More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4821 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_4821  hypothetical protein  100 
 
 
330 aa  666    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5382  extra-cytoplasmic solute receptor  72.37 
 
 
331 aa  498  1e-140  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.203559  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0797  hypothetical protein  82.68 
 
 
386 aa  477  1e-133  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0869  hypothetical protein  52.57 
 
 
339 aa  337  1.9999999999999998e-91  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3324  hypothetical protein  52.67 
 
 
328 aa  327  1.0000000000000001e-88  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.0025587  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5589  hypothetical protein  50.76 
 
 
335 aa  328  1.0000000000000001e-88  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3974  hypothetical protein  52.67 
 
 
328 aa  327  1.0000000000000001e-88  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.406148 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3937  hypothetical protein  54.15 
 
 
328 aa  325  6e-88  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.178831  normal  0.0313351 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2869  hypothetical protein  52.01 
 
 
330 aa  325  6e-88  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3546  hypothetical protein  52.01 
 
 
330 aa  325  9e-88  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0909589  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3664  hypothetical protein  51.34 
 
 
324 aa  323  2e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3983  extra-cytoplasmic solute receptor  49.07 
 
 
328 aa  320  3e-86  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0104878 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0596  hypothetical protein  48.8 
 
 
336 aa  319  3.9999999999999996e-86  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.642014  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0462  hypothetical protein  50.32 
 
 
345 aa  318  1e-85  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.170176 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0453  hypothetical protein  50.32 
 
 
345 aa  318  1e-85  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.533416  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3671  extra-cytoplasmic solute receptor  51.99 
 
 
334 aa  314  9.999999999999999e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2117  hypothetical protein  50 
 
 
327 aa  313  1.9999999999999998e-84  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.299705  normal  0.290671 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3801  extra-cytoplasmic solute receptor  46.58 
 
 
330 aa  311  7.999999999999999e-84  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.828068  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0143  hypothetical protein  48.84 
 
 
330 aa  311  1e-83  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.627963 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0161  hypothetical protein  48.84 
 
 
330 aa  311  1e-83  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1906  hypothetical protein  47.35 
 
 
325 aa  311  1e-83  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.375062  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4624  hypothetical protein  49.7 
 
 
327 aa  308  9e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3884  hypothetical protein  49.54 
 
 
328 aa  307  2.0000000000000002e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0489  hypothetical protein  46.41 
 
 
344 aa  307  2.0000000000000002e-82  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4609  extra-cytoplasmic solute receptor  49.24 
 
 
328 aa  306  3e-82  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.636278 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5547  hypothetical protein  49.67 
 
 
325 aa  305  6e-82  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5112  hypothetical protein  48.84 
 
 
325 aa  304  1.0000000000000001e-81  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.386337  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5035  hypothetical protein  46.59 
 
 
339 aa  303  3.0000000000000004e-81  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.401942  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0200  hypothetical protein  49.32 
 
 
349 aa  303  3.0000000000000004e-81  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0779  hypothetical protein  48.7 
 
 
360 aa  303  4.0000000000000003e-81  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5146  hypothetical protein  46.2 
 
 
327 aa  303  4.0000000000000003e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0987531  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5849  hypothetical protein  50.17 
 
 
330 aa  301  1e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4853  extra-cytoplasmic solute receptor  47.33 
 
 
314 aa  301  1e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0565268  normal  0.206495 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4213  extra-cytoplasmic solute receptor  48.32 
 
 
326 aa  300  3e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5438  hypothetical protein  49.09 
 
 
326 aa  300  3e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2991  hypothetical protein  49.02 
 
 
333 aa  299  4e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.36978  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4876  extra-cytoplasmic solute receptor  48.99 
 
 
328 aa  299  4e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.748926  normal  0.754985 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4645  extra-cytoplasmic solute receptor  46.56 
 
 
348 aa  299  4e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.176289  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0801  hypothetical protein  52.01 
 
 
323 aa  299  4e-80  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.618864  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5278  extra-cytoplasmic solute receptor  47.14 
 
 
331 aa  299  5e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.777708  normal  0.21823 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5894  extra-cytoplasmic solute receptor  50 
 
 
358 aa  297  2e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7860  hypothetical protein  44.58 
 
 
324 aa  296  3e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.266797 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4004  hypothetical protein  49.49 
 
 
339 aa  296  3e-79  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.506172  normal  0.0371737 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1908  hypothetical protein  48.77 
 
 
336 aa  296  4e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.781517  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4081  hypothetical protein  47.98 
 
 
335 aa  296  5e-79  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5565  hypothetical protein  52.7 
 
 
335 aa  295  6e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.517724  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1041  hypothetical protein  46.46 
 
 
327 aa  295  7e-79  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0191  hypothetical protein  49.67 
 
 
335 aa  295  7e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1121  hypothetical protein  46.46 
 
 
325 aa  295  7e-79  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.237862  normal  0.618143 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1868  hypothetical protein  46.01 
 
