95 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5881 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012792  Vapar_5881  Carboxymuconolactone decarboxylase  100 
 
 
190 aa  389  1e-107  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6153  Carboxymuconolactone decarboxylase  65.61 
 
 
191 aa  253  1.0000000000000001e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0028  carboxymuconolactone decarboxylase  43.43 
 
 
185 aa  155  2e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1625  hypothetical protein  43.09 
 
 
217 aa  143  1e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.113582 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4676  carboxymuconolactone decarboxylase  43.1 
 
 
181 aa  140  8e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5286  Carboxymuconolactone decarboxylase  41.81 
 
 
181 aa  139  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0750237  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4385  hypothetical protein  41.95 
 
 
181 aa  139  3e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.275783  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0701  hypothetical protein  40.23 
 
 
181 aa  132  3e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.880116  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2386  4-carboxymuconolactone decarboxylase  45.06 
 
 
193 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3153  hypothetical protein  45.06 
 
 
193 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5467  Carboxymuconolactone decarboxylase  43.12 
 
 
184 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.309116  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2093  hypothetical protein  45.06 
 
 
187 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0291682  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5221  carboxymuconolactone decarboxylase  43.9 
 
 
184 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.520498  normal  0.214637 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1401  hypothetical protein  45.06 
 
 
187 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1482  hypothetical protein  45.06 
 
 
187 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1121  hypothetical protein  45.06 
 
 
187 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1143  hypothetical protein  42.77 
 
 
185 aa  126  2.0000000000000002e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.245046  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3267  hypothetical protein  43.83 
 
 
187 aa  126  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1168  Carboxymuconolactone decarboxylase  36.81 
 
 
236 aa  125  5e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0628655  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1268  hypothetical protein  35.71 
 
 
204 aa  124  7e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.739045 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1399  hypothetical protein  33.52 
 
 
207 aa  121  5e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0802655  normal  0.0447539 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41770  hypothetical protein  37.67 
 
 
149 aa  120  9e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.285503  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1334  hypothetical protein  32.97 
 
 
207 aa  120  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.256445 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7432  hypothetical protein  39.88 
 
 
182 aa  119  1.9999999999999998e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2352  hypothetical protein  45.06 
 
 
187 aa  119  3e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3497  carboxymuconolactone decarboxylase  41.95 
 
 
184 aa  117  7e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1956  hypothetical protein  42.53 
 
 
184 aa  117  9e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0715147  normal  0.617384 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4279  carboxymuconolactone decarboxylase  41.95 
 
 
184 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.445226  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4087  carboxymuconolactone decarboxylase  41.95 
 
 
184 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3980  carboxymuconolactone decarboxylase  41.95 
 
 
184 aa  116  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.395763  normal  0.33482 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3436  hypothetical protein  41.38 
 
 
184 aa  115  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4499  carboxymuconolactone decarboxylase  41.28 
 
 
184 aa  112  3e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.414463  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3981  hypothetical protein  40.15 
 
 
195 aa  105  5e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.354663  decreased coverage  0.000440982 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0594  hypothetical protein  32.97 
 
 
211 aa  104  7e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2050  hypothetical protein  32.24 
 
 
216 aa  103  1e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.562513  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0805  carboxymuconolactone decarboxylase  33.89 
 
 
188 aa  94.4  9e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0484  hypothetical protein  34.73 
 
 
192 aa  91.7  6e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.457573  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0886  hypothetical protein  32.07 
 
 
186 aa  86.7  2e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.717688  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2163  carboxymuconolactone decarboxylase  39.42 
 
 
194 aa  86.7  2e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.175503  normal  0.568346 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1611  hypothetical protein  30.43 
 
 
189 aa  84.7  8e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0145659 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3819  Carboxymuconolactone decarboxylase  33.11 
 
 
210 aa  81.3  0.000000000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.632879  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0988  hypothetical protein  28.82 
 
 
186 aa  72.4  0.000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3269  hypothetical protein  27.22 
 
 
220 aa  72.4  0.000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000290598 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0712  hypothetical protein  30.17 
 
 
186 aa  70.9  0.00000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.212334 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0928  carboxymuconolactone decarboxylase  27.23 
 
 
859 aa  70.5  0.00000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.714443  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0111  carboxymuconolactone decarboxylase  30.07 
 
 
174 aa  65.5  0.0000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.75447  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2440  carboxymuconolactone decarboxylase  34.51 
 
 
176 aa  65.1  0.0000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6281  carboxymuconolactone decarboxylase  32.54 
 
 
179 aa  65.1  0.0000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00558931  normal  0.0302802 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1245  Carboxymuconolactone decarboxylase  30.13 
 
 
178 aa  63.9  0.000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1053  carboxymuconolactone decarboxylase  25.3 
 
 
187 aa  62.4  0.000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0971  hypothetical protein  26.79 
 
 
170 aa  62  0.000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000637227  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3120  Carboxymuconolactone decarboxylase  33.91 
 
