151 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Locus tag
Gene type
Replicon accession
From
To
Strand
Gene Length
Product
Protein accession
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Organism name
Kingdom
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
TDE0018  CDS  NC_002967  23163  23663  -  501  LysM domain-containing protein  NP_970635  unclonable  0.00000000125361  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0019  CDS  NC_002967  23755  25419  -  1665  formate--tetrahydrofolate ligase  NP_970636  unclonable  0.00000114952  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0030  CDS  NC_002967  38018  38797  -  780  prolipoprotein diacylglyceryl transferase, putative  NP_970647  unclonable  0.00000000620053  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0031  CDS  NC_002967  38925  39185  -  261  hypothetical protein  NP_970648  unclonable  0.000000000332041  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0156  CDS  NC_002967  180434  183661  -  3228  adenylate/guanylate cyclase catalytic domain-containing protein  NP_970773  unclonable  0.000640114  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0177  CDS  NC_002967  209881  210555  -  675  hypothetical protein  NP_970793  unclonable  0.00000000813125  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0178  CDS  NC_002967  210628  212718  -  2091  methyl-accepting chemotaxis protein  NP_970794  unclonable  0.0000210736  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0204  CDS  NC_002967  237108  238628  +  1521  glutamyl-tRNA synthetase  NP_970820  unclonable  0.000000464542  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0207  CDS  NC_002967  241742  243097  +  1356  GntP family permease  NP_970823  unclonable  0.000000342719  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0212  CDS  NC_002967  247348  248325  -  978  hypothetical protein  NP_970828  unclonable  0.0000000728433  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0213  CDS  NC_002967  248408  249550  -  1143  TPR domain-containing protein  NP_970829  unclonable  0.0000000856086  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0228  CDS  NC_002967  259701  260693  -  993  hypothetical protein  NP_970844  unclonable  0.0000000838825  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0230  CDS  NC_002967  262889  263971  -  1083  DNA replication and repair protein RecF  NP_970846  unclonable  0.0000000612971  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0231  CDS  NC_002967  263980  265083  -  1104  DNA polymerase III, beta subunit  NP_970847  unclonable  0.0000000874025  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0274  CDS  NC_002967  304720  306513  -  1794  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  NP_970888  unclonable  0.00000298465  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0295  CDS  NC_002967  324310  326757  -  2448  DNA gyrase, A subunit  NP_970909  unclonable  0.000104169  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0298  CDS  NC_002967  328103  330061  +  1959  hypothetical protein  NP_970912  unclonable  0.00000564529  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0316  CDS  NC_002967  348960  350549  -  1590  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  NP_970930  unclonable  0.00000154446  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0317  CDS  NC_002967  350796  351176  +  381  hypothetical protein  NP_970931  unclonable  0.00000000156434  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0336  CDS  NC_002967  375283  376401  -  1119  hypothetical protein  NP_970950  unclonable  0.0000000639163  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0404  CDS  NC_002967  455449  455589  -  141  hypothetical protein  NP_971018  unclonable  0.000000000285386  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0405  CDS  NC_002967  455610  457241  +  1632  major outer sheath protein  NP_971019  unclonable  0.00000186977  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0409  CDS  NC_002967  461717  462193  +  477  hypothetical protein  NP_971023  unclonable  0.00000000220174  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0439  CDS  NC_002967  495194  495913  -  720  hypothetical protein  NP_971053  unclonable  0.0000000082985  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0440  CDS  NC_002967  496091  496366  +  276  DNA-binding protein  NP_971054  unclonable  0.000000000374773  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0441  CDS  NC_002967  496466  496735  -  270  hypothetical protein  NP_971055  unclonable  0.000000000390206  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0442  CDS  NC_002967  496779  497813  -  1035  hypothetical protein  NP_971056  unclonable  0.0000000218862  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0443  CDS  NC_002967  498078  499052  +  975  hypothetical protein  NP_971057  unclonable  0.0000000369612  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0447  CDS  NC_002967  502898  505876  +  2979  TPR domain-containing protein  NP_971061  unclonable  0.000620141  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0449  CDS  NC_002967  506639  507121  -  483  ferritin, putative  NP_971063  unclonable  0.00000000133256  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0457  CDS  NC_002967  513665  514189  +  525  hypothetical protein  NP_971071  unclonable  0.00000000158062  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0458  CDS  NC_002967  514167  514280  +  114  hypothetical protein  NP_971072  unclonable  0.000000000176344  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0459  CDS  NC_002967  514522  515301  +  780  hypothetical protein  NP_971073  unclonable  0.0000000129693  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0460  