42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_R0002 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_R0002  tRNA-Tyr  100 
 
 		 86 bp  170  3e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0048  tRNA-Tyr  96.51 
 
 		 86 bp  147  5e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.012398  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0022  tRNA-Tyr  89.02 
 
 		 86 bp  91.7  3e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.537051  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0024  tRNA-Tyr  88.89 
 
 		 86 bp  89.7  1e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.640159  normal  0.173611 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0009  tRNA-Tyr  87.8 
 
 		 86 bp  83.8  0.000000000000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.193083  normal  0.394655 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0058  tRNA-Tyr  87.65 
 
 		 86 bp  81.8  0.00000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.90337 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0054  tRNA-Tyr  100 
 
 		 88 bp  81.8  0.00000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000280744  decreased coverage  0.00224891 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0058  tRNA-Tyr  86.05 
 
 		 86 bp  75.8  0.000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0117646  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0059  tRNA-Tyr  86.05 
 
 		 86 bp  75.8  0.000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0035  tRNA-Tyr  87.88 
 
 		 83 bp  67.9  0.0000000004  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.641797  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0028  tRNA-Tyr  86.49 
 
 		 86 bp  67.9  0.0000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000000249872  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0037  tRNA-Tyr  84.88 
 
 		 86 bp  67.9  0.0000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.499961 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0023  tRNA-Tyr  86.49 
 
 		 86 bp  67.9  0.0000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0238179  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0029  tRNA-Tyr  85.71 
 
 		 84 bp  63.9  0.000000006  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.000000000326134  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_871  tRNA-Tyr  85.71 
 
 		 84 bp  63.9  0.000000006  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000164739  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Tyr-1  tRNA-Tyr  85.71 
 
 		 84 bp  63.9  0.000000006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.0000000899058  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0022  tRNA-Tyr  94.87 
 
 		 84 bp  61.9  0.00000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  1.4432900000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0056  tRNA-Tyr  94.74 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00000675719  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0053  tRNA-Tyr  83.72 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.798877 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0405  tRNA-Tyr  86.36 
 
 		 83 bp  60  0.00000009  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  hitchhiker  0.00881766  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0050  tRNA-Tyr  83.72 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.160697  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS05585  tRNA-Tyr  83.72 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000486194  normal  0.206056 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0009  tRNA-Tyr  92.68 
 
 		 83 bp  58  0.0000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0033  tRNA-Tyr  94.44 
 
 		 84 bp  56  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000103069  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0048  tRNA-Tyr  94.44 
 
 		 84 bp  56  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000106937  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0050  tRNA-Tyr  96.77 
 
 		 86 bp  54  0.000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.11931  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0050  tRNA-Tyr  84.51 
 
 		 86 bp  54  0.000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00161887  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0015  tRNA-Tyr  96.77 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.914639  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0058  tRNA-Tyr  82.56 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0068  tRNA-Tyr  82.56 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.544581  normal  0.0861147 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0015  tRNA-Tyr  88.89 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000216156  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0020  tRNA-Tyr  96.55 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0035  tRNA-Tyr  88.89 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000283862  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0010  tRNA-Tyr  91.43 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000639751  normal  0.164042 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1846  tRNA-Tyr  84.75 
 
 		 83 bp  46.1  0.001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0003  tRNA-Tyr  93.55 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0063  tRNA-Tyr  81.4 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0060  tRNA-Tyr  81.4 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000231954  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0003  tRNA-Tyr  81.4 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0057  tRNA-Tyr  81.4 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.658819  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0014  tRNA-Tyr  82.56 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000000194257  hitchhiker  0.00490505 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0263  tRNA-Tyr  89.47 
 
 		 83 bp  44.1  0.005  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000617224  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>