More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_2248 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010465  YPK_2248  hypothetical protein  100 
 
 		 430 aa  860    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1786  protein of unknown function DUF214  82.09 
 
 		 429 aa  726    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2138  ABC transporter, permease protein  100 
 
 		 430 aa  860    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1388  hypothetical protein  81.86 
 
 		 429 aa  725    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2135  lipoprotein ABC transporter permease  100 
 
 		 314 aa  614  1e-175  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.142253 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2806  hypothetical protein  51.26 
 
 		 429 aa  382  1e-105  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.398602  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0430  lipoprotein ABC transporter permease  40.14 
 
 		 430 aa  337  2.9999999999999997e-91  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0396093  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0766  ABC transport permease protein  39.34 
 
 		 430 aa  327  3e-88  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0486768  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1167  ABC transporter, permease protein  38.28 
 
 		 430 aa  315  9.999999999999999e-85  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.593788  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0527  ABC transport permease protein  37.67 
 
 		 414 aa  299  5e-80  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0117375  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1514  permease domain protein  37.44 
 
 		 425 aa  299  6e-80  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00243073  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1869  ABC efflux pump, inner membrane subunit  39.53 
 
 		 418 aa  289  6e-77  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.431923  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2021  ABC transporter, permease protein  36.32 
 
 		 429 aa  286  5.999999999999999e-76  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.18849  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1652  ABC transporter, permease protein  36.09 
 
 		 429 aa  285  1.0000000000000001e-75  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1252  SalY-type ABC antimicrobial peptide transport system permease component  37.9 
 
 		 434 aa  283  4.0000000000000003e-75  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.888586  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1833  ABC transporter, permease protein  35.86 
 
 		 429 aa  282  1e-74  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.879571  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0447  ABC transport permease protein  35.12 
 
 		 426 aa  278  1e-73  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3550  protein of unknown function DUF214  37.67 
 
 		 408 aa  260  4e-68  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0163  efflux ABC transporter, permease protein  34.38 
 
 		 444 aa  244  3e-63  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3549  protein of unknown function DUF214  31.74 
 
 		 386 aa  153  7e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2137  ABC transporter, permease protein  27.74 
 
 		 376 aa  149  1.0000000000000001e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2247  hypothetical protein  27.74 
 
 		 393 aa  148  2.0000000000000003e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0767  integral membrane protein-permease component, involved in lipoprotein release  25.54 
 
 		 380 aa  147  3e-34  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.016013  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1787  protein of unknown function DUF214  28.6 
 
 		 379 aa  146  6e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0429  hydrogenase 4 membrane subunit  23.94 
 
 		 380 aa  145  1e-33  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0100883  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1389  hypothetical protein  27.97 
 
 		 379 aa  144  2e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2805  hypothetical protein  29.13 
 
 		 393 aa  142  9e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.201922  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1653  ABC transporter, permease protein  28.27 
 
 		 372 aa  136  8e-31  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1834  ABC transporter, permease protein  28.03 
 
 		 372 aa  133  6e-30  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1515  permease domain protein  25.58 
 
 		 373 aa  129  9.000000000000001e-29  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.000964832  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1166  ABC transporter, permease protein  24.53 
 
 		 371 aa  124  4e-27  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2022  ABC transporter, permease protein  27.66 
 
 		 372 aa  119  9.999999999999999e-26  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0164828  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0545  protein of unknown function DUF214  27.48 
 
 		 386 aa  105  1e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1251  SalY-type ABC antimicrobial peptide transport system permease component  23.14 
 
 		 407 aa  105  2e-21  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.430375  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0528  integral membrane protein-permease component, involved in lipoprotein release  22.77 
 
 		 376 aa  105  2e-21  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.284767  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0446  integral membrane protein-permease component  21.73 
 
 		 373 aa  104  3e-21  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1553  hypothetical protein  23.42 
 
 		 386 aa  103  6e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2168  protein of unknown function DUF214  24.18 
 
 		 386 aa  98.6  2e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0049  hypothetical protein  24.55 
 
 		 397 aa  96.7  7e-19  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1340  ABC transporter, permease protein  25.06 
 
 		 386 aa  96.7  8e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2063  protein of unknown function DUF214  25.74 
 
 		 397 aa  96.3  9e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1868  ABC efflux pump, inner membrane subunit  25.32 
 
 		 370 aa  94.4  3e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2054  protein of unknown function DUF214  24.46 
 
 		 386 aa  90.1  7e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.01978e-17 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0677  ABC transporter, permease protein, putative  24.54 
 
 		 387 aa  89.7  8e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.297561  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0082  hypothetical protein  25.47 
 
 		 386 aa  89.4  1e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3643  hypothetical protein  24.93 
 
 		 386 aa  88.6  2e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0394  ABC transporter related  29.21 
 
 		 652 aa  86.7  8e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1604  hypothetical protein  25.17 
 
 		 443 aa  86.3  0.000000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1371  protein of unknown function DUF214  22.64 
 
 		 386 aa  85.1  0.000000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.381039  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1564  hypothetical protein  27.24 
 
 		 397 aa  83.2  0.000000000000008  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2105  protein of unknown function DUF214  25.4 
 
 		 462 aa  82.4  0.00000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00482864  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1025  protein of unknown function DUF214  29.6 
 
