More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_6157 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012792  Vapar_6157  hypothetical protein  100 
 
 
322 aa  638    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4610  hypothetical protein  45.37 
 
 
322 aa  279  4e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0432088  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4853  extra-cytoplasmic solute receptor  45.66 
 
 
314 aa  278  1e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0565268  normal  0.206495 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5584  hypothetical protein  48.34 
 
 
337 aa  277  2e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0384253  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3546  hypothetical protein  45.18 
 
 
330 aa  276  4e-73  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0909589  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2869  hypothetical protein  45 
 
 
330 aa  275  8e-73  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0869  hypothetical protein  44.63 
 
 
339 aa  271  1e-71  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0843  hypothetical protein  46.67 
 
 
323 aa  268  1e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0159621  normal  0.161906 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5891  hypothetical protein  44.83 
 
 
327 aa  266  2.9999999999999995e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.580231  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5112  hypothetical protein  45.85 
 
 
325 aa  265  5.999999999999999e-70  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.386337  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3937  hypothetical protein  43.85 
 
 
328 aa  263  2e-69  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.178831  normal  0.0313351 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3420  hypothetical protein  46.28 
 
 
320 aa  263  4e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.21089  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3974  hypothetical protein  43.71 
 
 
328 aa  263  4e-69  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.406148 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3324  hypothetical protein  43.38 
 
 
328 aa  261  8e-69  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.0025587  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2040  hypothetical protein  43.38 
 
 
332 aa  261  8.999999999999999e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0456371 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0596  hypothetical protein  43.15 
 
 
336 aa  261  1e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.642014  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3745  hypothetical protein  43.71 
 
 
330 aa  260  2e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0812255  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4624  hypothetical protein  45.1 
 
 
327 aa  260  2e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0719  hypothetical protein  45.18 
 
 
326 aa  260  2e-68  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.32495 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4286  extra-cytoplasmatic solute receptor  44.97 
 
 
353 aa  258  7e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.85012 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4513  hypothetical protein  44.63 
 
 
338 aa  258  9e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0122346  normal  0.691436 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0191  hypothetical protein  45.51 
 
 
335 aa  257  1e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3614  hypothetical protein  44.82 
 
 
355 aa  257  2e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.380289  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0200  hypothetical protein  46.1 
 
 
349 aa  257  2e-67  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2991  hypothetical protein  44.44 
 
 
333 aa  256  4e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.36978  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3894  hypothetical protein  43.89 
 
 
321 aa  256  4e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0107663  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4609  extra-cytoplasmic solute receptor  44.52 
 
 
328 aa  256  5e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.636278 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0969  putative lipoprotein  45.22 
 
 
322 aa  255  6e-67  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.288033  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5146  hypothetical protein  44.19 
 
 
327 aa  255  9e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0987531  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4644  hypothetical protein  42.43 
 
 
321 aa  254  2.0000000000000002e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.206487  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4957  hypothetical protein  42.19 
 
 
331 aa  254  2.0000000000000002e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0102082  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1635  hypothetical protein  41.82 
 
 
333 aa  254  2.0000000000000002e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.345549  normal  0.902401 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3145  hypothetical protein  44.22 
 
 
333 aa  253  2.0000000000000002e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.261814  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3985  hypothetical protein  42.67 
 
 
349 aa  253  5.000000000000001e-66  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.19648  normal  0.0884631 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0823  hypothetical protein  39.81 
 
 
325 aa  252  7e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0213458 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0161  hypothetical protein  44.82 
 
 
330 aa  251  8.000000000000001e-66  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0143  hypothetical protein  44.82 
 
 
330 aa  251  8.000000000000001e-66  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.627963 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3624  hypothetical protein  42.9 
 
 
330 aa  250  2e-65  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.210677  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0801  hypothetical protein  45.48 
 
 
323 aa  250  3e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.618864  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4779  hypothetical protein  42.32 
 
 
324 aa  249  3e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1757  hypothetical protein  45.6 
 
 
325 aa  249  4e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.207491  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0112  hypothetical protein  42.95 
 
 
338 aa  248  8e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.25815  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3907  hypothetical protein  46.28 
 
 
335 aa  248  9e-65  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0961096 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0453  hypothetical protein  43.73 
 
 
345 aa  248  9e-65  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.533416  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0462  hypothetical protein  43.73 
 
 
345 aa  248  1e-64  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.170176 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3975  hypothetical protein  42 
 
 
336 aa  247  2e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1792  hypothetical protein  41.61 
 
 
317 aa  247  2e-64  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.3568  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6145  hypothetical protein  43.44 
 
 
332 aa  247  2e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.8095  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4876  extra-cytoplasmic solute receptor  44.48 
 
 
328 aa  247  2e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.748926  normal  0.754985 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4146  extra-cytoplasmic solute receptor  42.19 
 
 
339 aa  247  2e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00162583  normal  0.322023 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1906  hypothetical protein  43.71 
 
