32 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YpsIP31758_3515 on replicon NC_009708
Organism: Yersinia pseudotuberculosis IP 31758



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010465  YPK_3646  O-antigen polymerase  100 
 
 
410 aa  826    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0851  O-antigen polymerase domain-containing protein  100 
 
 
410 aa  826    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.852584 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3515  O-antigen polymerase domain-containing protein  100 
 
 
410 aa  826    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1774  O-antigen polymerase  52.99 
 
 
418 aa  421  1e-116  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00226394  normal  0.0339661 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4092  O-antigen polymerase  49.61 
 
 
415 aa  361  1e-98  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0853  hypothetical protein  28.3 
 
 
416 aa  100  3e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1804  hypothetical protein  27.64 
 
 
410 aa  91.7  2e-17  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.0307014 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0884  hypothetical protein  28.62 
 
 
416 aa  89.4  1e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2333  O-antigen polymerase  26.37 
 
 
426 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0425881 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2801  O-antigen polymerase  26.11 
 
 
434 aa  84.7  0.000000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2075  O-antigen polymerase  27.79 
 
 
432 aa  83.6  0.000000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.123759  normal  0.0828112 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1698  O-antigen polymerase  26.13 
 
 
426 aa  83.2  0.000000000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2310  O-antigen polymerase  26.13 
 
 
426 aa  83.2  0.000000000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5652  O-antigen polymerase  27.23 
 
 
426 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1851  hypothetical protein  25.97 
 
 
429 aa  79  0.0000000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0338  O-antigen ligase  25.65 
 
 
436 aa  77  0.0000000000006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2229  O-antigen polymerase  26.19 
 
 
426 aa  76.6  0.0000000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.541391  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2349  O-antigen polymerase  26.53 
 
 
426 aa  73.2  0.000000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1980  O-antigen polymerase  26.85 
 
 
396 aa  71.6  0.00000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.638067 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5667  putative O-antigen ligase  24.19 
 
 
427 aa  70.9  0.00000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.304337  normal  0.482234 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0392  O-antigen polymerase  25.2 
 
 
398 aa  68.6  0.0000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  0.000178586  normal  0.74185 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2410  O-antigen polymerase  25.13 
 
 
426 aa  64.3  0.000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.231968 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7045  putative O-antigen polymerase  24.12 
 
 
448 aa  61.2  0.00000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1811  O-antigen polymerase  27.63 
 
 
417 aa  59.3  0.0000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2053  O-antigen polymerase  28.07 
 
 
405 aa  55.1  0.000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2501  O-antigen polymerase  32.63 
 
 
784 aa  55.1  0.000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1699  O-antigen polymerase  26.32 
 
 
401 aa  54.3  0.000004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0456  hypothetical protein  30.28 
 
 
438 aa  47.8  0.0004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0364  O-antigen polymerase  25 
 
 
428 aa  45.1  0.002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0319  O-antigen polymerase  28.27 
 
 
422 aa  44.7  0.003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1654  O-antigen polymerase  22.5 
 
 
754 aa  44.3  0.004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3526  O-antigen polymerase  25 
 
 
668 aa  43.9  0.005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000131402  normal  0.176407 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>