53 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5715 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012792  Vapar_5715  protein of unknown function DUF1185  100 
 
 
192 aa  390  1e-108  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2129  hypothetical protein  59.07 
 
 
193 aa  248  4e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.613913  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1430  hypothetical protein  55.96 
 
 
193 aa  227  9e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4213  hypothetical protein  55.15 
 
 
194 aa  206  2e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.199933 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1665  hypothetical protein  52.58 
 
 
194 aa  204  4e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.144766  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1072  protein of unknown function DUF1185  51.04 
 
 
192 aa  199  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.573144  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3662  hypothetical protein  51.32 
 
 
194 aa  195  3e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.353198  normal  0.0552159 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2104  hypothetical protein  48.96 
 
 
192 aa  186  1e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.707478  decreased coverage  0.00974706 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4066  hypothetical protein  46.48 
 
 
213 aa  177  1e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00119297  normal  0.232767 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4325  protein of unknown function DUF1185  45.92 
 
 
196 aa  164  5.9999999999999996e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.532972  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0180  protein of unknown function DUF1185  45.54 
 
 
213 aa  163  1.0000000000000001e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0656  hypothetical protein  45.41 
 
 
196 aa  161  5.0000000000000005e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0855  hypothetical protein  42.15 
 
 
223 aa  157  1e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2427  hypothetical protein  44.74 
 
 
194 aa  146  2.0000000000000003e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.383931  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1664  hypothetical protein  44.74 
 
 
194 aa  146  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.346529  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0181  protein of unknown function DUF1185  40.31 
 
 
194 aa  128  6e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.885926  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2145  protein of unknown function DUF1185  39.06 
 
 
194 aa  127  7.000000000000001e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4214  hypothetical protein  43.16 
 
 
194 aa  126  2.0000000000000002e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.125119 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0657  hypothetical protein  40.62 
 
 
194 aa  126  2.0000000000000002e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.452265  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0856  hypothetical protein  43.16 
 
 
194 aa  126  2.0000000000000002e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4326  protein of unknown function DUF1185  40.62 
 
 
194 aa  125  3e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.136074  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4065  hypothetical protein  40.53 
 
 
194 aa  117  7.999999999999999e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00340638  normal  0.225568 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2527  protein of unknown function DUF1185  37.57 
 
 
182 aa  113  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0369  hypothetical protein  38.86 
 
 
184 aa  107  1e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.555873  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1060  protein of unknown function DUF1185  40.54 
 
 
194 aa  105  4e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.13092  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6724  hypothetical protein  37.23 
 
 
201 aa  101  7e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.855191  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6489  hypothetical protein  37.23 
 
 
201 aa  101  7e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0082  protein of unknown function DUF1185  35.87 
 
 
221 aa  100  1e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6550  protein of unknown function DUF1185  39.46 
 
 
200 aa  100  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0260848  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5583  protein of unknown function DUF1185  38.92 
 
 
200 aa  99.8  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.565377  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2287  hypothetical protein  36.61 
 
 
196 aa  97.8  7e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0119695 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2480  hypothetical protein  38.46 
 
 
199 aa  97.1  1e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3814  hypothetical protein  36.16 
 
 
181 aa  97.1  1e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.249604  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2217  peptide synthase  36.76 
 
 
195 aa  96.3  3e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0532152  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4153  hypothetical protein  37.16 
 
 
199 aa  95.5  5e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.428897 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2409  hypothetical protein  35 
 
 
196 aa  95.1  6e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.408733  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2675  hypothetical protein  35 
 
 
196 aa  94.7  7e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0368454  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2086  hypothetical protein  36.11 
 
 
198 aa  94.7  8e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.234769  normal  0.411891 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2264  hypothetical protein  36.11 
 
 
198 aa  94.7  8e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.966939  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2259  hypothetical protein  36.11 
 
 
198 aa  94.7  8e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.128222  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3231  hypothetical protein  34.44 
 
 
196 aa  94.4  1e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.675483  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6119  hypothetical protein  37.17 
 
 
200 aa  94  1e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.205354  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6255  hypothetical protein  36.76 
 
 
200 aa  94  1e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.580884  normal  0.147576 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1966  hypothetical protein  34.59 
 
 
197 aa  93.6  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0987839  normal  0.289885 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6083  hypothetical protein  37.7 
 
 
200 aa  93.2  2e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0083  protein of unknown function DUF1185  37.5 
 
 
183 aa  91.3  7e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4326  hypothetical protein  35.75 
 
 
201 aa  89  3e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.560222  normal  0.0725647 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2521  hypothetical protein  35.18 
 
 
196 aa  89  4e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3437  hypothetical protein  33.89 
 
 
196 aa  88.6  5e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.503031  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5502  protein of unknown function DUF1185  34.41 
 
 
200 aa  82  0.000000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00106646 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0152  protein of unknown function DUF1185  28.39 
 
 
181 aa  61.2  0.000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0437  hypothetical protein  29.51 
 
 
181 aa  58.2  0.00000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.480916  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4259  hypothetical protein  32.56 
 
 
181 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.090692  hitchhiker  0.000156871 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>