43 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5854 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3041  ABC transporter  66.93 
 
 		 1028 aa  1441    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.905111  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5854  ABC transporter  100 
 
 		 1028 aa  2112    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1048  SMC domain-containing protein  29.78 
 
 		 995 aa  407  1.0000000000000001e-112  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0215906  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1748  SMC domain protein  28.32 
 
 		 1011 aa  301  5e-80  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.259166  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0840  hypothetical protein  25.22 
 
 		 937 aa  204  6e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0968  hypothetical protein  25.25 
 
 		 916 aa  199  3e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.386021 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2772  hypothetical protein  26.38 
 
 		 992 aa  196  2e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4550  hypothetical protein  25.58 
 
 		 990 aa  193  1e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2437  hypothetical protein  36.75 
 
 		 428 aa  138  7.000000000000001e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.920457  normal  0.504331 
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5575  hypothetical protein  50 
 
 		 145 aa  116  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.315867  normal  1 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5978  hypothetical protein  50 
 
 		 145 aa  116  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.484158 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1611  putative DNA repair ATPase  27.12 
 
 		 966 aa  110  1e-22  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.230196  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1108  hypothetical protein  32.27 
 
 		 853 aa  108  4e-22  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1243  hypothetical protein  23.7 
 
 		 743 aa  108  4e-22  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0667  DNA repair ATPase  42.54 
 
 		 888 aa  102  3e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1891  hypothetical protein  22.61 
 
 		 877 aa  102  4e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0676  DNA repair ATPase  39.16 
 
 		 897 aa  102  5e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0193  SMC domain protein  42.28 
 
 		 895 aa  99  5e-19  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.711323  normal  0.0164189 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5033  PHP-like  41.43 
 
 		 894 aa  97.4  1e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5585  hypothetical protein  37.42 
 
 		 258 aa  94.7  8e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0168828  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2527  hypothetical protein  27.62 
 
 		 889 aa  90.1  2e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000761316 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12740  hypothetical protein  25.8 
 
 		 938 aa  87  0.000000000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  decreased coverage  0.00274818  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1540  SMC domain-containing protein  44.54 
 
 		 943 aa  83.2  0.00000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.719038 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1734  SMC domain-containing protein  37.4 
 
 		 906 aa  81.6  0.00000000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.195763 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2865  hypothetical protein  37.04 
 
 		 883 aa  80.1  0.0000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.151414  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3605  SMC domain-containing protein  27.24 
 
 		 955 aa  78.6  0.0000000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.637524  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1607  SMC domain-containing protein  35.77 
 
 		 909 aa  78.2  0.0000000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1286  hypothetical protein  38.33 
 
 		 633 aa  77.8  0.000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.25486  normal  0.139744 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1358  hypothetical protein  38.33 
 
 		 633 aa  77.8  0.000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.019808  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4740  hypothetical protein  21.65 
 
 		 972 aa  77  0.000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.462121  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2715  hypothetical protein  37.5 
 
 		 633 aa  77  0.000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.320753  hitchhiker  0.00854437 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03553  RecF/RecN/SMC N terminal domain protein  35.48 
 
 		 884 aa  76.3  0.000000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.262366  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2629  phosphotransferase domain-containing protein  41.24 
 
 		 929 aa  75.9  0.000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.525375  normal  0.100409 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1493  SMC domain protein  38.06 
 
 		 892 aa  74.3  0.00000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1737  hypothetical protein  34.97 
 
 		 617 aa  72  0.00000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0183917  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3193  PHP domain protein  35.11 
 
 		 894 aa  68.9  0.0000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2794  hypothetical protein  35.11 
 
 		 894 aa  68.9  0.0000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3230  hypothetical protein  35.66 
 
 		 896 aa  68.9  0.0000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5984  hypothetical protein  28.26 
 
 		 358 aa  52.8  0.00004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0555874 
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5581  hypothetical protein  28.26 
 
 		 358 aa  52.8  0.00004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0530357  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1522  hypothetical protein  27.05 
 
 		 709 aa  47.4  0.001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.541364  hitchhiker  0.00000000000000176755 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0307  SMC domain protein  31.03 
 
 		 448 aa  44.7  0.009  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0307  SMC domain protein  31.03 
 
 		 448 aa  44.7  0.01  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.675796  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>