28 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YpsIP31758_3727 on replicon NC_009708
Organism: Yersinia pseudotuberculosis IP 31758



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009708  YpsIP31758_3727  shufflon protein  100 
 
 
425 aa  874    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0109  shufflon protein B'  48.6 
 
 
448 aa  375  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0001  shufflon protein, N-terminal constant region  39.31 
 
 
418 aa  300  3e-80  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_59350  Type IV B pilus protein  38.55 
 
 
442 aa  216  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00610666  hitchhiker  0.0000000000033381 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1510  prepilin  33.17 
 
 
468 aa  212  1e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4478  type IV pilus protein PilV  36.19 
 
 
459 aa  211  2e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0021  type IV pilus biogenesis protein PilV  33.25 
 
 
428 aa  188  1e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0634  shufflon domain protein  28.83 
 
 
532 aa  144  2e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.119731  n/a   
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5430  putative adhesin precursor  35.12 
 
 
412 aa  100  5e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.178225  n/a   
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_5024  hypothetical protein  35.12 
 
 
412 aa  100  6e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.501103  normal 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5205  putative adhesin precursor  28.02 
 
 
432 aa  80.1  0.00000000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.685771  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1540  hypothetical protein  28.02 
 
 
432 aa  80.1  0.00000000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0216242  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5249  methylation  24.26 
 
 
547 aa  69.7  0.0000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0506403  normal 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5442  hypothetical protein  24.35 
 
 
507 aa  62  0.00000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0103893  normal  0.133635 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7249  hypothetical protein  26.61 
 
 
426 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5873  type IV prepilin  29.15 
 
 
565 aa  60.1  0.00000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1986  type IV prepilin  31.55 
 
 
575 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.610006  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5656  type IV prepilin  28.78 
 
 
565 aa  59.7  0.0000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0112418 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1603  type IV prepilin  31.55 
 
 
575 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0116074  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0665  type IV prepilin  31.55 
 
 
575 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.754488  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2166  putative type IV pilus protein  30.95 
 
 
560 aa  57.4  0.0000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0422322  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2250  putative type IV pilus protein  30.95 
 
 
560 aa  57.4  0.0000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0776  type IV prepilin  26.14 
 
 
560 aa  55.8  0.000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0649  type IV prepilin  30.36 
 
 
560 aa  55.8  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.48711  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2071  prepilin-type N- cleavage/methylation domain protein  41.98 
 
 
478 aa  53.5  0.000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00288729  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1581  putative type IV prepilin  41.18 
 
 
482 aa  52  0.00002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1761  putative type IV prepilin  46.38 
 
 
512 aa  50.4  0.00006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4765  hypothetical protein  23.16 
 
 
471 aa  48.5  0.0003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>