 
330 aa  295  1e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2095  hypothetical protein  50.17 
 
 
324 aa  295  1e-78  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1885  hypothetical protein  48.25 
 
 
323 aa  293  3e-78  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.369065 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3558  hypothetical protein  48.15 
 
 
327 aa  292  6e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1635  hypothetical protein  45.31 
 
 
333 aa  291  9e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.345549  normal  0.902401 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5709  hypothetical protein  48.33 
 
 
327 aa  290  2e-77  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.21123  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4972  hypothetical protein  49 
 
 
328 aa  290  2e-77  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.345918  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3809  hypothetical protein  46.84 
 
 
310 aa  289  4e-77  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0585  hypothetical protein  48.53 
 
 
341 aa  288  9e-77  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.156752  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4433  extra-cytoplasmic solute receptor  47.81 
 
 
327 aa  288  9e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.318216 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2422  hypothetical protein  45.57 
 
 
698 aa  287  2e-76  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0403526 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6278  hypothetical protein  47.72 
 
 
322 aa  287  2e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.000130922  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3122  hypothetical protein  45.17 
 
 
343 aa  287  2e-76  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00641753  normal  0.197598 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5060  hypothetical protein  44.34 
 
 
331 aa  285  5.999999999999999e-76  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0828  hypothetical protein  44.12 
 
 
335 aa  285  5.999999999999999e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.136447  normal  0.157407 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1325  hypothetical protein  43.41 
 
 
330 aa  285  8e-76  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4002  hypothetical protein  50.66 
 
 
335 aa  284  1.0000000000000001e-75  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0348816 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3530  hypothetical protein  47.19 
 
 
331 aa  285  1.0000000000000001e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.175021  hitchhiker  0.00737093 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4323  hypothetical protein  46.05 
 
 
344 aa  285  1.0000000000000001e-75  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.957408  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3178  hypothetical protein  43.99 
 
 
328 aa  284  1.0000000000000001e-75  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000137109 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0823  hypothetical protein  42.9 
 
 
325 aa  285  1.0000000000000001e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0213458 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4511  hypothetical protein  45.1 
 
 
337 aa  283  2.0000000000000002e-75  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4458  hypothetical protein  46.8 
 
 
332 aa  284  2.0000000000000002e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.60746  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3135  hypothetical protein  45.45 
 
 
326 aa  283  3.0000000000000004e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.82433  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1691  hypothetical protein  46.64 
 
 
331 aa  283  3.0000000000000004e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3145  hypothetical protein  44.88 
 
 
333 aa  283  4.0000000000000003e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.261814  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1815  hypothetical protein  46.33 
 
 
325 aa  282  5.000000000000001e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00540737  normal  0.0160042 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3949  hypothetical protein  46.93 
 
 
339 aa  282  7.000000000000001e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.187886  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0257  hypothetical protein  46.64 
 
 
334 aa  282  7.000000000000001e-75  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5108  extra-cytoplasmic solute receptor  44.05 
 
 
326 aa  281  7.000000000000001e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000000000351886  normal  0.964391 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2113  hypothetical protein  43.81 
 
 
318 aa  281  8.000000000000001e-75  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.723108  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1657  hypothetical protein  46.04 
 
 
331 aa  281  8.000000000000001e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.129303  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2999  hypothetical protein  46.64 
 
 
324 aa  281  1e-74  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.272534 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3807  hypothetical protein  43.81 
 
 
341 aa  280  2e-74  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.477496 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4229  twin-arginine translocation pathway signal  46.6 
 
 
335 aa  280  2e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.467764  normal  0.364318 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2025  hypothetical protein  46.37 
 
 
324 aa  280  2e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.744071  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1708  hypothetical protein  43.45 
 
 
322 aa  280  3e-74  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000467968  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5061  extra-cytoplasmic solute receptor  44.55 
 
 
335 aa  280  3e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000369607  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4214  hypothetical protein  46.64 
 
 
324 aa  279  5e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3830  hypothetical protein  44.41 
 
 
330 aa  279  5e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.956859  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3657  hypothetical protein  48.01 
 
 
322 aa  278  8e-74  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.111701  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1017  hypothetical protein  43.92 
 
 
304 aa  278  8e-74  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.221773 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1717  hypothetical protein  44.51 
 
 
330 aa  278  8e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.169515  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6069  hypothetical protein  47.64 
 
 
318 aa  278  9e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0483  hypothetical protein  43.03 
 
 
334 aa  278  1e-73  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1912  hypothetical protein  46.98 
 
 
335 aa  278  1e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0145  hypothetical protein  45.24 
 
 
325 aa  277  2e-73  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2507  hypothetical protein  44.7 
 
 
336 aa  277  2e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0127  hypothetical protein  45.24 
 
 
325 aa  277  2e-73  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4389  hypothetical protein  43.1 
 
 
321 aa  276  3e-73  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.907682 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1026  hypothetical protein  45.21 
 
 
333 aa  276  3e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.346833  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>