95 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_1671 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009708  YpsIP31758_1563  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 194 aa  404  1.0000000000000001e-112  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.241768  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1671  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 194 aa  404  1.0000000000000001e-112  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1707  LuxR family transcriptional regulator  95.1 
 
 		 204 aa  396  1e-109  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0182424  hitchhiker  0.000162083 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1891  LuxR family transcriptional regulator  44.39 
 
 		 208 aa  164  6.9999999999999995e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000479557 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4606  transcriptional regulatory protein  29.41 
 
 		 214 aa  73.9  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.35086 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2199  colanic acid capsular biosynthesis activation protein A  26.49 
 
 		 207 aa  61.2  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.283228  normal  0.62751 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1259  colanic acid capsular biosynthesis activation protein A  26.49 
 
 		 207 aa  61.2  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0272351  normal  0.751941 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2145  colanic acid capsular biosynthesis activation protein A  26.49 
 
 		 207 aa  61.2  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000312117  hitchhiker  0.00586911 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1137  colanic acid capsular biosynthesis activation protein A  25.95 
 
 		 207 aa  60.1  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000192642  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0336  two component LuxR family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 199 aa  60.1  0.00000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000245981 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2141  colanic acid capsular biosynthesis activation protein A  25.95 
 
 		 207 aa  59.7  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000944438  normal  0.224442 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2542  response regulator receiver protein  24.73 
 
 		 207 aa  56.6  0.0000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000537034  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4606  two component transcriptional regulator, LuxR family  27.64 
 
 		 207 aa  55.5  0.0000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.296562 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1311  two component transcriptional regulator, LuxR family  22.9 
 
 		 226 aa  54.7  0.0000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.165019  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1782  two component LuxR family transcriptional regulator  22.28 
 
 		 214 aa  53.9  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000360675 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2051  colanic acid capsular biosynthesis activation protein A  23.24 
 
 		 207 aa  53.5  0.000002  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  4.74459e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2184  colanic acid capsular biosynthesis activation protein A  23.24 
 
 		 207 aa  53.5  0.000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000916169  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1691  LuxR family transcriptional regulator  23.24 
 
 		 207 aa  53.5  0.000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000000265916  hitchhiker  0.00232643 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1233  colanic acid capsular biosynthesis activation protein A  23.24 
 
 		 207 aa  53.5  0.000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000132181  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1697  transcriptional regulator, LuxR family  23.24 
 
 		 207 aa  53.1  0.000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000115016  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2728  colanic acid capsular biosynthesis activation protein A  23.24 
 
 		 207 aa  53.1  0.000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000830515  normal  0.480733 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1072  colanic acid capsular biosynthesis activation protein A  24.34 
 
 		 203 aa  51.6  0.000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000307954  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5595  two component transcriptional regulator, LuxR family  22.17 
 
 		 215 aa  50.8  0.00001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1766  transcriptional regulator NarL  21.46 
 
 		 216 aa  49.7  0.00002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3050  LuxR family transcriptional regulator  21.72 
 
 		 209 aa  50.4  0.00002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1810  two component LuxR family transcriptional regulator  24.51 
 
 		 218 aa  50.4  0.00002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4012  transcriptional regulator NarL  22 
 
 		 214 aa  48.9  0.00004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0445  two component LuxR family transcriptional regulator  25.23 
 
 		 212 aa  48.9  0.00005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000143028  normal  0.869605 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2024  two component transcriptional regulator, LuxR family  22.97 
 
 		 220 aa  48.5  0.00006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.876474  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1846  two component transcriptional regulator, LuxR family  24.51 
 
 		 212 aa  47.4  0.0001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.349565  normal  0.2019 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2055  two component transcriptional regulator, LuxR family  22.43 
 
 		 220 aa  47.8  0.0001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3043  LuxR family DNA binding response regulator  22.44 
 
 		 209 aa  46.6  0.0002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3972  two component LuxR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 251 aa  45.8  0.0004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.111106  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0184  transcriptional regulator, LuxR family  41.67 
 
 		 507 aa  45.8  0.0004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.131926  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0242  two component LuxR family transcriptional regulator  22.71 
 
 		 211 aa  45.8  0.0004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000159114 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1848  transcriptional regulator NarL  40 
 
 		 215 aa  45.4  0.0005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1286  two component LuxR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 213 aa  45.4  0.0005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.172682 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1796  response regulator receiver  21.2 
 
 		 230 aa  45.4  0.0005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0655  two component LuxR family transcriptional regulator  24.12 
 
 		 194 aa  45.4  0.0005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0385  two component transcriptional regulator, LuxR family  24.5 
 
 		 224 aa  45.4  0.0005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2656  two component transcriptional regulator, LuxR family  21.63 
 
 		 226 aa  45.1  0.0006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.161573  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0250  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.38 
 
 		 260 aa  45.1  0.0007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.664516  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3468  LysR family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 248 aa  44.7  0.0008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0530935  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3373  LysR family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 227 aa  44.7  0.0008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.322322  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1230  two component transcriptional regulator, LuxR family  23.27 
 
