More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_6069 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012792  Vapar_6069  hypothetical protein  100 
 
 
318 aa  635    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3546  hypothetical protein  47.18 
 
 
330 aa  301  1e-80  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0909589  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3324  hypothetical protein  46.18 
 
 
328 aa  300  3e-80  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.0025587  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2869  hypothetical protein  46.98 
 
 
330 aa  300  3e-80  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3974  hypothetical protein  46.18 
 
 
328 aa  299  5e-80  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.406148 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4609  extra-cytoplasmic solute receptor  44.51 
 
 
328 aa  293  2e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.636278 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0191  hypothetical protein  51 
 
 
335 aa  293  2e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4624  hypothetical protein  42.95 
 
 
327 aa  291  9e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4214  hypothetical protein  48.81 
 
 
324 aa  290  2e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0869  hypothetical protein  47.42 
 
 
339 aa  289  5.0000000000000004e-77  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0835  hypothetical protein  45.97 
 
 
351 aa  288  1e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0180096  normal  0.0225936 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2113  hypothetical protein  44.95 
 
 
318 aa  288  1e-76  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.723108  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3884  hypothetical protein  45.48 
 
 
328 aa  286  2e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3178  hypothetical protein  47.27 
 
 
328 aa  286  2.9999999999999996e-76  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000137109 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5589  hypothetical protein  45.37 
 
 
335 aa  281  7.000000000000001e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1815  hypothetical protein  47.21 
 
 
325 aa  281  7.000000000000001e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00540737  normal  0.0160042 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3664  hypothetical protein  46.98 
 
 
324 aa  281  8.000000000000001e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3937  hypothetical protein  46.96 
 
 
328 aa  281  8.000000000000001e-75  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.178831  normal  0.0313351 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4511  hypothetical protein  45.12 
 
 
337 aa  281  1e-74  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3716  hypothetical protein  45.27 
 
 
334 aa  280  3e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.128099  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5382  extra-cytoplasmic solute receptor  46.77 
 
 
331 aa  278  7e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.203559  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1121  hypothetical protein  47.65 
 
 
325 aa  278  1e-73  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.237862  normal  0.618143 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4821  hypothetical protein  47.64 
 
 
330 aa  278  1e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1041  hypothetical protein  47.65 
 
 
327 aa  277  2e-73  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3966  hypothetical protein  46.2 
 
 
356 aa  276  3e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0682449  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2117  hypothetical protein  45.89 
 
 
327 aa  276  5e-73  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.299705  normal  0.290671 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1017  hypothetical protein  47.49 
 
 
304 aa  275  5e-73  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.221773 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3624  hypothetical protein  46.5 
 
 
330 aa  275  6e-73  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.210677  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5146  hypothetical protein  44.19 
 
 
327 aa  275  6e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0987531  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3983  extra-cytoplasmic solute receptor  43.45 
 
 
328 aa  275  7e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0104878 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6278  hypothetical protein  46.31 
 
 
322 aa  275  1.0000000000000001e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.000130922  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3671  extra-cytoplasmic solute receptor  48.65 
 
 
334 aa  274  2.0000000000000002e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0478  hypothetical protein  43.38 
 
 
325 aa  273  3e-72  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.606939  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1635  hypothetical protein  43.12 
 
 
333 aa  273  3e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.345549  normal  0.902401 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4047  extra-cytoplasmic solute receptor  43.99 
 
 
329 aa  273  4.0000000000000004e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0364236  normal  0.64466 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4385  hypothetical protein  44.79 
 
 
323 aa  272  5.000000000000001e-72  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.944912  normal  0.325254 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1908  hypothetical protein  44.16 
 
 
336 aa  271  9e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.781517  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0200  hypothetical protein  45.55 
 
 
349 aa  271  9e-72  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0143  hypothetical protein  44.11 
 
 
330 aa  270  2.9999999999999997e-71  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.627963 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0161  hypothetical protein  44.11 
 
 
330 aa  270  2.9999999999999997e-71  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3789  extra-cytoplasmic solute receptor  44.62 
 
 
326 aa  270  2.9999999999999997e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3530  hypothetical protein  45.98 
 
 
331 aa  270  2.9999999999999997e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.175021  hitchhiker  0.00737093 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1334  hypothetical protein  41.07 
 
 
325 aa  269  4e-71  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000781341 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0250  hypothetical protein  46.96 
 
 
319 aa  268  7e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2991  hypothetical protein  45.57 
 
 
333 aa  268  7e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.36978  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4004  hypothetical protein  44.59 
 
 
339 aa  268  7e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.506172  normal  0.0371737 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4853  extra-cytoplasmic solute receptor  45.79 
 
 
314 aa  267  2e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0565268  normal  0.206495 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4323  hypothetical protein  44.34 
 
 
344 aa  266  2.9999999999999995e-70  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.957408  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0038  hypothetical protein  44.87 
 
