More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YpsIP31758_3264 on replicon NC_009708
Organism: Yersinia pseudotuberculosis IP 31758



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009708  YpsIP31758_3264  DeoR family transcriptional regulator  100 
 
 
269 aa  551  1e-156  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3397  DeoR family transcriptional regulator  100 
 
 
269 aa  551  1e-156  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3725  transcriptional regulator, DeoR family  46.15 
 
 
276 aa  222  4.9999999999999996e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.355951  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0712  transcriptional regulator, DeoR family  39.52 
 
 
258 aa  184  1.0000000000000001e-45  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1446  L-fucose operon activator  34.25 
 
 
250 aa  153  2e-36  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000392431  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02656  DNA-binding transcriptional activator  35.63 
 
 
243 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02617  hypothetical protein  35.63 
 
 
243 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2946  DNA-binding transcriptional activator FucR  35.63 
 
 
243 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000344425  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0883  transcriptional regulator, DeoR family  35.63 
 
 
243 aa  146  3e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0907  DNA-binding transcriptional activator FucR  35.63 
 
 
243 aa  146  3e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2949  DNA-binding transcriptional activator FucR  35.63 
 
 
243 aa  146  3e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000516509  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3111  DNA-binding transcriptional activator FucR  35.63 
 
 
243 aa  146  3e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000158566  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4069  DNA-binding transcriptional activator FucR  35.63 
 
 
243 aa  146  3e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00240232  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3204  DNA-binding transcriptional activator FucR  34.82 
 
 
239 aa  144  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.25899  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3141  DNA-binding transcriptional activator FucR  34.82 
 
 
236 aa  144  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3304  DNA-binding transcriptional activator FucR  34.82 
 
 
236 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3189  DNA-binding transcriptional activator FucR  34.82 
 
 
236 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3124  DNA-binding transcriptional activator FucR  34.82 
 
 
239 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0169368  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0698  DeoR family transcriptional regulator  34.15 
 
 
266 aa  143  3e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000315133  hitchhiker  0.0000015046 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0890  transcriptional regulator, DeoR family  31.45 
 
 
260 aa  135  9e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.390832  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0842  transcriptional regulator, DeoR family  29.76 
 
 
254 aa  130  2.0000000000000002e-29  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000306507  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3405  DNA-binding transcriptional activator FucR  33.48 
 
 
238 aa  130  3e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0146  transcriptional regulator, DeoR family  30.57 
 
 
250 aa  128  9.000000000000001e-29  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000230525  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0642  DeoR family transcriptional regulator  31.72 
 
 
256 aa  126  4.0000000000000003e-28  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000291189  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1187  DeoR family transcriptional regulator  32.4 
 
 
257 aa  120  1.9999999999999998e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2850  transcriptional regulator, DeoR family  29.46 
 
 
262 aa  120  3e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.115087  normal  0.605366 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3611  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  30.08 
 
 
269 aa  119  7e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02557  DNA-bindng transcriptional repressor  32.02 
 
 
257 aa  117  9.999999999999999e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.632125  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0982  transcriptional regulator, DeoR family  32.02 
 
 
257 aa  117  9.999999999999999e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.015396  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2843  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  32.02 
 
 
257 aa  117  9.999999999999999e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1005  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  32.02 
 
 
257 aa  117  9.999999999999999e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0173868  hitchhiker  0.000000410448 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2991  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  32.02 
 
 
257 aa  117  9.999999999999999e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3574  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  30.74 
 
 
257 aa  118  9.999999999999999e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.333034 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3170  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  32.02 
 
 
257 aa  117  9.999999999999999e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2030  DeoR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
258 aa  118  9.999999999999999e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02522  hypothetical protein  32.02 
 
 
257 aa  117  9.999999999999999e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.810713  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02996  DNA-binding transcriptional dual regulator  29.67 
 
 
269 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0574  transcriptional regulator, DeoR family  29.67 
 
 
269 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0569  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  29.67 
 
 
269 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2957  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  32.52 
 
 
257 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3428  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  29.67 
 
 
269 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4445  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  29.67 
 
 
269 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02947  hypothetical protein  29.67 
 
 
269 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3321  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  29.67 
 
 
269 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3039  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  32.52 
 
 
257 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00817735 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3023  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  32.52 
 
 
257 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.471381  hitchhiker  0.00000157031 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2830  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  32 
 
 
257 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000942539 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3146  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  32.52 
 
 
257 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.435865  normal  0.0282064 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3957  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  32.02 
 
 
257 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2988  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  32.52 
 
 
257 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.192742  normal  0.0479774 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2486  transcriptional regulator, DeoR family  32.38 
 
 
287 aa  116  3.9999999999999997e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.382458  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2323  transcriptional regulator, DeoR family  29.88 
 
 
266 aa  115  6e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0618  transcriptional regulator, DeoR family  30.56 
 
