134 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4854 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_4854  protein of unknown function DUF477  100 
 
 
314 aa  595  1e-169  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.381916  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0330  hypothetical protein  54.74 
 
 
309 aa  257  2e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.570024 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0258  hypothetical protein  51.57 
 
 
310 aa  257  2e-67  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.734577  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0310  protein of unknown function DUF477  65.73 
 
 
302 aa  239  5.999999999999999e-62  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.176101  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0315  hypothetical protein  65.26 
 
 
300 aa  237  2e-61  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.929741  normal  0.551867 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0103  hypothetical protein  56.31 
 
 
306 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.504217  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0380  hypothetical protein  55.74 
 
 
313 aa  228  1e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0146  hypothetical protein  56.34 
 
 
305 aa  228  1e-58  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.202851  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0424  hypothetical protein  54.94 
 
 
290 aa  223  3e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1073  hypothetical protein  52.36 
 
 
313 aa  221  9.999999999999999e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3401  hypothetical protein  46.18 
 
 
288 aa  206  4e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3955  hypothetical protein  48.02 
 
 
302 aa  203  3e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.742071 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2520  protein of unknown function DUF477  50.43 
 
 
298 aa  200  3e-50  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6688  hypothetical protein  43.6 
 
 
295 aa  192  4e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0102145  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1762  protein of unknown function DUF477  46.82 
 
 
307 aa  187  1e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.485399  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1334  hypothetical protein  42.57 
 
 
290 aa  186  4e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.600581  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2118  hypothetical protein  45.3 
 
 
336 aa  184  1.0000000000000001e-45  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1903  putative glycine rich membrane protein  45.9 
 
 
285 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.521889 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2047  hypothetical protein  44.67 
 
 
283 aa  177  1e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.976247  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1510  hypothetical protein  42.73 
 
 
292 aa  177  2e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.402719  normal 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4545  hypothetical protein  40.77 
 
 
286 aa  176  3e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.127077  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2693  hypothetical protein  44.54 
 
 
301 aa  174  9.999999999999999e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3713  hypothetical protein  48.28 
 
 
301 aa  171  1e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.915027  normal  0.325884 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1189  hypothetical protein  46.01 
 
 
281 aa  168  9e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0659  protein of unknown function DUF477  45.89 
 
 
295 aa  168  1e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3392  hypothetical protein  40.71 
 
 
277 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.261896  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3876  glycine rich protein  61.59 
 
 
440 aa  166  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.677226  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45710  hypothetical protein  48.88 
 
 
419 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45700  hypothetical protein  59.42 
 
 
453 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1720  hypothetical protein  49.36 
 
 
320 aa  158  1e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04652  glycine rich protein  42.61 
 
 
288 aa  156  4e-37  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.00734388  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0285  putative lipoprotein  47.28 
 
 
284 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.562494  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6199  hypothetical protein  48.82 
 
 
283 aa  155  6e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3877  hypothetical protein  51.63 
 
 
422 aa  155  6e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.488803  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0664  hypothetical protein  40.52 
 
 
274 aa  155  7e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.613077 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5308  protein of unknown function DUF477  42.99 
 
 
293 aa  155  1e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.16736  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0509  putative lipoprotein  48.81 
 
 
282 aa  154  1e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0327  putative lipoprotein  48.81 
 
 
282 aa  155  1e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1696  protein of unknown function DUF477  42.99 
 
 
286 aa  155  1e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.973781  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3371  putative lipoprotein  53.47 
 
 
282 aa  154  2e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3041  putative lipoprotein  53.47 
 
 
282 aa  154  2e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2051  putative lipoprotein  53.47 
 
 
282 aa  154  2e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0314  putative lipoprotein  53.47 
 
 
282 aa  154  2e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2233  putative lipoprotein  53.47 
 
 
282 aa  154  2e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2627  hypothetical protein  42.79 
 
 
288 aa  152  8e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0606  protein of unknown function DUF477  41.53 
 
 
287 aa  146  5e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06980  hypothetical protein  50.68 
 
 
341 aa  139  6e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0639  hypothetical protein  50.34 
 
 
343 aa  139  7e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0663  putative glycine rich transmembrane protein  40.08 
 
 
279 aa  139  7.999999999999999e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.928357  normal  0.553573 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0554  protein of unknown function DUF477  41.23 
 
 
287 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.475788  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2033  hypothetical protein  40.13 
 
 
285 aa  117  3e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0410  hypothetical protein  36.46 
 
 
386 aa  115  1.0000000000000001e-24  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00804923 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0454  hypothetical protein  36.46 
 