CDS  NC_002967  515364  516032  -  669  transporter, putative  NP_971074  unclonable  0.00000000671937  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0525  CDS  NC_002967  570690  571223  +  534  hypothetical protein  NP_971139  unclonable  0.00000000185554  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0651    NC_002967  685993  688064  -  2072      unclonable  0.0000172129  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0652  CDS  NC_002967  688317  689051  +  735  hypothetical protein  NP_971265  unclonable  0.00000000453959  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0716  CDS  NC_002967  750968  751804  +  837  CAAX amino terminal protease family protein  NP_971328  unclonable  0.0000000180726  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0717  CDS  NC_002967  751919  752440  +  522  hypothetical protein  NP_971329  unclonable  0.00000000233957  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0737  CDS  NC_002967  775498  775764  -  267  hypothetical protein  NP_971348  unclonable  0.000000000370913  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0743  CDS  NC_002967  778858  779811  +  954  thioredoxin reductase  NP_971354  unclonable  0.0000000408634  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0811  CDS  NC_002967  831071  832438  -  1368  efflux protein, putative  NP_971421  unclonable  0.000000282778  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0812  CDS  NC_002967  832584  834197  +  1614  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  NP_971422  unclonable  0.00000243426  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0815  CDS  NC_002967  836067  837455  -  1389  hypothetical protein  NP_971425  unclonable  0.000000488544  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0816  CDS  NC_002967  837461  838654  -  1194  M20/M25/M40 family peptidase  NP_971426  unclonable  0.0000000910031  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0823  CDS  NC_002967  844881  845312  +  432  (3R)-hydroxymyristoyl-(acyl-carrier-protein) dehydratase, putative  NP_971433  unclonable  0.00000000131883  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0842  CDS  NC_002967  861855  863903  +  2049  cytoplasmic filament protein A  NP_971452  unclonable  0.0000333525  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0850  CDS  NC_002967  872470  874635  -  2166  methyl-accepting chemotaxis protein  NP_971460  unclonable  0.0000224033  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0851  CDS  NC_002967  874839  875087  -  249  hypothetical protein  NP_971461  unclonable  0.000000000394268  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0881  CDS  NC_002967  901307  901552  +  246  ribosomal protein S16  NP_971491  unclonable  0.000000000838528  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0888  CDS  NC_002967  904823  905065  -  243  hypothetical protein  NP_971498  unclonable  0.0000000011564  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0889  CDS  NC_002967  905230  905874  +  645  hypothetical protein  NP_971499  unclonable  0.00000000947448  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0902  CDS  NC_002967  919470  920222  -  753  hypothetical protein  NP_971512  unclonable  0.00000000720917  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0922  CDS  NC_002967  941937  943730  -  1794  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  NP_971532  unclonable  0.00000416921  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1041  CDS  NC_002967  1068464  1070560  +  2097  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  NP_971649  unclonable  0.0000243364  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1047  CDS  NC_002967  1074237  1074611  +  375  30S ribosomal protein S12  NP_971655  unclonable  0.000000000671738  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1072  CDS  NC_002967  1100881  1103496  +  2616  putative lipoprotein  NP_971680  unclonable  0.000214841  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1180  CDS  NC_002967  1209009  1209923  -  915  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  NP_971788  unclonable  0.0000000254745  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1194  CDS  NC_002967  1225113  1227683  +  2571  hypothetical protein  NP_971801  unclonable  0.000186085  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1231  CDS  NC_002967  1263569  1265293  -  1725  hypothetical protein  NP_971838  unclonable  0.00000376662  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1232  CDS  NC_002967  1265443  1267122  -  1680  hypothetical protein  NP_971839  unclonable  0.00000146578  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1233  CDS  NC_002967  1267343  1267669  +  327  hypothetical protein  NP_971840  unclonable  0.00000000036344  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1237  CDS  NC_002967  1270508  1270876  +  369  hypothetical protein  NP_971844  unclonable  0.000000000735783  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1238  CDS  NC_002967  1270955  1271305  +  351  preprotein translocase subunit SecG  NP_971845  unclonable  0.00000000063807  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1259  CDS  NC_002967  1292336  1293760  -  1425  amino acid carrier family protein  NP_971866  unclonable  0.000000459573  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1275  CDS  NC_002967  1309660  1310613  -  954  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, permease protein  NP_971882  unclonable  0.0000000495045  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1288  CDS  NC_002967  1326457  1327335  +  879  CAAX amino terminal protease family protein  NP_971895  unclonable  0.0000000150846  