68 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_2001 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011149  SeAg_B0113  L-arabinose isomerase  73.6 
 
 
500 aa  806    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2259  L-arabinose isomerase  99.2 
 
 
500 aa  1032    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2001  L-arabinose isomerase  100 
 
 
500 aa  1038    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3595  L-arabinose isomerase  73.6 
 
 
500 aa  808    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000176548 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0064  L-arabinose isomerase  73.6 
 
 
500 aa  808    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.203815  normal  0.780498 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3203  L-arabinose isomerase  61.77 
 
 
497 aa  659    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0054  L-arabinose isomerase  73.4 
 
 
500 aa  805    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0109  L-arabinose isomerase  73.6 
 
 
500 aa  806    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.309204 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0108  L-arabinose isomerase  73.6 
 
 
500 aa  806    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0113  L-arabinose isomerase  73.8 
 
 
500 aa  808    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.198158 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3537  L-arabinose isomerase  73.6 
 
 
500 aa  808    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0106  L-arabinose isomerase  74.2 
 
 
500 aa  810    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0067  L-arabinose isomerase  73.4 
 
 
500 aa  807    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1914  L-arabinose isomerase  79.36 
 
 
502 aa  855    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00063  hypothetical protein  73.6 
 
 
500 aa  808    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2151  L-arabinose isomerase  78.51 
 
 
503 aa  840    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2027  L-arabinose isomerase  81.53 
 
 
501 aa  869    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.929629  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2734  L-arabinose isomerase  59.76 
 
 
496 aa  634    Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2327  L-arabinose isomerase  81.33 
 
 
501 aa  867    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.305098  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1238  L-arabinose isomerase  58.5 
 
 
496 aa  640    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.112661 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2243  L-arabinose isomerase  85.4 
 
 
501 aa  909    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000390243 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0064  L-arabinose isomerase  73.6 
 
 
500 aa  808    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0849875  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0066  L-arabinose isomerase  73.6 
 
 
500 aa  808    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00064  L-arabinose isomerase  73.6 
 
 
500 aa  808    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1887  L-arabinose isomerase  100 
 
 
500 aa  1038    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.45012  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0609  L-arabinose isomerase  74 
 
 
500 aa  810    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.97882  normal  0.159934 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0326  L-arabinose isomerase  58.27 
 
 
500 aa  622  1e-177  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.562727 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3996  L-arabinose isomerase  58.62 
 
 
501 aa  624  1e-177  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0451143  normal  0.502282 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2397  L-arabinose isomerase  57.49 
 
 
496 aa  621  1e-176  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3664  L-arabinose isomerase  58.55 
 
 
501 aa  608  1e-173  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1382  L-arabinose isomerase  58.4 
 
 
504 aa  605  9.999999999999999e-173  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.326225  normal  0.788134 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1121  L-arabinose isomerase  56.57 
 
 
502 aa  593  1e-168  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2897  L-arabinose isomerase  56.85 
 
 
494 aa  589  1e-167  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.629446  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1995  L-arabinose isomerase  54.8 
 
 
500 aa  588  1e-167  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00575721  unclonable  0.000026783 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1979  L-arabinose isomerase  54.8 
 
 
500 aa  587  1e-166  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000173872  normal  0.0652997 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2066  L-arabinose isomerase  54.6 
 
 
500 aa  586  1e-166  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000205701  hitchhiker  0.000020018 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2066  L-arabinose isomerase  54.6 
 
 
505 aa  587  1e-166  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000180583  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2140  L-arabinose isomerase  54.4 
 
 
500 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.47731  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2731  L-arabinose isomerase  56.28 
 
 
496 aa  580  1e-164  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.746734  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0672  L-arabinose isomerase  54.44 
 
 
496 aa  576  1.0000000000000001e-163  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0648  L-arabinose isomerase  54.64 
 
 
496 aa  576  1.0000000000000001e-163  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0388449  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0774  L-arabinose isomerase  53.89 
 
 
500 aa  568  1e-161  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.031491  normal  0.0818763 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1863  L-arabinose isomerase  53.82 
 
 
502 aa  571  1e-161  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6217  L-arabinose isomerase  55.6 
 
 
493 aa  567  1e-160  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.620258 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0382  L-arabinose isomerase  53.36 
 
 
502 aa  562  1.0000000000000001e-159  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1154  L-arabinose isomerase  54.12 
 
 
495 aa  562  1.0000000000000001e-159  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.77803  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0498  L-arabinose isomerase  52.32 
 
 
502 aa  558  1e-158  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.730829  normal  0.520823 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06960  L-arabinose isomerase  52.93 
 
 
502 aa  555  1e-157  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2753  L-arabinose isomerase  51.11 
 
 
502 aa  551  1e-155  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0767064  decreased coverage  0.00000377093 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0244  L-arabinose isomerase  54.22 
 
 
501 aa  548  1e-154  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3272  L-arabinose isomerase  51.71 
 
 
515 aa  541  9.999999999999999e-153  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0251873 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29550  L-arabinose isomerase  52.12 
 
 
502 aa  526  1e-148  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4713  L-arabinose isomerase  52.02 
 
 
497 aa  527  1e-148  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0873  L-arabinose isomerase  50.62 
 
 
501 aa  525  1e-148  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0403  L-arabinose isomerase  52.02 
 
 
503 aa  518  1e-146  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0381  L-arabinose isomerase  50.92 
 
 
506 aa  515  1.0000000000000001e-145  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0224  L-arabinose isomerase  51.31 
 
 
511 aa  507  9.999999999999999e-143  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1018  L-arabinose isomerase  48.39 
 
 
505 aa  487  1e-136  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0852  L-arabinose isomerase  46.4 
 
 
474 aa  449  1e-125  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.0011775  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0482  L-arabinose isomerase  44.88 
 
 
473 aa  418  1e-116  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0751  L-arabinose isomerase  29.73 
 
 
478 aa  164  3e-39  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.148644  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2888  L-arabinose isomerase  29.17 
 
 
452 aa  142  9.999999999999999e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.434523  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1033  L-arabinose isomerase  27.99 
 
 
465 aa  127  4.0000000000000003e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000049306  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0430  putative L-arabinose isomerase protein  22.06 
 
 
475 aa  56.2  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3280  putative L-arabinose isomerase protein  22.56 
 
 
478 aa  56.6  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.226314  normal  0.533045 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2038  putative L-arabinose isomerase protein  21.56 
 
 
470 aa  54.3  0.000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.787291  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3616  L-arabinose isomerase  22.92 
 
 
476 aa  51.6  0.00003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.779197  normal  0.435926 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4382  L-fucose isomerase-like protein  21.01 
 
 
498 aa  51.6  0.00003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00643603  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>