103 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5725 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012792  Vapar_5725  B3/4 domain protein  100 
 
 
234 aa  473  1e-132  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5429  phosphoenolpyruvate synthase  62.45 
 
 
230 aa  285  5.999999999999999e-76  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2690  B3/4 domain protein  58.08 
 
 
230 aa  257  1e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.366854  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2948  B3/4 domain protein  58.08 
 
 
230 aa  254  8e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.222758  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5108  B3/4 domain protein  56.09 
 
 
230 aa  248  7e-65  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.809424 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3065  hypothetical protein  58.29 
 
 
241 aa  236  2e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.570745  normal  0.843466 
 
 
-
 
NC_003296  RS01765  hypothetical protein  45.66 
 
 
238 aa  189  2.9999999999999997e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.73481  normal  0.164289 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3672  B3/4 domain protein  38.54 
 
 
249 aa  120  1.9999999999999998e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0928  B3/4 domain-containing protein  31.58 
 
 
236 aa  92.8  4e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.191069  normal  0.0846004 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0911  hypothetical protein  40.4 
 
 
239 aa  90.1  3e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1367  B3/4 domain protein  39.78 
 
 
221 aa  90.1  3e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09810  hypothetical protein  37.78 
 
 
239 aa  87.8  1e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0502  B3/4 domain protein  39.56 
 
 
220 aa  86.3  4e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5071  B3/4 domain protein  32.28 
 
 
227 aa  85.1  8e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.142893  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1912  B3/4 domain protein  26.55 
 
 
233 aa  84.3  0.000000000000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3145  B3/4 domain protein  32.98 
 
 
240 aa  84.3  0.000000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1040  hypothetical protein  25.89 
 
 
234 aa  83.2  0.000000000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0178906  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1756  B3/4 domain-containing protein  24.79 
 
 
241 aa  82.8  0.000000000000004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0178794  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2486  Solo B3/4 domain-containing protein  26.76 
 
 
239 aa  81.3  0.00000000000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_02780  hypothetical protein  37.14 
 
 
242 aa  80.5  0.00000000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.675259  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3530  B3/4 domain-containing protein  32.12 
 
 
228 aa  79.3  0.00000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.314219 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1201  B3/4 domain-containing protein  34.38 
 
 
236 aa  79  0.00000000000007  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.62584  hitchhiker  0.00215136 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1486  B3/4 domain protein  33.33 
 
 
228 aa  78.6  0.00000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.275004  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1788  B3/4 domain protein  33.33 
 
 
228 aa  78.2  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00972614  normal  0.283564 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1850  B3/4 domain-containing protein  33.33 
 
 
228 aa  77.8  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1790  B3/4 domain protein  33.33 
 
 
228 aa  78.2  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.23323 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1667  B3/4 domain-containing protein  33.33 
 
 
228 aa  78.2  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0922271 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1717  B3/4 domain protein  26.75 
 
 
224 aa  76.6  0.0000000000003  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2004  phosphoenolpyruvate synthase  30.71 
 
 
217 aa  76.3  0.0000000000004  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_14530  hypothetical protein  32.41 
 
 
222 aa  74.7  0.000000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.278523  normal  0.107591 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06500  hypothetical protein  24.8 
 
 
241 aa  73.9  0.000000000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.0000280748  normal  0.453475 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8283  hypothetical protein  32.7 
 
 
235 aa  70.5  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.182929  normal  0.669557 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4932  B3/4 domain protein  34.06 
 
 
228 aa  70.1  0.00000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1790  phosphoenolpyruvate synthase  32.3 
 
 
221 aa  68.6  0.00000000007  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0241449 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1602  B3/4 domain-containing protein  30.06 
 
 
221 aa  68.6  0.00000000009  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.172541  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0519  B3/4 domain-containing protein  30.53 
 
 
221 aa  67  0.0000000002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.015821  normal  0.0554264 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1605  B3/4 domain protein  26.74 
 
 
235 aa  67.4  0.0000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000000125396  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1676  B3/4 domain-containing protein  32.35 
 
 
221 aa  66.2  0.0000000004  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_14900  hypothetical protein  22.95 
 
 
241 aa  65.9  0.0000000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  decreased coverage  0.000192579  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2889  B3/4 domain-containing protein  33.58 
 
 
218 aa  64.3  0.000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1117  B3/4 domain-containing protein  30.16 
 
 
216 aa  64.3  0.000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.871418  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1176  B3/4 domain protein  25 
 
 
235 aa  64.7  0.000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.185017  normal  0.273713 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0131  B3/4 domain protein  20.72 
 
 
231 aa  64.3  0.000000001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2162  hypothetical protein  24.34 
 
 
234 aa  63.9  0.000000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf669  hypothetical protein  26.29 
 
 
232 aa  63.9  0.000000002  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0789  hypothetical protein  30.57 
 
 
238 aa  58.9  0.00000007  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.995984 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0504  B3/4  24.86 
 
