More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5071 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011992  Dtpsy_3143  queuine tRNA-ribosyltransferase  85.6 
 
 		 390 aa  714    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3733  queuine tRNA-ribosyltransferase  78.92 
 
 		 375 aa  646    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.812012  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5071  queuine tRNA-ribosyltransferase  100 
 
 		 399 aa  833    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.906893  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0549  queuine tRNA-ribosyltransferase  86.63 
 
 		 390 aa  726    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0320  queuine tRNA-ribosyltransferase  77.69 
 
 		 387 aa  651    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0464887 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0596  queuine tRNA-ribosyltransferase  80.98 
 
 		 390 aa  679    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0626  queuine tRNA-ribosyltransferase  77.97 
 
 		 405 aa  669    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0466  queuine tRNA-ribosyltransferase  79.45 
 
 		 398 aa  668    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.114256  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1567  queuine tRNA-ribosyltransferase  79.64 
 
 		 390 aa  649    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.841551 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3870  queuine tRNA-ribosyltransferase  85.35 
 
 		 390 aa  712    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.41663  normal  0.550256 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4479  queuine tRNA-ribosyltransferase  86.38 
 
 		 390 aa  720    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0710937 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3810  queuine tRNA-ribosyltransferase  68.89 
 
 		 395 aa  556  1e-157  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0637  queuine tRNA-ribosyltransferase  68.64 
 
 		 395 aa  554  1e-157  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2664  queuine tRNA-ribosyltransferase  68.89 
 
 		 399 aa  556  1e-157  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.241217 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0690  queuine tRNA-ribosyltransferase  67.87 
 
 		 395 aa  551  1e-156  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.265074  normal  0.561084 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0238  queuine tRNA-ribosyltransferase  67.87 
 
 		 447 aa  552  1e-156  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0722  queuine tRNA-ribosyltransferase  67.87 
 
 		 395 aa  551  1e-156  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2808  queuine tRNA-ribosyltransferase  68.04 
 
 		 376 aa  550  1e-155  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.634866  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3361  queuine tRNA-ribosyltransferase  68.38 
 
 		 472 aa  548  1e-155  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0872044  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0612  queuine tRNA-ribosyltransferase  68.38 
 
 		 395 aa  551  1e-155  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.895388  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0303  queuine tRNA-ribosyltransferase  68.64 
 
 		 397 aa  547  1e-154  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2573  queuine tRNA-ribosyltransferase  68.64 
 
 		 397 aa  547  1e-154  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2387  queuine tRNA-ribosyltransferase  68.64 
 
 		 397 aa  547  1e-154  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3371  queuine tRNA-ribosyltransferase  68.38 
 
 		 397 aa  545  1e-154  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1165  queuine tRNA-ribosyltransferase  68.64 
 
 		 397 aa  547  1e-154  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.179436  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1278  queuine tRNA-ribosyltransferase  68.89 
 
 		 394 aa  546  1e-154  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3328  queuine tRNA-ribosyltransferase  68.64 
 
 		 397 aa  546  1e-154  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.162119  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2944  queuine tRNA-ribosyltransferase  67.78 
 
 		 376 aa  540  9.999999999999999e-153  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.765199 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2525  queuine tRNA-ribosyltransferase  67.01 
 
 		 400 aa  535  1e-151  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0699  queuine tRNA-ribosyltransferase  67.27 
 
 		 404 aa  535  1e-151  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3990  queuine tRNA-ribosyltransferase  67.01 
 
 		 396 aa  536  1e-151  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.259551 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2547  queuine tRNA-ribosyltransferase  65.57 
 
 		 383 aa  519  1e-146  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0677193 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3407  queuine tRNA-ribosyltransferase  64.43 
 
 		 370 aa  517  1.0000000000000001e-145  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.38542  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2957  queuine tRNA-ribosyltransferase  65.32 
 
 		 383 aa  517  1.0000000000000001e-145  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2713  queuine tRNA-ribosyltransferase  64.66 
 
 		 383 aa  510  1e-143  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.149941 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3278  queuine tRNA-ribosyltransferase  63.14 
 
 		 369 aa  504  1e-141  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.275264  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1789  queuine tRNA-ribosyltransferase  61.95 
 
 		 393 aa  503  1e-141  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.320337  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1506  queuine tRNA-ribosyltransferase  62.27 
 
 		 385 aa  500  1e-140  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.966603 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0514  queuine tRNA-ribosyltransferase  62.08 
 
 		 370 aa  486  1e-136  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1927  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.48 
 
 		 383 aa  481  1e-135  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000713351  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1524  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.73 
 
 		 383 aa  480  1e-134  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000558338  normal  0.0203734 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2075  queuine tRNA-ribosyltransferase  61.08 
 
 		 367 aa  481  1e-134  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.698983  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1703  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.73 
 
 		 383 aa  479  1e-134  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.108277  normal  0.62465 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2484  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.87 
 
 		 374 aa  472  1e-132  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000574895  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1382  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.61 
 
