141 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5612 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012792  Vapar_5612  amidohydrolase 2  100 
 
 
277 aa  562  1.0000000000000001e-159  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8667  amidohydrolase 2  58.33 
 
 
279 aa  328  7e-89  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1842  amidohydrolase 2  44.4 
 
 
279 aa  239  2.9999999999999997e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2701  amidohydrolase 2  39.86 
 
 
291 aa  176  5e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8361  amidohydrolase 2  37.76 
 
 
287 aa  169  4e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1562  amidohydrolase 2  42.61 
 
 
285 aa  155  8e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.216517  normal  0.222343 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0364  amidohydrolase 2  32.27 
 
 
312 aa  152  5e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0495  amidohydrolase 2  33.1 
 
 
278 aa  147  1.0000000000000001e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.274836 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1590  amidohydrolase 2  32.17 
 
 
276 aa  147  1.0000000000000001e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00255924  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2575  amidohydrolase  37.46 
 
 
281 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.457647 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1437  amidohydrolase 2  31.12 
 
 
277 aa  144  2e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2759  amidohydrolase 2  30.77 
 
 
278 aa  143  3e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.82576  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1278  amidohydrolase family protein  31.47 
 
 
276 aa  142  7e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00759688  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0928  hypothetical protein  36.25 
 
 
285 aa  136  5e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43860  Amidohydrolase  35.04 
 
 
283 aa  135  8e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.106274  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0561  amidohydrolase 2  32.51 
 
 
283 aa  129  4.0000000000000003e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2231  amidohydrolase 2  30.53 
 
 
300 aa  124  2e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.211376  normal  0.186133 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2538  putative amidohydrolase  28.72 
 
 
283 aa  113  3e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.332826 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3852  amidohydrolase 2  28.42 
 
 
283 aa  108  1e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4940  amidohydrolase 2  28.86 
 
 
305 aa  105  5e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.207078  normal  0.366524 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4910  amidohydrolase 2  32.24 
 
 
279 aa  102  9e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.177504 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2839  amidohydrolase 2  28.72 
 
 
287 aa  100  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.975955  normal  0.522178 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4417  amidohydrolase 2  31.62 
 
 
286 aa  99  7e-20  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3097  amidohydrolase 2  29.08 
 
 
279 aa  99  8e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2836  amidohydrolase 2  28.96 
 
 
291 aa  95.5  8e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.192303  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3173  amidohydrolase 2  27.7 
 
 
287 aa  95.5  9e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.820351  normal  0.79914 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3529  hypothetical protein  27.7 
 
 
287 aa  94.4  2e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2871  amidohydrolase 2  27.7 
 
 
289 aa  92.8  5e-18  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4144  amidohydrolase 2  31.68 
 
 
297 aa  92  1e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.46392  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13544  hypothetical protein  28.12 
 
 
278 aa  91.3  2e-17  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  1.70136e-92  hitchhiker  0.000000875537 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4394  amidohydrolase 2  30.84 
 
 
298 aa  90.1  4e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.247071  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4481  amidohydrolase 2  30.84 
 
 
298 aa  90.1  4e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4678  amidohydrolase 2  29.28 
 
 
289 aa  89  7e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1397  amidohydrolase 2  28.83 
 
 
289 aa  89  8e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.70619  normal  0.985512 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4775  amidohydrolase 2  30.4 
 
 
298 aa  89  8e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1655  putative amidohydrolase  30.18 
 
 
294 aa  89  8e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2684  amidohydrolase 2  30.45 
 
 
287 aa  88.6  1e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1417  amidohydrolase 2  28.38 
 
 
289 aa  87  3e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4537  amidohydrolase 2  27.03 
 
 
295 aa  85.5  8e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.136824  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0179  amidohydrolase 2  27.8 
 
 
294 aa  85.5  9e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4952  amidohydrolase 2  28.57 
 
 
300 aa  85.5  9e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.260366 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0606  amidohydrolase 2  26.01 
 
 
291 aa  85.1  0.000000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.47355 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1017  amidohydrolase 2  24.92 
 
 
293 aa  84.7  0.000000000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0756102  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2856  amidohydrolase 2  28.62 
 
 
270 aa  84.3  0.000000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.156395 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3823  amidohydrolase 2  26.43 
 
 
297 aa  84  0.000000000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1611  amidohydrolase 2  27.35 
 
 
299 aa  82.8  0.000000000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2574  amidohydrolase 2  26.39 
 
 
288 aa  82.8  0.000000000000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000906856  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2032  amidohydrolase 2  32.76 
 
 
283 aa  82.4  0.000000000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2868  amidohydrolase 2  27.31 
 
 
290 aa  80.9  0.00000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.341603  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0275  amidohydrolase 2  26.01 
 
 
287 aa  81.3  0.00000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000138051  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12326  antibiotic-resistance protein  25.94 
 
