More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5518 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5518  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 		 241 aa  491  9.999999999999999e-139  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0560672  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4063  GntR family transcriptional regulator  59.32 
 
 		 256 aa  301  7.000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1119  GntR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 257 aa  143  2e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.196429 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3509  GntR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 276 aa  141  9.999999999999999e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.393643  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3895  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 		 249 aa  124  1e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.221719  normal  0.3606 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1691  GntR family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 276 aa  94.7  1e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0269955  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5870  GntR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 260 aa  93.2  3e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2038  GntR family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 247 aa  92.4  5e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.335666 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5389  GntR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 260 aa  91.7  8e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2575  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  30.93 
 
 		 243 aa  89  7e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0342  GntR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 243 aa  85.9  5e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0407848  hitchhiker  0.000377769 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1898  GntR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 263 aa  85.1  8e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000197182  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0204  GntR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 249 aa  80.5  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.168827  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2738  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 		 239 aa  80.5  0.00000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0801  transcriptional regulator, GntR family  29.06 
 
 		 238 aa  80.5  0.00000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.912886  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5014  GntR family transcriptional regulator  29.34 
 
 		 249 aa  80.1  0.00000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.153895  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34880  GntR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 249 aa  79.7  0.00000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000127927  normal  0.954426 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1299  GntR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 258 aa  79  0.00000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0859375 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1959  GntR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 256 aa  78.6  0.00000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.622516  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4157  GntR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 256 aa  77.8  0.0000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1903  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  28.81 
 
 		 266 aa  77  0.0000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.380423 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4120  GntR family transcriptional regulator  25.83 
 
 		 248 aa  77.4  0.0000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3963  GntR family transcriptional regulator  25.83 
 
 		 243 aa  77.4  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.691414  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3794  GntR family transcriptional regulator  25.83 
 
 		 243 aa  77.4  0.0000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3809  GntR family transcriptional regulator  25.83 
 
 		 243 aa  77.4  0.0000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.467203  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4272  GntR family transcriptional regulator  25.83 
 
 		 243 aa  77.4  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2745  GntR family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 240 aa  77  0.0000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2215  transcriptional regulator, GntR family  26.8 
 
 		 270 aa  77.8  0.0000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.587929  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05542  putative DNA-binding transcriptional regulatory transcription regulator protein  28.81 
 
 		 273 aa  76.6  0.0000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0364359  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1554  GntR family transcriptional regulator  24.79 
 
 		 241 aa  75.9  0.0000000000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00139668  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3164  GntR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 248 aa  75.9  0.0000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.61715  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2477  GntR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 244 aa  75.5  0.0000000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.698104  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6106  GntR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 256 aa  75.5  0.0000000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.744386  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1971  GntR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 256 aa  75.5  0.0000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1886  GntR family transcriptional regulator  28.15 
 
 		 256 aa  75.5  0.0000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.255199  normal  0.682445 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1995  GntR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 256 aa  75.1  0.0000000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.795702  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4198  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 262 aa  74.7  0.000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2581  GntR family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 247 aa  74.7  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.544021 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5049  histidine utilization repressor  25.51 
 
 		 251 aa  74.3  0.000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00586645  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2432  GntR family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 240 aa  74.7  0.000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0267  GntR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 248 aa  73.9  0.000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1926  GntR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 270 aa  73.9  0.000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3874  GntR family regulatory protein  25.86 
 
 		 239 aa  73.6  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1196  GntR family transcriptional regulator  24.79 
 
 		 248 aa  73.2  0.000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5286  GntR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 256 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0794477 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0630  GntR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 255 aa  73.2  0.000000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1179  GntR family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 244 aa  72.8  0.000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.330166  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3808  GntR family regulatory protein  25.86 
 
 		 239 aa  72  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3882  GntR family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 243 aa  72  0.000000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.207693  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5085  histidine utilization repressor  27.52 
 
 		 248 aa  72  0.000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1251  GntR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 245 aa  72  0.000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.116745  normal  0.0613053 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3916  GntR family regulatory protein  25.43 
 
 		 239 aa  71.2  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3796  GntR family regulatory protein  25.86 
 
 		 239 aa  71.6  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5035  histidine utilization repressor  27.91 
 