 
266 aa  115  6e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5344  transcriptional regulator, DeoR family  30.28 
 
 
290 aa  115  6.9999999999999995e-25  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2385  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  28.69 
 
 
269 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1265  DeoR family transcriptional regulator  31.38 
 
 
285 aa  115  8.999999999999998e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.940164  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1862  DeoR family transcriptional regulator  29.6 
 
 
252 aa  115  8.999999999999998e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.553225  hitchhiker  0.0000200167 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1872  transcriptional regulator, DeoR family  30 
 
 
252 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0191084  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1994  DeoR family transcriptional regulator  30 
 
 
252 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2536  DeoR family transcriptional regulator  31.02 
 
 
261 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2603  DeoR family transcriptional regulator  31.02 
 
 
261 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252662  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2055  DeoR family transcriptional regulator  30.4 
 
 
252 aa  114  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0500413 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2563  transcriptional regulator, DeoR family  28.23 
 
 
254 aa  115  1.0000000000000001e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.488958  normal  0.0207401 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3746  DeoR family transcriptional regulator  29.15 
 
 
250 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.193634  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3464  DeoR family transcriptional regulator  29.15 
 
 
250 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.060448  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0940  putative DEOR-type transcriptional regulator  29.32 
 
 
275 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000268196  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3728  transcriptional regulator, DeoR family  29.15 
 
 
250 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.0938200000000001e-23 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0575  DeoR family transcriptional regulator  30.92 
 
 
274 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000140104  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01739  predicted DNA-binding transcriptional regulator  29.6 
 
 
252 aa  113  3e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2494  transcriptional regulator, DeoR family  29.6 
 
 
252 aa  113  3e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01727  hypothetical protein  29.6 
 
 
252 aa  113  3e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8240  transcriptional regulator protein  30.36 
 
 
261 aa  113  3e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.878433  normal  0.647989 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3818  transcriptional regulator, DeoR family  29.15 
 
 
250 aa  113  3e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00596962  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1854  DeoR family transcriptional regulator  29.6 
 
 
252 aa  113  3e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0330559  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5798  transcriptional regulator, DeoR family  29.6 
 
 
252 aa  112  4.0000000000000004e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.159529 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3478  DeoR family transcriptional regulator  29.15 
 
 
250 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0418325  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1421  DeoR family transcriptional regulator  29.2 
 
 
252 aa  113  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3571  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  28.46 
 
 
269 aa  113  4.0000000000000004e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.557659 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2702  DeoR family transcriptional regulator  30.61 
 
 
261 aa  112  5e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5129  transcriptional regulator, DeoR family  27.35 
 
 
254 aa  112  7.000000000000001e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3484  DeoR family transcriptional regulator  28.78 
 
 
250 aa  112  8.000000000000001e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1167  transcriptional regulator, DeoR family  27.95 
 
 
256 aa  112  8.000000000000001e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2043  transcriptional regulator, DeoR family  30.38 
 
 
267 aa  112  8.000000000000001e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.0000137049  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3769  transcriptional regulator, DeoR family  29.15 
 
 
250 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000230388  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0063  transcriptional regulator, DeoR family  29.85 
 
 
253 aa  111  1.0000000000000001e-23  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.366513  normal  0.178311 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1144  DeoR family transcriptional regulator  30.95 
 
 
277 aa  111  1.0000000000000001e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.524884  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1079  DeoR family transcriptional regulator  29.72 
 
 
251 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1484  transcriptional regulator, DeoR family  28.41 
 
 
250 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.502368  normal  0.0131376 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0656  DeoR family transcriptional regulator  31.98 
 
 
284 aa  110  2.0000000000000002e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.936277  normal  0.637392 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2392  transcriptional regulator, DeoR family  27.78 
 
 
253 aa  110  2.0000000000000002e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3215  transcriptional regulator, DeoR family  27.73 
 
 
252 aa  110  3e-23  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4954  transcriptional regulator, DeoR family  28.29 
 
 
283 aa  110  3e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.461137  normal  0.587881 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0082  DeoR family transcriptional regulator  31.15 
 
 
255 aa  110  3e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0376166  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0091  DeoR family transcriptional regulator  31.15 
 
 
255 aa  110  3e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.316718  normal  0.0391482 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3377  transcriptional regulator, DeoR family  29.32 
 
 
257 aa  110  3e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0072  DeoR family transcriptional regulator  31.15 
 
 
255 aa  110  3e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.314417  normal  0.278782 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0568  regulatory protein DeoR  29.21 
 
 
254 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.250668  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1034  DeoR family transcriptional regulator  30.28 
 
 
268 aa  109  5e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.631262  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0312  DeoR family transcriptional regulator  28.92 
 
 
264 aa  109  5e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.812153  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3848  DeoR family transcriptional regulator  28.78 
 
 
250 aa  108  7.000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.002362  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>