51 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag
Gene type
Replicon accession
From
To
Strand
Gene Length
Product
Protein accession
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Organism name
Kingdom
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
Rmet_0409  CDS  NC_007973  436756  437100  -  345  hypothetical protein  YP_582564  unclonable  0.000000000000845037  normal  0.0652986  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_0537  CDS  NC_007973  571191  571811  -  621  MotA/TolQ/ExbB proton channel  YP_582692  hitchhiker  0.000000013307  unclonable  0.0000000588107  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_0538  CDS  NC_007973  572770  574215  +  1446  exodeoxyribonuclease VII large subunit  YP_582693  hitchhiker  0.0000000839459  unclonable  0.0000000860109  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_1200  CDS  NC_007973  1319777  1320355  -  579  phasin  YP_583355  unclonable  0.00000000000122357  normal  0.77319  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_2312  CDS  NC_007973  2531693  2532100  -  408  MerR family transcriptional regulator  YP_584460  unclonable  0.000000000000678056  hitchhiker  0.000026005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_2330  CDS  NC_007973  2543456  2545735  +  2280  helicase-like protein  YP_584476  hitchhiker  0.00169623  unclonable  0.000000304607  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_2331  CDS  NC_007973  2545874  2546473  +  600  hypothetical protein  YP_584477  hitchhiker  0.00000258774  unclonable  0.000000153991  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_2332  CDS  NC_007973  2546470  2547114  +  645  hypothetical protein  YP_584478  hitchhiker  0.0000401183  unclonable  0.00000016196  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_2333  CDS  NC_007973  2547127  2547864  +  738  hypothetical protein  YP_584479  hitchhiker  0.000189055  unclonable  0.000000195999  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_2334  CDS  NC_007973  2547846  2548436  +  591  lytic transglycosylase, catalytic  YP_584480  hitchhiker  0.0000370979  unclonable  0.00000020611  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_2335  CDS  NC_007973  2548433  2548981  +  549  hypothetical protein  YP_584481  hitchhiker  0.00000890552  unclonable  0.00000020611  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_2336  CDS  NC_007973  2548986  2551175  +  2190  hypothetical protein  YP_584482  hitchhiker  0.0000037751  unclonable  0.000000407207  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_2337  CDS  NC_007973  2551172  2551921  +  750  hypothetical protein  YP_584483  unclonable  0.00000000000677124  unclonable  0.000000210338  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_2338  CDS  NC_007973  2551962  2554586  -  2625  hypothetical protein  YP_584484  decreased coverage  0.00000220057  unclonable  0.000000361106  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_2339  CDS  NC_007973  2554596  2555321  -  726  hypothetical protein  YP_584485  decreased coverage  0.000000000143796  unclonable  0.000000136454  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_2340  CDS  NC_007973  2555360  2556262  -  903  hypothetical protein  YP_584486  decreased coverage  0.000000000406719  unclonable  0.000000155562  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_2341  CDS  NC_007973  2556262  2556915  -  654  hypothetical protein  YP_584487  hitchhiker  0.000000000934236  unclonable  0.000000152413  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_2342  CDS  NC_007973  2557226  2558140  -  915  AAA ATPase, central region  YP_584488  hitchhiker  0.0000000434105  unclonable  0.000000175529  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_2343  CDS  NC_007973  2558158  2558733  -  576  hypothetical protein  YP_584489  hitchhiker  0.00000144588  unclonable  0.000000152413  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_2344  CDS  NC_007973  2558730  2559200  -  471  excisionase/Xis, DNA-binding  YP_584490  hitchhiker  0.00000412399  unclonable  0.000000144936  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_2345  CDS  NC_007973  2559404  2559787  +  384  hypothetical protein  YP_584491  hitchhiker  0.0000024781  unclonable  0.000000135076  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_2346  CDS  NC_007973  2559784  2560017  +  234  hypothetical protein  YP_584492  hitchhiker  0.000000285142  unclonable  0.000000125887  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_2347  CDS  NC_007973  2560034  2560393  +  360  hypothetical protein  YP_584493  hitchhiker  0.000000571758  unclonable  0.000000118502  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_2348  CDS  NC_007973  2560406  2560804  +  399  hypothetical protein  YP_584494  hitchhiker  0.00000206285  unclonable  0.000000125887  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_2349  CDS  NC_007973  2560801  2561493  +  693  hypothetical protein  YP_584495  hitchhiker  0.000000252441  unclonable  0.000000139231  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_2350  