68 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_3145 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010465  YPK_3145  hypothetical protein  100 
 
 
640 aa  1311    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3542  UvrD/REP helicase  34.84 
 
 
672 aa  198  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.634729 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0995  hypothetical protein  27.3 
 
 
669 aa  154  5e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.123233  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1620  hypothetical protein  25.87 
 
 
667 aa  147  8.000000000000001e-34  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3271  UvrD/REP helicase  27.63 
 
 
607 aa  88.2  4e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2573  hypothetical protein  32.07 
 
 
260 aa  86.3  0.000000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.0000474072  normal  0.0702383 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0765  UvrD/REP helicase  24.37 
 
 
669 aa  80.9  0.00000000000006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  unclonable  0.0000586014  normal  0.102674 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2793  ATP-dependent DNA helicase  24.21 
 
 
737 aa  55.5  0.000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000978375  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3223  UvrD/REP helicase  24.52 
 
 
591 aa  55.5  0.000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0373  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.28 
 
 
785 aa  55.5  0.000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0295  hypothetical protein  25.33 
 
 
629 aa  54.3  0.000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.0199144 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_917  predicted protein  24.71 
 
 
657 aa  54.3  0.000006  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.770015  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3407  UvrD/REP helicase  25.13 
 
 
604 aa  53.9  0.000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0218597  normal  0.428032 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0497  DNA-dependent helicase II  25.81 
 
 
726 aa  53.1  0.00001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.615928  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0675  UvrD/REP helicase  23.29 
 
 
599 aa  52.4  0.00003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.771705 
 
 
-
 
NC_006685  CNC06510  ATP-dependent DNA helicase pcra, putative  23.44 
 
 
982 aa  51.2  0.00005  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1645  UvrD/REP helicase  24.66 
 
 
606 aa  50.1  0.0001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.417198  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0080  DNA-dependent helicase II  25.38 
 
 
724 aa  49.7  0.0002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0186  DNA-dependent helicase II  28.57 
 
 
723 aa  48.9  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1801  hypothetical protein  25.24 
 
 
625 aa  48.5  0.0004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2876  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.54 
 
 
741 aa  48.5  0.0004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5516  DNA helicase II  24.64 
 
 
727 aa  48.5  0.0004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1346  ATP-dependent DNA helicase UvrD  24.53 
 
 
688 aa  47.8  0.0006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1127  ATP-dependent DNA helicase  24.53 
 
 
688 aa  47.8  0.0006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.852694  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0035  DNA-dependent helicase II  23.84 
 
 
723 aa  47.4  0.0008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.193678  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0043  DNA-dependent helicase II  23.84 
 
 
723 aa  47.4  0.0008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.779926  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1307  ATP-dependent DNA helicase, UvrD/REP family  24.53 
 
 
688 aa  47.4  0.0008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000490806 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1384  ATP-dependent DNA helicase, UvrD/REP family  24.53 
 
 
688 aa  47.4  0.0008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00158737  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1873  UvrD/REP helicase  23.64 
 
 
591 aa  47.4  0.0008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.100548  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1239  ATP-dependent DNA helicase UvrD  25.63 
 
 
657 aa  47.4  0.0008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1120  ATP-dependent DNA helicase  24.53 
 
 
688 aa  47.4  0.0008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1146  ATP-dependent DNA helicase UvrD  24.53 
 
 
688 aa  47.4  0.0008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.36032  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4063  ATP-dependent DNA helicase, UvrD/REP family  24.8 
 
 
688 aa  47  0.001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0141871  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1633  UvrD/REP helicase  27.35 
 
 
681 aa  47  0.001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4007  DNA-dependent helicase II  27.82 
 
 
720 aa  46.6  0.001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.984144  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0209  DNA-dependent helicase II  27.82 
 
 
720 aa  46.6  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0780  UvrD/REP helicase  27.48 
 
 
1192 aa  47  0.001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.15427  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1619  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.53 
 
 
718 aa  47.4  0.001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1133  UvrD/REP helicase  24.33 
 
 
688 aa  47  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0545  DNA-dependent helicase II  27.82 
 
 
720 aa  46.6  0.001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0348  DNA helicase  26.1 
 
 
698 aa  46.2  0.002  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  decreased coverage  0.00900686  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0061  UvrD/REP helicase  24.09 
 
 
946 aa  46.2  0.002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.147591  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1841  UvrD/REP helicase  24.09 
 
 
946 aa  46.2  0.002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.716843  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0925  UvrD/REP helicase  36.26 
 
 
1135 aa  46.2  0.002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.963076 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0754  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.98 
 
 
587 aa  45.8  0.002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.643559  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3642  DNA-dependent helicase II  24.02 
 
 
726 aa  46.2  0.002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0039  UvrD/REP helicase  25.1 
 
 
599 aa  46.2  0.002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.830062  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1279  ATP-dependent DNA helicase, UvrD/REP family  25.63 
 
 
688 aa  45.8  0.003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.456815  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4162  DNA-dependent helicase II  26.83 
 
 
720 aa  45.4  0.003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0353617  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00520  DNA-dependent helicase II  24.7 
 
 
726 aa  45.4  0.003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.851543  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf847  ATP-dependent DNA helicase  24.54 
 
 
726 aa  45.4  0.003  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  0.710587  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1515  UvrD/REP helicase  37.88 
 
 
575 aa  45.4  0.003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0347716  hitchhiker  2.10005e-16 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0142  UvrD/REP helicase  24.44 
 
 
751 aa  45.8  0.003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.750575  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0813  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.02 
 
 
830 aa  45.1  0.004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00156939  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0507  UvrD/REP helicase family protein  36.67 
 
 
421 aa  45.1  0.004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2863  ATP-dependent DNA helicase UvrD  24.63 
 
 
725 aa  45.1  0.004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4232  UvrD/REP helicase  22.89 
 
 
674 aa  45.4  0.004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5065  DNA-dependent helicase II  24.21 
 
 
727 aa  45.1  0.004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1142  ATP-dependent DNA helicase UvrD  22.86 
 
 
788 aa  45.1  0.005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.140222 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3971  DNA-dependent helicase II  26.49 
 
 
720 aa  45.1  0.005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0678  UvrD/REP helicase  27.14 
 
 
783 aa  44.7  0.006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0563949  normal  0.0143494 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1532  UvrD/REP helicase  26.96 
 
 
648 aa  44.3  0.006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0217049  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0825  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.39 
 
 
694 aa  44.3  0.006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1581  UvrD/REP helicase  26.96 
 
 
648 aa  44.3  0.006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4188  UvrD/REP helicase  21.95 
 
 
1180 aa  44.3  0.006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000134392 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1937  UvrD/REP helicase  25.94 
 
 
726 aa  44.3  0.008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4600  UvrD/REP helicase  24.79 
 
 
758 aa  43.9  0.009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000134986  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0735  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  36.49 
 
 
2007 aa  43.9  0.01  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>