224 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5436 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5436  NmrA family protein  100 
 
 		 251 aa  500  1e-140  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2773  NmrA family protein  74.29 
 
 		 251 aa  374  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.298271  normal  0.534883 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2341  NmrA family protein  77.29 
 
 		 251 aa  374  1e-103  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2517  NmrA family protein  71.84 
 
 		 251 aa  362  3e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.192065  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5446  NmrA family protein  72.95 
 
 		 267 aa  359  2e-98  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.491998 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4281  NmrA family protein  69.26 
 
 		 250 aa  350  1e-95  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4738  NmrA family protein  66.93 
 
 		 254 aa  347  1e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.210315  normal  0.761332 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4675  NmrA family protein  67.35 
 
 		 254 aa  345  5e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.120446  normal  0.764449 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0090  NAD-dependent epimerase/dehydratase  66.93 
 
 		 251 aa  340  1e-92  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5821  NmrA family protein  66.12 
 
 		 250 aa  338  5.9999999999999996e-92  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0877464 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5255  NmrA-like  67.49 
 
 		 251 aa  337  9.999999999999999e-92  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5604  NmrA family protein  67.49 
 
 		 251 aa  337  9.999999999999999e-92  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.446699 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4624  NmrA family protein  67.08 
 
 		 251 aa  334  7.999999999999999e-91  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000639596 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2275  NmrA-like  65.45 
 
 		 251 aa  333  1e-90  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.489802  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5577  NmrA family protein  65.16 
 
 		 251 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1115  NmrA-like  65.59 
 
 		 273 aa  319  3e-86  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000012808 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7641  NmrA family protein  67.21 
 
 		 251 aa  313  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0787849  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5169  NmrA-like protein  61.63 
 
 		 251 aa  302  3.0000000000000004e-81  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.269967  hitchhiker  0.0024207 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5937  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.48 
 
 		 254 aa  298  6e-80  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.525182 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2924  NmrA-like  60 
 
 		 250 aa  289  3e-77  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1995  NmrA family protein  61.04 
 
 		 255 aa  289  3e-77  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5787  NmrA family protein  57.14 
 
 		 247 aa  286  2e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.461264 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1319  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.63 
 
 		 258 aa  285  5e-76  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1347  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.22 
 
 		 258 aa  283  2.0000000000000002e-75  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.716316  hitchhiker  0.0000000415542 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7959  NmrA family protein  57.54 
 
 		 252 aa  283  2.0000000000000002e-75  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.757877  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1579  NAD-dependent epimerase/dehydratase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase:NmrA-like  56.73 
 
 		 250 aa  283  3.0000000000000004e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4349  NmrA family protein  56.85 
 
 		 250 aa  278  6e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.971724  normal  0.637435 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5001  NmrA family protein  59.18 
 
 		 252 aa  277  1e-73  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5558  NmrA family protein  55.51 
 
 		 247 aa  276  2e-73  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3956  GCN5-related N-acetyltransferase  57.38 
 
 		 402 aa  260  2e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0442969 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5449  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.18 
 
 		 251 aa  250  2e-65  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.349092 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4025  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  61.47 
 
 		 249 aa  248  6e-65  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.409748  normal  0.676846 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5307  NmrA family protein  56.33 
 
 		 254 aa  246  2e-64  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0991  NmrA family protein  57.74 
 
 		 243 aa  246  3e-64  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4925  NmrA-like protein  55.92 
 
 		 252 aa  244  6.999999999999999e-64  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5014  NmrA family protein  55.92 
 
 		 252 aa  244  6.999999999999999e-64  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.519146  normal  0.708169 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0905  NmrA family protein  50.2 
 
 		 251 aa  239  4e-62  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.596498  normal  0.269728 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2094  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.06 
 
 		 249 aa  239  4e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.40627  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5191  NmrA family protein  47.54 
 
 		 250 aa  236  3e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0102681  normal  0.158749 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4579  NmrA family protein  49.18 
 
 		 250 aa  235  5.0000000000000005e-61  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.421298 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4584  NmrA family protein  49.18 
 
 		 250 aa  235  5.0000000000000005e-61  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.907742 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5460  NmrA family protein  50 
 
 		 250 aa  233  2.0000000000000002e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.13563  normal  0.193679 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2101  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  50.83 
 
 		 244 aa  230  2e-59  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0993  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.8 
 
 		 246 aa  214  8e-55  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0904  NmrA family protein  44.49 
 
 		 246 aa  214  9.999999999999999e-55  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.705633  normal  0.268772 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5436  hypothetical protein  43.44 
 
 		 244 aa  182  4.0000000000000006e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.557208 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3574  NmrA family protein  47.6 
 
 		 244 aa  182  6e-45  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.764024 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2094  NmrA family protein  45.12 
 
 		 246 aa  178  5.999999999999999e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5747  NmrA family protein  40.24 
 
 		 247 aa  173  1.9999999999999998e-42  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.474702 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5437  hypothetical protein  59.7 
 