 
389 aa  114  1.0000000000000001e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1821  hypothetical protein  33.65 
 
 
267 aa  114  3e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1372  hypothetical protein  35.65 
 
 
290 aa  114  3e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000740234  hitchhiker  0.000166638 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1753  hypothetical protein  33.65 
 
 
266 aa  114  3e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2363  protein of unknown function DUF477  39.26 
 
 
246 aa  113  5e-24  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.116241  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1259  protein of unknown function DUF477  37.16 
 
 
315 aa  112  7.000000000000001e-24  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.642039  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1419  protein of unknown function DUF477  36.9 
 
 
315 aa  112  7.000000000000001e-24  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.370568 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3227  hypothetical protein  38.99 
 
 
277 aa  112  8.000000000000001e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1228  protein of unknown function DUF477  37.42 
 
 
315 aa  110  3e-23  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2019  hypothetical protein  41.45 
 
 
261 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1773  hypothetical protein  37.63 
 
 
256 aa  109  5e-23  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.61154  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2296  protein of unknown function DUF477  41.18 
 
 
261 aa  109  5e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00760531 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1392  hypothetical protein  41.55 
 
 
166 aa  109  7.000000000000001e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.234171 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1288  hypothetical protein  44 
 
 
423 aa  107  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.103511  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2026  protein of unknown function DUF477  37.06 
 
 
260 aa  107  2e-22  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.903181 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3875  hypothetical protein  39.39 
 
 
270 aa  107  2e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.063736 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1222  protein of unknown function DUF477  41.18 
 
 
253 aa  107  3e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1981  protein of unknown function DUF477  41.18 
 
 
262 aa  106  4e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.537403  normal  0.307553 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1255  protein of unknown function DUF477  39.86 
 
 
302 aa  105  7e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0178341  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1082  hypothetical protein  36.1 
 
 
299 aa  105  9e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0394  hypothetical protein  39.6 
 
 
259 aa  105  1e-21  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.729327  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1299  hypothetical protein  34.39 
 
 
250 aa  104  2e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0218065  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0414  protein of unknown function DUF477  38.16 
 
 
246 aa  103  4e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4038  hypothetical protein  43.2 
 
 
301 aa  102  6e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000052611  normal  0.949055 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0897  hypothetical protein  29.35 
 
 
284 aa  101  2e-20  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.803851  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1230  protein of unknown function DUF477  37.06 
 
 
294 aa  100  2e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0298184 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6373  hypothetical protein  39.57 
 
 
265 aa  101  2e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0774641  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1823  protein of unknown function DUF477  38.26 
 
 
250 aa  99.4  7e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0387884  normal  0.867329 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2422  protein of unknown function DUF477  36.25 
 
 
287 aa  99.4  8e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2913  hypothetical protein  40.88 
 
 
297 aa  99  1e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00131763  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1478  hypothetical protein  35.29 
 
 
299 aa  97.8  2e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.507898  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0812  hypothetical protein  31 
 
 
260 aa  97.4  2e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0878  hypothetical protein  38.21 
 
 
279 aa  97.4  3e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0236831  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3082  hypothetical protein  41.86 
 
 
290 aa  97.1  3e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000317552  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4334  protein of unknown function DUF477  34.48 
 
 
260 aa  97.1  4e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.82734 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2277  hypothetical protein  38.1 
 
 
235 aa  94  3e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000559255  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3453  hypothetical protein  41.55 
 
 
299 aa  94  3e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.529474  normal  0.0920314 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1795  protein of unknown function DUF477  34.78 
 
 
288 aa  94  3e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.039663 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3604  protein of unknown function DUF477  33.54 
 
 
259 aa  94  3e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02623  hypothetical protein  40.48 
 
 
290 aa  93.2  5e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000105105  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0910  protein of unknown function DUF477  40.48 
 
 
290 aa  93.2  5e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000203504  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02585  hypothetical protein  40.48 
 
 
290 aa  93.2  5e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000156395  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2920  hypothetical protein  40.31 
 
 
242 aa  92.8  6e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  4.83358e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47040  hypothetical protein  39.42 
 
 
237 aa  92  1e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0599  hypothetical protein  31.42 
 
 
396 aa  91.7  1e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2915  hypothetical protein  41.09 
 
 
294 aa  92  1e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0386021  normal  0.901055 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2527  hypothetical protein  34.59 
 
 
256 aa  90.9  2e-17  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00024916  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3481  hypothetical protein  35.29 
 
 
290 aa  91.7  2e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.570218 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>