87 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene tRNA-Asp-1 on replicon NC_004116
Organism: Streptococcus agalactiae 2603V/R



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004116  tRNA-Asp-1  tRNA-Asp  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Asp-2  tRNA-Asp  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0102233  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Asp-3  tRNA-Asp  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0414  tRNA-Asp  98.63 
 
 		 73 bp  137  4e-31  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0616515  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0173  tRNA-Asp  98.63 
 
 		 73 bp  137  4e-31  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0024  tRNA-Asp  98.63 
 
 		 73 bp  137  4e-31  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00556712  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2174  tRNA-Asp  100 
 
 		 73 bp  119  9e-26  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.333692  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0557  tRNA-Asp  100 
 
 		 73 bp  119  9e-26  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Asp-2  tRNA-Asp  90.41 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Asp-3  tRNA-Asp  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  8e-17  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0035  tRNA-Asp  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000925215  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0035  tRNA-Asp  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.0000000429398  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0002  tRNA-Asp  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0187578  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0047  tRNA-Asp  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0050  tRNA-Asp  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0045  tRNA-Asp  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000116789  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0002  tRNA-Asp  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Asp-1  tRNA-Asp  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0047  tRNA-Asp  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0050  tRNA-Asp  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.989486  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37120  tRNA-Asp  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.176209  normal  0.041751 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0076  tRNA-Asp  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0043  tRNA-Asp  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0057  tRNA-Asp  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0112  tRNA-Asp  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00279074  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0074  tRNA-Asp  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0057  tRNA-Asp  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0068  tRNA-Asp  89.23 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000191021  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0063  tRNA-Asp  90.38 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.453793  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0058  tRNA-Asp  90.38 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0003  tRNA-Asp  90.38 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.541849 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0055  tRNA-Asp  92.86 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.509832  normal  0.38034 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0086  tRNA-Asp  87.69 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0155365  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0077  tRNA-Asp  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0148053  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06170  tRNA-Asp  92.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.58434  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0059  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.938712  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0093  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0094  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 74 bp  54  0.000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0096  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.434013  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0046  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0057  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 74 bp  54  0.000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.116847  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0020  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0046  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.923307  normal  0.624215 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0049  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.221048  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0045  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.280943 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0016  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.649998  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0037  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0700091  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0051  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14012  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  3.2553699999999997e-37  hitchhiker  0.00000344638 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34020  tRNA-Asp  90.48 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.73239  normal  0.53918 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0055  tRNA-Asp  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0029  tRNA-Glu  96.67 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.259025  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_R0026  tRNA-Val  90.48 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0528706  normal  0.284457 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0014  tRNA-Asp  90.48 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0054  tRNA-Asp  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.521016 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0011  tRNA-Asp  84.85 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.619648  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0049  tRNA-Asp  90.48 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.85452 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1597  tRNA-Asp  83.56 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000000287009  normal  0.565179 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t0698  tRNA-Glu  92.68 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00177114  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0087  tRNA-Asp  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0012  tRNA-Asp  91.67 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000035701  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0054  tRNA-Asp  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000217975  normal  0.910624 
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_R14  tRNA-Asx  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0063  tRNA-Asp  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.594649  normal  0.0648097 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0038  tRNA-Asp  89.74 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.298827  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Asp-1  tRNA-Asp  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.602947  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0036    89.74 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.132649  normal  0.79109 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0021  tRNA-Asp  88.37 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0060  tRNA-Asp  89.74 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.488944  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Asp-2  tRNA-Asp  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.520938  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1156  tRNA-Asp  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00893597  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0074  tRNA-Asp  89.74 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.529781 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0073  tRNA-Asp  89.74 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.524429 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0007  tRNA-Asp  89.74 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1734  tRNA-Asp  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00000527786  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01860  tRNA-Asp  89.74 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1738  tRNA-Asp  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.0000457664  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0006  tRNA-Asp  89.74 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00108569 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2259  tRNA-Asp  93.55 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.169626  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2219  tRNA-Asp  93.55 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2182  tRNA-Asp  93.55 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2178  tRNA-Asp  93.55 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1160  tRNA-Asp  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0165656  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0006  tRNA-Asp  89.47 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.217268  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0013  tRNA-Asp  83.33 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0868676 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0011  tRNA-Glu  90.48 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000477421 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0045  tRNA-Asp  86.96 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>