39 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag
Gene type
Replicon accession
From
To
Strand
Gene Length
Product
Protein accession
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Organism name
Kingdom
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
Acid345_0001  CDS  NC_008009  33  1418  +  1386  chromosomal replication initiator protein DnaA  YP_589080  unclonable  0.0000000704659  normal  0.0525005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria 
 
 
-
 
Acid345_0638  CDS  NC_008009  783336  786545  +  3210  hypothetical protein  YP_589717  unclonable  0.000046909  normal  0.0437117  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria 
 
 
-
 
Acid345_0933  CDS  NC_008009  1183677  1187261  -  3585  Cna B-type protein  YP_590010  unclonable  0.000219871  decreased coverage  0.000250734  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria 
 
 
-
 
Acid345_0934  CDS  NC_008009  1187429  1188829  +  1401  pyridoxal-dependent decarboxylase  YP_590011  unclonable  0.000000218274  decreased coverage  0.000132275  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria 
 
 
-
 
Acid345_0982  CDS  NC_008009  1242900  1244834  -  1935  molecular chaperone DnaK  YP_590059  unclonable  0.000000339197  unclonable  0.0000180058  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria 
 
 
-
 
Acid345_0983  CDS  NC_008009  1245283  1248042  +  2760  peptidase M48, Ste24p  YP_590060  hitchhiker  0.00288747  unclonable  0.0000195095  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria 
 
 
-
 
Acid345_0984  CDS  NC_008009  1248416  1250869  +  2454  ABC efflux pump, inner membrane subunit  YP_590061  normal  1  unclonable  0.0000176456  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria 
 
 
-
 
Acid345_1098  CDS  NC_008009  1375299  1375604  -  306  chaperonin Cpn10/GroES  YP_590175  unclonable  0.000000000347589  hitchhiker  0.000183313  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria 
 
 
-
 
Acid345_1114  CDS  NC_008009  1391491  1392162  +  672  UbiE/COQ5 methyltransferase  YP_590191  normal  1  unclonable  0.0000119347  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria 
 
 
-
 
Acid345_1115  CDS  NC_008009  1392393  1393214  +  822  NmrA-like  YP_590192  normal  1  unclonable  0.000012808  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria 
 
 
-
 
Acid345_1116  CDS  NC_008009  1393251  1393718  -  468  hypothetical protein  YP_590193  normal  1  unclonable  0.0000103626  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria 
 
 
-
 
Acid345_1117  CDS  NC_008009  1394158  1394427  -  270  hypothetical protein  YP_590194  normal  1  unclonable  0.00000974902  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria 
 
 
-
 
Acid345_1118  CDS  NC_008009  1394638  1395201  -  564  hypothetical protein  YP_590195  normal  1  unclonable  0.0000113456  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria 
 
 
-
 
Acid345_1119  CDS  NC_008009  1395232  1395654  -  423  putative phophoslipid binding protein  YP_590196  normal  1  unclonable  0.0000111186  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria 
 
 
-
 
Acid345_1120  CDS  NC_008009  1395880  1396407  +  528  hypothetical protein  YP_590197  normal  1  unclonable  0.0000123032  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria 
 
 
-
 
Acid345_1121  CDS  NC_008009  1397357  1398160  -  804  hypothetical protein  YP_590198  normal  1  unclonable  0.0000113456  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria 
 
 
-
 
Acid345_1122  CDS  NC_008009  1398160  1399176  -  1017  XRE family transcriptional regulator  YP_590199  normal  1  unclonable  0.0000113456  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria 
 
 
-
 
Acid345_1123  CDS  NC_008009  1399177  1399713  -  537  hypothetical protein  YP_590200  normal  0.772439  unclonable  0.00000974902  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria 
 
 
-
 
Acid345_1124  CDS  NC_008009  1399813  1402827  -  3015  vitamin B12-dependent ribonucleotide reductase  YP_590201  normal  0.0740505  unclonable  0.0000199078  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria 
 
 
-
 
Acid345_1125  CDS  NC_008009  1403598  1403954  +  357  CopG family transcriptional regulator  YP_590202  decreased coverage  0.00000121555  unclonable  0.00000692901  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria 
 
