125 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Locus tag
Gene type
Replicon accession
From
To
Strand
Gene Length
Product
Protein accession
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Organism name
Kingdom
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
Cthe_0018  CDS  NC_009012  25946  26260  +  315  hypothetical protein  YP_001036453  unclonable  0.00000000000254635  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_0061  CDS  NC_009012  93207  93755  -  549  BioY protein  YP_001036495  unclonable  0.0000000000303529  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_0093  CDS  NC_009012  127090  127890  +  801  septum site-determining protein MinD  YP_001036527  unclonable  0.000000000203093  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_0142  CDS  NC_009012  180470  182107  +  1638  metal dependent phosphohydrolase  YP_001036576  unclonable  0.0000000694732  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_0143  CDS  NC_009012  182307  183608  +  1302  phosphopyruvate hydratase  YP_001036577  unclonable  0.00000000522536  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_0144  CDS  NC_009012  183772  184023  +  252  preprotein translocase, SecG subunit  YP_001036578  unclonable  0.00000000000227972  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_0234  CDS  NC_009012  282265  284796  +  2532  AMP-dependent synthetase and ligase  YP_001036666  unclonable  0.0000591284  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_0243  CDS  NC_009012  293795  294643  +  849  copper amine oxidase-like protein  YP_001036675  unclonable  0.000000000258984  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_0290  CDS  NC_009012  362395  363681  +  1287  homoserine dehydrogenase  YP_001036722  unclonable  0.00000000435351  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_0298  CDS  NC_009012  372821  374623  +  1803  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  YP_001036729  unclonable  0.000000337227  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_0299  CDS  NC_009012  374726  376096  +  1371  MATE efflux family protein  YP_001036730  unclonable  0.0000000180901  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_0307  CDS  NC_009012  385137  385514  +  378  hypothetical protein  YP_001036738  unclonable  0.00000000000534508  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_0412  CDS  NC_009012  516253  518940  +  2688  glycoside hydrolase family protein  YP_001036843  unclonable  0.000331233  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_0445  CDS  NC_009012  560151  561281  +  1131  cell division protein FtsZ  YP_001036876  unclonable  0.00000000149361  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_0504  CDS  NC_009012  614616  615851  +  1236  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  YP_001036934  unclonable  0.00000000299856  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_0612  CDS  NC_009012  750623  752134  +  1512  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  YP_001037040  unclonable  0.0000000214976  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_0637  CDS  NC_009012  784388  784690  -  303  hypothetical protein  YP_001037065  unclonable  0.00000000000550955  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_0714  CDS  NC_009012  869041  871125  +  2085  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  YP_001037142  unclonable  0.00000369991  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_0743  CDS  NC_009012  905340  906794  -  1455  MATE efflux family protein  YP_001037171  unclonable  0.0000000192336  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_0750  CDS  NC_009012  916109  917167  -  1059  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  YP_001037178  unclonable  0.00000000146357  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_0765  CDS  NC_009012  930003  930347  -  345  50S ribosomal protein L19  YP_001037193  unclonable  0.0000000000038778  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_0790  CDS  NC_009012  955302  955586  -  285  hythetical protein  YP_001037218  unclonable  0.00000000000412009  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_0791  CDS  NC_009012  955606  956073  -  468  hypothetical protein  YP_001037219  unclonable  0.0000000000158069  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_0792  CDS  NC_009012  956159  956863  -  705  hypothetical protein  YP_001037220  unclonable  0.0000000000822407  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_0837  CDS  NC_009012  1016342  1016746  -  405  hypothetical protein  YP_001037265  unclonable  0.0000000000105699  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_0876  CDS  NC_009012  1050392  1051684  +  1293  glycosyl transferase family protein  YP_001037303  unclonable  0.00000000359561  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_0881  CDS  NC_009012  1057225  1058355  -  1131  diguanylate cyclase  YP_001037308  unclonable  0.00000000228326  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_0904  CDS  NC_009012  1080830  1082167  -  1338  protein-export membrane protein SecD  YP_001037331  unclonable  0.000000019832  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_0917  CDS  NC_009012  1099458  1101200  -  1743  glutaminyl-tRNA synthetase  YP_001037344  unclonable  0.000000234027  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_0929  CDS  NC_009012  1117753  1118013  -  261  stage V sporulation protein S  YP_001037356  unclonable  0.00000000000157372  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_0976  CDS  NC_009012  1166013  1167005  -  993  phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide- transferase  YP_001037401  unclonable  0.000000000621258  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_1004  CDS  NC_009012  1200649  1201356  -  708  uridylate kinase  YP_001037429  unclonable  0.0000000000758242  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_1005  