 
325 aa  247  2e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.375062  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3884  hypothetical protein  42.38 
 
 
328 aa  246  3e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1992  hypothetical protein  41.61 
 
 
317 aa  246  3e-64  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.108122  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6069  hypothetical protein  40.89 
 
 
318 aa  246  4e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2904  hypothetical protein  41.25 
 
 
332 aa  246  4.9999999999999997e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.339964  normal  0.0116375 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3580  hypothetical protein  42.86 
 
 
336 aa  246  4.9999999999999997e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.082795  normal  0.0103715 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3987  hypothetical protein  43 
 
 
334 aa  245  6e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.700334  normal  0.0774583 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0779  hypothetical protein  42.21 
 
 
360 aa  245  6e-64  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0478  hypothetical protein  41.19 
 
 
325 aa  245  6.999999999999999e-64  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.606939  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2117  hypothetical protein  44.48 
 
 
327 aa  245  6.999999999999999e-64  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.299705  normal  0.290671 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4385  hypothetical protein  41.49 
 
 
323 aa  245  6.999999999999999e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.944912  normal  0.325254 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2796  hypothetical protein  40.97 
 
 
336 aa  245  8e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.309219  normal  0.544833 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3371  hypothetical protein  43.32 
 
 
332 aa  245  9e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4289  hypothetical protein  42.86 
 
 
322 aa  244  9.999999999999999e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0170791  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5035  hypothetical protein  41.94 
 
 
339 aa  244  9.999999999999999e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.401942  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4280  hypothetical protein  42.81 
 
 
333 aa  244  9.999999999999999e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.711918  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3088  putative signal peptide protein  42.35 
 
 
317 aa  244  1.9999999999999999e-63  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0784453  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5438  hypothetical protein  41.46 
 
 
326 aa  243  1.9999999999999999e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0250  hypothetical protein  41.72 
 
 
319 aa  243  1.9999999999999999e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1691  hypothetical protein  44.82 
 
 
331 aa  243  3e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3986  hypothetical protein  42.67 
 
 
339 aa  243  3e-63  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.323954  normal  0.0812118 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4279  hypothetical protein  42.95 
 
 
356 aa  243  3e-63  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.877893  normal  0.56539 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3809  hypothetical protein  42.21 
 
 
310 aa  243  3e-63  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3597  hypothetical protein  43.61 
 
 
323 aa  243  3.9999999999999997e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4073  extra-cytoplasmic solute receptor  41.08 
 
 
332 aa  243  3.9999999999999997e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000509768  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3024  hypothetical protein  43 
 
 
332 aa  243  3.9999999999999997e-63  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0060  hypothetical protein  43.62 
 
 
322 aa  242  5e-63  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1128  hypothetical protein  40.13 
 
 
324 aa  242  6e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.794936  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2776  hypothetical protein  40.82 
 
 
332 aa  242  7e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.918758  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0842  hypothetical protein  41.33 
 
 
325 aa  242  7e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2648  hypothetical protein  43.23 
 
 
336 aa  241  7.999999999999999e-63  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.43635  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4389  hypothetical protein  40.99 
 
 
321 aa  241  7.999999999999999e-63  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.907682 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1334  hypothetical protein  40.45 
 
 
325 aa  241  9e-63  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000781341 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2596  hypothetical protein  41.14 
 
 
327 aa  241  9e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.523201  normal  0.428813 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5895  hypothetical protein  40.25 
 
 
324 aa  241  1e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0219552  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0646  hypothetical protein  40.99 
 
 
334 aa  241  1e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0744  hypothetical protein  41.64 
 
 
325 aa  241  1e-62  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.61051  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1562  hypothetical protein  41.18 
 
 
322 aa  241  1e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  unclonable  0.0000177519 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0835  hypothetical protein  42 
 
 
351 aa  241  1e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0180096  normal  0.0225936 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4611  hypothetical protein  39.49 
 
 
332 aa  240  2e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.214044  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4213  extra-cytoplasmic solute receptor  43.49 
 
 
326 aa  241  2e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0828  hypothetical protein  41.18 
 
 
335 aa  241  2e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.136447  normal  0.157407 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4972  hypothetical protein  42.14 
 
 
328 aa  239  4e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.345918  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3558  hypothetical protein  41.95 
 
 
327 aa  239  5e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3869  hypothetical protein  43.19 
 
 
332 aa  239  5e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0415956  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2872  hypothetical protein  43.48 
 
 
334 aa  239  5.999999999999999e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.446965 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4232  extra-cytoplasmic solute receptor  40.58 
 
 
314 aa  238  6.999999999999999e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.125597  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2142  hypothetical protein  40.31 
 
 
332 aa  238  8e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.980907  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2113  hypothetical protein  39.03 
 
 
318 aa  238  1e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.723108  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3716  hypothetical protein  41.72 
 
 
334 aa  238  1e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.128099  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>