 
213 aa  55.8  0.0000006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.333323  normal  0.47226 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1604  phenylalanyl-tRNA synthetase, beta subunit  42.5 
 
 
807 aa  53.9  0.000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.140835  normal  0.0323303 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1630  phenylalanyl-tRNA synthetase, beta subunit  41.25 
 
 
807 aa  53.1  0.000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0126985 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1761  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  32.26 
 
 
805 aa  52.4  0.000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0407  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  32.26 
 
 
805 aa  52.4  0.000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.70562  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5318  phenylalanyl-tRNA synthetase, beta subunit  44.3 
 
 
808 aa  51.2  0.00001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0273897 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2491  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  30.77 
 
 
805 aa  50.8  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0444  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  37.23 
 
 
803 aa  50.4  0.00003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.341552  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3247  phenylalanyl-tRNA synthetase, beta subunit  32.24 
 
 
806 aa  50.1  0.00003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0047  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  36.17 
 
 
802 aa  48.9  0.00006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0036  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  35 
 
 
803 aa  48.9  0.00007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.393053  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0454  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  39.74 
 
 
800 aa  48.5  0.00009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0212  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  42.03 
 
 
802 aa  48.1  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0073  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  36.04 
 
 
817 aa  47  0.0002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.252873  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2215  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  31.51 
 
 
795 aa  47  0.0002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.188862 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5551  phenylalanyl-tRNA synthetase, beta subunit  36.04 
 
 
808 aa  47.4  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.325824  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1809  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  26.52 
 
 
795 aa  46.6  0.0003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2168  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  26.52 
 
 
795 aa  46.6  0.0003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0570245  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1709  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  33.8 
 
 
795 aa  46.6  0.0003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.739174  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1410  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  41.67 
 
 
792 aa  46.6  0.0004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0168176  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1473  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  41.67 
 
 
792 aa  46.6  0.0004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000187632  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3155  phenylalanyl-tRNA synthetase, beta subunit  42.67 
 
 
806 aa  46.6  0.0004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2086  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  26.52 
 
 
795 aa  45.8  0.0006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1829  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  30.69 
 
 
795 aa  45.8  0.0006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000186413  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2469  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  27.88 
 
 
795 aa  45.4  0.0007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.228112  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0162  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  37.74 
 
 
824 aa  44.7  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.676244  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1864  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  25.95 
 
 
795 aa  45.1  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1874  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  30.69 
 
 
795 aa  44.7  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000755096  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1901  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  30.69 
 
 
795 aa  44.7  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00294003  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1908  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  30.69 
 
 
795 aa  44.7  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00255913  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2418  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  30.69 
 
 
795 aa  44.7  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000318266  hitchhiker  0.0000890505 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1804  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  32.43 
 
 
793 aa  44.3  0.002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3623  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  36.76 
 
 
798 aa  43.9  0.002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.117267 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0861  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  31.17 
 
 
795 aa  43.9  0.002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0924508  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0361  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  39.74 
 
 
827 aa  44.3  0.002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.996315  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1453  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  36.07 
 
 
814 aa  43.5  0.002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2262  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  36.76 
 
 
795 aa  43.5  0.003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.283733 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1952  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  30.26 
 
 
795 aa  43.5  0.003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2395  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  36.07 
 
 
814 aa  43.5  0.003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.990048  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2067  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  30.99 
 
 
795 aa  43.5  0.003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0223695  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1315  phenylalanyl-tRNA synthetase, beta subunit  36.49 
 
 
799 aa  43.5  0.003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0426  putative phenylalanyl-tRNA synthetase, beta subunit  36.23 
 
 
876 aa  43.1  0.004  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.333075  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0932  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  33.33 
 
 
780 aa  43.1  0.004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1930  phenylalanyl-tRNA synthetase, beta subunit  38.67 
 
 
804 aa  43.1  0.004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0326717 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2597  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  30.99 
 
 
795 aa  42.7  0.004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0200655  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0917  phenylalanyl-tRNA synthetase, beta subunit  31.43 
 
 
786 aa  43.1  0.004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1838  phenylalanyl-tRNA synthetase, beta subunit  38.75 
 
 
810 aa  42.7  0.005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0684561 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2185  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  26.47 
 
 
795 aa  42.7  0.005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.861692  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1998  phenylalanyl-tRNA synthetase beta subunit  32.91 
 
 
784 aa  42.4  0.006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.109142  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1603  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  32.39 
 
 
795 aa  42  0.007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.643795  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1998  phenylalanyl-tRNA synthetase, beta subunit  28.24 
 
 
839 aa  42  0.007  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.448786 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12300  phenylalanyl-tRNA synthetase beta subunit  27.27 
 
 
844 aa  42  0.007  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.447276  normal  0.250374 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2428  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  36.92 
 
 
792 aa  42  0.008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.153279 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0592  B3/4 domain protein  31.5 
 
 
232 aa  42  0.008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.557641  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>