More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_3829 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_03951  formate dehydrogenase-H, selenopolypeptide subunit  62.94 
 
 
715 aa  989    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.803476  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3913  formate dehydrogenase, alpha subunit  62.8 
 
 
715 aa  986    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4542  formate dehydrogenase H, alpha subunit, selenocysteine-containing  62.94 
 
 
715 aa  989    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2424  formate dehydrogenase, alpha subunit  70.17 
 
 
718 aa  1063    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.680227 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0729  formate dehydrogenase H  99.44 
 
 
715 aa  1483    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.708724 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1753  formate dehydrogenase alpha subunit  70.39 
 
 
716 aa  1071    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0179443  hitchhiker  0.000996092 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1781  formate dehydrogenase, alpha subunit  73.88 
 
 
716 aa  1132    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00920  formate dehydrogenase alpha subunit  55.94 
 
 
737 aa  857    Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0324  formate dehydrogenase alpha subunit  69.9 
 
 
713 aa  1075    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4324  formate dehydrogenase H, alpha subunit, selenocysteine-containing  62.94 
 
 
715 aa  989    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0281  formate dehydrogenase alpha subunit  61.18 
 
 
559 aa  744    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.276647 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2721  formate dehydrogenase, alpha subunit  72.69 
 
 
716 aa  1128    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.0016187  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2859  formate dehydrogenase, alpha subunit  58.24 
 
 
808 aa  891    Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.960143 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4578  formate dehydrogenase, alpha subunit  70.9 
 
 
723 aa  1093    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3829  formate dehydrogenase, alpha subunit  100 
 
 
715 aa  1489    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.151921  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1268  formate dehydrogenase, alpha subunit  72.97 
 
 
716 aa  1132    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.424555  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03911  hypothetical protein  62.94 
 
 
715 aa  989    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.988265  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3682  anaerobic formate dehydrogenase, alpha subunit, -type  99.86 
 
 
715 aa  1488    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3948  formate dehydrogenase, alpha subunit  62.94 
 
 
715 aa  989    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1383  formate dehydrogenase, alpha subunit  74.44 
 
 
716 aa  1141    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.627092  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4635  formate dehydrogenase H, alpha subunit, selenocysteine-containing  60.64 
 
 
559 aa  738    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2193  formate dehydrogenase subunit alpha  45.13 
 
 
745 aa  629  1e-179  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.571777  normal  0.536023 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0100  formate dehydrogenase, alpha subunit  45.48 
 
 
893 aa  612  1e-173  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000102152  hitchhiker  0.000000000000206048 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3503  formate dehydrogenase, alpha subunit  42.77 
 
 
900 aa  577  1.0000000000000001e-163  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3507  formate dehydrogenase, alpha subunit  44.17 
 
 
893 aa  577  1.0000000000000001e-163  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1045  formate dehydrogenase, alpha subunit  42.32 
 
 
688 aa  573  1.0000000000000001e-162  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.77936  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2312  formate dehydrogenase subunit alpha  42.24 
 
 
899 aa  573  1.0000000000000001e-162  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0941024  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1398  formate dehydrogenase, alpha subunit  43.19 
 
 
893 aa  573  1.0000000000000001e-162  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4113  formate dehydrogenase, alpha subunit  42.24 
 
 
901 aa  566  1e-160  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.163208  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0608  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.34 
 
 
674 aa  563  1.0000000000000001e-159  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1137  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.3 
 
 
676 aa  562  1.0000000000000001e-159  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0578  formate dehydrogenase, alpha subunit  42.15 
 
 
677 aa  565  1.0000000000000001e-159  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0543  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.8 
 
 
674 aa  562  1.0000000000000001e-159  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.16552  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0814  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.45 
 
 
676 aa  562  1.0000000000000001e-159  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1376  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.94 
 
 
674 aa  565  1.0000000000000001e-159  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0754319  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0295  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.94 
 
 
674 aa  563  1.0000000000000001e-159  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0587435  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0196  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.53 
 
 
689 aa  558  1e-157  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.202612  hitchhiker  0.00634005 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1538  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.16 
 
 
676 aa  558  1e-157  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2021  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.51 
 
 
686 aa  549  1e-155  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.463591  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3509  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.97 
 
 
905 aa  551  1e-155  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.434543  normal  0.526227 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1561  formate dehydrogenase, alpha subunit (F420)  41.2 
 
 
695 aa  545  1e-154  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3238  molydopterin dinucleotide-binding region  40.94 
 
 
687 aa  548  1e-154  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0973988  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1624  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.26 
 
 
687 aa  547  1e-154  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3520  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.81 
 
