224 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5285 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_5285  Ion transport protein  100 
 
 
310 aa  605  9.999999999999999e-173  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1166  Ion transport protein  66.28 
 
 
294 aa  328  9e-89  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1267  Ion transport protein  66.38 
 
 
305 aa  312  4.999999999999999e-84  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.905498  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2791  Ion transport protein  57.2 
 
 
306 aa  262  6e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3005  potassium channel protein  54.69 
 
 
272 aa  262  6e-69  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.318755  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2927  Ion transport protein  51.02 
 
 
307 aa  256  5e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3292  Ion transport protein  52.1 
 
 
290 aa  255  9e-67  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1690  Ion transport protein  53.62 
 
 
302 aa  253  4.0000000000000004e-66  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0076  Ion transport protein  53.62 
 
 
303 aa  252  5.000000000000001e-66  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1725  Ion transport protein  51.26 
 
 
292 aa  249  3e-65  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0536813  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0515  ion transport protein  51.19 
 
 
280 aa  248  6e-65  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0040  Ion transport protein  55.9 
 
 
272 aa  247  1e-64  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45070  putative potassium channel  53.23 
 
 
283 aa  242  6e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3382  Ion transport protein  49.79 
 
 
277 aa  241  7.999999999999999e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.0078085  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3624  ion transport protein, putative  49.38 
 
 
277 aa  241  1e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03020  hypothetical protein  49.36 
 
 
282 aa  241  2e-62  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3836  putative potassium channel  52.42 
 
 
283 aa  240  2e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.122783  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1821  ion transport protein  47.3 
 
 
279 aa  239  5.999999999999999e-62  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1557  Ion transport protein  50.21 
 
 
277 aa  238  1e-61  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3630  Ion transport protein  48.13 
 
 
274 aa  238  1e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.334747  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2209  Ion transport protein  47.28 
 
 
289 aa  236  3e-61  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.427173 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2286  Ion transport protein  47.28 
 
 
289 aa  236  3e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.630315  normal  0.644367 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1566  Ion transport protein  48.4 
 
 
273 aa  236  4e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0452104  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2112  ion transport protein  48.26 
 
 
295 aa  236  4e-61  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1854  putative ion transport protein  48.7 
 
 
282 aa  235  7e-61  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.807615  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2640  Ion transport protein  48.73 
 
 
284 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.512871  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1824  Ion transport protein  48.73 
 
 
284 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0249663  normal  0.467552 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2520  Ion transport protein  48.73 
 
 
284 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2527  Ion transport protein  48.73 
 
 
284 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4304  cation transporter, voltage-gated ion channel cation transporter  48.56 
 
 
273 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2419  Ion transport protein  46.86 
 
 
289 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2780  Ion transport protein  43.77 
 
 
284 aa  232  6e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.715663  normal  0.450959 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002929  possible potassium channel VIC family  49.17 
 
 
287 aa  232  7.000000000000001e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000118679  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3869  Ion transport protein  47.74 
 
 
273 aa  232  8.000000000000001e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.519934  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0253  Ion transport protein  48.5 
 
 
273 aa  230  2e-59  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.614768  normal  0.426198 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1592  Ion transport protein  51.23 
 
 
274 aa  229  4e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0101925  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1478  Ion transport protein  48.74 
 
 
276 aa  228  7e-59  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.870774  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1491  Ion transport protein  45.57 
 
 
275 aa  228  9e-59  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2281  Ion transport protein  48.26 
 
 
289 aa  228  9e-59  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.87963  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2766  Ion transport protein  50.87 
 
 
279 aa  228  1e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0676384  normal  0.308489 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0939  VIC family potassium channel protein  48.32 
 
 
276 aa  226  4e-58  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.650828  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0288  Ion transport protein  47.01 
 
 
272 aa  226  5.0000000000000005e-58  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.503473 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3225  Ion transport protein  51.49 
 
 
258 aa  225  8e-58  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1014  Ion transport protein  50.22 
 
 
276 aa  222  6e-57  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000934363  hitchhiker  0.000116097 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2579  hypothetical protein  53.04 
 
 
298 aa  222  7e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.932967  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0091  Ion transport protein  39.5 
 
 
299 aa  220  3e-56  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0685  Ion transport protein  49.57 
 
 
297 aa  217  2e-55  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.301571  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1590  Ion transport protein  42.39 
 
 
276 aa  217  2e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0773  ion transporter  49.14 
 
 
297 aa  217  2e-55  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.888374  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02294  ion transporter  51.52 
 
 
290 aa  217  2e-55  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6685  Ion transport protein  48.81 
 