 
332 aa  266  2.9999999999999995e-70  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.914226 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5741  hypothetical protein  45.82 
 
 
339 aa  266  4e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.286317  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5112  hypothetical protein  42.57 
 
 
325 aa  266  4e-70  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.386337  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4611  hypothetical protein  43.04 
 
 
332 aa  266  5e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.214044  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4213  extra-cytoplasmic solute receptor  43.85 
 
 
326 aa  265  8.999999999999999e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4229  twin-arginine translocation pathway signal  42.24 
 
 
335 aa  265  1e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.467764  normal  0.364318 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5565  hypothetical protein  45.3 
 
 
335 aa  264  1e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.517724  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1026  hypothetical protein  45.1 
 
 
333 aa  264  2e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.346833  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4876  extra-cytoplasmic solute receptor  43.58 
 
 
328 aa  264  2e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.748926  normal  0.754985 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4081  hypothetical protein  46.2 
 
 
335 aa  264  2e-69  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5273  extra-cytoplasmic solute receptor  43.32 
 
 
322 aa  264  2e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.320147  normal  0.0608959 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1992  hypothetical protein  44.26 
 
 
317 aa  263  3e-69  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.108122  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6021  hypothetical protein  44.48 
 
 
338 aa  263  3e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4280  hypothetical protein  45.08 
 
 
333 aa  263  3e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.711918  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4271  hypothetical protein  43.41 
 
 
339 aa  263  3e-69  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4645  extra-cytoplasmic solute receptor  43.95 
 
 
348 aa  263  3e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.176289  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0596  hypothetical protein  42.09 
 
 
336 aa  263  3e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.642014  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4289  hypothetical protein  45.67 
 
 
322 aa  263  4e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0170791  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4286  extra-cytoplasmatic solute receptor  45.39 
 
 
353 aa  262  4e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.85012 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1325  hypothetical protein  41.25 
 
 
330 aa  262  4.999999999999999e-69  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3614  hypothetical protein  46.08 
 
 
355 aa  261  8e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.380289  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3420  hypothetical protein  43.85 
 
 
320 aa  261  8e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.21089  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3949  hypothetical protein  43.75 
 
 
339 aa  261  1e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.187886  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1792  hypothetical protein  43.92 
 
 
317 aa  261  1e-68  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.3568  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2114  hypothetical protein  48.63 
 
 
325 aa  260  2e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00328294 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5438  hypothetical protein  42.9 
 
 
326 aa  260  2e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4513  hypothetical protein  43.67 
 
 
338 aa  260  2e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0122346  normal  0.691436 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3508  hypothetical protein  45.15 
 
 
320 aa  260  2e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.231435 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5108  extra-cytoplasmic solute receptor  43.55 
 
 
326 aa  259  3e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000000000351886  normal  0.964391 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3868  hypothetical protein  43.88 
 
 
324 aa  260  3e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.231863  normal  0.156504 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1906  hypothetical protein  40.51 
 
 
325 aa  259  3e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.375062  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4951  extra-cytoplasmic solute receptor  49.37 
 
 
329 aa  259  6e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.546864  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5801  hypothetical protein  41.81 
 
 
330 aa  258  7e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.744071  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1907  hypothetical protein  45.68 
 
 
338 aa  258  7e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.653438  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2293  hypothetical protein  44.04 
 
 
320 aa  258  8e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000010806  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0842  hypothetical protein  41.58 
 
 
325 aa  258  1e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5794  hypothetical protein  47.84 
 
 
318 aa  258  1e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.049802 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0179  hypothetical protein  41.72 
 
 
328 aa  258  1e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.303741 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6217  hypothetical protein  45.89 
 
 
322 aa  257  1e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0641942  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1708  hypothetical protein  42.36 
 
 
322 aa  258  1e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000467968  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0969  putative lipoprotein  41.96 
 
 
322 aa  258  1e-67  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.288033  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0256  hypothetical protein  41.38 
 
 
327 aa  258  1e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4644  hypothetical protein  43.57 
 
 
321 aa  257  2e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.206487  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0434  hypothetical protein  41.14 
 
 
327 aa  257  2e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000234827  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3870  hypothetical protein  43.89 
 
 
315 aa  257  2e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0646118  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4673  hypothetical protein  41.27 
 
 
344 aa  257  2e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0823  hypothetical protein  39.68 
 
 
325 aa  257  2e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0213458 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0120  hypothetical protein  44.56 
 
 
361 aa  256  3e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5278  extra-cytoplasmic solute receptor  41.69 
 
 
331 aa  256  3e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.777708  normal  0.21823 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5531  hypothetical protein  43.14 
 
 
321 aa  256  3e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1161  hypothetical protein  44.52 
 
 
323 aa  256  3e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.334484  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2095  hypothetical protein  45.55 
 
 
324 aa  256  4e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>