 
220 aa  58.9  0.00000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.104846  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4181  carboxymuconolactone decarboxylase  31.62 
 
 
173 aa  58.9  0.00000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.917886  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1494  carboxymuconolactone decarboxylase  25.4 
 
 
213 aa  58.5  0.00000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.269396 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2144  carboxymuconolactone decarboxylase  30.23 
 
 
173 aa  58.5  0.00000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.547762  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4212  carboxymuconolactone decarboxylase  28.78 
 
 
176 aa  58.2  0.00000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0509659  normal 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04023  4-carboxymuconolactone decarboxylase family protein (AFU_orthologue; AFUA_1G03690)  29.48 
 
 
179 aa  57.4  0.0000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.573475  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1193  carboxymuconolactone decarboxylase  28.57 
 
 
180 aa  55.8  0.0000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.739413  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6226  carboxymuconolactone decarboxylase  31.25 
 
 
184 aa  54.3  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.676342  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1934  hypothetical protein  25.15 
 
 
174 aa  54.3  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000792468  normal  0.160018 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1659  carboxymuconolactone decarboxylase  22.58 
 
 
183 aa  52.8  0.000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.413809  normal  0.9764 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3712  carboxymuconolactone decarboxylase  30.43 
 
 
193 aa  51.6  0.000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2958  carboxymuconolactone decarboxylase  27.38 
 
 
186 aa  50.1  0.00002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0231766 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7422  hypothetical protein  27.92 
 
 
186 aa  50.4  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.752552  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2975  alkylhydroperoxidase  25.58 
 
 
217 aa  49.3  0.00003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1361  carboxymuconolactone decarboxylase  27.16 
 
 
172 aa  49.3  0.00004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2330  carboxymuconolactone decarboxylase  30.47 
 
 
200 aa  48.5  0.00005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.464442  normal  0.410951 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3746  carboxymuconolactone decarboxylase  30.09 
 
 
176 aa  48.5  0.00005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.444516  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3819  carboxymuconolactone decarboxylase  30.09 
 
 
176 aa  48.5  0.00005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.89884 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3758  carboxymuconolactone decarboxylase  30.09 
 
 
176 aa  48.5  0.00005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.284023  normal  0.718458 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3707  carboxymuconolactone decarboxylase  28.1 
 
 
176 aa  48.1  0.00008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3780  carboxymuconolactone decarboxylase  28.1 
 
 
176 aa  48.1  0.00008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.422655  normal  0.467747 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3720  carboxymuconolactone decarboxylase  28.1 
 
 
176 aa  48.1  0.00008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2473  carboxymuconolactone decarboxylase  30.83 
 
 
178 aa  47.4  0.0001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.227868  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5518  alkylhydroperoxidase  27.86 
 
 
185 aa  47  0.0002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.707884 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5137  alkylhydroperoxidase AhpD core  27.86 
 
 
185 aa  47  0.0002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5226  alkylhydroperoxidase  27.86 
 
 
185 aa  47  0.0002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.528293 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0757  alkylhydroperoxidase like protein, AhpD family  25.87 
 
 
178 aa  46.6  0.0002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1057  carboxymuconolactone decarboxylase  29.08 
 
 
181 aa  47  0.0002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.506281 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0486  carboxymuconolactone decarboxylase  26.9 
 
 
183 aa  46.2  0.0003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0965  hypothetical protein  27.12 
 
 
180 aa  46.2  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3805  carboxymuconolactone decarboxylase  25.36 
 
 
179 aa  46.2  0.0003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.565066 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0137  carboxymuconolactone decarboxylase  30.3 
 
 
185 aa  45.8  0.0004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2405  carboxymuconolactone decarboxylase  26.95 
 
 
184 aa  45.8  0.0004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.315014 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4644  hypothetical protein  22.79 
 
 
177 aa  45.4  0.0005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.350838  normal 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05232  4-carboxymuconolactone decarboxylase family protein (AFU_orthologue; AFUA_6G11590)  27.15 
 
 
234 aa  44.3  0.001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.0846359 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7089  carboxymuconolactone decarboxylase  21.48 
 
 
190 aa  42.7  0.003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11564  hypothetical protein  24.86 
 
 
188 aa  42.7  0.004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4316  carboxymuconolactone decarboxylase  26.24 
 
 
229 aa  42  0.005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.44347 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1801  carboxymuconolactone decarboxylase  28.46 
 
 
189 aa  42  0.005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.198722 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1658  carboxymuconolactone decarboxylase  24.02 
 
 
187 aa  42  0.006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.565944  normal  0.978426 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5304  carboxymuconolactone decarboxylase  29.55 
 
 
191 aa  41.6  0.006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.377989  normal  0.661983 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2839  carboxymuconolactone decarboxylase  28.03 
 
 
187 aa  41.6  0.007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.242216  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3952  hypothetical protein  26.57 
 
 
180 aa  41.6  0.008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.99956 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1632  carboxymuconolactone decarboxylase  21.97 
 
 
190 aa  41.6  0.008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.543997 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>