 		 215 aa  45.1  0.0008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0555  two component LuxR family transcriptional regulator  23.22 
 
 		 228 aa  44.7  0.0009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2486  two component LuxR family transcriptional regulator  41.51 
 
 		 208 aa  43.9  0.001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3299  LysR-family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 227 aa  44.7  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.212015  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4219  response regulator receiver protein  23.33 
 
 		 217 aa  43.9  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.0092025  hitchhiker  0.000784643 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3523  two component LuxR family transcriptional regulator  22.58 
 
 		 224 aa  44.7  0.001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3005  two component LuxR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 217 aa  44.7  0.001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00815247  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01515  transcriptional regulator LuxR/uhpA family  21.8 
 
 		 215 aa  44.3  0.001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.422594  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3406  two component transcriptional regulator, LuxR family  21.9 
 
 		 214 aa  43.9  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.588591  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0280  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.38 
 
 		 245 aa  43.9  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.417338  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7009  two component transcriptional regulator, LuxR family  21.03 
 
 		 218 aa  43.5  0.002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0896567  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4981  two component LuxR family transcriptional regulator  21.7 
 
 		 244 aa  43.5  0.002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3042  two component LuxR family transcriptional regulator  21.05 
 
 		 222 aa  43.1  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.280021 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0618  LuxR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 215 aa  43.9  0.002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2282  two component LuxR family transcriptional regulator  23.53 
 
 		 199 aa  43.9  0.002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.203996 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3810  two component transcriptional regulator, LuxR family  24.31 
 
 		 236 aa  43.5  0.002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.225059  normal  0.0261757 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1229  response regulator receiver protein  23.56 
 
 		 212 aa  43.5  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.643884  hitchhiker  0.00799583 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2145  two component transcriptional regulator, LuxR family  21.5 
 
 		 220 aa  43.5  0.002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0196231  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0023  two component LuxR family transcriptional regulator  22.01 
 
 		 221 aa  43.1  0.002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.273145  hitchhiker  0.00000136124 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0851  transcription regulator PRHJ transcription regulator protein  38.6 
 
 		 174 aa  43.5  0.002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.353607 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4001  two component transcriptional regulator, LuxR family  22.64 
 
 		 217 aa  43.1  0.003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.380782  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5557  two component transcriptional regulator, LuxR family  21.18 
 
 		 223 aa  42.7  0.003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.496641  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3729  two component transcriptional regulator, LuxR family  21.43 
 
 		 214 aa  42.7  0.003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3294  LysR-family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 248 aa  42.7  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.42203  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4027  LuxR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 275 aa  43.1  0.003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3366  LysR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 227 aa  42.4  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.857101 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0278  two component transcriptional regulator, LuxR family  23.22 
 
 		 225 aa  42.4  0.004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000789071 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3988  two component transcriptional regulator, LuxR family  19.52 
 
 		 228 aa  42.4  0.004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0354189  normal  0.736565 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3231  two component LuxR family transcriptional regulator  21.94 
 
 		 209 aa  42.4  0.004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.229823  normal  0.0283688 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4608  two component LuxR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 275 aa  42.4  0.004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.313635  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6211  response regulator receiver protein  21.9 
 
 		 239 aa  42.4  0.004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.377169 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3089  two component LuxR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 219 aa  42  0.005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0366  two component transcriptional regulator, LuxR family  20.28 
 
 		 220 aa  42  0.005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0587069  normal  0.203995 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3763  two component LuxR family transcriptional regulator  23.56 
 
 		 221 aa  42  0.005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0403461 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1617  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.43 
 
 		 214 aa  42  0.005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.321528  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5911  two component LuxR family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 219 aa  42  0.005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1743  two component LuxR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 209 aa  42  0.006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.518394 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1820  two component transcriptional regulator, LuxR family  20.59 
 
 		 216 aa  42  0.006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.677493  normal  0.0923177 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2573  two component transcriptional regulator, LuxR family  23.9 
 
 		 221 aa  41.6  0.007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0970392  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0244  two component transcriptional regulator, LuxR family  20.2 
 
 		 216 aa  41.6  0.007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4263  two component transcriptional regulator, LuxR family  18.84 
 
 		 230 aa  41.6  0.007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.455968 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00310  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  22.06 
 
 		 213 aa  41.6  0.008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1997  two component LuxR family transcriptional regulator  23.15 
 
 		 218 aa  41.6  0.008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2464  two component LuxR family transcriptional regulator  23.19 
 
 		 221 aa  41.6  0.008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0236  LuxR family two component transcriptional regulator  21.5 
 
 		 218 aa  41.6  0.008  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1828  two component transcriptional regulator, LuxR family protein  33.93 
 
 		 216 aa  41.2  0.009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0522  two component LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 219 aa  41.2  0.009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5955  two component LuxR family transcriptional regulator  23.65 
 
 		 215 aa  41.2  0.009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.132796 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2079  two component transcriptional regulator, LuxR family  21.46 
 
 		 212 aa  41.2  0.009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0972  two component LuxR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 227 aa  41.2  0.01  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.299836  normal  0.0302219 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2088  two component LuxR family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 199 aa  41.2  0.01  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>