126 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_6305 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012792  Vapar_6305  hypothetical protein  100 
 
 
280 aa  564  1e-160  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.380484  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4684  hypothetical protein  65.44 
 
 
278 aa  367  1e-100  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.34246  normal  0.868171 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0992  hypothetical protein  65.17 
 
 
277 aa  353  1e-96  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3066  hypothetical protein  67.04 
 
 
277 aa  347  1e-94  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.37853  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1029  hypothetical protein  64.04 
 
 
277 aa  346  2e-94  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.752115 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2190  hypothetical protein  64.07 
 
 
277 aa  344  1e-93  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.84391  normal  0.86981 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0757  hypothetical protein  60.37 
 
 
276 aa  327  2.0000000000000001e-88  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.380653 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2032  hypothetical protein  58.48 
 
 
285 aa  315  7e-85  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.392339  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3392  hypothetical protein  51.48 
 
 
300 aa  259  4e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1242  hypothetical protein  50.38 
 
 
298 aa  247  1e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.933604 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0587  hypothetical protein  48.56 
 
 
313 aa  241  1e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0642886  normal  0.716102 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4647  hypothetical protein  47.08 
 
 
298 aa  240  2e-62  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0773  hypothetical protein  49.06 
 
 
316 aa  239  4e-62  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.91386  normal  0.243423 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5938  hypothetical protein  46.99 
 
 
308 aa  231  9e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1607  hypothetical protein  49.81 
 
 
320 aa  227  2e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1723  hypothetical protein  47.04 
 
 
283 aa  227  2e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1557  hypothetical protein  47.78 
 
 
286 aa  227  2e-58  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.189943  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0712  hypothetical protein  43.98 
 
 
275 aa  226  3e-58  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4790  hypothetical protein  45.96 
 
 
300 aa  226  3e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0732  hypothetical protein  43.98 
 
 
275 aa  224  1e-57  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1430  hypothetical protein  45.86 
 
 
307 aa  223  3e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.51935  normal  0.711146 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2180  hypothetical protein  41.67 
 
 
287 aa  221  8e-57  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2174  hypothetical protein  43.59 
 
 
303 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.356635  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5128  hypothetical protein  44.89 
 
 
307 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2030  hypothetical protein  43.59 
 
 
293 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3398  hypothetical protein  42.91 
 
 
303 aa  219  3.9999999999999997e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0783117  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2208  hypothetical protein  40.94 
 
 
287 aa  219  5e-56  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1004  hypothetical protein  39.35 
 
 
290 aa  218  7e-56  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.863702  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2831  hypothetical protein  44.49 
 
 
301 aa  213  1.9999999999999998e-54  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0303  hypothetical protein  46.49 
 
 
296 aa  213  1.9999999999999998e-54  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.371477 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3694  hypothetical protein  44 
 
 
279 aa  211  1e-53  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0410237 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2222  hypothetical protein  42.7 
 
 
278 aa  207  1e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.230612  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3406  hypothetical protein  38.11 
 
 
310 aa  205  6e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.11414  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0904  hypothetical protein  40.37 
 
 
312 aa  204  1e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002084  hypothetical protein  39.7 
 
 
289 aa  203  2e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4400  hypothetical protein  44.57 
 
 
278 aa  203  3e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0735  hypothetical protein  39.64 
 
 
294 aa  203  3e-51  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.291211 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0944  hypothetical protein  37.31 
 
 
284 aa  202  5e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.98615 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4062  hypothetical protein  39.27 
 
 
305 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3130  hypothetical protein  40.28 
 
 
292 aa  199  3e-50  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0846  hypothetical protein  37.28 
 
 
311 aa  199  5e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0975  hypothetical protein  40.77 
 
 
293 aa  193  3e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3392  hypothetical protein  39.05 
 
 
299 aa  193  3e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2688  hypothetical protein  45.42 
 
 
297 aa  192  4e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.118004  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00353  hypothetical protein  38.87 
 
 
308 aa  192  7e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1009  hypothetical protein  40.38 
 
 
293 aa  191  8e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.672534 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0971  hypothetical protein  40.38 
 
 
293 aa  191  9e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.6425 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0967  hypothetical protein  40.23 
 
 
319 aa  191  1e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3517  hypothetical protein  38.69 
 
 
299 aa  191  1e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.753401 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3296  hypothetical protein  40.15 
 
 
299 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4401  hypothetical protein  43.22 
 
 
288 aa  189  4e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4291  hypothetical protein  43.22 
 