 
904 aa  548  1e-154  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1813  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.66 
 
 
688 aa  545  1e-153  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1379  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.4 
 
 
688 aa  544  1e-153  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00220  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.92 
 
 
906 aa  541  9.999999999999999e-153  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.0797991 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1381  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.91 
 
 
688 aa  539  9.999999999999999e-153  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0578  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.32 
 
 
686 aa  541  9.999999999999999e-153  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0413343  normal  0.361775 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0190  formate dehydrogenase, alpha subunit  43.39 
 
 
685 aa  540  9.999999999999999e-153  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0463  formate dehydrogenase, alpha subunit (F420)  40.06 
 
 
689 aa  536  1e-151  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0704  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.44 
 
 
900 aa  536  1e-151  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2023  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.36 
 
 
685 aa  533  1e-150  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0303762  normal  0.701303 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0386  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.04 
 
 
917 aa  532  1e-150  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.118073  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0104  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.29 
 
 
724 aa  533  1e-150  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0808  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.5 
 
 
879 aa  526  1e-148  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0754  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.14 
 
 
1440 aa  526  1e-148  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0156  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.26 
 
 
898 aa  522  1e-146  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4651  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.11 
 
 
937 aa  518  1.0000000000000001e-145  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0915  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.69 
 
 
920 aa  513  1e-144  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25280  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.65 
 
 
911 aa  511  1e-143  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.0556633 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2576  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.48 
 
 
925 aa  511  1e-143  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3616  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.89 
 
 
1421 aa  509  1e-143  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2805  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.2 
 
 
945 aa  511  1e-143  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.685721 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3051  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.03 
 
 
1424 aa  509  1e-143  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0988  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.63 
 
 
1428 aa  508  9.999999999999999e-143  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3198  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.75 
 
 
1432 aa  507  9.999999999999999e-143  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.554904 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3493  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.37 
 
 
1425 aa  505  9.999999999999999e-143  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3298  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.6 
 
 
1432 aa  507  9.999999999999999e-143  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2249  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.36 
 
 
903 aa  502  1e-141  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.580662  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0871  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.17 
 
 
1425 aa  505  1e-141  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.510403  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1109  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.21 
 
 
963 aa  502  1e-140  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.612386  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3421  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.17 
 
 
1425 aa  502  1e-140  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0825  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.32 
 
 
1432 aa  501  1e-140  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00541451 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0792  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.45 
 
 
1406 aa  501  1e-140  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4160  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.06 
 
 
1110 aa  502  1e-140  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.129392  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0937  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.86 
 
 
1426 aa  492  9.999999999999999e-139  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.137872  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0838  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.03 
 
 
1440 aa  490  1e-137  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0809  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.8 
 
 
1410 aa  488  1e-136  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4072  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.08 
 
 
957 aa  487  1e-136  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2274  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.83 
 
 
956 aa  482  1e-135  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.217783 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1038  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.02 
 
 
1130 aa  484  1e-135  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4119  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.94 
 
 
754 aa  484  1e-135  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2706  formate dehydrogenase, alpha subunit  45.2 
 
 
541 aa  485  1e-135  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.23867 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4746  formate dehydrogenase, alpha subunit  38 
 
 
1111 aa  482  1e-134  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.879601  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2513  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.37 
 
 
927 aa  479  1e-134  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0190469  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0167  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.89 
 
 
886 aa  481  1e-134  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0530728  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1391  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.01 
 
 
947 aa  478  1e-133  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3470  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.64 
 
 
963 aa  476  1e-133  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.873157  normal  0.153183 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2058  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.33 
 
 
967 aa  473  1e-132  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.896651  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0398  NAD-dependent formate dehydrogenase alpha subunit  37.84 
 
 
1385 aa  475  1e-132  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0255  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.9 
 
 
952 aa  475  1e-132  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0971632  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0720  formate dehydrogenase, alpha subunit  37 
 
 
949 aa  474  1e-132  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001399  formate dehydrogenase-O major subunit  37.94 
 
 
1387 aa  474  1e-132  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2797  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.5 
 
 
961 aa  475  1e-132  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.265518  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1282  formate dehydrogenase, alpha subunit  35.5 
 
 
933 aa  471  1.0000000000000001e-131  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.402771 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2366  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.4 
 
 
983 aa  471  1.0000000000000001e-131  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.739285 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0846  molybdopterin oxidoreductase  45.09 
 
 
527 aa  472  1.0000000000000001e-131  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2427  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.25 
 
 
929 aa  470  1.0000000000000001e-131  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0337  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.3 
 
 
955 aa  467  9.999999999999999e-131  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>