More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5222 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_5222  dihydrodipicolinate synthetase  100 
 
 		 304 aa  625  1e-178  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0559955  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1046  dihydrodipicolinate synthetase  90.76 
 
 		 304 aa  578  1e-164  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0873  putative dihydrodipicolinate synthase  53.04 
 
 		 301 aa  339  2.9999999999999998e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.414654 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4559  dihydrodipicolinate synthetase  53.38 
 
 		 301 aa  338  5.9999999999999996e-92  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4666  dihydrodipicolinate synthetase  53.08 
 
 		 301 aa  332  5e-90  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0656669  normal  0.616699 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2066  dihydrodipicolinate synthetase  54.11 
 
 		 304 aa  326  3e-88  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0494  dihydrodipicolinate synthetase  54.14 
 
 		 305 aa  323  2e-87  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.78772  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2714  dihydrodipicolinate synthetase  52.4 
 
 		 304 aa  318  1e-85  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1838  dihydrodipicolinate synthetase  46.58 
 
 		 306 aa  282  4.0000000000000003e-75  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4227  dihydrodipicolinate synthetase  46.76 
 
 		 306 aa  280  2e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0531975  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48000  putative dihydrodipicolinate synthetase  45.05 
 
 		 305 aa  280  2e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00397266  normal  0.801152 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4139  dihydrodipicolinate synthetase  46.76 
 
 		 306 aa  280  2e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.405813  normal  0.104892 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3380  dihydrodipicolinate synthetase  46.76 
 
 		 306 aa  280  2e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.434141  normal  0.344387 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1895  dihydrodipicolinate synthetase  46.76 
 
 		 306 aa  280  3e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.305178 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2517  dihydrodipicolinate synthetase  43.84 
 
 		 309 aa  279  5e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.35455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4138  putative dihydrodipicolinate synthetase  44.52 
 
 		 305 aa  278  9e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.565611  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0471  dihydrodipicolinate synthetase  46.76 
 
 		 306 aa  277  2e-73  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.230388  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6523  dihydrodipicolinate synthetase  46.23 
 
 		 303 aa  277  2e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.107378 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1420  dihydrodipicolinate synthetase family protein  46.76 
 
 		 306 aa  277  2e-73  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0587759  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0879  dihydrodipicolinate synthetase family protein  46.76 
 
 		 306 aa  277  2e-73  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.600236  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2194  dihydrodipicolinate synthetase family protein  46.76 
 
 		 306 aa  277  2e-73  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.872577  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0568  dihydrodipicolinate synthetase  46.76 
 
 		 306 aa  277  2e-73  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.397945  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2068  dihydrodipicolinate synthetase family protein  46.08 
 
 		 390 aa  276  3e-73  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.790569  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1886  hypothetical protein  46.76 
 
 		 390 aa  276  4e-73  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3517  dihydrodipicolinate synthetase  51.03 
 
 		 299 aa  274  1.0000000000000001e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.787619 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1449  dihydrodipicolinate synthetase family protein  44.86 
 
 		 304 aa  273  3e-72  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.365355  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2568  dihydrodipicolinate synthetase  47.81 
 
 		 304 aa  270  2.9999999999999997e-71  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003669  1-pyrroline-4-hydroxy-2-carboxylate deaminase  45.55 
 
 		 304 aa  269  5e-71  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1479  dihydrodipicolinate synthetase  44.56 
 
 		 304 aa  268  8e-71  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.319674  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4271  dihydrodipicolinate synthetase  44.44 
 
 		 310 aa  267  2e-70  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.443076 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1762  dihydrodipicolinate synthase  42.96 
 
 		 304 aa  266  2.9999999999999995e-70  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000163874  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2822  dihydrodipicolinate synthetase  43.3 
 
 		 304 aa  264  1e-69  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0197523  normal  0.589984 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2362  dihydrodipicolinate synthase  43.3 
 
 		 304 aa  263  2e-69  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000117821  normal  0.484255 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1531  dihydrodipicolinate synthetase family protein  43.3 
 
 		 304 aa  261  8.999999999999999e-69  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00114549  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0297  dihydrodipicolinate synthetase  42.76 
 
 		 306 aa  261  1e-68  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.168579 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5586  dihydrodipicolinate synthetase  45.05 
 
 		 304 aa  259  3e-68  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.285938  normal  0.789314 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01439  dihydrodipicolinate synthetase  40.27 
 
 		 302 aa  235  6e-61  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1417  putative dihydrodipicolinate synthetase  42.66 
 
 		 300 aa  227  1e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000330737  normal  0.0220995 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2503  dihydrodipicolinate synthetase  41.08 
 
 		 304 aa  224  9e-58  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.143344  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2258  dihydrodipicolinate synthase  38.01 
 
 		 294 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.269277  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0085  dihydrodipicolinate synthetase  36.59 
 
 		 310 aa  171  2e-41  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1685  dihydrodipicolinate synthetase  32.29 
 
 		 295 aa  161  2e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.805786  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6005  dihydrodipicolinate synthase family protein  35.64 
 
 		 297 aa  152  7e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0175155  normal  0.0744833 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4723  dihydrodipicolinate synthetase  34.01 
 
 		 310 aa  152  8.999999999999999e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4110  dihydrodipicolinate synthetase  32.9 
 
 		 307 aa  150  4e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.306204  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2641  dihydrodipicolinate synthase  30 
 
 		 298 aa  146  4.0000000000000006e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.267093  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2838  dihydrodipicolinate synthase  30 
 