 		 397 aa  79.7  0.00000000000008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.347391 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1135  hypothetical protein  36.78 
 
 		 397 aa  79.7  0.00000000000009  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.68227  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1812  hypothetical protein  24.89 
 
 		 401 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0349  protein of unknown function DUF214  23.19 
 
 		 400 aa  77.8  0.0000000000003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0622  ABC transporter related  30.72 
 
 		 657 aa  78.2  0.0000000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00774379  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0916  hypothetical protein  24.26 
 
 		 385 aa  77  0.0000000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1372  protein of unknown function DUF214  21.97 
 
 		 378 aa  76.6  0.0000000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.669142  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0410  hypothetical protein  24.66 
 
 		 397 aa  76.6  0.0000000000008  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.534862  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1143  ABC transporter related  30.72 
 
 		 653 aa  76.3  0.000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.229831  normal  0.618242 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0367  ABC-type transport system, permease component  32.19 
 
 		 405 aa  75.9  0.000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0390  protein of unknown function DUF214  25 
 
 		 406 aa  75.9  0.000000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0718  protein of unknown function DUF214  27.11 
 
 		 424 aa  75.5  0.000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0682  ABC transporter, permease protein  30.82 
 
 		 404 aa  75.5  0.000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.834808  normal  0.683549 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3010  ABC transporter, permease protein  31.47 
 
 		 414 aa  75.5  0.000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0102949  hitchhiker  0.00186023 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2185  macrolide-specific ABC-type efflux carrier  30.71 
 
 		 653 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1792  hypothetical protein  36.78 
 
 		 397 aa  75.5  0.000000000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0323827  unclonable  0.00000000701935 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1085  macrolide export ATP-binding/permease protein MacB  31.01 
 
 		 642 aa  75.1  0.000000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0164  efflux ABC transporter, permease protein  21.06 
 
 		 455 aa  75.5  0.000000000002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3762  protein of unknown function DUF214  32.56 
 
 		 452 aa  75.5  0.000000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1639  hypothetical protein  38.14 
 
 		 415 aa  75.1  0.000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0109  protein of unknown function DUF214  31.25 
 
 		 419 aa  75.1  0.000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1257  macrolide export ATP-binding/permease protein MacB  29.46 
 
 		 642 aa  75.5  0.000000000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0926  macrolide-specific ABC-type efflux carrier  30.71 
 
 		 653 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0835  macrolide-specific ABC-type efflux carrier  30.71 
 
 		 653 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.077145  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23240  ABC-type transport system, involved in lipoprotein release, permease component  27.02 
 
 		 415 aa  74.7  0.000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00884  fused macrolide transporter subunits of ABC superfamily: ATP-binding component/membrane component  32.8 
 
 		 648 aa  73.6  0.000000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.75257  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2763  ABC transporter related protein  32.8 
 
 		 648 aa  73.9  0.000000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0279159  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0724  hypothetical protein  30.71 
 
 		 687 aa  73.6  0.000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.798634  normal  0.150655 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00890  hypothetical protein  32.8 
 
 		 648 aa  73.6  0.000000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.646648  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2717  macrolide transporter ATP-binding /permease protein  32.8 
 
 		 648 aa  73.6  0.000000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2281  macrolide transporter ATP-binding /permease protein  32.8 
 
 		 648 aa  73.6  0.000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000297537  normal  0.0300629 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1658  hypothetical protein  28.16 
 
 		 397 aa  73.6  0.000000000006  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0983  macrolide transporter ATP-binding /permease protein  32.8 
 
 		 648 aa  73.6  0.000000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0183983  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1472  outer membrane-specific lipoprotein transporter subunit LolE  26.6 
 
 		 414 aa  73.9  0.000000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2823  hypothetical protein  24.92 
 
 		 402 aa  73.2  0.000000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.517251  normal  0.306546 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2312  protein of unknown function DUF214  24.92 
 
 		 402 aa  73.2  0.000000000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0697  protein of unknown function DUF214  32.84 
 
 		 401 aa  73.2  0.000000000009  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1040  macrolide transporter ATP-binding /permease protein  32 
 
 		 648 aa  73.2  0.000000000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00510496  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1336  hypothetical protein  23.18 
 
 		 395 aa  72.8  0.00000000001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0977  macrolide transporter ATP-binding /permease protein  32 
 
 		 648 aa  72.8  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0943  macrolide transporter ATP-binding /permease protein  32 
 
 		 648 aa  72.8  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.483741  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0255  hypothetical protein  23.7 
 
 		 397 aa  72.8  0.00000000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1040  macrolide transporter ATP-binding /permease protein  32 
 
 		 648 aa  72.8  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.38089  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1060  macrolide transporter ATP-binding /permease protein  32 
 
 		 648 aa  72.8  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.964805  normal  0.854638 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1009  macrolide transporter ATP-binding /permease protein  32 
 
 		 648 aa  72.8  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.351129  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1060  protein of unknown function DUF214  25 
 
 		 410 aa  72.8  0.00000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4954  ABC transporter related  30.71 
 
 		 681 aa  72.8  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0415826  normal  0.0801144 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2450  macrolide transporter ATP-binding /permease protein  32.8 
 
 		 648 aa  72.8  0.00000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0569677  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5332  ABC transporter related  30.71 
 
 		 681 aa  72.8  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0305255 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>