 
288 aa  189  4e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1061  hypothetical protein  39 
 
 
299 aa  188  9e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00359459 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1558  hypothetical protein  40.08 
 
 
283 aa  182  4.0000000000000006e-45  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.103302 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0527  hypothetical protein  35.69 
 
 
292 aa  182  6e-45  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.754891  normal  0.524488 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1262  hypothetical protein  40.38 
 
 
318 aa  178  9e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.328602  normal  0.993463 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3962  hypothetical protein  39.48 
 
 
296 aa  177  2e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.019618 
 
 
-
 
NC_003296  RS02372  hypothetical protein  42.03 
 
 
285 aa  175  6e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.357992  normal  0.0533117 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3267  protein of unknown function DUF692  37.92 
 
 
339 aa  173  3.9999999999999995e-42  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4775  hypothetical protein  35.38 
 
 
290 aa  173  3.9999999999999995e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000121988 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0724  hypothetical protein  34.67 
 
 
289 aa  171  7.999999999999999e-42  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0704  hypothetical protein  34.67 
 
 
289 aa  170  2e-41  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4384  hypothetical protein  37.13 
 
 
300 aa  170  2e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0181481 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2359  hypothetical protein  38.7 
 
 
311 aa  170  3e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2959  hypothetical protein  39.78 
 
 
298 aa  166  2.9999999999999998e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0652339  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0811  hypothetical protein  35.11 
 
 
313 aa  166  4e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.5627  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1305  hypothetical protein  39.85 
 
 
291 aa  164  2.0000000000000002e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.330385 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3108  hypothetical protein  36.88 
 
 
283 aa  163  3e-39  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3153  hypothetical protein  37.18 
 
 
280 aa  163  3e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0753442  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2081  hypothetical protein  38.31 
 
 
279 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2533  hypothetical protein  39.11 
 
 
309 aa  162  4.0000000000000004e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00022761 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0989  hypothetical protein  39.85 
 
 
276 aa  161  1e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.449619  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2852  hypothetical protein  38.97 
 
 
281 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.972172  normal  0.24478 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2398  hypothetical protein  37.08 
 
 
277 aa  159  6e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0120  hypothetical protein  34.53 
 
 
290 aa  159  7e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2003  hypothetical protein  36.88 
 
 
277 aa  158  8e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.912952  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3297  hypothetical protein  36.36 
 
 
277 aa  157  1e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.867164 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2857  hypothetical protein  32.58 
 
 
278 aa  154  1e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000347655 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1837  hypothetical protein  39.05 
 
 
284 aa  152  7e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1554  hypothetical protein  39.15 
 
 
280 aa  151  1e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.220831 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0291  protein of unknown function DUF692  39.09 
 
 
282 aa  150  2e-35  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1775  hypothetical protein  32.44 
 
 
281 aa  150  3e-35  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2579  hypothetical protein  34.34 
 
 
289 aa  149  3e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00624438  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2695  hypothetical protein  33.96 
 
 
289 aa  149  7e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00011236  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01094  hypothetical protein  30.6 
 
 
283 aa  148  8e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0997289  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2620  hypothetical protein  33.96 
 
 
288 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000591272  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1764  hypothetical protein  33.96 
 
 
289 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0025937  normal  0.0109092 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21580  hypothetical protein  37.82 
 
 
284 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2550  hypothetical protein  34.34 
 
 
283 aa  146  3e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.446305  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1305  hypothetical protein  34.06 
 
 
278 aa  147  3e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0297196  normal  0.064547 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1788  hypothetical protein  30.4 
 
 
278 aa  146  3e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000100134 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1381  hypothetical protein  28.25 
 
 
295 aa  144  2e-33  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0499971  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_20741  hypothetical protein  30.34 
 
 
292 aa  143  3e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.393994 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1503  hypothetical protein  30.27 
 
 
283 aa  143  4e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.310146  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2307  hypothetical protein  32.57 
 
 
300 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00201718  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2450  hypothetical protein  32 
 
 
279 aa  139  7e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00881658  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2386  hypothetical protein  32.95 
 
 
289 aa  138  7.999999999999999e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000122506  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2240  hypothetical protein  30.32 
 
 
278 aa  138  8.999999999999999e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000381376  hitchhiker  0.000876549 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1138  hypothetical protein  31.56 
 
 
367 aa  138  1e-31  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2259  hypothetical protein  31.64 
 
 
279 aa  137  2e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000651935  normal  0.545232 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>