81 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag
Gene type
Replicon accession
From
To
Strand
Gene Length
Product
Protein accession
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Organism name
Kingdom
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
DehaBAV1_0038  CDS  NC_009455  35186  35794  -  609  methyltransferase type 11  YP_001213508  unclonable  0.00000000354346  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0039  CDS  NC_009455  35805  35999  -  195  hypothetical protein  YP_001213509  unclonable  0.000000000445596  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0040  CDS  NC_009455  36141  36512  +  372  hypothetical protein  YP_001213510  unclonable  0.000000000897213  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0041  CDS  NC_009455  36648  37094  +  447  C_GCAxxG_C_C family protein  YP_001213511  unclonable  0.00000000104538  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0042  CDS  NC_009455  37091  38194  -  1104  GTP-dependent nucleic acid-binding protein EngD  YP_001213512  unclonable  0.0000000318827  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0100  CDS  NC_009455  100821  101420  -  600  hypothetical protein  YP_001213569  unclonable  0.00000000169664  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0168  CDS  NC_009455  168301  169266  -  966  integral membrane protein TerC  YP_001213637  unclonable  0.0000000120388  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0169  CDS  NC_009455  169433  171118  -  1686  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  YP_001213638  unclonable  0.000000471101  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0300  CDS  NC_009455  308790  309389  +  600  hypothetical protein  YP_001213764  unclonable  0.0000000011922  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0314  CDS  NC_009455  322188  323684  -  1497  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  YP_001213778  unclonable  0.000000179563  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0320  CDS  NC_009455  328856  329905  +  1050  S-adenosyl-methyltransferase MraW  YP_001213784  unclonable  0.0000000221131  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0321  CDS  NC_009455  329976  331202  +  1227  cell division protein FtsA  YP_001213785  unclonable  0.0000000252759  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0322  CDS  NC_009455  331242  332372  +  1131  cell division protein FtsZ  YP_001213786  unclonable  0.0000000212149  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0323  CDS  NC_009455  332516  333043  +  528  transcriptional regulator NrdR  YP_001213787  unclonable  0.00000000111081  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0324  CDS  NC_009455  333045  335645  +  2601  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit alpha  YP_001213788  unclonable  0.0000374976  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0325  CDS  NC_009455  335639  335758  +  120  hypothetical protein  YP_001213789  unclonable  0.000000000306711  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0328  CDS  NC_009455  338112  338561  -  450  GatB/Yqey domain-containing protein  YP_001213792  unclonable  0.000000000906873  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0329  CDS  NC_009455  338563  338757  -  195  30S ribosomal protein S21  YP_001213793  unclonable  0.000000000310011  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0330  CDS  NC_009455  338931  340652  -  1722  hypothetical protein  YP_001213794  unclonable  0.000000466055  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0331  CDS  NC_009455  340905  341219  +  315  hypothetical protein  YP_001213795  unclonable  0.000000000450707  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0346  CDS  NC_009455  352061  353194  +  1134  carboxyl-terminal protease  YP_001213809  unclonable  0.0000000371247  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0347  CDS  NC_009455  353310  354350  +  1041  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit alpha  YP_001213810  unclonable  0.0000000247571  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0359  CDS  NC_009455  366021  366758  -  738  30S ribosomal protein S2  YP_001213822  unclonable  0.00000000354346  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0370  CDS  NC_009455  378429  380243  -  1815  ATP-dependent metalloprotease FtsH  YP_001213833  unclonable  0.000000686263  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0371  CDS  NC_009455  380315  381145  -  831  endonuclease IV  YP_001213834  unclonable  0.0000000053245  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0372  CDS  NC_009455  381265  381609  +  345  iojap-like protein  YP_001213835  unclonable  0.000000000445596  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0398  CDS  NC_009455  401580  402353  -  774  extracellular solute-binding protein  YP_001213861  unclonable  0.00000000444097  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0436  CDS  NC_009455  440818  441141  -  324  hypothetical protein  YP_001213899  unclonable  0.00000000037567  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0447  CDS  NC_009455  450195  450629  +  435  30S ribosomal protein S12  YP_001213910  unclonable  0.000000000945225  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0465  CDS  NC_009455  459887  460282  +  396  30S ribosomal protein S8  YP_001213928  unclonable  0.000000000455878  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0526  CDS  NC_009455  514001  515563  -  1563  RpoD family RNA polymerase sigma factor  YP_001213989  unclonable  0.000000172392  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0530  CDS  NC_009455  520940  521509  +  570  hypothetical protein  YP_001213993  unclonable  0.000000000860812  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0531  CDS  NC_009455  521567  521800  +  234  hypothetical protein  YP_001213994  unclonable  0.000000000162896  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0542  CDS  NC_009455  529294  529542  -  249  30S ribosomal protein S16  YP_001214005  unclonable  0.000000000153303  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0564  CDS  NC_009455  547445  548623  -  1179  tubulin/FtsZ, GTPase  YP_001214027  unclonable  0.0000000265914  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0565  CDS  NC_009455  548711  549718  -  1008  glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase  YP_001214028  unclonable  0.0000000107769  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0620  CDS  NC_009455  608537  609550  +  1014  periplasmic binding protein  YP_001214083  unclonable  0.0000000216594  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0630  CDS  NC_009455  617866  618189  -  324  thioredoxin  YP_001214093  unclonable  0.000000000762931  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0665  CDS  NC_009455  655214  655600  +  387  FmdB family regulatory protein  YP_001214127  unclonable  0.000000000563996  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0666  CDS  NC_009455  655779  656576  -  798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  