More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_6266 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012792  Vapar_6266  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
320 aa  640    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3816  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  85.39 
 
 
327 aa  493  9.999999999999999e-139  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.744275  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1316  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  72.41 
 
 
318 aa  412  1e-114  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.106475 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0201  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.78 
 
 
294 aa  183  4.0000000000000006e-45  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0830  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.05 
 
 
309 aa  179  7e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1127  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.48 
 
 
328 aa  173  3.9999999999999995e-42  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.190953  hitchhiker  0.00155627 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3421  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.04 
 
 
307 aa  173  3.9999999999999995e-42  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.556907  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3227  extracellular solute-binding protein family 1  37.04 
 
 
307 aa  173  3.9999999999999995e-42  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.00159401  normal  0.987884 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1896  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.29 
 
 
296 aa  172  7.999999999999999e-42  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.0543799999999999e-20 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20510  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.95 
 
 
290 aa  170  2e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0790749  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4663  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.04 
 
 
299 aa  169  5e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.456499 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4750  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.8 
 
 
299 aa  169  7e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.62916  normal  0.701692 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13130  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.92 
 
 
293 aa  168  9e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2392  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.78 
 
 
318 aa  166  5.9999999999999996e-40  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.488692  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2658  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.83 
 
 
309 aa  166  6.9999999999999995e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.43514  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4319  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.11 
 
 
312 aa  164  2.0000000000000002e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.778687  hitchhiker  0.00185272 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11550  carbohydrate ABC transporter membrane protein  33.33 
 
 
354 aa  163  3e-39  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.151535  normal  0.0144146 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0016  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.21 
 
 
311 aa  162  5.0000000000000005e-39  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.17058  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20620  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.08 
 
 
299 aa  162  7e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6970  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.79 
 
 
305 aa  162  8.000000000000001e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0388505  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2718  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.56 
 
 
330 aa  160  4e-38  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.21265 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8235  ABC transporter, permease protein  36.42 
 
 
306 aa  159  4e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1942  sugar ABC transporter, permease protein  36.4 
 
 
287 aa  157  2e-37  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3980  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.98 
 
 
299 aa  157  2e-37  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00655631 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2918  ABC-type sugar transport system, permease component  36.27 
 
 
305 aa  157  2e-37  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0396  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.55 
 
 
307 aa  156  3e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.701562  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1304  MalF-type ABC sugar transport systems permease component  31.43 
 
 
334 aa  156  3e-37  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.00913134  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0321  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.17 
 
 
316 aa  156  4e-37  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1247  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.41 
 
 
308 aa  156  4e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.732084 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3676  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.47 
 
 
309 aa  156  5.0000000000000005e-37  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2302  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.76 
 
 
320 aa  156  5.0000000000000005e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.253823  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2000  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.4 
 
 
319 aa  155  1e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2527  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
309 aa  154  1e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.849073  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3547  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.11 
 
 
314 aa  155  1e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0450985  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0382  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.39 
 
 
296 aa  154  2e-36  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2695  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.8 
 
 
309 aa  154  2e-36  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.179346  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0400  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.4 
 
 
295 aa  153  4e-36  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000506379  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4016  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.06 
 
 
302 aa  153  4e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0627  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.14 
 
 
294 aa  153  4e-36  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000558297  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0615  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.12 
 
 
296 aa  152  5e-36  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2208  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.65 
 
 
306 aa  153  5e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.739705  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07100  carbohydrate ABC transporter membrane protein  35.29 
 
 
318 aa  152  5e-36  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.790586  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2471  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.54 
 
 
305 aa  152  5.9999999999999996e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.12566 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29410  carbohydrate ABC transporter membrane protein  33.69 
 
 
322 aa  152  5.9999999999999996e-36  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.899558  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1357  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.36 
 
 
316 aa  152  8e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4587  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.89 
 
 
325 aa  151  2e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.351015  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5674  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.55 
 
 
319 aa  150  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0325503  normal  0.167 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1681  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.69 
 
