72 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_R0016 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_R0016  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.372982  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0022  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.448408  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0027  tRNA-Val  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.31278  normal  0.51175 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0037  tRNA-Val  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0018  tRNA-Val  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0054  tRNA-Val  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.452754 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0017  tRNA-Val  88.89 
 
 		 72 bp  79.8  0.00000000000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.598097  normal  0.464383 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0024  tRNA-Val  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.508678  normal  0.235406 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1555  tRNA-Val  88 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0041  tRNA-Val  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0784234  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0041  tRNA-Val  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0021  tRNA-Val  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2266  tRNA-Val  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.248753  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0061  tRNA-Val  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.17954  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna47  tRNA-Val  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.625367  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3052  tRNA-Val  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.728072  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0061  tRNA-Val  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.700263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2650  tRNA-Val  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2705  tRNA-Val  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1539  tRNA-Val  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.051003  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0025  tRNA-Val  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.149964  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0059  tRNA-Val  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.565602  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0061  tRNA-Val  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0089  tRNA-Val  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.347614  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0038  tRNA-Val  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.827791  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1831  tRNA-Val  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0069  tRNA-Val  89.36 
 
 		 72 bp  54  0.000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00232154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2783  tRNA-Val  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0812706  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0039  tRNA-Val  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.867547  hitchhiker  0.000112761 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0051  tRNA-Val  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000353155  normal  0.0160187 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Val-4  tRNA-Val  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.464554  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0044  tRNA-Val  94.12 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0035  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0205002  normal  0.0343396 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0134  tRNA-Met  91.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000000283847  normal  0.273117 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0037  tRNA-Val  84.21 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0260915  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0128  tRNA-Met  91.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000000459259  normal  0.192833 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0125  tRNA-Met  91.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000032683  normal  0.193684 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0131  tRNA-Met  91.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000542069  normal  0.386091 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0073  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.222054  normal  0.378802 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0043  tRNA-Val  87.5 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0172535  normal  0.864924 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Val-3  tRNA-Val  82.67 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS03462  tRNA-Val  88.37 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000504437  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0033  tRNA-Val  88.37 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0035  tRNA-Met  89.74 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0002  tRNA-Lys  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0032  tRNA-Val  88.37 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0054  tRNA-Val  88.37 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214372  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0035  tRNA-Val  88.37 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000268717  normal  0.222107 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0077  tRNA-Met  89.74 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.171478  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0033  tRNA-Val  82.67 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.675019  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna1  tRNA-Met  89.74 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0028  tRNA-Val  88.37 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.118191  normal  0.542965 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0038  tRNA-Val  88.37 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.405817  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0036  tRNA-Val  88.37 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.012717  normal  0.28653 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0044  tRNA-Met  89.74 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0044  tRNA-Met  89.74 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0052  tRNA-Met  89.74 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.526652  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6005  tRNA-Val  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.859444 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0035  tRNA-Val  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.491254  normal  0.639036 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0001  tRNA-Val  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.613575  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11940  tRNA-Val  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000016484  normal  0.0993064 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4309  tRNA-Val  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0046  tRNA-Val  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0044  tRNA-Val  96.15 
 
 		 72 bp  44.1  0.004  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.320122  normal  0.198064 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0001  tRNA-Val  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0048  tRNA-Val  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.546388  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0001  tRNA-Val  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.709613  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0025  tRNA-Val  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000640058  normal  0.0750081 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0040  tRNA-Val  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.451217  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0039  tRNA-Val  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.449991  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0046  tRNA-Val  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna32  tRNA-Val  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>