135 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Locus tag
Gene type
Replicon accession
From
To
Strand
Gene Length
Product
Protein accession
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Organism name
Kingdom
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
PP_0013  CDS  NC_002947  13330  15750  +  2421  DNA gyrase subunit B  NP_742183  normal  0.571026  unclonable  0.0000003087  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0014  CDS  NC_002947  17133  19166  +  2034  transposase, putative  NP_742184  normal  0.285018  unclonable  0.000000281565  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0015  CDS  NC_002947  19163  20122  +  960  AAA ATPase  NP_742185  normal  1  unclonable  0.000000241771  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0016  CDS  NC_002947  20198  22114  +  1917  hypothetical protein  NP_742186  normal  0.490672  unclonable  0.000000381885  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0017  CDS  NC_002947  22171  22530  +  360  transcriptional regulator MvaT, P16 subunit, putative  NP_742187  normal  0.499101  unclonable  0.000000189493  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0018  CDS  NC_002947  23176  24018  +  843  hypothetical protein  NP_742188  normal  1  unclonable  0.000000227401  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0019  CDS  NC_002947  24000  24698  +  699  hypothetical protein  NP_742189  normal  0.61176  unclonable  0.000000199426  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0020  CDS  NC_002947  24695  25570  +  876  hypothetical protein  NP_742190  normal  0.0111189  unclonable  0.00000023208  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0056  CDS  NC_002947  64943  66595  +  1653  GMC family oxidoreductase  NP_742226  normal  1  unclonable  0.000000620913  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0057  CDS  NC_002947  66693  68312  +  1620  major facilitator family transporter  NP_742227  normal  0.0623075  unclonable  0.000000533342  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0058  CDS  NC_002947  68487  69272  -  786  phospholipid/glycerol acyltransferase  NP_742228  hitchhiker  0.000912039  unclonable  0.000000385865  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0059  CDS  NC_002947  69319  69846  -  528  D,D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase  NP_742229  normal  1  unclonable  0.000000331509  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0060  CDS  NC_002947  69850  71904  -  2055  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  NP_742230  normal  1  unclonable  0.000000538802  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0061  CDS  NC_002947  71901  72848  -  948  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  NP_742231  normal  1  unclonable  0.000000378016  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0062  CDS  NC_002947  72932  73483  +  552  DNA-3-methyladenine glycosylase I  NP_742232  normal  1  unclonable  0.000000318334  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0063  CDS  NC_002947  73525  74412  +  888  lipid A biosynthesis lauroyl acyltransferase  NP_742233  normal  1  unclonable  0.000000374186  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0064  CDS  NC_002947  74510  74824  -  315  TPR domain-containing protein  NP_742234  normal  1  unclonable  0.000000302311  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0065  CDS  NC_002947  74836  76209  -  1374  potassium transporter peripheral membrane component  NP_742235  normal  0.948816  unclonable  0.000000448887  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0066  CDS  NC_002947  76233  77543  -  1311  sun protein  NP_742236  normal  1  unclonable  0.000000506957  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0067  CDS  NC_002947  77540  78472  -  933  methionyl-tRNA formyltransferase  NP_742237  normal  0.196453  unclonable  0.000000439837  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0068  CDS  NC_002947  78533  79039  -  507  peptide deformylase  NP_742238  hitchhiker  0.00204301  unclonable  0.00000040176  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0069  CDS  NC_002947  79246  80343  +  1098  DNA protecting protein DprA  NP_742239  normal  0.0131518  unclonable  0.000000561308  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0155  CDS  NC_002947  164019  165455  -  1437  NAD(P)(+) transhydrogenase (AB-specific)  NP_742325  normal  1  unclonable  0.000000848763  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0156    NC_002947  165458  166905  -  1448      normal  0.174307  unclonable  0.000000752228  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0159  