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1296  CDS  NC_002967  1333554  1333844  -  291  ribosomal subunit interface protein, putative  NP_971902  unclonable  0.00000000059451  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1328  CDS  NC_002967  1363052  1363492  -  441  hypothetical protein  NP_971934  unclonable  0.0000000012407  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1329  CDS  NC_002967  1363643  1365406  +  1764  AAA family ATPase  NP_971935  unclonable  0.00000361614  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1339  CDS  NC_002967  1375947  1376228  +  282  stage V sporulation protein G  NP_971945  unclonable  0.00000000063807  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1408  CDS  NC_002967  1450969  1451679  +  711  flagellar filament outer layer protein FlaA, putative  NP_972014  unclonable  0.00000000838492  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1501  CDS  NC_002967  1548181  1550982  +  2802  pyruvate phosphate dikinase  NP_972107  unclonable  0.000334669  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1508  CDS  NC_002967  1556116  1556511  +  396  hypothetical protein  NP_972114  unclonable  0.0000000024604  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1509  CDS  NC_002967  1556529  1557194  +  666  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein, putative  NP_972115  unclonable  0.00000000891306  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1510  CDS  NC_002967  1557320  1558588  +  1269  hypothetical protein  NP_972116  unclonable  0.000000353289  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1580  CDS  NC_002967  1627579  1629816  -  2238  hypothetical protein  NP_972186  unclonable  0.0000261216  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1651  CDS  NC_002967  1698211  1698822  -  612  BioY family protein  NP_972257  unclonable  0.00000000463296  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1652  CDS  NC_002967  1698947  1700614  -  1668  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  NP_972258  unclonable  0.00000177723  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1660  CDS  NC_002967  1710800  1715356  -  4557  leucine rich repeat domain-containing protein  NP_972265  unclonable  0.00213306  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1668  CDS  NC_002967  1721358  1722734  +  1377  amino acid permease family protein  NP_972273  unclonable  0.000000379191  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1670  CDS  NC_002967  1724003  1724551  -  549  MarR family transcriptional regulator  NP_972275  unclonable  0.00000000203174  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1678  CDS  NC_002967  1730292  1730573  -  282  30S ribosomal protein S6  NP_972283  unclonable  0.000000000685553  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1710  CDS  NC_002967  1765306  1765575  -  270  30S ribosomal protein S20  NP_972314  unclonable  0.000000000312483  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1711  CDS  NC_002967  1765642  1766808  -  1167  RelA/SpoT domain-containing protein  NP_972315  unclonable  0.0000000626045  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1712  CDS  NC_002967  1766956  1768005  -  1050  flagellar filament outer layer protein  NP_972316  unclonable  0.0000000230251  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1713  CDS  NC_002967  1768100  1768558  -  459  hypothetical protein  NP_972317  unclonable  0.00000000130525  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1714  CDS  NC_002967  1768573  1769586  -  1014  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  NP_972318  unclonable  0.0000000314617  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1853  CDS  NC_002967  1882056  1882172  -  117  hypothetical protein  NP_972457  unclonable  0.000000000162728  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1854  CDS  NC_002967  1882482  1882805  -  324  nucleotidyltransferase family protein  NP_972458  unclonable  0.00000000063807  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1855  CDS  NC_002967  1882986  1883273  +  288  hypothetical protein  NP_972459  unclonable  0.000000000728203  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1856  CDS  NC_002967  1883273  1884016  +  744  radical SAM domain-containing protein  NP_972460  unclonable  0.0000000120837  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1857  CDS  NC_002967  1884019  1884540  -  522  hypothetical protein  NP_972461  unclonable  0.00000000332835  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1858  CDS  NC_002967  1884772  1885086  +  315  PadR family transcriptional regulator  NP_972462  unclonable  0.000000000789415  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1865  CDS  NC_002967  1889231  1892284  -  3054  M16 family peptidase  NP_972469  unclonable  0.000469623  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1871  CDS  NC_002967  1893752  1894612  -  861  hypothetical protein  NP_972475  unclonable  0.0000000201815  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1872  CDS  NC_002967  1894659  1894781  -  123  hypothetical protein  NP_972476  unclonable  0.000000000325351  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1873  CDS  NC_002967  1894819  1895685  -  867  hypothetical protein  NP_972477  unclonable  0.0000000278939  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1889  CDS  NC_002967  1909590  1910978  -  1389  branched-chain amino acid transport system II carrier protein  NP_972492  unclonable  0.000000356974  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1890  CDS  NC_002967  1911152  1911289  +  138  hypothetical protein  NP_972493  unclonable  0.000000000198896  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>