CDS  NC_009012  1201497  1202144  -  648  elongation factor Ts  YP_001037430  unclonable  0.0000000000692768  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_1006  CDS  NC_009012  1202340  1203098  -  759  30S ribosomal protein S2  YP_001037431  unclonable  0.000000000128012  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_1016  CDS  NC_009012  1216468  1217526  -  1059  cell wall hydrolase/autolysin  YP_001037441  unclonable  0.000000000634005  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_1020  CDS  NC_009012  1220262  1221641  -  1380  extracellular solute-binding protein  YP_001037445  unclonable  0.0000000124434  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_1027  CDS  NC_009012  1228942  1229445  -  504  hypothetical protein  YP_001037452  unclonable  0.00000000000775006  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_1038  CDS  NC_009012  1241562  1242587  -  1026  germination protease  YP_001037463  unclonable  0.00000000076763  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_1039  CDS  NC_009012  1242708  1243055  +  348  ribosomal protein S20  YP_001037464  unclonable  0.00000000000562255  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_1040  CDS  NC_009012  1243141  1244169  -  1029  DNA polymerase III, delta subunit  YP_001037465  unclonable  0.000000000902231  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_1151  CDS  NC_009012  1368803  1369870  -  1068  hypothetical protein  YP_001037576  unclonable  0.000000000920746  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_1156  CDS  NC_009012  1373054  1375117  +  2064  zinc finger, CHC2-type  YP_001037581  unclonable  0.00000142218  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_1157  CDS  NC_009012  1375216  1375503  +  288  hypothetical protein  YP_001037582  unclonable  0.000000000000973204  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_1283  CDS  NC_009012  1559012  1559653  -  642  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  YP_001037708  unclonable  0.0000000000427752  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_1346  CDS  NC_009012  1638158  1640641  -  2484  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  YP_001037771  unclonable  0.0000597878  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_1364  CDS  NC_009012  1657460  1658638  -  1179  hypothetical protein  YP_001037789  unclonable  0.0000000024275  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_1377  CDS  NC_009012  1680926  1681369  -  444  hypothetical protein  YP_001037802  unclonable  0.0000000000058538  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_1378  CDS  NC_009012  1681546  1683066  -  1521  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  YP_001037803  unclonable  0.0000000458361  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_1404  CDS  NC_009012  1720661  1722811  +  2151  GTP-binding protein, HSR1-related  YP_001037828  unclonable  0.00000264351  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_1420  CDS  NC_009012  1739177  1739773  -  597  hypothetical protein  YP_001037844  unclonable  0.0000000000356412  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_1421  CDS  NC_009012  1740053  1741033  +  981  signal peptide peptidase SppA, 36K type  YP_001037845  unclonable  0.000000000360798  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_1458  CDS  NC_009012  1777408  1778217  -  810  extracellular solute-binding protein  YP_001037880  unclonable  0.000000000125438  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_1609  CDS  NC_009012  1938931  1940499  -  1569  recombinase  YP_001038026  unclonable  0.0000000418639  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_1631  CDS  NC_009012  1958009  1959793  -  1785  hypothetical protein  YP_001038048  unclonable  0.000000289868  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_1748  CDS  NC_009012  2067664  2069217  -  1554  hypothetical protein  YP_001038162  unclonable  0.0000000315273  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_1766  CDS  NC_009012  2088334  2089167  -  834  gamma-glutamyl kinase  YP_001038180  unclonable  0.000000000141606  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_1767  CDS  NC_009012  2089411  2090412  -  1002  hypothetical protein  YP_001038181  unclonable  0.0000000003872  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_1783  CDS  NC_009012  2103995  2104432  -  438  50S ribosomal protein L13  YP_001038197  unclonable  0.0000000000118025  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_1840  CDS  NC_009012  2184775  2185710  -  936  cysteine synthase  YP_001038254  unclonable  0.000000000292185  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_1858  CDS  NC_009012  2203047  2204174  -  1128  peptidase M23B  YP_001038272  unclonable  0.00000000219165  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_1859  CDS  NC_009012  2204242  2205126  -  885  cell division protein FtsX  YP_001038273  unclonable  0.000000000215986  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_1860  CDS  NC_009012  2205095  2205802  -  708  cell division ATP-binding protein FtsE  YP_001038274  unclonable  0.0000000000300417  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_1910  CDS  NC_009012  2271729  2272976  -  1248  hypothetical protein  YP_001038322  unclonable  0.00000000707151  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_1917  CDS  NC_009012  2285111  2287828  -  2718  ATPase, P-type (transporting), HAD superfamily, subfamily IC  YP_001038329  unclonable  0.000324305  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_1935  CDS  NC_009012  2310240  2311934  -  1695  arginyl-tRNA synthetase  YP_001038346  unclonable  0.0000000950947  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_1936  CDS  NC_009012  2311897  2312364  -  468  hypothetical protein  YP_001038347  unclonable  0.00000000001254  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_2019  CDS  NC_009012  