 		 248 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1664  GntR family transcriptional regulator  29.88 
 
 		 240 aa  71.2  0.00000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00697714  normal  0.132461 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3977  GntR family regulatory protein  25.86 
 
 		 239 aa  71.6  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1409  transcriptional regulator, GntR family  27.97 
 
 		 252 aa  71.6  0.00000000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4179  regulatory protein GntR HTH  31.14 
 
 		 243 aa  71.2  0.00000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4909  GntR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 248 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.429713 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0972  GntR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 245 aa  70.9  0.00000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0406  transcriptional regulator, GntR family  26.16 
 
 		 243 aa  70.5  0.00000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3203  transcriptional regulator, GntR family  25.35 
 
 		 249 aa  70.5  0.00000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3846  transcriptional regulator, GntR family  27.97 
 
 		 278 aa  70.5  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00362277  normal  0.959313 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2142  transcriptional regulator, GntR family  25.51 
 
 		 260 aa  71.2  0.00000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2760  GntR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 231 aa  70.5  0.00000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0304853  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3960  transcriptional regulator, GntR family  27.97 
 
 		 278 aa  70.5  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.130566  normal  0.0173208 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0016  GntR family transcriptional regulator  25.47 
 
 		 248 aa  70.1  0.00000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2239  GntR family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 243 aa  70.1  0.00000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3762  GntR family transcriptional regulator  26.22 
 
 		 264 aa  69.7  0.00000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0791  transcriptional regulator, GntR family  26.64 
 
 		 261 aa  69.7  0.00000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0165  GntR family transcriptional regulator  23.73 
 
 		 234 aa  69.3  0.00000000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.899806  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4186  GntR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 251 aa  69.3  0.00000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.349516  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4033  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  27.54 
 
 		 244 aa  69.3  0.00000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0213  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  27.54 
 
 		 244 aa  69.3  0.00000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0426  GntR family transcriptional regulator  26.72 
 
 		 232 aa  69.3  0.00000000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4635  transcriptional regulator, GntR family  23.17 
 
 		 250 aa  69.3  0.00000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000503298  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5996  GntR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 274 aa  68.9  0.00000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.473556  normal  0.0312743 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0194  transcriptional regulator, GntR family  22.65 
 
 		 238 aa  68.6  0.00000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000195939  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2768  GntR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 257 aa  68.6  0.00000000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0429  histidine utilization repressor  33.91 
 
 		 248 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.245315  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0543  GntR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 254 aa  67.8  0.0000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.464871  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0366  histidine utilization repressor  32.14 
 
 		 273 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1312  GntR family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 243 aa  67.4  0.0000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.483973 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1438  GntR family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 248 aa  67.4  0.0000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4965  regulatory protein GntR, HTH  26.58 
 
 		 247 aa  67.8  0.0000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7148  transcriptional regulator, GntR family  26.34 
 
 		 247 aa  66.6  0.0000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.263147 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0910  histidine utilization repressor  24.08 
 
 		 245 aa  66.6  0.0000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5172  histidine utilization repressor  32.14 
 
 		 249 aa  66.6  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2301  GntR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 242 aa  67  0.0000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2586  transcriptional regulator, GntR family  29.82 
 
 		 241 aa  66.6  0.0000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2666  transcriptional regulator, GntR family  35.8 
 
 		 237 aa  67  0.0000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2751  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  23.98 
 
 		 239 aa  66.6  0.0000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3530  GntR family transcriptional regulator  25.89 
 
 		 235 aa  67  0.0000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.814628  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4068  GntR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 250 aa  66.6  0.0000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.232008  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7288  putative transcriptional regulator, GntR family  32.46 
 
 		 249 aa  67  0.0000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.767574 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3318  transcriptional regulator, GntR family  23.89 
 
 		 252 aa  66.6  0.0000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000065866  hitchhiker  0.00380995 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5259  transcriptional regulator, GntR family  28.28 
 
 		 254 aa  66.2  0.0000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4840  GntR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 270 aa  66.6  0.0000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2799  GntR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 243 aa  66.2  0.0000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.726282  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2341  GntR domain protein  46.58 
 
 		 226 aa  66.2  0.0000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>