More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_6259 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012792  Vapar_6259  Methyltransferase type 11  100 
 
 
270 aa  548  1e-155  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2962  Methyltransferase type 11  58.21 
 
 
269 aa  324  9e-88  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4899  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  60.22 
 
 
269 aa  317  1e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.181736 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4560  Methyltransferase type 11  60.61 
 
 
272 aa  293  2e-78  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.605076 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3488  Methyltransferase type 11  60.61 
 
 
272 aa  293  2e-78  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.299223 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4175  methyltransferase type 11  55.97 
 
 
279 aa  290  2e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3846  putative methyltransferase ubiE/COQ5 family  57.89 
 
 
272 aa  288  7e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.583895 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0840  Methyltransferase type 11  57.74 
 
 
272 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4063  methyltransferase type 11  52.26 
 
 
271 aa  268  5.9999999999999995e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4254  UbiE/COQ5 methyltransferase  54.17 
 
 
272 aa  262  4e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1392  Methyltransferase type 11  43.77 
 
 
280 aa  204  1e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1233  methyltransferase type 11  40.08 
 
 
526 aa  175  8e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.153132  normal  0.111718 
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5135  Methyltransferase type 11  31.36 
 
 
275 aa  102  7e-21  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1935  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  32.62 
 
 
192 aa  97.1  2e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1995  methyltransferase type 11  33.54 
 
 
287 aa  86.7  3e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.731995  normal  0.0329645 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1032  methyltransferase type 11  30.13 
 
 
282 aa  85.9  7e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0822126  normal  0.0891135 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3999  Methyltransferase type 11  32.14 
 
 
274 aa  84.7  0.000000000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2838  methyltransferase type 11  33.16 
 
 
285 aa  84.7  0.000000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0925086 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2215  methyltransferase type 11  33.48 
 
 
288 aa  84  0.000000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0250997  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2458  methyltransferase type 11  30.56 
 
 
581 aa  83.2  0.000000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1159  Methyltransferase type 11  29.71 
 
 
282 aa  83.2  0.000000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0308306  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4566  putative S-adenosyl-L-methionine (SAM)-dependent methyltransferase  32.39 
 
 
285 aa  83.2  0.000000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.343396 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4859  methyltransferase type 11  32.97 
 
 
281 aa  82.8  0.000000000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.239817 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2226  methyltransferase type 11  30.64 
 
 
285 aa  81.6  0.00000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0827676  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2080  MCP methyltransferase, CheR-type  38.97 
 
 
825 aa  81.3  0.00000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.646014  normal  0.992336 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1896  UbiE/COQ5 methyltransferase  28.19 
 
 
285 aa  80.5  0.00000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.656482  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0167  Methyltransferase type 11  40.52 
 
 
281 aa  79.3  0.00000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1119  MCP methyltransferase, CheR-type  34.04 
 
 
287 aa  79.3  0.00000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.612378  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4690  methyltransferase type 11  30.19 
 
 
280 aa  79.3  0.00000000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0533  methyltransferase type 12  30.77 
 
 
325 aa  79  0.00000000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0522  Methyltransferase type 11  39.29 
 
 
280 aa  78.2  0.0000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0964  Methyltransferase type 11  29.39 
 
 
281 aa  78.6  0.0000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.0015183  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0051  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  39.8 
 
 
237 aa  77.4  0.0000000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.181609  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1876  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methylase-like protein  28.99 
 
 
282 aa  75.9  0.0000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.183068  normal  0.315435 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6529  Methyltransferase type 11  31.91 
 
 
287 aa  75.9  0.0000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0889937 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0222  Methyltransferase type 11  42.02 
 
 
266 aa  75.1  0.000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.100135  normal  0.562756 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3370  Methyltransferase type 11  44.76 
 
 
253 aa  75.1  0.000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.627677  normal  0.442858 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1513  Methyltransferase type 11  41.84 
 
 
266 aa  74.3  0.000000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.280949  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1979  methyltransferase type 11  30 
 
 
240 aa  74.3  0.000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.950841 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0860  2-octaprenyl-6-methoxy-1,4-benzoquinone methylase / demethylmenaquinone methyltransferase  38.13 
 
 
243 aa  74.3  0.000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0650412 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1026  methyltransferase type 11  43.69 
 
 
270 aa  74.3  0.000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1080  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  41.24 
 
 
233 aa  73.6  0.000000000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0245435  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6294  methyltransferase type 11  31.91 
 
 
287 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3054  UbiE/COQ5 methyltransferase  28.41 
 
 
290 aa  73.2  0.000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0198479 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1622  demethylmenaquinone methyltransferase  35.11 
 
 
251 aa  72  0.000000000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6463  methyltransferase type 11  33.73 
 
 
283 aa  71.2  0.00000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0440629 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1443  UbiE/COQ5 methyltransferase  29.26 
 
 
201 aa  70.9  0.00000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000720373  normal  0.0497361 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0698  2-octaprenyl-6-methoxy-1,4-benzoquinone methylase / demethylmenaquinone methyltransferase  28.74 
 