CDS  NC_002947  169597  170817  +  1221  CAIB/BAIF family protein  NP_742328  unclonable  0.0000839359  hitchhiker  0.0000973372  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0358  CDS  NC_002947  436399  437286  -  888  RarD protein, DMT superfamily transporter  NP_742525  unclonable  0.0000108784  normal  0.875961  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0387  CDS  NC_002947  471083  472933  -  1851  RNA polymerase sigma factor RpoD  NP_742554  unclonable  0.00859546  normal  1  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0438  CDS  NC_002947  531034  531783  +  750  pantothenate kinase  NP_742604  normal  0.0443405  unclonable  0.00000023208  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0439  CDS  NC_002947  531752  532216  +  465  hypothetical protein  NP_742605  decreased coverage  0.000459183  unclonable  0.000000225098  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0440  CDS  NC_002947  532734  533927  +  1194  elongation factor Tu  NP_742606  normal  0.0580271  unclonable  0.000000302311  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0441  CDS  NC_002947  534102  534470  +  369  preprotein translocase subunit SecE  NP_742607  hitchhiker  0.00228107  unclonable  0.000000275788  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0442  CDS  NC_002947  534480  535013  +  534  transcription antitermination protein NusG  NP_742608  normal  0.122371  unclonable  0.000000284446  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0443  CDS  NC_002947  535133  535564  +  432  50S ribosomal protein L11  NP_742609  normal  0.273232  unclonable  0.00000025949  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0444  CDS  NC_002947  535564  536259  +  696  50S ribosomal protein L1  NP_742610  normal  0.833491  unclonable  0.000000290351  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0445  CDS  NC_002947  536457  536957  +  501  50S ribosomal protein L10  NP_742611  normal  0.470652  unclonable  0.000000241771  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0446  CDS  NC_002947  537035  537400  +  366  50S ribosomal protein L7/L12  NP_742612  normal  0.690504  unclonable  0.000000216154  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0447  CDS  NC_002947  537621  541694  +  4074  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  NP_742613  normal  0.4615  unclonable  0.00000104807  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0448  CDS  NC_002947  541759  545958  +  4200  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  NP_742614  normal  0.402854  unclonable  0.0000011362  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0449  CDS  NC_002947  546170  546541  +  372  30S ribosomal protein S12  NP_742615  normal  0.245069  unclonable  0.000000302311  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0450  CDS  NC_002947  546648  547118  +  471  30S ribosomal protein S7  NP_742616  normal  0.0295757  unclonable  0.000000315052  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0451  CDS  NC_002947  547149  549296  +  2148  elongation factor G  NP_742617  normal  0.163293  unclonable  0.000000517484  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0452  CDS  NC_002947  549324  550517  +  1194  elongation factor Tu  NP_742618  normal  0.536518  unclonable  0.000000302311  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0453  CDS  NC_002947  550659  550970  +  312  30S ribosomal protein S10  NP_742619  normal  0.0704355  unclonable  0.000000189493  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0454  CDS  NC_002947  551051  551686  +  636  50S ribosomal protein L3  NP_742620  decreased coverage  0.00952841  unclonable  0.000000209689  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0455  CDS  NC_002947  551699  552301  +  603  50S ribosomal protein L4  NP_742621  normal  0.035261  unclonable  0.000000191468  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0456  CDS  NC_002947  552298  552597  +  300  50S ribosomal protein L23  NP_742622  normal  0.0420406  unclonable  0.000000164588  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0457  CDS  NC_002947  552612  553436  +  825  50S ribosomal protein L2  NP_742623  normal  0.271317  unclonable  0.000000209689  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0458  CDS  NC_002947  553453  553728  +  276  30S ribosomal protein S19  NP_742624  normal  1  unclonable  0.000000166272  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0459  CDS  NC_002947  553740  554072  +  333  50S ribosomal protein L22  NP_742625  normal  0.292472  unclonable  0.00000017309  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0460  CDS  NC_002947  