72 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag
Gene type
Replicon accession
From
To
Strand
Gene Length
Product
Protein accession
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Organism name
Kingdom
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
Sde_0323  CDS  NC_007912  401230  403242  +  2013  TonB-like  YP_525799  unclonable  0.00000000416946  normal  0.597274  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0341  CDS  NC_007912  424592  425788  -  1197  topoisomerase IV, subunit B  YP_525817  unclonable  0.000000000001862  normal  0.195257  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0676  CDS  NC_007912  861793  862344  +  552  hypothetical protein  YP_526150  normal  0.0390701  unclonable  0.0000000107509  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0677  CDS  NC_007912  862360  863163  +  804  chitooligosaccharide deacetylase-like  YP_526151  normal  0.457424  unclonable  0.0000000136805  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0678  CDS  NC_007912  863183  863767  +  585  hypothetical protein  YP_526152  normal  0.182465  unclonable  0.0000000142494  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0679  CDS  NC_007912  863897  864166  +  270  hypothetical protein  YP_526153  normal  0.0290339  unclonable  0.000000012497  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0680  CDS  NC_007912  864211  864531  -  321  XRE family transcriptional regulator  YP_526154  normal  0.0200863  unclonable  0.0000000130101  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0690  CDS  NC_007912  893144  894007  +  864  dihydroneopterin aldolase  YP_526164  normal  1  unclonable  0.00000000502165  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0691  CDS  NC_007912  893994  894584  +  591  7, 8-dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase  YP_526165  normal  1  unclonable  0.00000000427811  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0692  CDS  NC_007912  894577  895776  +  1200  hypothetical protein  YP_526166  normal  1  unclonable  0.00000000507336  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0693  CDS  NC_007912  895885  896658  -  774  triosephosphate isomerase  YP_526167  normal  0.444699  unclonable  0.0000000042345  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0694  CDS  NC_007912  896963  897802  -  840  hypothetical protein  YP_526168  normal  0.0969715  unclonable  0.00000000507336  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0695  CDS  NC_007912  897873  898814  -  942  hypothetical protein  YP_526169  normal  0.826864  unclonable  0.00000000538974  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0696  CDS  NC_007912  899044  901956  -  2913  hypothetical protein  YP_526170  unclonable  0.00000664901  unclonable  0.0000000149874  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0697  CDS  NC_007912  902152  903846  +  1695  hypothetical protein  YP_526171  unclonable  0.000000000189598  hitchhiker  0.0000524761  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0698  CDS  NC_007912  903943  904929  -  987  hypothetical protein  YP_526172  unclonable  0.000000000000166533  hitchhiker  0.000562778  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0822  CDS  NC_007912  1070683  1071840  +  1158  Alpha-L-arabinofuranosidase  YP_526296  unclonable  0.000000000001862  normal  1  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0854  CDS  NC_007912  1108779  1109690  +  912  UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase  YP_526328  unclonable  0.0000000000000448339  normal  1  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0885  CDS  NC_007912  1143788  1144369  +  582  SecE subunit of protein translocation complex  YP_526359  unclonable  0.00000000000000205445  hitchhiker  0.00000630572  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0886  CDS  NC_007912  1144561  1145199  +  639  transcription antitermination protein NusG  YP_526360  unclonable  0.00000000000000269191  hitchhiker  0.00000687026  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0889  CDS  NC_007912  1148014  1150992  +  2979  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  YP_526363  hitchhiker  0.0000114339  unclonable  0.0000000138215  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0912  CDS  NC_007912  1177098  1177334  +  237  hypothetical protein  YP_526386  unclonable  2.32009e-16  decreased coverage  0.0000000881745  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0959  CDS  NC_007912  1244548  1244859  +  312  30S ribosomal protein S10  YP_526433  hitchhiker  0.000000000000233604  unclonable  0.00000000572443  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0996  