 
-
 
Acid345_1126  CDS  NC_008009  1403951  1404235  +  285  addiction module toxin, RelE/StbE  YP_590203  decreased coverage  0.00000106734  unclonable  0.00000665595  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria 
 
 
-
 
Acid345_1127  CDS  NC_008009  1404454  1405533  +  1080  DNA-cytosine methyltransferase  YP_590204  hitchhiker  0.000503374  unclonable  0.0000088158  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria 
 
 
-
 
Acid345_1128  CDS  NC_008009  1405545  1405952  +  408  T/G mismatch-specific endonuclease  YP_590205  hitchhiker  0.00000897003  unclonable  0.00000721328  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria 
 
 
-
 
Acid345_1129  CDS  NC_008009  1405949  1406764  -  816  HNH endonuclease  YP_590206  hitchhiker  0.00000000497129  unclonable  0.00000789585  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria 
 
 
-
 
Acid345_1130  CDS  NC_008009  1407127  1407957  -  831  cyclic nucleotide-binding protein  YP_590207  hitchhiker  0.000651756  unclonable  0.00000750922  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria 
 
 
-
 
Acid345_1224  CDS  NC_008009  1510559  1511746  +  1188  elongation factor Tu  YP_590300  hitchhiker  0.0000327734  unclonable  0.0000129395  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria 
 
 
-
 
Acid345_1225  CDS  NC_008009  1511813  1512184  +  372  30S ribosomal protein S10  YP_590301  hitchhiker  0.00268366  unclonable  0.00000899576  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria 
 
 
-
 
Acid345_1226  CDS  NC_008009  1512255  1512989  +  735  50S ribosomal protein L3  YP_590302  normal  0.0600156  unclonable  0.00000985108  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria 
 
 
-
 
Acid345_1227  CDS  NC_008009  1513055  1513708  +  654  50S ribosomal protein L4  YP_590303  normal  0.150568  unclonable  0.0000101553  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria 
 
 
-
 
Acid345_1228  CDS  NC_008009  1513708  1514004  +  297  50S ribosomal protein L23  YP_590304  normal  0.195733  unclonable  0.00000945894  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria 
 
 
-
 
Acid345_1229  CDS  NC_008009  1514067  1514894  +  828  50S ribosomal protein L2  YP_590305  normal  0.624705  unclonable  0.0000121783  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria 
 
 
-
 
Acid345_1538  CDS  NC_008009  1878137  1881835  -  3699  TonB-dependent receptor  YP_590614  unclonable  0.000318851  normal  0.580638  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria 
 
 
-
 
Acid345_1898  CDS  NC_008009  2276280  2279531  +  3252  glycosyl hydrolase  YP_590973  unclonable  0.0000419875  unclonable  0.0000213557  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria 
 
 
 
Acid345_2072  CDS  NC_008009  2484085  2484954  -  870  putative outer membrane protein B, OmpB  YP_591147  unclonable  0.0000000103201  unclonable  0.0000100522  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria 
 
 
 
Acid345_2073  CDS  NC_008009  2485158  2486021  -  864  parallel beta-helix repeat-containing protein  YP_591148  unclonable  0.00000000671194  unclonable  0.0000105741  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria 
 
 
 
Acid345_3229  CDS  NC_008009  3821333  3822580  -  1248  transcription termination factor Rho  YP_592304  unclonable  0.0000000548676  normal  0.0477745  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria 
 
 
-
 
Acid345_3272  CDS  NC_008009  3875888  3877537  -  1650  hypothetical protein  YP_592347  unclonable  0.000000123414  normal  1  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria 
 
 
-
 
Acid345_3909  CDS  NC_008009  4624580  4628041  +  3462  TonB-dependent receptor  YP_592983  unclonable  0.0000652763  hitchhiker  0.00581227  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria 
 
 
-
 
Acid345_4483  CDS  NC_008009  5321235  5323448  -  2214  TonB-dependent receptor  YP_593557  unclonable  0.00000231942  normal  1  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>