 		 137 aa  171  1e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.201154 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2875  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.55 
 
 		 248 aa  167  2e-40  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9038  hypothetical protein  37.96 
 
 		 247 aa  165  5e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0611  NmrA family protein  37.7 
 
 		 253 aa  165  6.9999999999999995e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.465508 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3992  NmrA family protein  38.15 
 
 		 248 aa  161  1e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3222  NmrA family protein  38 
 
 		 264 aa  152  5e-36  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3002  NmrA family protein  35.34 
 
 		 249 aa  150  3e-35  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.284221  normal  0.832187 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05170  predicted nucleoside-diphosphate sugar epimerase  34.55 
 
 		 251 aa  147  1.0000000000000001e-34  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1560  hypothetical protein  36.73 
 
 		 263 aa  135  9e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0351056  normal  0.0354487 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_20710  predicted nucleoside-diphosphate sugar epimerase  38.21 
 
 		 251 aa  134  9.999999999999999e-31  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4049  hypothetical protein  37.14 
 
 		 261 aa  131  9e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.000562723  normal  0.100478 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01680  predicted nucleoside-diphosphate sugar epimerase  38.68 
 
 		 253 aa  121  9.999999999999999e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.576893  normal  0.223324 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0060  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.87 
 
 		 252 aa  113  3e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4374  hypothetical protein  31.98 
 
 		 244 aa  112  6e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.04339  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05940  predicted nucleoside-diphosphate sugar epimerase  33.81 
 
 		 252 aa  109  3e-23  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.511116  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8718  NmrA family protein  34.82 
 
 		 256 aa  99.4  4e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.428087  hitchhiker  0.00954025 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1659  NmrA family protein  30.11 
 
 		 264 aa  91.3  1e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4107  NmrA family protein  33.18 
 
 		 269 aa  87.8  2e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.824515 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4557  hypothetical protein  32.88 
 
 		 247 aa  87  3e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.278817  normal  0.177631 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3102  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.83 
 
 		 248 aa  84.3  0.000000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.346824  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0228  NmrA family protein  29.55 
 
 		 255 aa  82.8  0.000000000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2007  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.24 
 
 		 250 aa  82  0.000000000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.702052 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27560  predicted nucleoside-diphosphate sugar epimerase  30.5 
 
 		 258 aa  79.3  0.00000000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.235843  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3561  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.43 
 
 		 295 aa  76.6  0.0000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1481  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.82 
 
 		 309 aa  76.6  0.0000000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0783672  hitchhiker  0.0000370596 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3627  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.27 
 
 		 295 aa  76.6  0.0000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1279  hypothetical protein  33.11 
 
 		 312 aa  75.5  0.0000000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0266126  normal  0.0780597 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1698  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.79 
 
 		 259 aa  75.5  0.0000000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1652  hypothetical protein  29.19 
 
 		 255 aa  73.9  0.000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1891  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.23 
 
 		 298 aa  74.3  0.000000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0168492  normal  0.486121 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1299  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.11 
 
 		 291 aa  73.6  0.000000000003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3321  NmrA family protein  29.89 
 
 		 279 aa  71.2  0.00000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0940  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 		 253 aa  70.1  0.00000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.681358  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0374  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.59 
 
 		 299 aa  68.6  0.00000000009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.932671  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0380  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.26 
 
 		 294 aa  67.8  0.0000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.270994  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0638  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.04 
 
 		 306 aa  67  0.0000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1986  putative chaperon-like protein for quinone binding in photosystem II  27.65 
 
 		 320 aa  65.9  0.0000000005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0663634 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0490  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.73 
 
 		 298 aa  63.9  0.000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3276  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 		 275 aa  63.5  0.000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0675  putative chaperon-like protein for quinone binding in photosystem II  26.67 
 
 		 320 aa  62.8  0.000000005  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.240438  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_08511  putative chaperon-like protein for quinone binding in photosystem II  27.68 
 
 		 320 aa  62  0.00000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1250  putative chaperon-like protein for quinone binding in photosystem II  25.81 
 
 		 320 aa  60.5  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.263784  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5088  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.21 
 
 		 264 aa  61.2  0.00000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0761  putative chaperon-like protein for quinone binding in photosystem II  26.52 
 
 		 324 aa  60.5  0.00000003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.926297  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3144  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.64 
 
 		 294 aa  60.5  0.00000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_16011  putative chaperon-like protein for quinone binding in photosystem II  26.09 
 
 		 324 aa  60.5  0.00000003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.975575  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0184  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.52 
 
 		 296 aa  60.1  0.00000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0977  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.76 
 
 		 294 aa  58.9  0.00000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0152042  normal  0.193057 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_13281  putative chaperon-like protein for quinone binding in photosystem II  25.27 
 
 		 320 aa  58.9  0.00000007  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.425658  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1379  NmrA family protein  30.28 
 
 		 357 aa  58.5  0.00000009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.77544  hitchhiker  0.0031746 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3507  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.11 
 
 		 429 aa  58.5  0.00000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>