CDS  NC_007912  1278410  1278937  +  528  single-stranded DNA-binding protein  YP_526470  unclonable  0.00000000000000269191  normal  1  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1093  CDS  NC_007912  1398972  1402448  +  3477  TonB-dependent receptor  YP_526567  unclonable  0.000168671  normal  0.12204  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1101  CDS  NC_007912  1419370  1422405  +  3036  TonB-dependent receptor  YP_526575  unclonable  0.0000197247  normal  1  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1120  CDS  NC_007912  1450940  1452880  -  1941  RNAse R  YP_526594  unclonable  0.00000000276354  normal  1  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1175  CDS  NC_007912  1511685  1513481  -  1797  agarase  YP_526649  unclonable  0.000000000232044  unclonable  0.000000011081  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1176  CDS  NC_007912  1513741  1516074  +  2334  agarase  YP_526650  hitchhiker  0.0000515097  unclonable  0.0000000139638  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1263  CDS  NC_007912  1616296  1619058  -  2763  TonB-dependent receptor  YP_526737  unclonable  0.00000516737  unclonable  0.0000000262574  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1264  CDS  NC_007912  1619516  1622287  -  2772  TonB-dependent receptor  YP_526738  hitchhiker  0.00000254862  unclonable  0.0000000223641  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1280  CDS  NC_007912  1642344  1643174  -  831  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  YP_526754  unclonable  0.0000000000000894745  normal  0.234685  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1281  CDS  NC_007912  1643219  1644469  -  1251  hypothetical protein  YP_526755  unclonable  0.00000000000210096  normal  0.378196  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1282  CDS  NC_007912  1644719  1646002  +  1284  hypothetical protein  YP_526756  unclonable  0.00000000000326624  normal  0.558668  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1508  CDS  NC_007912  1944846  1947722  +  2877  TonB-dependent receptor  YP_526982  unclonable  0.00000651564  unclonable  0.0000000259897  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1576  CDS  NC_007912  2024224  2026725  -  2502  ClpX, ATPase regulatory subunit  YP_527050  unclonable  0.00000033468  normal  1  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1593  CDS  NC_007912  2048836  2050062  +  1227  ribosomal protein S32  YP_527067  unclonable  0.0000000000015241  normal  1  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1609  CDS  NC_007912  2068121  2069416  +  1296  ATP-dependent protease ATP-binding subunit ClpX  YP_527083  unclonable  0.00000000000578423  normal  1  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1618  CDS  NC_007912  2079630  2080283  -  654  integral membrane protein  YP_527092  unclonable  0.0000000000000193362  normal  1  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1684  CDS  NC_007912  2151745  2153973  +  2229  isocitrate dehydrogenase (NADP+)  YP_527156  unclonable  0.000000025647  normal  1  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1778  CDS  NC_007912  2268126  2270135  -  2010  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  YP_527250  unclonable  0.00000000296468  normal  1  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1875  CDS  NC_007912  2365617  2366909  +  1293  hypothetical protein  YP_527347  unclonable  0.00000000000304391  normal  1  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1893  CDS  NC_007912  2389080  2391704  -  2625  bifunctional aconitate hydratase 2/2-methylisocitrate dehydratase  YP_527365  unclonable  0.0000010006  normal  1  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_2234  CDS  NC_007912  2838192  2839082  -  891  hypothetical protein  YP_527706  unclonable  0.00000000000013903  unclonable  0.0000000143962  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_2250  CDS  NC_007912  2857694  2858368  -  675  secretion protein HlyD  YP_527722  unclonable  0.00000000000000471731  normal  0.0806236  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_2261  CDS  NC_007912  2868030  2870528  -  2499  hypothetical protein  YP_527733  unclonable  0.000000443628  normal  1  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_2288  CDS  NC_007912  2910436  2913219  +  2784  peptidase M24A  YP_527760  unclonable  0.0000032845  unclonable  0.0000000380326  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_2289  CDS  NC_007912  2913333  2915945  -  2613  outer membrane protein  YP_527761  decreased coverage  0.0000176254  unclonable  0.000000033388  