CDS  NC_007973  2561490  2562401  +  912  hypothetical protein  YP_584496  decreased coverage  0.000000728086  unclonable  0.000000168621  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_2351  CDS  NC_007973  2562391  2563809  +  1419  hypothetical protein  YP_584497  hitchhiker  0.000118679  unclonable  0.000000241983  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_2352  CDS  NC_007973  2563790  2564230  +  441  hypothetical protein  YP_584498  hitchhiker  0.000000432269  unclonable  0.00000015715  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_2353  CDS  NC_007973  2564230  2567121  +  2892  hypothetical protein  YP_584499  decreased coverage  0.00000463521  unclonable  0.00000047318  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_2354  CDS  NC_007973  2567146  2567910  +  765  hypothetical protein  YP_584500  hitchhiker  0.0000019812  unclonable  0.000000147886  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_2355  CDS  NC_007973  2568086  2568580  +  495  DNA repair protein RadC  YP_584501  hitchhiker  0.00000960813  unclonable  0.000000132381  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_2356  CDS  NC_007973  2568745  2569191  +  447  hypothetical protein  YP_584502  hitchhiker  0.00000738169  unclonable  0.000000124616  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_2357  CDS  NC_007973  2569188  2570138  +  951  hypothetical protein  YP_584503  hitchhiker  0.000499719  unclonable  0.000000165257  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_2358  CDS  NC_007973  2570148  2571542  +  1395  hypothetical protein  YP_584504  hitchhiker  0.0000347039  unclonable  0.000000192089  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_2359  CDS  NC_007973  2571539  2571895  +  357  hypothetical protein  YP_584505  hitchhiker  0.0000000686199  unclonable  0.000000113838  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_2360  CDS  NC_007973  2571911  2573458  +  1548  hypothetical protein  YP_584506  decreased coverage  0.0000000403378  unclonable  0.000000201998  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_2361  CDS  NC_007973  2573474  2573833  -  360  hypothetical protein  YP_584507  decreased coverage  0.00000000168319  unclonable  0.000000122129  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_2453  CDS  NC_007973  2664867  2665706  +  840  AraC family transcriptional regulator  YP_584599  unclonable  0.00000000000537916  normal  0.591211  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_3316  CDS  NC_007973  3579914  3580534  -  621  50S ribosomal protein L4  YP_585457  unclonable  0.00000000000298046  normal  1  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_3343  CDS  NC_007973  3619049  3620293  +  1245  nucleoside recognition  YP_585484  unclonable  0.000000000052654  normal  1  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_6093  CDS  NC_007971  207697  209484  +  1788  putative hemagglutinin-related transmembrane  YP_581902  unclonable  0.00000000000000425854  normal  0.476994  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_6183  CDS  NC_007972  32442  34127  +  1686  putative mercuric reductase  YP_581992  hitchhiker  0.00236829  unclonable  0.0000000913433  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_6340  CDS  NC_007972  29099  29659  -  561  hypothetical protein  YP_003518264  hitchhiker  0.0000000192595  unclonable  0.0000000553775  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_6341  CDS  NC_007972  30066  30350  -  285  'toxin of a toxin/antitoxin system, parE-like; Plasmid stabilization system protein (IncP-1beta multiresistance plasmid pB8)Addiction module toxin, RelE/StbE'  YP_003518265  hitchhiker  0.0000179089  unclonable  0.000000047635  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_6342  CDS  NC_007972  30347  30625  -  279  antitoxin of a toxin/antitoxin system  YP_003518266  hitchhiker  0.000639771  unclonable  0.0000000491006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_6343    NC_007972  30864  31229  +  366      hitchhiker  0.00153722  unclonable  0.000000047635  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_6344  CDS  NC_007972  31226  31714  -  489  Hg(II) resistance regulatory protein MerR  YP_003518267  hitchhiker  0.000851109  unclonable  0.0000000537327  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_6345  CDS  NC_007972  31732  32082  +  351  mercuric ion transport protein MerT  YP_003518268  hitchhiker  0.000789879  unclonable  0.0000000448474  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_6346  CDS  NC_007972  32095  32370  +  276  Hg(II) resistance protein MerP  YP_003518269  hitchhiker  0.000621364  unclonable  0.0000000448474  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_6615  CDS  NC_007974  148293  148493  +  201  hypothetical protein  YP_003518091  unclonable  0.00000000000000300049  normal  1  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_R0041  tRNA  NC_007973  2664646  2664721  +  76  tRNA-Asn    unclonable  0.0000000000000766368  normal  0.537941  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>