More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_3718 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_00413  multidrug efflux system protein  57.83 
 
 
1049 aa  1209    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02361  aminoglycoside/multidrug efflux system  55.39 
 
 
1037 aa  1165    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03124  multidrug efflux system protein  56.82 
 
 
1034 aa  1174    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03362  multidrug transporter, RpoS-dependent  55.1 
 
 
1037 aa  1124    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0199  transporter, hydrophobe/amphiphile efflux-1 (HAE1) family  55.1 
 
 
1037 aa  1124    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0440  transporter, hydrophobe/amphiphile efflux-1 (HAE1) family  56.73 
 
 
1034 aa  1172    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1200  transporter, hydrophobe/amphiphile efflux-1 (HAE1) family  55.39 
 
 
1037 aa  1165    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3148  transporter, hydrophobe/amphiphile efflux-1 (HAE1) family  57.83 
 
 
1049 aa  1209    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2696  AcrB/AcrD/AcrF family protein  54.92 
 
 
1052 aa  1160    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1385  transporter, hydrophobe/amphiphile efflux-1 (HAE1) family  54.93 
 
 
1050 aa  1159    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.252885 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2818  multidrug efflux RND transporter MexD  47.79 
 
 
1042 aa  958    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.231957  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3456  transporter, hydrophobe/amphiphile efflux-1 (HAE1) family  50.84 
 
 
1042 aa  986    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.417579 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0010  putative acriflavin resistance transmembrane protein  49.81 
 
 
1049 aa  1026    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.461171  normal  0.0539399 
 
 
-
 
NC_003296  RS01889  drug efflux transmembrane protein  56.5 
 
 
1053 aa  1177    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.43508  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0312  multidrug efflux system transmembrane protein  47.09 
 
 
1049 aa  884    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.712007  normal  0.0691835 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1355  hydrophobe/amphiphile efflux-1 family protein  44.07 
 
 
1052 aa  827    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1537  hydrophobe/amphiphile efflux-1 family protein  42.68 
 
 
1037 aa  827    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.209864  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0292  hydrophobe/amphiphile efflux-1 family protein  45.1 
 
 
1051 aa  849    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4692  AcrB/AcrD/AcrF family protein  56.35 
 
 
1044 aa  1174    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2592  AcrB/AcrD/AcrF family protein  47.39 
 
 
1047 aa  944    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.886048  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4304  AcrB/AcrD/AcrF family protein  56.09 
 
 
1044 aa  1182    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0316  hydrophobe/amphiphile efflux family protein  54.8 
 
 
1066 aa  1127    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.611401  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2282  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  47.83 
 
 
1047 aa  968    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0161777 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2865  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  58.65 
 
 
1048 aa  1168    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.536014  normal  0.108337 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4008  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  55.57 
 
 
1044 aa  1179    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.507214  normal  0.0226563 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1576  RND superfmily multidrug/dye/detergent efflux pump AcrB  53.51 
 
 
1075 aa  1135    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00327215  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2161  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  43.88 
 
 
1040 aa  835    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.297975  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6289  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  43.61 
 
 
1076 aa  862    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.72315  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3441  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  51.69 
 
 
1051 aa  1053    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.388058  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4089  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  56.41 
 
 
1050 aa  1192    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1417  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  56.3 
 
 
1054 aa  1152    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2741  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  48.18 
 
 
1053 aa  962    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0254632  normal  0.595563 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3838  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  42.05 
 
 
1057 aa  822    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1019  inner membrane protein  54.89 
 
 
1066 aa  1130    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2058  multidrug efflux protein  47.67 
 
 
1043 aa  969    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.572121  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1279  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  55.23 
 
 
1054 aa  1153    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0197931  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2757  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  47.26 
 
 
1043 aa  945    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0156651  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2894  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  51.04 
 
 
1032 aa  1014    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0114017  normal  0.48129 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3318  cation efflux transporter  54.45 
 
 
1039 aa  1078    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0288  acridine efflux pump  53.88 
 
 
1053 aa  1107    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6608  hydrophobe/amphiphile efflux-1 pump, HAE1  53.88 
 
 
1063 aa  1109    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.164679  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6824  hydrophobe/amphiphile efflux pump  47 
 
 
1047 aa  907    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.78636  normal  0.200306 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4768  multidrug efflux protein  47.96 
 
 
1045 aa  966    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.157004  normal  0.612563 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4995  hydrophobe/amphiphile efflux-1 pump, HAE1  43.23 
 
 
1053 aa  855    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5939  hydrophobe/amphiphile efflux-1 pump, HAE1  54.13 
 
 
1066 aa  1115    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.794955  normal  0.377291 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1194  hydrophobe/amphiphile efflux pump protein  55.92 
 
 
1047 aa  1145    Burkholderia sp. 383  Bacteria  unclonable  0.0000000151988  normal  0.324447 
 
 
 
NC_007517  Gmet_0810  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  54.62 
 