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_2632  CDS  NC_007912  3329473  3331296  -  1824  HflK  YP_528104  unclonable  0.00000000143868  normal  0.498277  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_2652  CDS  NC_007912  3357476  3361108  +  3633  3-dehydroquinate synthase  YP_528124  unclonable  0.000360118  normal  0.0199769  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_2656  CDS  NC_007912  3370836  3371774  +  939  2-keto-3-deoxygluconate kinase  YP_528128  unclonable  0.00000000000013903  normal  0.883759  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_2695  CDS  NC_007912  3421590  3422690  -  1101  carbamoyl-phosphate synthase, large subunit, glutamine-dependent  YP_528167  unclonable  0.000000000000319474  decreased coverage  0.000345849  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_2742  CDS  NC_007912  3470910  3471362  -  453  hypothetical protein  YP_528214  unclonable  1.60217e-16  normal  1  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_2798  CDS  NC_007912  3529208  3531268  +  2061  TonB-dependent receptor  YP_528267  unclonable  0.00000000816891  hitchhiker  0.0000136093  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_2827  CDS  NC_007912  3564704  3566656  -  1953  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  YP_528296  unclonable  0.00000000305574  hitchhiker  0.00171331  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_2833  CDS  NC_007912  3577049  3578389  -  1341  hypothetical protein  YP_528302  unclonable  0.00000000000539183  normal  0.0320979  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_2839  CDS  NC_007912  3586312  3587415  -  1104  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  YP_528308  unclonable  0.000000000000472325  normal  0.357499  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_2946  CDS  NC_007912  3743893  3746094  -  2202  hypothetical protein  YP_528415  unclonable  0.0000000153655  normal  1  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_2985  CDS  NC_007912  3789988  3791991  +  2004  hypothetical protein  YP_528454  unclonable  0.00000000400495  hitchhiker  0.00618409  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_2991  CDS  NC_007912  3801424  3804465  -  3042  hypothetical protein  YP_528460  unclonable  0.0000283322  hitchhiker  0.000000325565  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_3035  CDS  NC_007912  3877481  3880159  +  2679  TonB-dependent receptor  YP_528504  unclonable  0.00000163798  decreased coverage  0.00000214604  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_3094  CDS  NC_007912  3947745  3948545  +  801  GntR family transcriptional regulator  YP_528563  unclonable  0.0000000000000466752  normal  1  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_3192  CDS  NC_007912  4069368  4070399  -  1032  rod shape-determining protein MreB  YP_528661  unclonable  0.000000000000467509  normal  1  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_3272  CDS  NC_007912  4176251  4177909  +  1659  hypothetical protein  YP_528739  unclonable  0.000000000109169  hitchhiker  0.00653931  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_3276  CDS  NC_007912  4184499  4185350  -  852  hypothetical protein  YP_528743  unclonable  0.0000000000000378061  hitchhiker  0.00588252  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_3317  CDS  NC_007912  4232058  4235582  +  3525  Beta-xylosidase-like  YP_528784  unclonable  0.00018095  hitchhiker  0.000000702951  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_3376  CDS  NC_007912  4305690  4307021  +  1332  poly(A) polymerase  YP_528843  unclonable  0.00000000000590256  normal  0.326432  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_3447  CDS  NC_007912  4386669  4389914  +  3246  pectin methylesterase-like  YP_528914  unclonable  0.000110016  hitchhiker  0.000230846  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_3589  CDS  NC_007912  4549071  4550075  +  1005  putative CheA signal transduction histidine kinases  YP_529056  unclonable  0.000000000000185942  normal  0.227845  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_3590  CDS  NC_007912  4550173  4550670  -  498  hypothetical protein  YP_529057  unclonable  0.00000000000000185848  normal  0.312334  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_3881  CDS  NC_007912  4894705  4896948  +  2244  Pectate lyase-like  YP_529348  unclonable  0.0000000360789  normal  0.117799  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_4006  CDS  NC_007912  5042840  5045794  -  2955  TonB-dependent receptor  YP_529473  unclonable  0.000010552  normal  0.168301  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>