65 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag
Gene type
Replicon accession
From
To
Strand
Gene Length
Product
Protein accession
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Organism name
Kingdom
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
Mmc1_0048  CDS  NC_008576  50570  50905  +  336  DsrC family protein  YP_863983  unclonable  0.0000000000243579  normal  1  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_0177  CDS  NC_008576  194853  196163  +  1311  ammonium transporter  YP_864110  unclonable  0.00000000694522  normal  1  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_0194  CDS  NC_008576  211950  215048  +  3099  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  YP_864127  unclonable  0.000134562  normal  1  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_0233  CDS  NC_008576  262544  264322  -  1779  cyclic nucleotide-binding protein  YP_864166  unclonable  0.0000000891781  normal  1  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_0869  CDS  NC_008576  1066186  1066554  +  369  30S ribosomal protein S13  YP_864794  unclonable  0.0000000000182214  hitchhiker  0.00600411  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_0933  CDS  NC_008576  1145372  1145992  -  621  putative type II secretion system protein  YP_864857  unclonable  0.000000000126033  normal  0.0149078  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_1116  CDS  NC_008576  1401861  1402937  -  1077  hypothetical protein  YP_865038  unclonable  0.00000000122639  normal  1  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_1196  CDS  NC_008576  1491905  1493110  +  1206  hypothetical protein  YP_865113  unclonable  0.00000000270508  decreased coverage  0.000095719  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_1386  CDS  NC_008576  1684327  1686537  -  2211  peptidase M28  YP_865303  unclonable  0.00000135431  normal  1  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_1409  CDS  NC_008576  1708949  1710790  +  1842  citrate transporter  YP_865326  unclonable  0.000000118186  normal  1  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_1449  CDS  NC_008576  1761348  1763954  -  2607  DNA mismatch repair protein MutS  YP_865364  unclonable  0.0000177149  normal  0.302427  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_1473  CDS  NC_008576  1796762  1798825  +  2064  hypothetical protein  YP_865388  unclonable  0.000000867218  normal  0.298549  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_1501  CDS  NC_008576  1835290  1835865  +  576  hypothetical protein  YP_865416  unclonable  0.00000000010842  normal  0.0102039  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_1502  CDS  NC_008576  1835832  1836218  -  387  ArsR family transcriptional regulator  YP_865417  unclonable  0.0000000000371011  hitchhiker  0.00988638  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_1583  CDS  NC_008576  1952090  1953541  -  1452  adenylate/guanylate cyclase  YP_865498  unclonable  0.0000000336338  normal  1  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_1584  CDS  NC_008576  1953914  1954786  +  873  extracellular solute-binding protein  YP_865499  unclonable  0.00000000121386  normal  1  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_1653  CDS  NC_008576  2054217  2054906  -  690  hypothetical protein  YP_865568  unclonable  0.000000000117481  normal  0.338305  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_1685  CDS  NC_008576  2088082  2088774  +  693  hypothetical protein  YP_865600  unclonable  0.000000000180742  normal  1  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_1696  CDS  NC_008576  2098001  2098399  +  399  hypothetical protein  YP_865611  unclonable  0.0000000000802562  normal  1  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_1704  CDS  NC_008576  2108726  2109082  +  357  DsrE family protein  YP_865619  unclonable  0.0000000000786463  normal  1  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_1741  CDS  NC_008576  2151478  2153511  +  2034  pyruvate flavodoxin/ferredoxin oxidoreductase domain-containing protein  YP_865655  unclonable  0.000000884979  normal  0.0471242  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_1771  CDS  NC_008576  2190208  2190801  +  594  RNA polymerase sigma factor RpoE  YP_865685  unclonable  0.0000000000506111  hitchhiker  0.000648476  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_1772  CDS  NC_008576  2190903  2191382  +  480  positive regulator of sigma(E), RseC/MucC  YP_865686  unclonable  0.0000000000338989  hitchhiker  0.000593819  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_1773  CDS  NC_008576  2191616  2193085  +  1470  protease Do  YP_865687  unclonable  0.0000000225032  hitchhiker  0.000850393  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_1774  CDS  NC_008576  2193231  2193509  -  279  hypothetical protein  YP_865688  unclonable  0.0000000000130964  hitchhiker  0.000526124  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_1775  CDS  NC_008576  2193807  2194010  +  204  SSU ribosomal protein S21P  YP_865689  unclonable  0.00000000000600029  decreased coverage  0.0000932106  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_1776  CDS  NC_008576  2194201  2197155  -  2955  ribonuclease E  YP_865690  unclonable  0.0000943072  decreased coverage  0.00020345  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_1797  CDS  NC_008576  2224709  2225929  +  1221  permease  YP_865711  unclonable  0.00000000323943  normal  1  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_1810  CDS  NC_008576  2240060  2240815  -  756  molybdopterin binding domain-containing protein  YP_865724  unclonable  0.000000000230071  normal  1  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_1811  CDS  NC_008576  2241442  2242410  +  969  OmpA/MotB domain-containing protein  YP_865725  unclonable  0.000000000728339  normal  0.835393  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_1829  CDS  NC_008576  2268642  2270906  -  2265  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  YP_865743  unclonable  0.00000110456  normal  1  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_1877  CDS  NC_008576  2332906  2333490  -  585  hypothetical protein  YP_865791  unclonable  0.0000000000471771  normal  1  