102 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5574 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5574  YdjC family protein  100 
 
 		 293 aa  585  1e-166  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0120442  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2756  hypothetical protein  37.59 
 
 		 291 aa  174  9.999999999999999e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.905596 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1375  hypothetical protein  35.79 
 
 		 272 aa  156  5.0000000000000005e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000101211  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0563  YdjC family protein  38.13 
 
 		 288 aa  152  5e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1523  YdjC family protein  35.83 
 
 		 266 aa  144  3e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0597  hypothetical protein  39.1 
 
 		 278 aa  141  1.9999999999999998e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1482  hypothetical protein  31.62 
 
 		 273 aa  136  4e-31  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.929836  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0695  hypothetical protein  32.16 
 
 		 273 aa  135  7.000000000000001e-31  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0263511  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0768  hypothetical protein  32.59 
 
 		 287 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2544  hypothetical protein  28.63 
 
 		 276 aa  123  4e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0374  YdjC family protein  36.05 
 
 		 311 aa  122  7e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.106871 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3638  YdjC family protein  37 
 
 		 304 aa  122  9.999999999999999e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.962606  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2400  hypothetical protein  29.41 
 
 		 270 aa  116  5e-25  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5902  YdjC family protein  36.8 
 
 		 288 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1843  YdjC-like protein  32.82 
 
 		 291 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000761949 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5304  YdjC family protein  35.71 
 
 		 292 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.693916  normal  0.0144003 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1678  hypothetical protein  32.09 
 
 		 280 aa  105  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2568  YdjC-like protein  29 
 
 		 291 aa  101  1e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1338  YdjC family protein  30 
 
 		 297 aa  100  2e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3190  YdjC-like protein  30.43 
 
 		 280 aa  99.8  5e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4120  YdjC-like protein  31.06 
 
 		 301 aa  98.6  1e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2351  YdjC family protein  33.46 
 
 		 282 aa  95.1  1e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.154967  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1647  YdjC family protein  28.74 
 
 		 287 aa  95.1  1e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1930  hypothetical protein  30.38 
 
 		 260 aa  86.7  4e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4720  YdjC-like protein  28.84 
 
 		 296 aa  84.3  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3115  YdjC family protein  34.59 
 
 		 293 aa  67.8  0.0000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00112169  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0136  hypothetical protein  28.63 
 
 		 249 aa  64.3  0.000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0678064  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0125  hypothetical protein  27.9 
 
 		 249 aa  63.5  0.000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0838  hypothetical protein  32.43 
 
 		 257 aa  63.2  0.000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.436002  hitchhiker  0.00113451 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1095  hypothetical protein  28.47 
 
 		 253 aa  60.5  0.00000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000242893  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5000  hypothetical protein  23.08 
 
 		 234 aa  60.5  0.00000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1148  hypothetical protein  28.47 
 
 		 253 aa  60.5  0.00000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00261143  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5372  hypothetical protein  23.85 
 
 		 234 aa  60.5  0.00000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5327  hypothetical protein  23.08 
 
 		 235 aa  60.5  0.00000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1711  hypothetical protein  29.17 
 
 		 252 aa  60.1  0.00000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5055  hypothetical protein  23.85 
 
 		 234 aa  59.3  0.00000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5440  hypothetical protein  23.85 
 
 		 234 aa  59.3  0.00000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3572  hypothetical protein  27.74 
 
 		 253 aa  59.3  0.00000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000340132  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3342  YdjC family protein  28.28 
 
 		 249 aa  58.9  0.00000009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5317  hypothetical protein  23.46 
 
 		 234 aa  58.9  0.0000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4885  hypothetical protein  23.46 
 
 		 234 aa  58.5  0.0000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5632  hypothetical protein  23.26 
 
 		 234 aa  58.2  0.0000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000570656 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5296  hypothetical protein  23.85 
 
 		 234 aa  58.9  0.0000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000474438 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4900  hypothetical protein  23.66 
 
 		 234 aa  58.2  0.0000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2962  YdjC family protein  33.12 
 
 		 288 aa  58.2  0.0000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000156957  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1431  hypothetical protein  30.43 
 
 		 252 aa  57.8  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1446  hypothetical protein  30.43 
 
 		 252 aa  57.8  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1854  hypothetical protein  30.43 
 
 		 252 aa  57.8  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.471908  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2027  hypothetical protein  30.43 
 
 		 252 aa  57.8  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.747309  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4972  hopanoid biosynthesis associated protein HpnK  34.69 
 
 		 278 aa  58.2  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3381  hopanoid biosynthesis associated protein HpnK  32.73 
 
 		 288 aa  57.8  0.0000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2008  YdjC family protein  28.19 
 
 		 261 aa  58.2  0.0000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000350011  normal  0.13872 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1414  hypothetical protein  30.43 
 
 		 252 aa  57  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.970254  normal  0.0189616 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1954  hypothetical protein  28.99 
 