 		 374 aa  471  1e-132  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000246245  hitchhiker  0.0000118913 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1447  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.61 
 
 		 374 aa  471  1e-132  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000328041  normal  0.0357414 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1435  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.61 
 
 		 374 aa  471  1e-132  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000652098  hitchhiker  0.000858372 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1570  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.35 
 
 		 374 aa  470  1.0000000000000001e-131  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000109087  hitchhiker  0.000000108069 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3113  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.35 
 
 		 374 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2193  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.84 
 
 		 374 aa  468  1.0000000000000001e-131  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0616046  normal  0.0257357 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1406  queuine tRNA-ribosyltransferase  59.17 
 
 		 374 aa  468  1.0000000000000001e-131  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.937214  normal  0.212389 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1470  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.35 
 
 		 377 aa  470  1.0000000000000001e-131  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00097364  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2787  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.35 
 
 		 374 aa  470  1.0000000000000001e-131  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000135544  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2882  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.35 
 
 		 374 aa  470  1.0000000000000001e-131  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000363226  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2807  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.35 
 
 		 374 aa  470  1.0000000000000001e-131  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000311087  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1120  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.58 
 
 		 385 aa  464  9.999999999999999e-131  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.38532  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1228  queuine tRNA-ribosyltransferase  60.98 
 
 		 377 aa  467  9.999999999999999e-131  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.293358  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2892  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.58 
 
 		 377 aa  465  9.999999999999999e-131  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.103545  hitchhiker  0.000645764 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1413  queuine tRNA-ribosyltransferase  60.62 
 
 		 371 aa  463  1e-129  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.786795  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4345  queuine tRNA-ribosyltransferase  59.43 
 
 		 377 aa  463  1e-129  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000330572 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1401  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.35 
 
 		 377 aa  463  1e-129  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000397481  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2435  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.58 
 
 		 375 aa  463  1e-129  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2702  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.84 
 
 		 374 aa  463  1e-129  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00000654614  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0270  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.69 
 
 		 379 aa  462  1e-129  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.147453  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01046  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.18 
 
 		 378 aa  460  9.999999999999999e-129  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3520  queuine tRNA-ribosyltransferase  60.21 
 
 		 377 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.1241  normal  0.323798 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40480  queuine tRNA-ribosyltransferase  60.62 
 
 		 371 aa  459  9.999999999999999e-129  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2429  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.81 
 
 		 367 aa  459  9.999999999999999e-129  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004367  tRNA-guanine transglycosylase  57.18 
 
 		 382 aa  461  9.999999999999999e-129  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2647  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.29 
 
 		 381 aa  460  9.999999999999999e-129  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000956702  hitchhiker  0.00180241 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2337  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.07 
 
 		 374 aa  461  9.999999999999999e-129  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00144843  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2182  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.93 
 
 		 374 aa  457  1e-127  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4621  queuine tRNA-ribosyltransferase  59.43 
 
 		 377 aa  456  1e-127  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.559921 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1290  queuine tRNA-ribosyltransferase  59.33 
 
 		 375 aa  456  1e-127  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2833  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.55 
 
 		 372 aa  456  1e-127  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0863  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.88 
 
 		 377 aa  454  1e-127  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.313127 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1228  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.18 
 
 		 370 aa  457  1e-127  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14600  queuine tRNA-ribosyltransferase  59.59 
 
 		 372 aa  456  1e-127  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0833  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.77 
 
 		 371 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.936074  normal  0.0233256 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1061  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.01 
 
 		 374 aa  452  1.0000000000000001e-126  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00184616 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1615  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.22 
 
 		 376 aa  451  1.0000000000000001e-126  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.214462  normal  0.361776 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0876  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.88 
 
 		 377 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.321375 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1114  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.33 
 
 		 373 aa  453  1.0000000000000001e-126  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.34463  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00354  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.56 
 
 		 375 aa  448  1e-125  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.520405  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3203  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.56 
 
 		 375 aa  448  1e-125  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.372376  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0445  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.56 
 
 		 375 aa  448  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0476  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.56 
 
 		 375 aa  448  1e-125  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0436  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.56 
 
 		 375 aa  448  1e-125  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0464  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.81 
 
 		 375 aa  449  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.992026  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00525  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.33 
 
 		 381 aa  451  1e-125  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0451  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.81 
 
 		 375 aa  449  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0945287  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3227  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.56 
 
 		 375 aa  448  1e-125  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000187089 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0486  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.56 
 
 		 375 aa  448  1e-125  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0438  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.56 
 
 		 375 aa  448  1e-125  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0325  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.56 
 
 		 375 aa  448  1e-125  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0444  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.81 
 
 		 375 aa  449  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2214  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.17 
 
 		 374 aa  448  1e-125  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00238944  normal  0.155586 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2906  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.48 
 
 		 387 aa  449  1e-125  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.905549  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00358  hypothetical protein  56.56 
 
 		 375 aa  448  1e-125  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.575633  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0505  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.81 
 
 		 375 aa  449  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>