554086  554772  +  687  30S ribosomal protein S3  NP_742626  normal  0.521801  unclonable  0.00000018203  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0461  CDS  NC_002947  554785  555198  +  414  50S ribosomal protein L16  NP_742627  normal  0.632913  unclonable  0.000000162921  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1117  CDS  NC_002947  1278734  1279993  -  1260  hypothetical protein  NP_743278  normal  0.142464  unclonable  0.000000482056  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1118  CDS  NC_002947  1281215  1282906  -  1692  recombinase-related protein  NP_743279  normal  0.236338  unclonable  0.000000608507  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1285  CDS  NC_002947  1468686  1470140  -  1455  Sel1 domain protein repeat-containing protein  NP_743445  unclonable  0.000475097  normal  1  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1715  CDS  NC_002947  1915858  1916295  +  438  hypothetical protein  NP_743872  unclonable  0.000000338135  normal  0.0231665  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1901  CDS  NC_002947  2144698  2144883  +  186  hypothetical protein  NP_744056  normal  1  unclonable  0.000000321593  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1902  CDS  NC_002947  2144880  2145644  +  765  3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase  NP_744057  normal  1  unclonable  0.000000381885  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1903  CDS  NC_002947  2145644  2146108  +  465  protein tyrosine phosphatase  NP_744058  normal  1  unclonable  0.000000352137  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1904  CDS  NC_002947  2146069  2147124  +  1056  UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase  NP_744059  normal  0.488696  unclonable  0.000000472337  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1905  CDS  NC_002947  2147241  2150516  -  3276  ribonuclease, Rne/Rng family  NP_744060  normal  0.879394  unclonable  0.000000947805  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1906    NC_002947  2151314  2152270  +  957      normal  1  unclonable  0.000000324884  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1907  CDS  NC_002947  2152274  2152948  +  675  HAD superfamily hydrolase  NP_744061  normal  1  unclonable  0.00000027861  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1908  CDS  NC_002947  2152955  2153944  +  990  signal peptide peptidase SppA, 36K type  NP_744062  normal  1  unclonable  0.000000305573  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1909  CDS  NC_002947  2154154  2154768  -  615  Maf-like protein  NP_744063  normal  1  unclonable  0.000000270228  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1910  CDS  NC_002947  2154829  2155356  +  528  hypothetical protein  NP_744064  normal  1  unclonable  0.000000222818  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1911  CDS  NC_002947  2155370  2155552  +  183  50S ribosomal protein L32  NP_744065  normal  0.361385  unclonable  0.000000174861  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1912  CDS  NC_002947  2155556  2156566  +  1011  putative glycerol-3-phosphate acyltransferase PlsX  NP_744066  normal  1  unclonable  0.000000236854  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1913  CDS  NC_002947  2156694  2157632  +  939  malonyl CoA-acyl carrier protein transacylase  NP_744067  normal  1  unclonable  0.000000227401  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1914  CDS  NC_002947  2157648  2158388  +  741  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  NP_744068  normal  0.225982  unclonable  0.00000025173  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1915  CDS  NC_002947  2158592  2158828  +  237  acyl carrier protein  NP_744069  hitchhiker  0.00426402  unclonable  0.000000216154  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1916  CDS  NC_002947  2159016  2160260  +  1245  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase II  NP_744070  normal  0.136863  unclonable  0.000000296271  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1917  CDS  NC_002947  2160260  2161075  +  816  4-amino-4-deoxychorismate lyase  NP_744071  normal  0.307364  unclonable  0.000000254306  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1918  CDS  NC_002947  2161050  2162315  +  1266  aminodeoxychorismate lyase  NP_744072  normal  0.204138  unclonable  0.000000331509  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1919    NC_002947  2162325  2162693  +  369      normal  1  unclonable  0.000000236854  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1920  CDS  NC_002947  2164314  2165534  -  1221  