 
307 aa  79.7  0.00000000000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0376  amidohydrolase 2  25.57 
 
 
286 aa  79.3  0.00000000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4901  amidohydrolase 2  27.62 
 
 
293 aa  78.6  0.0000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0686596  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2147  amidohydrolase 2  26.72 
 
 
286 aa  78.2  0.0000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4401  amidohydrolase 2  25.56 
 
 
288 aa  77.8  0.0000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.400198  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4025  amidohydrolase 2  24.55 
 
 
294 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0646692  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1757  amidohydrolase 2  28.45 
 
 
293 aa  76.3  0.0000000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0000243959  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1557  amidohydrolase 2  24.66 
 
 
289 aa  75.5  0.0000000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1435  amidohydrolase 2  25.49 
 
 
282 aa  74.7  0.000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0995  amidohydrolase 2  26.34 
 
 
287 aa  73.6  0.000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3788  amidohydrolase 2  29.32 
 
 
313 aa  72.4  0.000000000008  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0676519  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3599  amidohydrolase 2  25.88 
 
 
288 aa  71.6  0.00000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0548656  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2819  amidohydrolase 2  25.49 
 
 
282 aa  71.2  0.00000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2058  amidohydrolase 2  26.94 
 
 
303 aa  68.6  0.0000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0236729  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2837  amidohydrolase 2  21.74 
 
 
269 aa  67  0.0000000003  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0926  amidohydrolase 2  31.87 
 
 
358 aa  65.9  0.0000000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.514632  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6825  amidohydrolase 2  36.67 
 
 
297 aa  65.1  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3862  amidohydrolase 2  28.77 
 
 
308 aa  62.4  0.000000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.379337  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1273  amidohydrolase 2  32.45 
 
 
308 aa  60.5  0.00000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.23939  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1607  amidohydrolase 2  25.67 
 
 
332 aa  59.7  0.00000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1776  amidohydrolase 2  24.54 
 
 
277 aa  57.8  0.0000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.938541  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1823  amidohydrolase 2  24.54 
 
 
277 aa  57.8  0.0000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.979278  normal  0.694594 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0424  amidohydrolase 2  31.87 
 
 
311 aa  57.8  0.0000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1757  amidohydrolase 2  25.97 
 
 
277 aa  57.8  0.0000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.990764  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3500  amidohydrolase 2  23.53 
 
 
339 aa  57  0.0000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0215706 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0547  amidohydrolase 2  20 
 
 
285 aa  56.6  0.0000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3202  amidohydrolase 2  30.23 
 
 
297 aa  55.5  0.0000009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.763184  normal  0.0700709 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1805  amidohydrolase 2  23.11 
 
 
310 aa  55.5  0.0000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000310667  hitchhiker  0.00134282 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3428  amidohydrolase 2  25.45 
 
 
309 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2151  amidohydrolase 2  25.29 
 
 
267 aa  55.1  0.000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4198  amidohydrolase 2  23.83 
 
 
293 aa  55.1  0.000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.200057  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2838  amidohydrolase 2  29.45 
 
 
334 aa  55.5  0.000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.0085644  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3150  amidohydrolase 2  29.55 
 
 
334 aa  55.1  0.000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.992513  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0664  amidohydrolase 2  28.77 
 
 
334 aa  53.9  0.000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3105  amidohydrolase 2  22.73 
 
 
317 aa  53.9  0.000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0508507  normal  0.867387 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5357  amidohydrolase 2  28.97 
 
 
333 aa  53.9  0.000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0307  amidohydrolase 2  25.69 
 
 
279 aa  53.1  0.000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.150485 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1996  amidohydrolase 2  24.58 
 
 
279 aa  53.1  0.000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4348  amidohydrolase 2  24.02 
 
 
279 aa  52.4  0.000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3033  amidohydrolase 2  27.65 
 
 
246 aa  52  0.00001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.277355  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2586  amidohydrolase 2  25.6 
 
 
262 aa  51.6  0.00001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000259256  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2978  amidohydrolase 2  28.5 
 
 
297 aa  52  0.00001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.33934 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3966  amidohydrolase 2  28.42 
 
 
884 aa  50.8  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.657438  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0060  amidohydrolase 2  24.88 
 
 
358 aa  50.8  0.00002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1007  amidohydrolase 2  26.19 
 
 
301 aa  50.1  0.00004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.36488 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1291  amidohydrolase 2  22.13 
 
 
288 aa  49.7  0.00005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.127908  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4794  amidohydrolase 2  26.78 
 
 
334 aa  49.3  0.00008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0707579  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2657  amidohydrolase 2  26.27 
 
 
333 aa  48.9  0.00009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.840659  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2509  hypothetical protein  50 
 
 
48 aa  48.9  0.00009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.000105194  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00750  predicted TIM-barrel fold metal-dependent hydrolase  30.46 
 
 
300 aa  48.1  0.0001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>