable  0.0000548004  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0944  CDS  NC_008527  890250  890924  +  675  ppGpp synthetase/hydrolase catalytic subunit  YP_808914  unclonable  0.00002331  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0959  CDS  NC_008527  900796  902667  +  1872  hypothetical protein  YP_808928  unclonable  0.00543894  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_1005  CDS  NC_008527  946133  946579  +  447  hypothetical protein  YP_808965  unclonable  0.00000462083  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_1006  CDS  NC_008527  946663  946989  +  327  hypothetical protein  YP_808966  unclonable  0.00000354976  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_1025  CDS  NC_008527  964096  965139  +  1044  heat-inducible transcription repressor  YP_808985  unclonable  0.0000723404  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_1037  CDS  NC_008527  978849  979139  -  291  transposase  YP_808997  unclonable  0.00000447764  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_1038  CDS  NC_008527  979417  980742  +  1326  hypothetical protein  YP_808998  unclonable  0.000431275  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_1042  CDS  NC_008527  983246  985108  +  1863  cation transport ATPase  YP_809001  unclonable  0.0059101  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_1054  CDS  NC_008527  996085  996888  +  804  formate/nitrate transporter  YP_809013  unclonable  0.0000464668  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_1094  CDS  NC_008527  1033838  1035655  +  1818  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  YP_809051  unclonable  0.00431745  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_1217  CDS  NC_008527  1132400  1133485  +  1086  membrane-associated lipoprotein for thiamine biosynthesis  YP_809170  unclonable  0.000151125  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_1218  CDS  NC_008527  1133608  1134360  +  753  sortase (surface protein transpeptidase)  YP_809171  unclonable  0.000016214  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_1226  CDS  NC_008527  1142912  1144420  +  1509  fumarate reductase flavoprotein subunit  YP_809178  unclonable  0.00121043  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_1253  CDS  NC_008527  1167494  1168222  +  729  Acyl-ACP thioesterase  YP_809203  unclonable  0.0000223791  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_1267  CDS  NC_008527  1178424  1178708  -  285  hypothetical protein  YP_809217  unclonable  0.00000180579  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_1268  CDS  NC_008527  1178989  1179498  -  510  rRNA methylase (SpoU class)  YP_809218  unclonable  0.00000665769  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_1280  CDS  NC_008527  1187857  1189143  +  1287  homoserine dehydrogenase  YP_809230  unclonable  0.000268679  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_1289  CDS  NC_008527  1197484  1198680  -  1197  major facilitator superfamily permease  YP_809239  unclonable  0.000157601  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_1360  CDS  NC_008527  1270251  1271426  +  1176  transposase  YP_809303  unclonable  0.000208004  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_1387  CDS  NC_008527  1297552  1298067  -  516  50S ribosomal protein L10  YP_809327  unclonable  0.0000123079  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_1394    NC_008527  1305060  1306302  -  1243      unclonable  0.000185603  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_1404  CDS  NC_008527  1312930  1313169  -  240  hypothetical protein  YP_809342  unclonable  0.0000024693  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_1405  CDS  NC_008527  1313320  1314579  -  1260  diaminopimelate decarboxylase  YP_809343  unclonable  0.000283018  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_1429  CDS  NC_008527  1344937  1346664  -  1728  hypothetical protein  YP_809365  unclonable  0.00343203  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>