 
1053 aa  1156    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0578255 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1532  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  51.93 
 
 
1049 aa  1096    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.075861  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0688  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  45.45 
 
 
1057 aa  893    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.67862  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1118  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  44.47 
 
 
1052 aa  905    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.558549  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2051  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  57.32 
 
 
1050 aa  1171    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.625984  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0681  hydrophobe/amphiphile efflux family protein  54.61 
 
 
1066 aa  1123    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.321186  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2444  multidrug efflux protein  47.72 
 
 
1043 aa  971    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.678369  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0517  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  57.06 
 
 
1055 aa  1135    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.735363  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2239  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  57.56 
 
 
1048 aa  1183    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4026  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  47.24 
 
 
1053 aa  970    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.698151 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1219  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  58.87 
 
 
1044 aa  1226    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.164773  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2065  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  50.14 
 
 
1052 aa  968    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1871  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  57.7 
 
 
1046 aa  1171    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2729  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  46.49 
 
 
1036 aa  914    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0409192  normal  0.0822346 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4635  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  42.68 
 
 
1047 aa  838    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.518068  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1360  multidrug efflux protein  46.87 
 
 
1037 aa  938    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2036  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  50.1 
 
 
1059 aa  990    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.602316  hitchhiker  0.00575958 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0709  RND efflux hydrophobe/amphiphile efflux-1 family protein  55.96 
 
 
1069 aa  1177    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.125833  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1743  RND family hydrophobe/amphiphile efflux pump  43.64 
 
 
1084 aa  853    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.134866  normal  0.952788 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2985  RND family hydrophobe/amphiphile efflux pump  43.88 
 
 
1068 aa  879    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.684616 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3602  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  55.48 
 
 
1046 aa  1131    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2681  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  47 
 
 
1049 aa  915    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0839162  normal  0.444783 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3330  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  47.92 
 
 
1042 aa  982    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.66718  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3780  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  48.08 
 
 
1054 aa  974    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0221065 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3538  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  47.88 
 
 
1056 aa  959    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1758  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  53.39 
 
 
1100 aa  1123    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.04251 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1121  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  42.9 
 
 
1044 aa  840    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3589  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  50.73 
 
 
1050 aa  1053    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.421189  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3924  multidrug efflux system protein  56.73 
 
 
1048 aa  1177    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0170856  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1449  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  48.24 
 
 
1054 aa  927    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.819785  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1143  multidrug efflux protein  47.86 
 
 
1046 aa  951    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.829538  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1998  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  54.51 
 
 
1066 aa  1126    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4471  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  45.38 
 
 
1047 aa  907    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5600  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  52.71 
 
 
1065 aa  1061    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5838  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  54.47 
 
 
1063 aa  1109    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.347364  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6372  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  43.91 
 
 
1059 aa  862    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3799  hydrophobe/amphiphile efflux-1 (HAE1) family protein  65.09 
 
 
1053 aa  1321    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3836  hydrophobe/amphiphile efflux-1 (HAE1) family protein  56.89 
 
 
1044 aa  1174    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3929  hydrophobe/amphiphile efflux-1 (HAE1) family protein  56.89 
 
 
1044 aa  1174    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3862  transporter, hydrophobe/amphiphile efflux-1 (HAE1) family protein  55.67 
 
 
1051 aa  1142    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.395414  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1521  multidrug efflux protein  47.67 
 
 
1045 aa  946    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2655  hydrophobe/amphiphile efflux-1 (HAE1) family protein  54.51 
 
 
1066 aa  1127    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.665349  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05540  RND multidrug efflux transporter MexB  56.08 
 
 
1046 aa  1192    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.277681  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38410  multidrug efflux protein  46.21 
 
 
1045 aa  962    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0368685 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60830  multidrug efflux RND transporter MexD  47.07 
 
 
1043 aa  937    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.503401  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1623  multidrug efflux protein  47.86 
 
 
1046 aa  951    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1706  hydrophobe/amphiphile efflux-1 (HAE1) family protein  43.91 
 
 
1059 aa  862    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2608  hydrophobe/amphiphile efflux-1 (HAE1) family protein  54.51 
 
 
1066 aa  1126    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.728592  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3895  hydrophobe/amphiphile efflux-1 (HAE1) family protein  45.38 
 
 
1047 aa  907    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.735116  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5964  hydrophobe/amphiphile efflux-1 (HAE1) family protein  52.71 
 
 
1065 aa  1062    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.054891 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6205  hydrophobe/amphiphile efflux-1 (HAE1) family protein  54.47 
 
 
1063 aa  1109    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.956257  normal  0.010149 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3679  acriflavin resistance protein  53.01 
 
 
1057 aa  1057    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.441622  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3161  hydrophobe/amphiphile efflux-1 (HAE1) family protein  55.54 
 
 
1041 aa  1170    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.362215  unclonable  0.00000213823 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4045  hydrophobe/amphiphile efflux-1 (HAE1) family protein  56.6 
 
 
1044 aa  1171    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>