hypothetical protein  NP_744073  normal  1  unclonable  0.000000453482  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1921  CDS  NC_002947  2166934  2168097  +  1164  hypothetical protein  NP_744074  normal  0.198639  unclonable  0.000000422513  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1922  CDS  NC_002947  2168785  2169633  -  849  hypothetical protein  NP_744075  normal  1  unclonable  0.000000370327  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1923  CDS  NC_002947  2169737  2170738  -  1002  hypothetical protein  NP_744076  normal  1  unclonable  0.000000458124  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1924  CDS  NC_002947  2171865  2172425  -  561  phosphinothricin N-acetyltransferase, putative  NP_744077  normal  0.407385  unclonable  0.000000287357  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1925  CDS  NC_002947  2172418  2173500  -  1083  monooxygenase, putative  NP_744078  normal  1  unclonable  0.000000362928  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1926  CDS  NC_002947  2173526  2174029  -  504  phosphatase family protein, putative  NP_744079  normal  1  unclonable  0.00000027861  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1927  CDS  NC_002947  2174034  2174759  -  726  arsenical resistance protein ArsH, putative  NP_744080  normal  0.329058  unclonable  0.0000003087  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1928  CDS  NC_002947  2174771  2175259  -  489  arsenate reductase  NP_744081  normal  0.245596  unclonable  0.00000025949  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1929  CDS  NC_002947  2175256  2176539  -  1284  arsenite efflux transporter  NP_744082  normal  0.110099  unclonable  0.00000040176  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1930  CDS  NC_002947  2176569  2176955  -  387  arsenic resistance transcriptional regulator  NP_744083  normal  0.406567  unclonable  0.000000264829  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1931  CDS  NC_002947  2177762  2179198  +  1437  hypothetical protein  NP_744084  normal  0.0640277  unclonable  0.000000458124  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1932  CDS  NC_002947  2179803  2180060  -  258  hypothetical protein  NP_744085  normal  0.777876  unclonable  0.000000270228  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1933  CDS  NC_002947  2180519  2180746  -  228  hypothetical protein  NP_744086  normal  1  unclonable  0.00000027861  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1934  CDS  NC_002947  2180776  2181432  +  657  hypothetical protein  NP_744087  normal  1  unclonable  0.000000315052  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1935  CDS  NC_002947  2181724  2182032  -  309  Cro/CI family transcriptional regulator  NP_744088  normal  1  unclonable  0.000000287357  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1936  CDS  NC_002947  2184669  2187605  -  2937  hypothetical protein  NP_744089  normal  1  unclonable  0.00000106944  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1937  CDS  NC_002947  2189200  2192388  +  3189  helicase, putative  NP_744090  normal  1  unclonable  0.00000134724  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1938  CDS  NC_002947  2192592  2192903  +  312  hypothetical protein  NP_744091  normal  1  unclonable  0.000000482056  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1939    NC_002947  2193326  2193469  +  144      normal  1  unclonable  0.00000046755  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1940  CDS  NC_002947  2193511  2195661  -  2151  methyl-accepting chemotaxis transducer  NP_744092  normal  1  unclonable  0.00000108039  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1941  CDS  NC_002947  2196384  2196986  -  603  hypothetical protein  NP_744093  normal  1  unclonable  0.000000561308  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1942  CDS  NC_002947  2197023  2197985  -  963  LysR family transcriptional regulator  NP_744094  normal  1  unclonable  0.000000680141  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1943  CDS  NC_002947  2198238  2199098  +  861  formyltetrahydrofolate deformylase  NP_744095  normal  1  unclonable  0.00000066655  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1944  CDS  NC_002947  2199132  2200409  +  1278  aminomethyltransferase, putative  NP_744096  normal  1  unclonable  0.000000857452  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1945  CDS  NC_002947  2200424  2201299  +  876  5,10-methylene-tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase  NP_744097  normal  1  unclonable  0.000000639942  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>