YP_001214128  unclonable  0.00000000369604  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0680  CDS  NC_009455  670295  670768  -  474  translation initiation factor 3  YP_001214142  unclonable  0.000000000916638  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0681  CDS  NC_009455  670919  672667  -  1749  threonyl-tRNA synthetase  YP_001214143  unclonable  0.000000323411  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0694  CDS  NC_009455  685062  685391  -  330  hypothetical protein  YP_001214156  unclonable  0.000000000357098  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0724  CDS  NC_009455  714175  714729  +  555  hypothetical protein  YP_001214186  unclonable  0.000000000739859  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0841  CDS  NC_009455  827590  828360  -  771  hypothetical protein  YP_001214302  unclonable  0.00000000664436  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0856  CDS  NC_009455  846047  846679  +  633  membrane protein  YP_001214316  unclonable  0.0000000027794  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0868  CDS  NC_009455  858441  859025  -  585  CDP-alcohol phosphatidyltransferase  YP_001214328  unclonable  0.00000000176842  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0888  CDS  NC_009455  873655  874857  -  1203  elongation factor Tu  YP_001214348  unclonable  0.0000000621917  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0906  CDS  NC_009455  894253  894420  -  168  hypothetical protein  YP_001214366  unclonable  0.000000000171367  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0907  CDS  NC_009455  894502  895101  +  600  hypothetical protein  YP_001214367  unclonable  0.00000000141413  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0918  CDS  NC_009455  904778  905593  +  816  peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap  YP_001214378  unclonable  0.00000000713648  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0962  CDS  NC_009455  951254  951685  -  432  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  YP_001214420  unclonable  0.000000000636353  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0973  CDS  NC_009455  960533  961264  +  732  hypothetical protein  YP_001214431  unclonable  0.00000000657349  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_1017  CDS  NC_009455  1008151  1009419  -  1269  hypothetical protein  YP_001214475  unclonable  0.0000000609148  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_1031  CDS  NC_009455  1025486  1025854  +  369  hypothetical protein  YP_001214489  unclonable  0.000000000520266  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_1032  CDS  NC_009455  1025915  1026676  -  762  5-carboxymethyl-2-hydroxymuconate Delta-isomerase  YP_001214490  unclonable  0.00000000354346  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_1033  CDS  NC_009455  1026840  1027385  +  546  cob(I)yrinic acid a,c-diamide adenosyltransferase  YP_001214491  unclonable  0.00000000156509  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_1034  CDS  NC_009455  1027406  1028503  +  1098  D-fructose 1,6-bisphosphatase  YP_001214492  unclonable  0.0000000176813  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_1035  CDS  NC_009455  1028507  1029106  +  600  RdgB/HAM1 family non-canonical purine NTP pyrophosphatase  YP_001214493  unclonable  0.00000000154841  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_1036  CDS  NC_009455  1029280  1030416  +  1137  DNA polymerase III, beta subunit  YP_001214494  unclonable  0.0000000328779  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_1053  CDS  NC_009455  1048629  1049255  +  627  peptidylprolyl isomerase  YP_001214511  unclonable  0.00000000444097  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_1070  CDS  NC_009455  1060828  1061718  +  891  hypothetical protein  YP_001214528  unclonable  0.0000000232812  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_1071  CDS  NC_009455  1061781  1063001  +  1221  argininosuccinate synthase  YP_001214529  unclonable  0.000000103773  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_1072  CDS  NC_009455  1063002  1064387  +  1386  argininosuccinate lyase  YP_001214530  unclonable  0.000000143666  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_1073  CDS  NC_009455  1064397  1064585  -  189  50S ribosomal protein L28  YP_001214531  unclonable  0.000000000450707  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_1096  CDS  NC_009455  1086876  1088060  -  1185  2-alkenal reductase  YP_001214554  unclonable  0.0000000450263  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_1182  CDS  NC_009455  1157213  1157785  +  573  NADPH-dependent FMN reductase  YP_001214639  unclonable  0.00000000238882  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_1183  CDS  NC_009455  1157787  1158761  -  975  dihydroorotate dehydrogenase 1B  YP_001214640  unclonable  0.0000000240078  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_1213  CDS  NC_009455  1189266  1189754  +  489  exonuclease-like protein  YP_001214670  unclonable  0.00000000173216  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_1214  CDS  NC_009455  1190270  1193356  -  3087  hypothetical protein  YP_001214671  unclonable  0.000319926  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_1215  CDS  NC_009455  1193631  1194905  -  1275  transcription termination factor Rho  YP_001214672  unclonable  0.0000000539864  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_1216  CDS  NC_009455  1194992  1195642  -  651  putative translaldolase  YP_001214673  unclonable  0.00000000404996  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_1295  CDS  NC_009455  1265757  1266182  -  426  ferric uptake regulator family protein  YP_001214752  unclonable  0.000000000494544  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_1296  CDS  NC_009455  1266227  1266775  +  549  SsrA-binding protein  YP_001214753  unclonable  0.000000000870079  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_1377  CDS  NC_009455  1334385  1334603  +  219  NifU domain-containing protein  YP_001214832  unclonable  0.000000000465416  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_1378  CDS  NC_009455  1334661  1335878  -  1218  aspartate kinase  YP_001214833  unclonable  0.0000000455127  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_R0015  tRNA  NC_009455  655617  655691  +  75  tRNA-Met    unclonable  0.000000000125426  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_R0028  tRNA  NC_009455  874886  874961  -  76  tRNA-Thr    unclonable  0.000000000277136  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_R0029  tRNA  NC_009455  875024  875107  -  84  tRNA-Tyr    unclonable  0.000000000326134  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_R0030  tRNA  NC_009455  875147  875219  -  73  tRNA-Thr    unclonable  0.000000000291549  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_R0033  tRNA  NC_009455  895133  895209  -  77  tRNA-Glu    unclonable  0.000000000114551  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>