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_2119  CDS  NC_008576  2599787  2601349  +  1563  NAD(P) transhydrogenase subunit alpha  YP_866026  unclonable  0.0000000319763  normal  1  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_2140  CDS  NC_008576  2624621  2625121  -  501  thiol peroxidase (atypical 2-Cys peroxiredoxin)  YP_866047  unclonable  0.0000000000663162  normal  0.818163  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_2180  CDS  NC_008576  2732270  2734894  -  2625  TolC family type I secretion outer membrane protein  YP_866087  unclonable  0.00000461522  normal  0.954774  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_2245  CDS  NC_008576  2867357  2867941  -  585  hypothetical protein  YP_866152  unclonable  0.0000000000971008  normal  1  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_2538  CDS  NC_008576  3230045  3230458  +  414  hypothetical protein  YP_866444  unclonable  0.00000000007331  normal  0.112678  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_2543  CDS  NC_008576  3235157  3237295  -  2139  adenylate/guanylate cyclase  YP_866449  unclonable  0.00000118563  normal  0.086844  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_2990  CDS  NC_008576  3741300  3742604  -  1305  outer membrane efflux protein  YP_866887  unclonable  0.0000000136016  normal  1  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_3058  CDS  NC_008576  3824854  3826731  -  1878  Fe-S protein assembly chaperone HscA  YP_866955  normal  0.156857  unclonable  0.00000109357  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_3059  CDS  NC_008576  3826817  3827440  -  624  co-chaperone Hsc20  YP_866956  normal  1  unclonable  0.000000668017  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_3060  CDS  NC_008576  3827523  3827864  -  342  iron-sulfur cluster assembly accessory protein  YP_866957  normal  1  unclonable  0.000000628621  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_3061  CDS  NC_008576  3827867  3828259  -  393  scaffold protein  YP_866958  normal  0.969828  unclonable  0.000000668017  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_3062  CDS  NC_008576  3828368  3829579  -  1212  cysteine desulfurase IscS  YP_866959  normal  0.635367  unclonable  0.000000859331  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_3063  CDS  NC_008576  3829707  3830858  -  1152  aminotransferase, class V  YP_866960  normal  0.0588987  unclonable  0.000000817205  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_3064  CDS  NC_008576  3830855  3831328  -  474  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  YP_866961  hitchhiker  0.0000552074  unclonable  0.000000647935  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_3065  CDS  NC_008576  3831340  3832053  -  714  serine O-acetyltransferase  YP_866962  hitchhiker  0.0000000402378  unclonable  0.000000654619  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_3079  CDS  NC_008576  3850359  3850571  -  213  cold-shock DNA-binding protein family protein  YP_866976  unclonable  0.0000000000105073  normal  0.0700259  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_3125  CDS  NC_008576  3896893  3899151  -  2259  hypothetical protein  YP_867021  unclonable  0.00000184854  normal  1  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_3161  CDS  NC_008576  3934780  3937905  -  3126  hydrophobe/amphiphile efflux-1 (HAE1) family protein  YP_867057  normal  0.362215  unclonable  0.00000213823  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_3162  CDS  NC_008576  3937905  3939074  -  1170  RND family efflux transporter MFP subunit  YP_867058  unclonable  0.00000000420577  unclonable  0.00000105041  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_3168  CDS  NC_008576  3948357  3951137  -  2781  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  YP_867064  unclonable  0.0000240071  normal  0.0523799  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_3253  CDS  NC_008576  4051124  4051960  +  837  hypothetical protein  YP_867149  hitchhiker  0.00000000542333  unclonable  0.00000068187  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_3254  CDS  NC_008576  4052164  4052658  +  495  hypothetical protein  YP_867150  unclonable  0.0000000000251063  unclonable  0.00000068187  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_3506  CDS  NC_008576  4376466  4378691  -  2226  peptidase M23B  YP_867397  unclonable  0.00000124744  normal  1  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_3518  CDS  NC_008576  4397780  4398643  +  864  hypothetical protein  YP_867409  unclonable  0.000000000357422  normal  1  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_3746  CDS  NC_008576  4703895  4704119  -  225  SirA family protein  YP_867637  hitchhiker  0.00371656  unclonable  0.000000591857  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_3747  CDS  NC_008576  4704617  4705114  +  498  hypothetical protein  YP_867638  hitchhiker  0.00168857  unclonable  0.000000731696  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_3748  CDS  NC_008576  4705361  4705936  -  576  hypothetical protein  YP_867639  hitchhiker  0.00286744  unclonable  0.000000761757  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_3749  CDS  NC_008576  4706134  4707438  -  1305  hypothetical protein  YP_867640  unclonable  0.00000000767974  unclonable  0.0000011385  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_3750  CDS  NC_008576  4707651  4708568  -  918  chromosome segregation DNA-binding protein  YP_867641  unclonable  0.000000000652126  unclonable  0.00000102935  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_3751  CDS  NC_008576  4708768  4709541  -  774  chromosome segregation ATPase  YP_867642  hitchhiker  0.00000000626525  unclonable  0.000000859331  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_R0021  tRNA  NC_008576  2333735  2333809  -  75  tRNA-Gly    unclonable  0.00000000000205707  normal  1  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_R0022  tRNA  NC_008576  2333837  2333913  -  77  tRNA-Cys    unclonable  0.0000000000019175  normal  1  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_R0023  tRNA  NC_008576  2333922  2333996  -  75  tRNA-Gly    unclonable  0.00000000000214158  normal  1  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>