56 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4804 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_4804  membrane protein-like protein  100 
 
 
352 aa  653    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2736  hypothetical protein  34.02 
 
 
363 aa  74.3  0.000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.30564  normal  0.0867479 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4389  hypothetical protein  34.8 
 
 
361 aa  73.9  0.000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0164  hypothetical protein  30.3 
 
 
359 aa  57.8  0.0000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2166  protein of unknown function DUF893 YccS/YhfK  26.03 
 
 
719 aa  57  0.0000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0513514  normal  0.798484 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1914  protein of unknown function DUF939  29.82 
 
 
395 aa  56.2  0.0000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2601  hypothetical protein  30.93 
 
 
371 aa  54.7  0.000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.220305  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0015  hypothetical protein  32.14 
 
 
380 aa  54.3  0.000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1992  fusaric acid resistance protein region  29.29 
 
 
702 aa  52  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.355593  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0054  hypothetical protein  29.61 
 
 
338 aa  51.2  0.00002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0097  hypothetical protein  26.75 
 
 
347 aa  50.8  0.00004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0146368  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2983  Fusaric acid resistance protein conserved region  28.18 
 
 
697 aa  50.1  0.00006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4120  hypothetical protein  34.33 
 
 
679 aa  49.3  0.00009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.215585  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3785  YccS/YhfK family integral membrane protein  30.37 
 
 
695 aa  49.3  0.0001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0235879  hitchhiker  0.00807604 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1670  protein of unknown function DUF893 YccS/YhfK  26.76 
 
 
730 aa  48.1  0.0002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0368  hypothetical protein  32.06 
 
 
378 aa  48.5  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.992488 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1952  fusaric acid resistance protein region  46.55 
 
 
704 aa  47.8  0.0003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47810  hypothetical protein  34.48 
 
 
679 aa  47.8  0.0003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00112495  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4720  protein of unknown function DUF893 YccS/YhfK  24.83 
 
 
746 aa  47.4  0.0004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0171257  hitchhiker  0.00604484 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3209  hypothetical protein  29.27 
 
 
355 aa  47  0.0005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0499107 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2853  hypothetical protein  27.92 
 
 
758 aa  46.6  0.0007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.229586  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2884  hypothetical protein  26.74 
 
 
360 aa  46.2  0.0008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01897  hypothetical protein  27.96 
 
 
352 aa  45.4  0.001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2146  hypothetical protein  27.96 
 
 
352 aa  45.4  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1054  hypothetical protein  27.96 
 
 
352 aa  45.4  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.205497 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1858  Fusaric acid resistance protein conserved region  28.29 
 
 
641 aa  45.8  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2060  fusaric acid resistance protein region  32.03 
 
 
635 aa  45.8  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.065197  normal  0.166692 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4098  efflux transporter  35 
 
 
693 aa  45.4  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0870113  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4665  hypothetical protein  30 
 
 
358 aa  45.8  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01911  conserved inner membrane protein  27.96 
 
 
352 aa  45.4  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1649  conserved hypothetical protein  27.96 
 
 
352 aa  45.4  0.002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1632  hypothetical protein  27.96 
 
 
352 aa  45.4  0.002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0591467 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2299  hypothetical protein  27.96 
 
 
352 aa  45.4  0.002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0309  hypothetical protein  28.24 
 
 
363 aa  44.7  0.002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.631914  normal  0.0699099 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3730  hypothetical protein  29.85 
 
 
362 aa  45.4  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0520  hypothetical protein  29.33 
 
 
358 aa  44.3  0.003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1227  hypothetical protein  27.96 
 
 
226 aa  44.3  0.003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.118348  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4934  fusaric acid resistance protein region  29.38 
 
 
687 aa  43.9  0.004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1809  hypothetical protein  28.67 
 
 
176 aa  43.9  0.004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0005  hypothetical protein  32.03 
 
 
377 aa  43.9  0.004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00809476  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2531  protein of unknown function DUF893, YccS/YhfK  19.57 
 
 
740 aa  44.3  0.004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1742  hypothetical protein  28.67 
 
 
176 aa  43.9  0.005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.62552  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2253  Fusaric acid resistance protein conserved region  32.91 
 
 
653 aa  43.5  0.006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0565  hypothetical protein  31.75 
 
 
370 aa  43.1  0.007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.866851  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2863  hypothetical protein  26.88 
 
 
352 aa  43.1  0.007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.104583 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1383  hypothetical protein  27.45 
 
 
758 aa  42.7  0.008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0683  hypothetical protein  27.45 
 
 
758 aa  42.7  0.008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1187  hypothetical protein  27.45 
 
 
758 aa  42.7  0.008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.775183  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1387  hypothetical protein  27.45 
 
 
758 aa  42.7  0.008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0469  hypothetical protein  27.45 
 
 
758 aa  42.7  0.008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.646757  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1518  hypothetical protein  27.45 
 
 
758 aa  42.7  0.008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1772  hypothetical protein  27.45 
 
 
758 aa  42.7  0.008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0697846  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2396  inner membrane protein YeeA  28.72 
 
 
352 aa  42.7  0.009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2684  hypothetical protein  29.22 
 
 
175 aa  42.7  0.01  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.497054  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2509  protein of unknown function DUF893 YccS/YhfK  21.93 
 
 
746 aa  42.7  0.01  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  unclonable  0.000000000184796  normal  0.83989 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0610  transmembrane protein  28.45 
 
 
339 aa  42.7  0.01  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.549926  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>