 		 252 aa  56.6  0.0000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0193  hypothetical protein  28.66 
 
 		 412 aa  56.6  0.0000005  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1458  hypothetical protein  28.99 
 
 		 249 aa  56.6  0.0000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.890936  normal  0.315739 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01702  hypothetical protein  28.99 
 
 		 249 aa  55.8  0.0000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.74852  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1909  YdjC family protein  28.99 
 
 		 249 aa  55.8  0.0000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.24977  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1815  hypothetical protein  28.99 
 
 		 249 aa  56.2  0.0000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1899  hypothetical protein  28.99 
 
 		 249 aa  56.2  0.0000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.694377  normal  0.238209 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01690  hypothetical protein  28.99 
 
 		 249 aa  55.8  0.0000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.751954  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2136  YdjC family protein  31.85 
 
 		 245 aa  55.8  0.0000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0879  hopanoid biosynthesis associated protein HpnK  32.26 
 
 		 288 aa  55.5  0.000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2826  YdjC family protein  33.76 
 
 		 288 aa  54.3  0.000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0850173  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2451  hypothetical protein  28.47 
 
 		 252 aa  54.3  0.000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.410079  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1261  YdjC family protein  29.8 
 
 		 254 aa  53.9  0.000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1536  YdjC family protein  25.74 
 
 		 283 aa  53.5  0.000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.700585 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_25731  hypothetical protein  22.73 
 
 		 435 aa  53.1  0.000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2415  YdjC-like protein  28.9 
 
 		 288 aa  51.2  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000254444  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3091  hopanoid biosynthesis associated protein HpnK  31.13 
 
 		 288 aa  51.2  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0037118  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1151  hypothetical protein  31.08 
 
 		 288 aa  50.4  0.00004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4284  YdjC-like protein  35.67 
 
 		 294 aa  50.1  0.00004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2132  hopanoid biosynthesis associated protein HpnK  34.39 
 
 		 294 aa  49.3  0.00007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.175213  normal  0.699288 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3456  hopanoid biosynthesis associated protein HpnK  30.74 
 
 		 280 aa  49.3  0.00008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0306936  normal  0.407914 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3655  hopanoid biosynthesis associated protein HpnK  30.23 
 
 		 280 aa  49.3  0.00008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.507009  normal  0.0806723 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5852  hypothetical protein  28.77 
 
 		 253 aa  49.3  0.00009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.143064  normal  0.707413 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1051  YdjC family protein  35.26 
 
 		 294 aa  47.8  0.0002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.408827  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1054  hopanoid biosynthesis associated protein HpnK  35.26 
 
 		 294 aa  48.1  0.0002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3765  hopanoid biosynthesis associated protein HpnK  30.62 
 
 		 280 aa  48.1  0.0002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002439  cellobiose phosphotransferase system YdjC-like protein  23.84 
 
 		 251 aa  47.8  0.0002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.79418  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0693  YdjC-like protein  34.62 
 
 		 294 aa  47.4  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.242371  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1172  YdjC family protein  34.62 
 
 		 294 aa  47.4  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.824926  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1148  hopanoid biosynthesis associated protein HpnK  34.62 
 
 		 294 aa  47.4  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.501076  normal  0.486153 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1768  YdjC-like family protein  34 
 
 		 295 aa  46.6  0.0005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6340  hopanoid biosynthesis associated protein HpnK  28.79 
 
 		 291 aa  45.4  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00293411 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1624  YdjC-like protein  29.23 
 
 		 224 aa  44.7  0.002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0977605  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0972  hopanoid biosynthesis associated protein HpnK  31.21 
 
 		 280 aa  44.7  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1178  hopanoid biosynthesis associated protein HpnK  30.61 
 
 		 283 aa  44.3  0.003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2736  YdjC family protein  34 
 
 		 295 aa  43.5  0.004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0576  YdjC-like family protein  32.68 
 
 		 295 aa  43.1  0.005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2851  YdjC-like family protein  32.68 
 
 		 295 aa  43.1  0.005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1751  YdjC family protein  32.68 
 
 		 295 aa  43.1  0.005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1837  YdjC family protein  28.33 
 
 		 267 aa  43.1  0.005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3750  hypothetical protein  23.33 
 
 		 235 aa  43.1  0.005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2959  YdjC family protein  25.37 
 
 		 246 aa  43.5  0.005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000134101  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03621  hypothetical protein  26.12 
 
 		 251 aa  43.1  0.006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2236  YdjC family protein  26.92 
 
 		 224 aa  43.1  0.006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2324  YdjC family protein  28.46 
 
 		 224 aa  43.1  0.006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.934019  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0386  hypothetical protein  30.87 
 
 		 280 aa  42.7  0.007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0163  hypothetical protein  24.81 
 
 		 395 aa  42.7  0.008  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0658959 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>