2397727  2399574  -  1848  hypothetical protein  YP_001038424  unclonable  0.0000003618  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_2021  CDS  NC_009012  2401083  2401475  -  393  hypothetical protein  YP_001038426  unclonable  0.00000000000403727  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_2066  CDS  NC_009012  2458313  2459059  -  747  serine O-acetyltransferase  YP_001038466  unclonable  0.000000000110078  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_2090  CDS  NC_009012  2485653  2486231  -  579  hypothetical protein  YP_001038490  unclonable  0.0000000000477931  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_2100  CDS  NC_009012  2496719  2496958  +  240  AbrB family transcriptional regulator  YP_001038500  unclonable  0.00000000000145229  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_2101  CDS  NC_009012  2497080  2497922  -  843  hypothetical protein  YP_001038501  unclonable  0.0000000000956385  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_2102  CDS  NC_009012  2497915  2498670  -  756  methyltransferase small  YP_001038502  unclonable  0.0000000000596088  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_2143  CDS  NC_009012  2546886  2547227  -  342  hypothetical protein  YP_001038540  unclonable  0.00000000000242142  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_2174  CDS  NC_009012  2587649  2589610  -  1962  transcription termination factor Rho  YP_001038569  unclonable  0.000000672374  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_2180  CDS  NC_009012  2596971  2598278  +  1308  Cl- channel, voltage gated  YP_001038575  unclonable  0.00000000426596  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_2249  CDS  NC_009012  2675408  2677648  -  2241  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  YP_001038644  unclonable  0.00000721338  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_2327  CDS  NC_009012  2773136  2773927  -  792  beta-lactamase-like protein  YP_001038722  unclonable  0.000000000211578  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_2334  CDS  NC_009012  2781498  2783342  -  1845  polysaccharide biosynthesis protein CapD  YP_001038729  unclonable  0.00000027  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_2335  CDS  NC_009012  2783469  2784941  -  1473  polysaccharide biosynthesis protein  YP_001038730  unclonable  0.000000025001  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_2347  CDS  NC_009012  2798883  2800163  -  1281  lipopolysaccharide biosynthesis  YP_001038742  unclonable  0.00000000937745  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_2357  CDS  NC_009012  2811392  2812564  +  1173  hypothetical protein  YP_001038752  unclonable  0.00000000200113  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_2358  CDS  NC_009012  2812608  2813261  -  654  accessory gene regulator B  YP_001038753  unclonable  0.0000000000360105  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_2427  CDS  NC_009012  2900096  2901052  +  957  hypothetical protein  YP_001038822  unclonable  0.000000000256327  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_2434  CDS  NC_009012  2907176  2907763  +  588  electron transport complex, RnfABCDGE type, A subunit  YP_001038829  unclonable  0.0000000000205255  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_2462  CDS  NC_009012  2934900  2935646  +  747  BRO-like protein  YP_001038857  unclonable  0.0000000000468179  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_2501  CDS  NC_009012  2967690  2968121  +  432  hypothetical protein  YP_001038896  unclonable  0.00000000000340404  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_2531  CDS  NC_009012  3000447  3001517  +  1071  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  YP_001038926  unclonable  0.000000000783626  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_2610  CDS  NC_009012  3080278  3082032  +  1755  hypothetical protein  YP_001039003  unclonable  0.000000187127  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_2625  CDS  NC_009012  3103245  3103685  +  441  (3R)-hydroxymyristoyl-ACP dehydratase  YP_001039017  unclonable  0.0000000000137292  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_2662  CDS  NC_009012  3140695  3141117  +  423  RNA binding S1  YP_001039054  unclonable  0.0000000000144376  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_2676  CDS  NC_009012  3156409  3157839  +  1431  GumN  YP_001039068  unclonable  0.0000000184674  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_2686  CDS  NC_009012  3170039  3171142  +  1104  type IV pilus assembly protein PilM  YP_001039078  unclonable  0.000000000584895  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_2690  CDS  NC_009012  3176029  3176934  +  906  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  YP_001039082  unclonable  0.000000000203093  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_2691  CDS  NC_009012  3176948  3177484  +  537  galactoside O-acetyltransferase  YP_001039083  unclonable  0.0000000000193243  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_2692  CDS  NC_009012  3177533  3178636  +  1104  glycosyl transferase, group 1  YP_001039084  unclonable  0.00000000235502  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_2711  CDS  NC_009012  3198798  3199979  +  1182  hypothetical protein  YP_001039103  unclonable  0.0000000024275  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_2726  CDS  NC_009012  3218844  3219083  +  240  50S ribosomal protein L7AE  YP_001039118  unclonable  0.00000000000168835  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_2748  CDS  NC_009012  3241796  3242260  +  465  SsrA-binding protein  YP_001039140  unclonable  0.0000000000119247  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_2761  CDS  NC_009012  3258151  3260274  +  2124  glycoside hydrolase family protein  YP_001039153  unclonable  0.00000261631  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>