 
316 aa  150  3e-35  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.130846  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0527  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.97 
 
 
296 aa  150  3e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000283647  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3250  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  31.23 
 
 
310 aa  150  4e-35  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0518  sugar ABC transporter, permease protein  32.03 
 
 
314 aa  149  5e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.721567  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0461  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  33.22 
 
 
301 aa  149  5e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0667876 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0870  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.08 
 
 
309 aa  149  5e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.800905  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0451  sugar ABC transporter, permease protein  32.35 
 
 
308 aa  149  5e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0362  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30 
 
 
312 aa  149  5e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.541424  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2264  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.78 
 
 
307 aa  149  7e-35  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.277747  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4983  binding-protein-dependent transporter inner membrane protein  32.16 
 
 
310 aa  149  8e-35  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.300856  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0116  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.13 
 
 
317 aa  149  9e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.156333  normal  0.563407 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2453  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.18 
 
 
314 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.000000200699  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5738  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  32.03 
 
 
302 aa  148  1.0000000000000001e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0678785  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2523  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.1 
 
 
309 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00000000325465  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2350  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.08 
 
 
317 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.143445 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.99 
 
 
315 aa  147  2.0000000000000003e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4298  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.65 
 
 
294 aa  147  3e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.200183 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3567  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.93 
 
 
309 aa  147  3e-34  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4236  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.65 
 
 
294 aa  147  3e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4197  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.27 
 
 
326 aa  147  3e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.979447  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5138  ABC transporter membrane spanning protein (maltose)  33.33 
 
 
275 aa  146  4.0000000000000006e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.566756  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0449  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.85 
 
 
295 aa  146  4.0000000000000006e-34  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.982578  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0526  ABC-type sugar transport systems permease components-like  35.06 
 
 
293 aa  146  6e-34  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2875  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
318 aa  146  6e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.847542  normal  0.0272583 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13190  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.99 
 
 
289 aa  145  7.0000000000000006e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.71 
 
 
313 aa  144  1e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.308138  normal  0.32687 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2217  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.34 
 
 
305 aa  145  1e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1752  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.41 
 
 
314 aa  144  1e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000089983 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1606  ABC transporter sugar permease  32.54 
 
 
293 aa  144  1e-33  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0185  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.53 
 
 
315 aa  145  1e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0645  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.36 
 
 
309 aa  144  2e-33  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000282921  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0359  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.94 
 
 
300 aa  144  2e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.98 
 
 
313 aa  144  2e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2905  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.22 
 
 
315 aa  143  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0967831  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5199  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.22 
 
 
312 aa  144  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0867066 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01490  carbohydrate ABC transporter membrane protein  31.14 
 
 
324 aa  143  3e-33  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.659857  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1549  MalF-type ABC sugar transport systems permease component  31.86 
 
 
317 aa  143  3e-33  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.649517  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2623  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.09 
 
 
330 aa  144  3e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0584633  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1549  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.54 
 
 
293 aa  144  3e-33  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.563461  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21160  carbohydrate ABC transporter membrane protein  34.07 
 
 
314 aa  143  4e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.103465  normal  0.100515 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1637  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.07 
 
 
303 aa  143  4e-33  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0695484  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0941  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.1 
 
 
313 aa  143  5e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.737632 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0115  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.31 
 
 
300 aa  143  5e-33  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5200  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.4 
 
 
313 aa  143  5e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0117  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.31 
 
 
300 aa  143  5e-33  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1819  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.29 
 
 
293 aa  143  5e-33  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.215175  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2009  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.75 
 
 
291 aa  142  5e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5469  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.58 
 
 
313 aa  142  6e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.394829 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0691  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.24 
 
 
295 aa  142  7e-33  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7706  sugar ABC transporter permease protein  31.65 
 
 
303 aa  142  8e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.680022 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7515  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.74 
 
 
314 aa  142  9.999999999999999e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2645  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.99 
 
 
315 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0166747  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5739  ABC transporter permease  29.57 
 
 
318 aa  141  9.999999999999999e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.184804 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>