 
273 aa  216  2.9999999999999998e-55  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2444  Ion transport protein  45.34 
 
 
271 aa  216  4e-55  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2375  Ion transport protein  42.61 
 
 
276 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4283  Ion transport protein  51.67 
 
 
285 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0210487  normal  0.0226615 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1991  potassium channel protein  47.81 
 
 
279 aa  211  2e-53  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3452  Ion transport protein  46.09 
 
 
279 aa  206  4e-52  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.81213  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09508  potassium channel protein  45.53 
 
 
288 aa  204  2e-51  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.993518  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4286  Ion transport protein  49.57 
 
 
272 aa  202  6e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.361083  normal  0.259623 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0709  Ion transport protein  47.03 
 
 
295 aa  202  7e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2339  Ion transport protein  48.2 
 
 
276 aa  202  7e-51  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4211  Ion transport protein  46.51 
 
 
283 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1660  potassium channel protein  45.69 
 
 
277 aa  199  5e-50  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.819465 
 
 
-
 
NC_002950  PG2036  ion transporter  43.93 
 
 
303 aa  185  1.0000000000000001e-45  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    unclonable  0.000000000745091 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1404  Ion transport protein  40.08 
 
 
278 aa  178  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1932  Ion transport protein  40.08 
 
 
278 aa  178  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.595369  normal  0.0211569 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1586  Ion transport protein  40.08 
 
 
278 aa  178  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.580145  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1875  Ion transport protein  40.08 
 
 
278 aa  177  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.354062  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1869  Ion transport protein  40.08 
 
 
278 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.275809  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30340  potassium channel  47.85 
 
 
186 aa  164  2.0000000000000002e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.051354  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2297  Ion transport protein  37.5 
 
 
289 aa  157  2e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.653039  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3053  Ion transport protein  36.63 
 
 
288 aa  152  5.9999999999999996e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0178  VIC family potassium channel protein  34.51 
 
 
282 aa  138  1e-31  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0024  Ion transport protein  32.17 
 
 
265 aa  135  8e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0306194  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0132  VIC family potassium channel protein  35.46 
 
 
275 aa  135  9.999999999999999e-31  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0238536  normal  0.0130464 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1358  Ion transport protein  35.56 
 
 
419 aa  130  3e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0929  Ion transport protein  33.7 
 
 
274 aa  127  3e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.765221  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0600  Ion transport protein  38.38 
 
 
228 aa  124  3e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.90662  normal  0.0268571 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1378  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  34.87 
 
 
408 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1941  Ion transport protein  31.96 
 
 
265 aa  120  3e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0124996 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03944  putative potassium channel protein  32.44 
 
 
311 aa  119  6e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4038  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  31.38 
 
 
409 aa  119  7e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2640  potassium channel protein  26.69 
 
 
277 aa  118  9.999999999999999e-26  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4712  cyclic nucleotide-binding protein  31.6 
 
 
412 aa  116  5e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.566577  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2388  Ion transport protein  31.53 
 
 
302 aa  112  6e-24  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.971604 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1325  VIC family potassium channel protein  31.33 
 
 
325 aa  112  9e-24  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.266187  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_21361  potassium channel, VIC family protein  35.68 
 
 
212 aa  111  1.0000000000000001e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.5958 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1053  Ion transport protein  30.9 
 
 
325 aa  110  3e-23  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0861  Ion transport protein  34.98 
 
 
231 aa  110  3e-23  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2779  Ion transport protein  29.62 
 
 
357 aa  108  9.000000000000001e-23  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00211831 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5447  voltage-dependent potassium channel  36.2 
 
 
409 aa  108  1e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.532768  normal  0.0697598 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1898  Ion transport protein  34.56 
 
 
308 aa  107  3e-22  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000138161 
 
 
-
 
NC_002936  DET0408  cation channel family protein  30.65 
 
 
269 aa  105  7e-22  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_351  cation channel protein  29.46 
 
 
269 aa  103  4e-21  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0387  Ion transport protein  29.91 
 
 
269 aa  98.6  1e-19  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1005  Ion transport protein  32.27 
 
 
267 aa  97.8  2e-19  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1342  Ion transport protein  33.7 
 
 
269 aa  94.7  2e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0543607  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2030  Ion transport protein  32.43 
 
 
263 aa  93.2  5e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006684  CNB01080  conserved hypothetical protein  27.78 
 
 
554 aa  92.8  6e-18  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.160096  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2771  Ion transport protein  27.88 
 
 
292 aa  92.4  8e-18  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.415569  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4567  cyclic nucleotide-binding protein  36.14 
 
 
385 aa  90.5  3e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0724971  normal  0.278006 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>