 		 298 aa  146  4.0000000000000006e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000864796 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2832  dihydrodipicolinate synthase  30 
 
 		 298 aa  146  4.0000000000000006e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.152609  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2861  dihydrodipicolinate synthase  30 
 
 		 298 aa  146  5e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.224352  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2883  dihydrodipicolinate synthase  30 
 
 		 298 aa  144  2e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.399498  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2557  dihydrodipicolinate synthase  30 
 
 		 298 aa  144  2e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.191613  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2635  dihydrodipicolinate synthase  29.97 
 
 		 298 aa  143  4e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2592  dihydrodipicolinate synthase  29.31 
 
 		 298 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2449  dihydrodipicolinate synthase  29.31 
 
 		 298 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3063  dihydrodipicolinate synthase  30.82 
 
 		 290 aa  141  9.999999999999999e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0542018  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2844  dihydrodipicolinate synthase  28.97 
 
 		 298 aa  139  6e-32  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0557185  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0056  dihydrodipicolinate synthase  32.26 
 
 		 291 aa  139  7.999999999999999e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.821032  normal  0.798921 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0341  2,4-dihydroxyhept-2-ene-1,7-dioic acid aldolase  34.75 
 
 		 301 aa  137  2e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0234  dihydrodipicolinate synthase  31.27 
 
 		 290 aa  136  5e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0722  dihydrodipicolinate synthase  32.12 
 
 		 298 aa  136  5e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.862949  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3043  dihydrodipicolinate synthase  31.65 
 
 		 290 aa  136  5e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.366614  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5916  dihydrodipicolinate synthetase  33.33 
 
 		 304 aa  135  8e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0538194  normal  0.0416519 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1458  dihydrodipicolinate synthase  32.72 
 
 		 291 aa  135  9.999999999999999e-31  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.370783  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5604  dihydrodipicolinate synthase  32.12 
 
 		 298 aa  134  9.999999999999999e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3586  dihydrodipicolinate synthase  31.54 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0476  dihydrodipicolinate synthase  28.37 
 
 		 291 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3958  dihydrodipicolinate synthetase  28.67 
 
 		 291 aa  127  3e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2579  dihydrodipicolinate synthase  31.74 
 
 		 303 aa  126  5e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1492  dihydrodipicolinate synthase  29.34 
 
 		 291 aa  126  5e-28  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.944504  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6698  putative dihydrodipicolinate synthase  29.17 
 
 		 303 aa  126  5e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.176073 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1150  dihydrodipicolinate synthase  29.93 
 
 		 291 aa  126  6e-28  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0147  dihydrodipicolinate synthase  27.53 
 
 		 291 aa  125  9e-28  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3845  dihydrodipicolinate synthetase  28.08 
 
 		 299 aa  124  1e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1759  dihydrodipicolinate synthetase  29.37 
 
 		 291 aa  125  1e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0300118  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0826  dihydrodipicolinate synthase  27.78 
 
 		 295 aa  124  1e-27  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.545696  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4144  dihydrodipicolinate synthase  29.35 
 
 		 290 aa  124  2e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1396  dihydrodipicolinate synthase  30.15 
 
 		 313 aa  124  2e-27  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.158147  normal  0.212421 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4054  dihydrodipicolinate synthase  29.35 
 
 		 290 aa  124  2e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3972  dihydrodipicolinate synthetase  33.17 
 
 		 299 aa  124  3e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2987  dihydrodipicolinate synthase  27.76 
 
 		 294 aa  124  3e-27  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00573153  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4039  dihydrodipicolinate synthetase  33.17 
 
 		 299 aa  122  5e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1031  dihydrodipicolinate synthase  29.63 
 
 		 289 aa  122  5e-27  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.432132  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5022  dihydrodipicolinate synthetase  33.17 
 
 		 299 aa  122  5e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1597  dihydrodipicolinate synthase  30.2 
 
 		 289 aa  122  6e-27  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0317  dihydrodipicolinate synthase  30.45 
 
 		 289 aa  122  6e-27  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3716  dihydrodipicolinate synthetase  28.32 
 
 		 291 aa  122  9e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.131295 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1611  dihydrodipicolinate synthase  29.45 
 
 		 292 aa  121  9.999999999999999e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002793  dihydrodipicolinate synthase  29.96 
 
 		 292 aa  121  9.999999999999999e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4753  dihydrodipicolinate synthetase  30 
 
 		 305 aa  121  9.999999999999999e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.102033  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0921  dihydrodipicolinate synthase  30.17 
 
 		 295 aa  120  1.9999999999999998e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4989  dihydrodipicolinate synthetase  33.17 
 
 		 299 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5264  dihydrodipicolinate synthetase  28.72 
 
 		 292 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3930  dihydrodipicolinate synthetase  32.69 
 
 		 299 aa  120  3e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3229  dihydrodipicolinate synthetase  29.17 
 
 		 292 aa  120  3e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.837528  normal  0.60064 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1658  dihydrodipicolinate synthase  29.96 
 
 		 298 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3957  dihydrodipicolinate synthetase  28.08 
 
 		 299 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0033  dihydrodipicolinate synthase  31.08 
 
 		 291 aa  119  4.9999999999999996e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1072  dihydrodipicolinate synthase  28.97 
 
 		 292 aa  119  7e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4002  dihydrodipicolinate synthetase  29.17 
 
 		 301 aa  119  7.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1731  dihydrodipicolinate synthase  28.81 
 
 		 291 aa  118  9.999999999999999e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.457824  normal  0.527965 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>