 
246 aa  71.2  0.00000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4233  Methyltransferase type 11  36.43 
 
 
274 aa  70.1  0.00000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.252372 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3415  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  39.05 
 
 
260 aa  70.1  0.00000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0781  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferases  38.13 
 
 
243 aa  70.1  0.00000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2948  methyltransferase type 11  34.56 
 
 
212 aa  70.1  0.00000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.160502  normal  0.130465 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1607  Methyltransferase type 11  39.13 
 
 
287 aa  69.7  0.00000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.209487  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4432  methyltransferase type 11  34.9 
 
 
284 aa  68.9  0.00000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0333  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  29.78 
 
 
243 aa  68.9  0.00000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.744081  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2700  2-octaprenyl-6-methoxy-1,4-benzoquinone methylase / demethylmenaquinone methyltransferase  34.31 
 
 
249 aa  68.9  0.00000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000274083 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4919  methyltransferase type 11  33.33 
 
 
285 aa  68.9  0.00000000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.232669  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2537  methyltransferase type 11  30.67 
 
 
281 aa  68.9  0.00000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3930  Methyltransferase type 11  41.18 
 
 
250 aa  68.9  0.00000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.56855 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4043  Methyltransferase type 11  41.18 
 
 
250 aa  68.9  0.00000000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1683  Methyltransferase type 11  38.94 
 
 
287 aa  68.6  0.0000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.430407  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1264  type 11 methyltransferase  37.93 
 
 
262 aa  68.6  0.0000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.086933  normal  0.147611 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0348  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  29.78 
 
 
243 aa  68.6  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.43472 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2653  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  36.28 
 
 
232 aa  68.6  0.0000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20210  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methylase  40.77 
 
 
278 aa  68.6  0.0000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.546828  normal  0.219584 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0245  methyltransferase type 11  35.09 
 
 
284 aa  68.2  0.0000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.744046  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3844  hypothetical protein  40 
 
 
524 aa  68.6  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0476944 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3362  methyltransferase type 11  31.21 
 
 
282 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0826191  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0103  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  36.04 
 
 
249 aa  68.2  0.0000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.881721  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1039  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  30.6 
 
 
241 aa  67.4  0.0000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3565  Methyltransferase type 11  31.71 
 
 
288 aa  67.4  0.0000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0597745  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1558  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  31.88 
 
 
241 aa  67.4  0.0000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1528  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  31.88 
 
 
241 aa  67.4  0.0000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.828667  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0746  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  27.27 
 
 
251 aa  67.4  0.0000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1420  arsenite S-adenosylmethyltransferase  32.79 
 
 
280 aa  67  0.0000000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5646  methyltransferase type 11  39.81 
 
 
277 aa  67  0.0000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.166193  normal  0.902058 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0374  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  30.34 
 
 
243 aa  67  0.0000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.346308 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4343  Methyltransferase type 11  29.41 
 
 
415 aa  67  0.0000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.414925  normal  0.473204 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0503  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  35.04 
 
 
242 aa  67  0.0000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2735  demethylmenaquinone methyltransferase / 2-octaprenyl-6-methoxy-1,4-benzoquinone methylase  28.9 
 
 
243 aa  67  0.0000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0158342 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3512  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  31.21 
 
 
243 aa  67  0.0000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000892399 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2776  methyltransferase type 11  35.43 
 
 
279 aa  67  0.0000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.917399  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3694  Methyltransferase type 11  28.88 
 
 
285 aa  66.6  0.0000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  hitchhiker  0.00559242  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1857  hypothetical protein  27.73 
 
 
291 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.253741  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0150  hypothetical protein  44.66 
 
 
276 aa  66.6  0.0000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0249  aklanonic acid methyl transferase  27.73 
 
 
291 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.435744  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2627  UbiE/COQ5 methyltransferase  33.73 
 
 
271 aa  66.6  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.114685 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3270  hypothetical protein  27.73 
 
 
291 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5219  Methyltransferase type 11  44.55 
 
 
259 aa  66.6  0.0000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0306756 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0523  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  38.1 
 
 
256 aa  66.6  0.0000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.846514  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2695  hypothetical protein  27.73 
 
 
291 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0036  putative methyltransferase  27.73 
 
 
291 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3675  methyltransferase type 11  31.13 
 
 
287 aa  66.6  0.0000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0294  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methlytransferase UbiE  25.6 
 
 
271 aa  66.2  0.0000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00915266  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6077  Methyltransferase type 11  34.38 
 
 
277 aa  66.2  0.0000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.315329 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0950  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methlytransferase UbiE  32.62 
 
 
230 aa  66.2  0.0000000005  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.512948  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4310  hypothetical protein  38.38 
 
 
261 aa  66.2  0.0000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5778  Methyltransferase type 11  37.86 
 
 
276 aa  66.2  0.0000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.537325  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4212  methyltransferase type 11  31.33 
 
 
282 aa  66.2  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.329369  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4154  methyltransferase type 11  31.33 
 
 
282 aa  66.2  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.538399  hitchhiker  0.00787832 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>